diff --git a/config/.DS_Store b/config/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 281210d..0000000
Binary files a/config/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/data/ir/.DS_Store b/data/ir/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/data/ir/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/data/rrna/README b/data/rrna/README
index b89710d..aeb99d6 100644
--- a/data/rrna/README
+++ b/data/rrna/README
@@ -16,3 +16,14 @@ hmmbuild --dna -n RRNA_5S_RC   --wpb plast_RRNA_5S_RC.hmm 5S.goodali.rc.fst
 hmmbuild --dna -n RRNA_4.5S_RC --wpb plast_RRNA_4.5S_RC.hmm 4.5S.goodali.rc.fst
 
 cat plast_RRNA_*.hmm > plast_RRNA.hmm
+
+
+#
+# Command for mitochondrion rRNA models
+#
+
+splitgbk.sh mitochondrion.1.genomic.gbff
+pushd mitochondrion
+rm $(grep -H "^CONTIG" * | awk -F ":" '{print $1}')
+popd
+buildRRNAModels_mito.sh $(pwd)/mitochondrion/*.gbk
\ No newline at end of file
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/.DS_Store b/data/rrna/RRNA_16S/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/data/rrna/RRNA_16S/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_001865_139.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_001865_139.align.fasta
deleted file mode 100644
index 70caecb..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_001865_139.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_001865_139 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_001865_139; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-TCACTACCTTGTATTCTTGCTTGCATGGAACCACCTTATCCATCTCGAACTAAGAAGTGA
-AACGTGTAAGGGGCGACAATACTTGAGGGGAGGCCCTCTGGAAAGATAGCCTAATGCA
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_001865_139.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_001865_139.fasta
deleted file mode 100644
index e6dce88..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_001865_139.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_001865_139 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_001865_139; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-tcactaccttgtattcttgcttgcatggaaccaccttatccatctcgaactaagaagtgaaacgtgtaaggggcgacaatacttgaggggaggccctctggaaagatagcctaatgca
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_002186_383.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_002186_383.align.fasta
deleted file mode 100644
index 95cf998..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_002186_383.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_002186_383 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_002186_383; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-ATCCTGGCATCGAGCTATTTTTCCATAGAGCTACCTCTAAAGTATTTTTGCCGCTGCAAT
-GTTTCACAACCAAGTTCGGGATGGATTGGTGTGGTTCCACTGCGCTAAAGACACCAGGAT
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_002186_383.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_002186_383.fasta
deleted file mode 100644
index 3b03c7c..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_002186_383.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_002186_383 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_002186_383; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-atcctggcatcgagctatttttccatagagctacctctaaagtatttttgccgctgcaatgtttcacaaccaagttcgggatggattggtgtggttccactgcgctaaagacaccaggat
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004115_102.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004115_102.align.fasta
deleted file mode 100644
index dcb8dfb..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004115_102.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_004115_102 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_004115_102; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-GATTCTGGCATCGAGCTATCTTTCCACAGAGCTGCCCCTGAAGTATTGTCACCGCAGTAG
-AGTTTCACCACCAAGTTCGGGATGGATTGGTGTGGGGCCTCTACGCCTAAGACACCAGAA
-TA
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004115_102.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004115_102.fasta
deleted file mode 100644
index f561292..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004115_102.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_004115_102 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_004115_102; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-gattctggcatcgagctatctttccacagagctgcccctgaagtattgtcaccgcagtagagtttcaccaccaagttcgggatggattggtgtggggcctctacgcctaagacaccagaata
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004677_107.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004677_107.align.fasta
deleted file mode 100644
index 5ea4394..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004677_107.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_004677_107 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_004677_107; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-GCTTTTCTCGCATTTATGCCCTTCCTCGTTCATGGTTTGAAATTCTGGTGTCCCAGGCAT
-AGAGGAACCACACCAACCCATCCCGAACTTGGTGGTTAAACTCTACTGCGGTGACGATAC
-TGTAGGGGGAGCCCTGCGGGAAAATAGCTCGGTGCCAGGAT
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004677_107.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004677_107.fasta
deleted file mode 100644
index 95c6f2d..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_004677_107.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_004677_107 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_004677_107; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-gcttttctcgcatttatgcccttcctcgttcatggtttgaaattctggtgtcccaggcatagaggaaccacaccaacccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtagggggagccctgcgggaaaatagctcggtgccaggat
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008097_328.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008097_328.align.fasta
deleted file mode 100644
index 65f5f7c..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008097_328.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,26 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008097_328 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008097_328; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-TGAGCTAATAGCCCATCATTTTGGAAGATTAGGCCCCTTACCTTATTTATTCGTTCTGAA
-TTATGATTTTGAGAATTGATTCTTAATTCTGAATTTCAGTAGGATATAAGGGCCTAAATC
-AGTTCTGTATGATCTAGAAAAAACTGCAAATTTGTAGCAGTAACTCATTCTCCCTTAAAA
-GGAGGTGATCCAGCCGCACCTTCCAGTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACTCCAGTCAC
-TAGCCCTGCCTTCGGCATCCCCCTCCTTAAATAATTTAAGGTTAGGGTAACGACTTCGGG
-CATGGTCAGCTCCCATAGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGGATTCACCG
-CCGTATGGCTGACCGGCGATTACTAGCGATTCCGCCTTGATGCAGGCGAGTTGCAGCCTG
-CAATCCGAACTGAGACCGGGTTTTTGAGGTTAGCTCGCCTTCGCAGGGTTGCAACTCTTT
-GTCCCGGCCATTGTAGCACGTGTGTCGCCCAGGATGTAAGGGGCATGCTGACTTGACGTC
-ATCCTCACCTTCCTCCGGATTATCACCGGCAGTCTCTCTAGAGTTCCATAATGGCAACTA
-GAAACGAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGA
-CAGCCATGCACCACCTGTATCCGTGTTCCCGAAGGCACTCCCTCTTTTCAGAGGGACTCA
-CAGTATGTCAAACCCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCATCGAATTAAACCACATGCTCCAC
-CGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCACTCTTGCGAGCGTACTCCCCAGG
-CGGGACACTTAACGCGTTAGCTCCAGCACTGAACGGATCAAATCGTCCAGCACTTAGTGT
