feat: add benchmark pipeline, expose APIs, and enforce strict paths

Introduces a Make-based orchestration for simulating, indexing, merging, filtering, and verifying k-mer counts and presence. Exposes internal builder and iterator APIs publicly, enforces mandatory leading slashes for predicate patterns, registers the `obitaxonomy` crate, and updates tooling configurations alongside documentation.

CLAUDE.md

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 Je continue à poser mes questions et à guider la discussion.
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+## MCP Tools
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+**Règle absolue : avant tout travail de code, appeler `mcp__serena__initial_instructions` pour charger les instructions Serena.**
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+### Hiérarchie des outils pour ce projet Rust
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+**Navigation et édition de code → serena en priorité**
+- Trouver un symbole, une déclaration, les implémentations d'un trait : `mcp__serena__find_symbol`, `mcp__serena__find_declaration`, `mcp__serena__find_implementations`
+- Trouver les usages d'un symbole : `mcp__serena__find_referencing_symbols`
+- Diagnostics LSP (erreurs de compilation) : `mcp__serena__get_diagnostics_for_file`
+- Vue d'ensemble d'un fichier : `mcp__serena__get_symbols_overview`
+- Modifier le corps d'une fonction/impl : `mcp__serena__replace_symbol_body`
+- Ne pas utiliser `cclsp` quand serena couvre le besoin
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+**Analyse architecturale → jcodemunch**
+- Hotspots, couplage, dead code, dépendances entre modules
+- Utiliser avant de refactorer une zone critique
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+**Raisonnement complexe → sequential-thinking**
+- Décisions d'architecture, choix d'algorithme, trade-offs non triviaux
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+**Documentation de crates → context7**
+- Toujours consulter avant d'utiliser une API de bibliothèque externe