-CCATCGTTTACAGCTAGGACTACTGGGGTATCTAATCCCATTCGCTCCCCTAGCTTTCGT
-CTCTCAGTGTCAGTATCGGCCCAGCAGAGTGCTTTCGCCTTGGGCGTTCTTTCCGATATC
-TACGCATTTCACCGCTCCACCGGAAATTCCCTCTGCCTCTACCGGACTCCAGCTTAGTAG
-TTTCTGCTGCCTGTCTAGGGTTAAGCCCTAGTTTTTAACAGCAGACTGAAAAAGCCACCT
-ACAGACGCTTTACGCCCAATCATTCCGGATAACGCTTGCATCCTCTGTCTTACCGCGGCT
-GCTGGCACAGAGTTAGCCGATGCTTATTCTTCAGATACCGTCATGATTTCGTCTCTGAAA
-AAAGGAGTTTACGACCCGTAGGCCTTCTACCTCCACGCGGCATTGCTCCGTCAGGCTTTC
-GCCCATTGCGGAAAATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTC
-CCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGATCAGCTACTGATCGTTGCCTTGGTAAGCGATTAC
-CTCACCAACTAGCTAATCAGACGCAAGTCTCTCCTAGGGCGGATTCCTCCTTTTACTCCT
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008097_328.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008097_328.fasta
deleted file mode 100644
index 3bc009f..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008097_328.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008097_328 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008097_328; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-tgagctaatagcccatcattttggaagattaggccccttaccttatttattcgttctgaattatgattttgagaattgattcttaattctgaatttcagtaggatataagggcctaaatcagttctgtatgatctagaaaaaactgcaaatttgtagcagtaactcattctcccttaaaaggaggtgatccagccgcaccttccagtacggctaccttgttacgacttcactccagtcactagccctgccttcggcatccccctccttaaataatttaaggttagggtaacgacttcgggcatggtcagctcccatagtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacggattcaccgccgtatggctgaccggcgattactagcgattccgccttgatgcaggcgagttgcagcctgcaatccgaactgagaccgggtttttgaggttagctcgccttcgcagggttgcaactctttgtcccggccattgtagcacgtgtgtcgcccaggatgtaaggggcatgctgacttgacgtcatcctcaccttcctccggattatcaccggcagtctctctagagttccataatggcaactagaaacgagggttgcgctcgttgcgggacttaacccaacatctcacgacacgagctgacgacagccatgcaccacctgtatccgtgttcccgaaggcactccctcttttcagagggactcacagtatgtcaaaccctggtaaggttcttcgcgttgcatcgaattaaaccacatgctccaccgcttgtgcgggcccccgtcaattcctttgagtttcactcttgcgagcgtactccccaggcgggacacttaacgcgttagctccagcactgaacggatcaaatcgtccagcacttagtgtccatcgtttacagctaggactactggggtatctaatcccattcgctcccctagctttcgtctctcagtgtcagtatcggcccagcagagtgctttcgccttgggcgttctttccgatatctacgcatttcaccgctccaccggaaattccctctgcctctaccggactccagcttagtagtttctgctgcctgtctagggttaagccctagtttttaacagcagactgaaaaagccacctacagacgctttacgcccaatcattccggataacgcttgcatcctctgtcttaccgcggctgctggcacagagttagccgatgcttattcttcagataccgtcatgatttcgtctctgaaaaaaggagtttacgacccgtaggccttctacctccacgcggcattgctccgtcaggctttcgcccattgcggaaaattccccactgctgcctcccgtaggagtctgggccgtgtctcagtcccagtgtggctgatcatcctctcagatcagctactgatcgttgccttggtaagcgattacctcaccaactagctaatcagacgcaagtctctcctagggcggattcctccttttactcct
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008099_358.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008099_358.align.fasta
deleted file mode 100644
index 08b4334..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008099_358.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,27 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008099_358 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008099_358; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-AAAGGAGGTATTCCAATCCACACCTTCCAGTACGGATACCTTGTTACGACTTCACCATAG
-TTACTAGTTACACCGTAGGCGCTTTCTTCCAAAAGGTTAGATCCACGACTTCGGGCGGAA
-CCAACTTCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCTCGGGAACGTATTCACCGCTGTA
-TTGCTGACCAGCGATTACTAGCAATTCCGGCTTCATACAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATC
-CGAACTAAGACTGGGTTTTTGAGGTTGGCTTCTTCTCGCGAAGTTGCATCCCATTGTCCC
-AGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAAGATGTAAGGGGCATGCTGATTTGACGTCATCCT
-CACCGTCCTCCGGCTTATCACCGGCAGTCTCGCTAGTTTCCCAAATGGCAACTAGTCGAT
-AAGGGTTGCGCTCGTTGCAGGACTTAACCTAACACCTCACGGCACGAGCTGACGACAACC
-ATGCACCACCTGTGTTCACGTTGCTTAATGCCGGACTCAGTCCAGCAGCAAAAGAGTCAC
-TTTCGCGACTCGGCGTGACATGTCAAACCTTGGTAAGGTTCTTCGCGTATCATCGAATTA
-AACCACATGCTCCACTGCTTGTGCGAGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCACCCTTGCG
-AGCATACTCCCCAGGCGGGATACTTAACGCGTTAGCTACAATACTGAATGTTTTGAATCA
-CCCAATACTTAGTATCCATCGTTTACAGCTAGAACTACTATGGTATCTAATCATATTCGC
-TACTCTAGCTTTCGTCTCTCAGCGTCAGTTTCGGCCCAGTAGAGTGCTTTCGCCGTTGGT
-GTTCCTCCCAATCTCTACACATTTCACCGTTACACTGGGAATTCCCTCTACCTCTACCGT
-ACTCAAGTTTTCTAGTTTCCGCTGCCGACCCAGGGTTAAGCCCTAGTCTTTGACACCAGA
-CTTGAAAAACCGCCTACAGACTCTTTACGCCCAATCATTCCGGATAACGCTTGCATCCCC
-CGTATTACCGCGACTGCTGGCACGGAGTTAGTCGATGCTTATTCCTCAAATAATGTCAGT
-ATTCATCCTTGAGAAAAGAAGTTTACAACCCACGGGCCGTCATCCTTCACGCGGTATTGC
-TCCGTCAGGCTTTCACCCATTGCGGAAAATTCCTCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGG
-GCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCTGATCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCT
-TGGTAAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATCAGCCGCAAGCCCGTCTTTAGGCCCCTGA
-AAGGGTTTCACTCCTCAGCATATGGAGTATTAGCAACCGTTTCCAGTTGTTATCCTCCTC
-CTAAAGGTAGGTTCTTACGTGTTACTCACCCGTCCGGCGCTGGCTAGACTGTACAAGTAC
-AGTTTCGCTCGCTTGCCTTGCATGTGTTAAGCATACCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGG
-ATCAAACTCTCCATGATAT
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008099_358.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008099_358.fasta
deleted file mode 100644
index 58e32a7..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008099_358.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008099_358 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008099_358; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-aaaggaggtattccaatccacaccttccagtacggataccttgttacgacttcaccatagttactagttacaccgtaggcgctttcttccaaaaggttagatccacgacttcgggcggaaccaacttccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggctcgggaacgtattcaccgctgtattgctgaccagcgattactagcaattccggcttcatacaggcgagttgcagcctgcaatccgaactaagactgggtttttgaggttggcttcttctcgcgaagttgcatcccattgtcccagccattgtagcacgtgtgtagcccaagatgtaaggggcatgctgatttgacgtcatcctcaccgtcctccggcttatcaccggcagtctcgctagtttcccaaatggcaactagtcgataagggttgcgctcgttgcaggacttaacctaacacctcacggcacgagctgacgacaaccatgcaccacctgtgttcacgttgcttaatgccggactcagtccagcagcaaaagagtcactttcgcgactcggcgtgacatgtcaaaccttggtaaggttcttcgcgtatcatcgaattaaaccacatgctccactgcttgtgcgagcccccgtcaattcctttgagtttcacccttgcgagcatactccccaggcgggatacttaacgcgttagctacaatactgaatgttttgaatcacccaatacttagtatccatcgtttacagctagaactactatggtatctaatcatattcgctactctagctttcgtctctcagcgtcagtttcggcccagtagagtgctttcgccgttggtgttcctcccaatctctacacatttcaccgttacactgggaattccctctacctctaccgtactcaagttttctagtttccgctgccgacccagggttaagccctagtctttgacaccagacttgaaaaaccgcctacagactctttacgcccaatcattccggataacgcttgcatcccccgtattaccgcgactgctggcacggagttagtcgatgcttattcctcaaataatgtcagtattcatccttgagaaaagaagtttacaacccacgggccgtcatccttcacgcggtattgctccgtcaggctttcacccattgcggaaaattcctcactgctgcctcccgtaggagtctgggccgtgtctcagtcccagtgtggctgatcgtcctctcagaccagctactgatcgtcgccttggtaagccattacctcaccaactagctaatcagccgcaagcccgtctttaggcccctgaaagggtttcactcctcagcatatggagtattagcaaccgtttccagttgttatcctcctcctaaaggtaggttcttacgtgttactcacccgtccggcgctggctagactgtacaagtacagtttcgctcgcttgccttgcatgtgttaagcataccgccagcgttcatcctgagccaggatcaaactctccatgatat
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008100_368.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008100_368.align.fasta
deleted file mode 100644
index 0998e8c..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008100_368.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008100_368 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008100_368; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-AATAAAATTAGTGTCTTAATAATATAGAAAGACCTTAAATCCATACCGAACTAAGAAGTG
-ATACTATATTAAAACAAAAATACTAAGTGGGCAGCTGCTTGGAAAGATAGTTAGATGCT
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008100_368.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008100_368.fasta
deleted file mode 100644
index f5d3074..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008100_368.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008100_368 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008100_368; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-aataaaattagtgtcttaataatatagaaagaccttaaatccataccgaactaagaagtgatactatattaaaacaaaaatactaagtgggcagctgcttggaaagatagttagatgct
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008101_97.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008101_97.align.fasta
deleted file mode 100644
index 34708d8..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008101_97.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008101_97 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008101_97; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-GATATGTTAAAACAAGAAGTTATTAAATATTTTGAAACAATGGATTTATTTAATCCAATT
-TATATGATGGCTTTTTCTGGAGCTCGAGGAAATATGTCCCAAGTACGTCAATTAGTTGG
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008101_97.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008101_97.fasta
deleted file mode 100644
index 3805d2b..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008101_97.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_008101_97 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_008101_97; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-gatatgttaaaacaagaagttattaaatattttgaaacaatggatttatttaatccaatttatatgatggctttttctggagctcgaggaaatatgtcccaagtacgtcaattagttgg
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008114_120.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008114_120.align.fasta
deleted file mode 100644
index 9339eed..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_008114_120.align.fasta
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@@ -1,27 +0,0 @@
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index 34662ea..0000000
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-TA
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index 4a5948a..0000000
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deleted file mode 100644
index da39269..0000000
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@@ -1,2 +0,0 @@
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-tggaaactaccaagctggagtacggtagggggaaag
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-TA
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-T
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index 5c2fb12..0000000
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@@ -1,2 +0,0 @@
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deleted file mode 100644
index eab820f..0000000
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index 67e5b16..0000000
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index a37066c..0000000
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-C
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-TATCCAGTTCTACTGCAACTGTTTTTTTTATTAACTTTAATAGTGTTCAGTATTCAATCA
-AAAAATTGTCACTGTTGTTTTTGTGAAATAAAAAGATAAGAAAAAGCAGACACTTCGTTA
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-TCCTTGCAAATTTAGATTTACAACTTTTAGATAGACAAATTAAAGTTGAATTATTTGAAC
-TAAACGAAGAAATTCACGCTTTTGAAAATATAGGGTTTCTTTTTTTTGATGAACGAAGAC
-TATTACAAAAACTACTCTATATTCGATCAAAAAAGTTACGTCGTTTAAAATTAGTA
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-TACCAGCCCTGCCTTAGGCGCTCTCGTCCCTTACGGGTTAGAGTTACGACTTTGGGCCAA
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-ATGGCTGACCAGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAAT
-CCGAACTGAGATTAGGTTTTTGAGGTTAGCTTGCTCTCGCGAGGTAGCATCTCATTGTCC
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-TCACCTTCCTCCGGCTTATCACCGGCAGTCTTTCTAGTTTCCTTGACATATCGTAGTCTT
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-CGCGTTAGCTACAGTACTGGACGTTTTGAGTCGCACAGCACTTAGTATCCATCGTTTACG
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-TCCGTTCGACTTGCATGTGTTAAGCATGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCAAAC
-TCTCCATGAAA
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-TTTTAAGAGAAATTTAGTATATTATAGTTATATATTTATAATAAAAAAATTAAATATTGC
-CAGGAACCAGACTTGAACTGGTGACACGAGGATTTTCAGTCCTCTGCTCTACCAACTGAG
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deleted file mode 100644
index c1bad9e..0000000
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diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_025541_336.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_025541_336.align.fasta
deleted file mode 100644
index 9922ccd..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_025541_336.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,1904 +0,0 @@
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deleted file mode 100644
index 14339b4..0000000
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diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_025542_370.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00001_RRNA16S_NC_025542_370.align.fasta
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index f7b2ed2..0000000
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->RRNA16S_NC_025542_370 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA16S_NC_025542_370; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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index dda0092..0000000
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-GTGACT
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-----GGTGGAAACGGACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT
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diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025537_340.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025537_340.align.fasta
deleted file mode 100644
index eb8820f..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025537_340.align.fasta
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@@ -1,54 +0,0 @@
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index 98c2288..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025537_340.fasta
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diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025744_155.align.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025744_155.align.fasta
deleted file mode 100644
index 9b6d7c5..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025744_155.align.fasta
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deleted file mode 100644
index 81791f0..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00002_RRNA16S_NC_025744_155.fasta
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index 3f29c4a..0000000
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-GGTAATGGCCTCCCAAGGCCACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTG
-GGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATTTTTCGCAATGGG
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--
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-------------GACATTATGT---TGGAACCCTAAACATACT-GCCGACGATGAGTCGG
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------------------------GAAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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-TGCTCG-AAGT-CG--TTAAC--TTAACC-----GCAA-GGAGGGGGTATGCCGAAGGCA
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-----------------------------------------------------TATCATTG
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---------AGAGTTACTACCTCATAGGGGTAGGCTGAGGAGCAAA----------AGGGA
-G------GAAT---CCGCCCAGGGCAGGGCTCACGTCTGATTA----GCTAGTTGGTGAG
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-GGGACTGCG-ACAAGGCCCAG-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-TGGGGAATTTTCCGCAA
-TGGGCGAAAGCCCGACGGAGCAATGCCGCGTGAAGG-ATATAAGGCCCACGGGTCGTAAA
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-GTGCCAGCAGCCGC--GGTAAGACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTA
-AAGTGTCTGTAGGTGGCTTTTCAAGTCCGTCGTCAAATCCCAGGGCTCA-ACCCTGGACA
-GGCGTT--GGAAACTACTAAGCTAGAGTATGGTAGGGGCAGAGGGA--ATTTCCGGTGGA
-GCGGTGAAA-TGCGCTGAGATCGGGAAG-AACAC---CAACAGGCGAAAGCACTCTGCTG
-GGCCGGTT-CTGACACTTAGAG-ACG--AAAGCTAGGGGAGCAA-ATGGGATTAGAGA-C
-CCCAGTAGTC-CTA-GCCGTAA-ACGATGGATACTAGGT-GCTGTGCG--T--ATCGACC
-C-GTATAGTGCTGCAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGTTCG-CAAGAA
-TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCC-CAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG
-ATGCAAAGCGAAGAACCTTACCAGGGAT-TGACATG-CCGCGAATCCTTTTGAAAGAG-A
-GGAGTGCCT----TC-G-GGAACGCGTGCACAG-GTGGTGCATGGCTGTCGTCAGTTCGT
-GCCGCAAGGTGTTGGGTTAAGTCCTGCAACGAGCGCAACCCTC-GTGT-TTAGTTGCC--
-------------ATAAT---ATT--TGGCACCCTGAACAGACT-ATCGGTGTTAAGCCGG
-AGGAAGGTGAGGATGATGTCAAGTCATCATGCCCCT--TA-CGCCCTGGGCGACAC-ACG
-TGCTACAATGGCCGGGACAAAGGGTCGCGCCCCCGCGAGGGCAAGCTAACCTC-AAAAAC
-CTGGCCTCAGTTCGGATT-GCAGGCTGCAACTCGTCTGCAT-------------------
------------------------GAAGTAGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
-GGCGGTGAATTTGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACTAGGGAAGTGAGCCA
-TGCTCG-AAGT-CA--TTACC--TTAACC-----GCAA-GGAGG-GGGGTGCCCAAGGCA
-CGGC-TAGTGACCGGAGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCTGTACTGGAAGGTGCGGCTGGAT
--TACCTCCTTT-
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-----------------------------------------------------TATCATTG
-AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCTTAACACATGCAAGTCAAAC
-GG-GAAG---------TGGTG--TTTCCAGTGGCGAACGGGTGAGTA-ATGCGTAAGAAC
-CTT-CCCTTGGGAGGGGAACAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCCCAT----------
---------AGAGTTACTACCTCATAGGGGTAGGCTGAGGAGCAAA----------AGGGA
-G------GAAT---CCGCCCAGGGCAGGGCTCACGTCTGATTA----GCTAGTTGGTGAG
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-GGGACTGCG-ACAAGGCCCAG-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-TGGGGAATTTTCCGCAA
-TGGGCGAAAGCCCGACGGAGCAATGCCGCGTGAAGG-ATATAAGGCCCACGGGTCGTAAA
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------------------------GAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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-C-GCGCAGTGCTGCAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGTTCG-CAAGAA
-TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA-CAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG
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-------------ATCACTGAGCT--TGGAACCCTAAACAGACT-GCCGGCGAAGAGCCGG
-AGGAGGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCT--CA-CGCCCTGGGCGACAC-ACG
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------------------------GAAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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--CACCTCCTTC-
->RRNA16S_NC_014874_148 count=1; cluster_weight=535; cluster=RRNA16S_NC_015831_1; cluster_score=0.924142; cluster_center=False; 
---------------------------------------------TCTAAGAATCTCATGG
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-------------------------------ATGCTGAGGAGCAAA----------A-GGA
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------------------------GAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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------------------------GAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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-------------------------------------------------------------
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------------------------GAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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--CACCTCCTTT-
->RRNA16S_NC_014062_397 count=1; cluster_weight=535; cluster=RRNA16S_NC_015831_1; cluster_score=0.987274; cluster_center=False; 
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------------------------GAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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-G------AAAT---CCGCCCAAGGAGGGGCTCGCGTCTGATTA----GCTAGTTGGTGAG
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-GGGACTGAG-ACACGGCCCAG-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-TGGGGAATTTTCCGCAA
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-------------ACTAACAAGTT--TGGAACCCTAAACAGACT-GCCGGTGATAAGCCGG
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------------------------GAAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCACAC
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->RRNA16S_NC_014675_99 count=1; cluster_weight=535; cluster=RRNA16S_NC_015831_1; cluster_score=0.928571; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
--------GATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCTTAACACATGCAAGTCGGAC
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-CTG-CCCTTGGGGGGGGGACAACGGCTGGAAACGGCTGCTAATACCCTAT----------
-------------------------------AGGCTGAGGAGCGAA----------A-GGA
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-CCCAGTAGTC-CTA-GCCGTAA-ACGATGGATACTAAGC-GCTGTGCG--T--ATCGACC
-C-GTGCAGTGCTGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGTTCG-CAAGAA
-TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA-CAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCG
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-------------ATTATTGAATT--TGGAACCCTAAACAGACT-GCCGGTGATAAGCCGG
-AGGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCT--TA-CGCCCTGGGCGACAC-ACG
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------------------------GAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
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-TGCCCG-AAGT-CG--TTACC--CTAACC-----GCAA-GGAGG-GGGATGCCGAAGGCA
-GGGC-TAGTGACTGGAGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACTGGAAGGTGCGGCTGGAT
--CACCTCCTTT-
->RRNA16S_NC_014699_320 count=1; cluster_weight=535; cluster=RRNA16S_NC_015831_1; cluster_score=0.941528; cluster_center=False; 
-----------------------------------------------------TCTCATGG
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-------------------------------AGGCTGGGGAGCAAA----------AGGGA
-G------GAAT--CCCGCCCAAGGAGGGGCTTGCGTCTGATTA----GCTAGTTGGTGGG
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-C-GTGCAGTGCTGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGTTCG-CAAGAA
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------------------------GAAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCCATAC
-GGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACTATGGGAGCTGGCCA
-TGCCCG-GAGT-CG--TTACC--TTAACC-----GCAG-GGAGG-GGGATGCCGAAGGCA
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--CACCTC-----
diff --git a/data/rrna/RRNA_16S/00535_RRNA16S_NC_015831_1.fasta b/data/rrna/RRNA_16S/00535_RRNA16S_NC_015831_1.fasta
deleted file mode 100644
index 1a9a62c..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_16S/00535_RRNA16S_NC_015831_1.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,606 +0,0 @@
->RRNA16S_NC_015831_1 count=24; cluster_weight=535; cluster=RRNA16S_NC_015831_1; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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index 5008ddf..0000000
Binary files a/data/rrna/RRNA_23S/.DS_Store and /dev/null differ
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deleted file mode 100644
index e825b68..0000000
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deleted file mode 100644
index 194c7ed..0000000
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deleted file mode 100644
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diff --git a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_005353_59.align.fasta b/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_005353_59.align.fasta
deleted file mode 100644
index 1f92d85..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_005353_59.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,26 +0,0 @@
->RRNA23S_NC_005353_59 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA23S_NC_005353_59; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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-TCTAAAGAGACTGCCAGTGTAAGCTGGAGGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCC
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@@ -1,26 +0,0 @@
->RRNA23S_NC_012097_69 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA23S_NC_012097_69; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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-TTATTGGTGGACATATTTGGATTGGTAGTATTGAAATTTTTGGTGGTATTTGGCACATTC
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-CATACAGTCTTGCAGCTGTTTCTTTAATGGCTTTAATTGCTGTACCTATGGTTTGGTTCA
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-GTTTTGATGGTCATGGAAACTATACCTTAGGTTTAAAAGAACAATTAATGTTCCCAGAAA
-TTGATTACGACAAAATCGAAAAATCTCGAGGGATGGATATTTCAATCGTTACTTCAGCCA
-AAAATGATCAAGATGCTTTTTTGCTCTTAAAAGCATTAGGAATGCCATTTAAAGCTGCTT
-AAAATTAACTTCTTTTATTTCTTTAAAATTAAAATTTCTTTTACTGTAATTACAAGTTGA
-AATATTAAATTTGTTCTTTTGCCGTTTTCGGAGGAAAGAAGTTCTCCCTTTTGCAACTCA
-TCGGCTTGAATGTTTTTGTAAAGAGAATAGAAATGAAGTTTACTTTGTTGCTCTTTCTAA
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-TTCCGTTGGAAATTTAGCAACTACCGGAAATAAAAACTCTACTTTAGATATTTATCTAAA
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-TATTAGTCGTCCAGGTGTTCGCATTTATGCAAATGCCAATAATATTCCCCAAGTTCTTGG
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-ACGCTGTGGAGTGAAAGAATTTCGCCGAGGGATGATCTTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGT
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-TCCCGCCTGGGGATTACGCTTGCAAAAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCAC
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-TCATTTCAAAACTCCTTGAAAGAGGAGCCTCCTTCGGGATGAAATGACAGGTGGTGCATG
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-GATGATGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACATCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGTAGG
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-TTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCTGGTCAGCTATA
-CAGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACTGCCCGTCACACCATGGAAGCCGACT
-CTTCCCTAAGTCGTTACTCGAACCCATTGGGACGAGGATGCCGAAGGCAGGGTTGGTGAC
-TGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACTGGAAGGTGTGGCTGGAATACCTCCTTTT
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-GTCAAAGGACACAAGGCGTAGGGTGGATACCTAGGCACCTAGAGACGAAGAAGGGCGTGG
-TACCGACGAAATGCTCCGGGGAGCTGGAAACAAGCGATAATCCGGAGATTCCCGAATAGG
-GCAACCTCTTGAACTACCTGCTGAATTCATAGGCAGGAAAGAGACAACCCAGTGAACTGA
-AACATCTTAGTAGCTGGAGGAGAAGAAAGCAAAAGCGATTCCCTGAGTAGCGGCGAGCGA
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-CGATTGAAACGAAGCAGCTGAATCCTGCACCAAAGATGGTGAAAGTCCAGTAGTTAAAAA
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-AAAAATGAAAAAAAATAAAGTATCGGTAGGGGAGCGTTCTGCTGTAGGGTGAAGCATTGA
-TGTAAGTTAATGTGGACGAAGCGGAAGTGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGG
-TGAGAATCCAATGCCCCGTAAACCTAAGGATTCCTCCACTAGGTTCGTCCATGGAGGGTG
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-ACGTTTCAAAAACTTTGTTTTTGAAATCTACTGGCTGTCATACTTCCAAGAAAAGCTCGC
-ACTACTCACAAGACAAAAAGTACCTGTACCGAAAACCGACACAGGTAGGTTGGTAGAGAA
-TACCAAGGGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCG
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-AAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTCGTAAGACAACATATGGGGGCTGACGCCTGCCCAGTG
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-CAATCCAAGAAGTTTTTCTAGGAACATAGGCGAGGTAATCCTGAAATGTTTGAATTCCAA
-AGAGACGCAAACAAGCATAGATCTTGGCAGCAATGCTTTTTATACCCACTCTTTTTTCAG
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-TCGGAAATTCGGATTTCCAATGAGTTTAGTTTTCTAACTGTAAAACGTTCGATTAATCGC
-ATACGTAAATTAAAAGATTCAATTTTTTTATTTGGGAATTTCCATCCAAATCAATGGATG
-GATCACAATAGGAATTCTTATTCCTTCTTGATATTAGAAGGCTTTACTGTAGTCTTGGAA
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-TCCATCCATGGTCTATTCCCTCTTATAGAAGATAAATTTCCACATTCAAATTATATATCA
-GATATACGACTACCTTACGCTATTCATCCAGAAATTTTGGTTCGAATCTTTCGTCGCTGG
-ATCCGAGACGCTCCTTGTTTGCATCTATTGCGATGCATTCTATATGAATGTCGAAATAGT
-TTGAGTTCCGAGAATTCGCAAAAAGCAATTTTTGTTAGCCTGAAAGAGAATAAAAAATTC
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-GATCGAAAAATCAAGCATATTCTCATATTTCGTTGTACAATTTCAACGAAAAGGATCTGG
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-TATTCCCATCTTTGGCCCCAACCATATAGGGTATGGATTTTCGAATTACCCAGGAATTGT
-TTTTCTTTTCTCGGGTTCTCTCTGAGTATAAAAATGAAATATCTCGCGGTTAGAACAAAA
-ATGCTAGATAATTCATTCATTACTGACCTCATTACCAATGAAATTCATCCAATAGCTCCA
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-ATTAGTAAATTTGCCTGGGCCAGTCTGACAGATGACGATATCCTCGATCGAT
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-GTTAAGGAGTAAAATCCGGAGCCCAAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCGTAAATGGTCA
-CTTCTTATGGACCCGAACCCGGGTGATCTATTCATGGCCAGGATGAAGCTTGGGTAACAC
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-GAAATTCCAATCGAACTCGGAGCTAGCTGGATCTCCCCGAAATGCGTTGAGGCGCAGCGG
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-AAGTCGTGGCAAACTCAGAATACAAGATATGTCTTCCGTAAACCAGTGAGACAGTGGGAG
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-ACTAAGTGGAAAAGGATGTGAGAATGCTGAAACAACCAGGAGGTTTGCTTAGAAGCAGCC
-ACCCTTCAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTAAAGCGTTCTTGCGCCGATAATGGCCGG
-GACTAAGTGACCTGCCGAAGCTGTGATATAATTTATTTAGGCAAAAAAATGGCCTTTAAA
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-ACGAAGCGGAAGTGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGAAAACATTGGTGAGAATCCAATGCC
-CCGAAAACCTAAGGGTTCCTCCACTAGGTTCGTCCATGGGGGGTTAGTCAGGTCCTAAGA
-CTAGGCCAAAAGGCGTCGTCGATGGAAAACAGGTTAATATTCCTGTACTAATTAAAGTAT
-GATCTGAGGGACGAAGGAGGCTAAACTAGAACTGTTTTTGGATTGCAGTGGAAGCGTTTA
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-CGCCGTCGAGTAGCTAGTGATGTCATACTTCCAAGAAAAGCTCATACATCTTTATACTTT
-AATTACCTGTACCTGAAACCGACACAGGTAGGTTGGTAGAGAATACCAAGGGGCGCGAGA
-GAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAACTGGCCCCGTAACTTCGGAAGAAGGGGCGCCCTC
-TTAAAAGGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCAGGCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCC
-GCAAAGTCGTAAGACAATATATGGGGGCTGACGCCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAGGAA
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-TATAACGATCCTAAGGTAGCGAAATTCATTGTCGAGTAAGTTTCGACCTGCACGAAAGGC
-GTAACGATCTGGGCGCTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACTTGTCCCGTGAAGA
-TGCGGACTACCTACACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTTGACTGTATCTTGGAATTG
-GGTTTGGGCTTTTCTTGCGCAGCCTAGGTGGGAGGCTATGAAGATTACCTTCCGGGGTAT
-TTGGAGCCGTCATTGAGAGACCACTCTGGAAGAGCTAGAATCCTAATGGGGATCCTTGAA
-TCAGGACCCTTGACAGTTTCAGGTGGGCAGTTTATTTGGGGCGAATGCCTCCTAAAAGGT
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-AAAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCTACAAGTCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGCCTTAGTGA
-TCCGACGGTGCCGTGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGATAAC
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-ATCACATCCTCGGTCTGTAGTAGGTCCGAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGTGGTA
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-GCATTGAGAGTAGCCTTTCATAGTACGAGAGGACCTGAAAGGACATGCCAATTGTGTACC
-AGTTCTCATTCCAATGGGAAACGCTGGGTAGCTACGCATGGATAGATAACTGCTGAAAGC
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-TTGATTTTGACCTT
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index a8f483e..0000000
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@@ -1,2 +0,0 @@
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-CGAAGATTCCCGAATAGGGCAACCTCATAGAACTACCTATATAATTCATAGTTAGGTACG
-AGGCAACCCAGTGAACTGAAACATCTAAGTAGCTGGAGGAAAAGAAAGCAAACGCGATTC
-CCGTAGTAGCGGCGAGCGAACTGGGAACAGCCTAAACCTACACCGCAAGGTGTAGGGGTT
-GTGGGAGGACAACGTCTACGCTTTTCCATTTTTATGTTTTTTAAAAAACATAAAAATTGA
-GAAGCTGTTGACTATTTATATATTATTTTTTAATACGAAGCAGCTGAATCCTGCACCATA
-GATGGTGAAAGTCCAGTAGTAAAAAGAAAATTCTATTTTTGTCTAATGTAGCTCAAAGTA
-GTAACGGCATTAGGTCGCTGAGTTACAATGTCTAATGGAGTCACGGCGCAGCCTAAACTC
-CATTGGATATCCCAAGTAGCATGGGGCACGTGAAATCCCGTGTGAATCCGCGAGGACCAC
-CTCGTAAGGCTAAATACTCCTGAGTGACCGATAGTGAAATAGTACCGTCAGGGAAAGGTG
-AAAAGAACCCCTGTTGGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCGTATGCTGACAAGCAGTGGG
-AGCAAGTAGGCTTGTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGAAGTG
-GCTGGGTTAAGGAGTAAAATCCGGAGCCCAAGCGAAAGCGAGTCTGAATAGGGCATTGTG
-TGGTCACTTCTTATGGACCCGAACCCGGGTGATCTATTCATGACCAGGATGAAGCTTGGG
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-CAGCGGTAACGATGAACTATCTTGGGGTAAAGCTACTGTTTCGATGCGGGCTGCGAAAGT
-GGTACCAAGTCGTGGCAAACTCAGAATACAAGATATGTCTTCCGTGAACCAGTGAGACAG
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-GCAGCCACCCTTCAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTAAAGCGTTCTTGCGCCGATAAT
-GGCCGGGACTAAGTGACCTGCCGAAGCTGTGGTATAATTTATTTAGAGTAAATTATAGGT
-AGGGGAGCGTTCCGCTCTCGGGTGAAGTTTTCACGTAAGTGGGGATGGACGAAGCGGAAG
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-GGGTTCCTCCACTAGGTTCGTCCATGGGGGGTTAGTCAGGGCCTAAGACCAGGCCAAAAG
-GCGTCGTCGATGGAAAACAGGTTAATATTCCTGTACGAATTCAATTATGATCTGAGGGAC
-GAAGGAGGCTAAACTAGAACTGTTTTTGGATTGCAGTGGAAGCGTTTAGACGTTGAGAGA
-TAGCATAAAAGCTATCTTGAGTGGAGACGTGATCCCTATATGGTGGTTCGCTATCGTGTA
-GCTAGTGATGTCATACTTCCAAGAAAAGCTCATACATCTTTATAATTAAATTCCCTGTAC
-CTGAAACCGACACAGGTAGGTTGGTAGAGAATACCAAGGGGCGCGAGAGAACTCTCTCTA
-AGGAACTCGGCAAACTGGCCCCGTAACTTCGGAAGAAGGGGCGCCCAAAATTTATTTTTT
-GGGTCGCAGTGACCCGGCTCAGGCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTCG
-TAAGACAATATATGGGGGCTGACGCCTGCCCAGTGCCGGAAGGTTAAGGAAGTTGGTTAT
-TTCGTAAGAAAAAAGCTGACGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGTCGTAACTATAACGAT
-CCTAAGGTAGCGAAATTCATTGTCGAGTAAGTTTCGACCTGCACGAAAGGCGTAACGATC
-TGAGCGCTGTCTCAGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACTTGTCCCGTGAAGATGCGGACTA
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-TTTTCTTGCGCAGCCTAGGTGGGAGGCTATGAAGATTACCTTCCGGGGTAATTAGAGCCG
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-ACCTT
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index 27123c4..0000000
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deleted file mode 100644
index 6f96c46..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_021441_194.align.fasta
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-TATCTTGTTTACTTGTTAGCTTTACTGGTTATGCCCTATACACCGCCTTTGGGCAACCTT
-C
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deleted file mode 100644
index 8f58bcf..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_021441_194.fasta
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deleted file mode 100644
index f1963ad..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_022668_490.align.fasta
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-TAAGCATGCCGCCAGCGTTCATCCTGAGCCAGGATCGAACTCTCCATGAGA
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index d925d4c..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_022668_490.fasta
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deleted file mode 100644
index cd07409..0000000
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deleted file mode 100644
index 1a38b39..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_023356_187.fasta
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diff --git a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_023465_72.align.fasta b/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_023465_72.align.fasta
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index 3833ba9..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_023465_72.align.fasta
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index 8e53f2c..0000000
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index c106102..0000000
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deleted file mode 100644
index af30a6e..0000000
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index 57380e5..0000000
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-CCGTGAGAGACCACCCTGGAAGGGCTAAGATCCTAAACCGATGCCCTATGATAGGCGTTG
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-TGAA
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diff --git a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_024169_68.align.fasta b/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_024169_68.align.fasta
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-T
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index bf9deeb..0000000
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deleted file mode 100644
index 9fb8853..0000000
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diff --git a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_025541_463.align.fasta b/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_025541_463.align.fasta
deleted file mode 100644
index 0fff667..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_025541_463.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,1904 +0,0 @@
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index ca7299a..0000000
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@@ -1,2 +0,0 @@
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diff --git a/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_025542_507.align.fasta b/data/rrna/RRNA_23S/00001_RRNA23S_NC_025542_507.align.fasta
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index 3417017..0000000
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index f4c6c93..0000000
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index 65ea28c..0000000
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deleted file mode 100644
index a25e430..0000000
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deleted file mode 100644
index 9988091..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00002_RRNA23S_NC_025537_465.fasta
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@@ -1,4 +0,0 @@
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deleted file mode 100644
index d5786bc..0000000
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deleted file mode 100644
index 821a051..0000000
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deleted file mode 100644
index 45ffaba..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00003_RRNA23S_NC_014575_62.align.fasta
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deleted file mode 100644
index 54e5a50..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00003_RRNA23S_NC_014575_62.fasta
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deleted file mode 100644
index 6c04a40..0000000
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index 28dac41..0000000
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deleted file mode 100644
index ad34799..0000000
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@@ -1,675 +0,0 @@
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deleted file mode 100644
index 5c18d84..0000000
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deleted file mode 100644
index 6baf503..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00533_RRNA23S_NC_022402_1.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,25740 +0,0 @@
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----------AACT---GTCGCTGCTTATGGACCCGAACCCGGGTGATCTATCCATGACCA
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------GAGT-----AA-----C----A
------------------------CGGGGGCTGAGGGTCAGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCGCCTCGGAAGGAGGAAGCA-CCAGCG-CGAGC
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGATAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGCGAATATTCCTGTA
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGGCG-CAAAGT-----G--------AGTG---A
-ACC----TTT------------------CGGG-----------G-----CGATGATAAGG
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---------------------------------------------------G----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCCCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-G
-----AGT---GGGTACCTGTACCTGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGCAACTTCGGGAGAAG
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--TC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGGAGAGCC-AAAATTCT
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATCAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCCGGTGTACCAGTTATCGTGCCCGCGGTACACGCTGGGTAGC
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-------------------------------------------------------------
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGGGAAGTG-TCTGCG-CGAGC
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-------------------------------------------------------------
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCCC------ATAGGGAAGCA-TCTGCG-AGAGC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
----------------CG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------T-----
-TACGTCACTGAACCTGTTTCAGGACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTT-----AA------GT-AC---------CC
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--CA-GGGGGGGCCTG----AGCTATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----CTAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--GGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
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-T-----T-----------------------------------------------------
---------------------------------------AAAT-----AA-----A----A
--------------------------GGGAT-AAGGGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGGGAAGCA-TCTGCG-CGAGC
-AG--ATGTGGACGAAGC--GGAAGTGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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--------TTT------------------TGGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
----------------CG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------T-----
-TACGTCATTGAGCCTGTTTCAGGACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGTCATACTTCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CG----T---------ATAA------C-A
-----AAC---GGGTACCTGTACCTGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCTCTGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTACCTCC----TT-GCGAC-----------AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTT-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGAC
-TTTGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCC-AGAATTCT
-AACCTTGCGTCAGAACCTAC-TGTCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAGACGCTGGGTAGC
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----------------------
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----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAAGAAG-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAAGAAG-GGCGTGA
-TC--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGTGATT--AGCATAGATCCGGAGATCCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGTAAGG
-GGTAACCTGGTGAACTGAAACATCTTAGTAACCAGAGGAAGAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGTCTAAACCGTTCGTTTCTTCGACGACGA
-AGAGAATCGTGGAAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ATAAGCGGC-GT-----GCCGCTAGGCGAAGCAG------
-TT----GAGTTCTGCACCCGAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCGTC-----ATTA
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-TTCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-GGAATCTCTGACCGCGTGCCTTTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACCGGATCGTC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTAT
-AGGCCGCGTAAGCGGTACGACATCGAGGCAAACTATGAATACTAG-ATAGGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A---------------AA-----C----A
--------------------------GGGGT-AAGAGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTTACT-GATCGAGCGCTCTTGCACCGAAGATGA
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGGGAAGCA-CCGGCA-CGAGC
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---C--CTTTT-------TT---------CAGG-------TAGGG-----TC--CG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAAGC-GCC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CAAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-C----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGAATCTCTGACCGCGTGCCTTTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----CA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAGAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------T-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
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---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AGTAAGG
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---------------------------------------------------C----TTAA-
-------------------------------------------------------------
---------------GTA-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
------------------------ATTGCT-------------------------------
----CCCAGGAAAAGTAATTGATGCCATACTCCCAGGAAAAGTAAGTAAT---------TG
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-----AGA---GGGTACCTGTACCGGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAA------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----G----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------CTGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TG
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--GC-GGGGAGGTCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC---------------------------------------T
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------GC-----
-C----------------------CCTGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAACAGTAAC---------CG
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-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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----------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
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-C-----C-----------------------------------------------------
------------------------------------------------AA----------A
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--------TCA------------------GAGG-----------G-----TA--AATAAGG
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--------------------------------------------------------CGAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------GC-----
-C----------------------CCTGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAACAGTAAC---------TG
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----------------------
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----------------------------------------------------------TTC
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-ATGGGGTAACCTTTCACACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGAAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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--GCTTGCG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGTAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGCGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTTGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGTGCCTCC----TC--------------------GGGGGTCGCAGTGATCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATATAT--GGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGA-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTACGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGTGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGGAGAAGG---------------
--CT-AGTGTG--CCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-ATAATTCT
-AACCTTGTGTTAGGACCAACGGG--CGCGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGG-CTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGGCGGG
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACTCACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-TGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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------------------------------CTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
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-ATAGGTCAACCTTTTAAACTGCCTG-CTGAATCCATGA----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTGCCGCACCCTAGATGGCTAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCGGT-GGGTAGTGAAATAGAACGTGAAACCGTGCTGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGGGA--------------------------------------AA
-GTGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGGAACGGAA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
-----------ATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGCAGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGCGAGCGGTACCACATCGAGGCGAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCT-AGGCCCCAGTAGATGACC
-GCTCAGTGAT--AAATGAGGTG-GGGGTGCAAAGACAGCGAGGAGGTTTGCGTAGAAGCA
-GCCACCCTTTATAGAGTGTGTCATAGTTCACT-GATCGAGCGCCGTTGCGTTGAAGATGA
-GCGGGGTTAAGCGATCTGCGGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
----CATTCGGTAGGGGACGCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-ACCGCGAAAAGC
-GG--GGGTCGACGAAGTCGGAAGGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGAAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGTTTCCTCCGGCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCGTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTCAATATTCCTGTA
-TC-TA-C--CCC--TTG-TTGGTAT-GGAGGGACGGAGGAGGTTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTT-TAGGTTTAAGTACACCAAGGT-----G----AC--CATG----
---C----TTT-------GT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAGATGCCTCGACGCCGAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----CAAG-
--------CGCTGCAGCGGTGAAGTATGAGCCCCATGGACTAGCGATTGCTTCTCCTCGAG
-GGTCATACCAG---GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------CA----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAT--GTAAC---------TG
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGG-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCCCC----TC----AC-----A-----AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGTCCCGG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCATACGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCGAAAAAGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-CGGATTCT
-AACCTTGTGTCA-GACCCGC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TT----GAGTGCCGTACCCAAGATGGCTAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GTGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGGAACGGAA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----CAAG-
--------------------------------------------GGCTGCAGCGCTCAGGC
-GCTACGGCGCTCAGGCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCGAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----CAAG-
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-GCTCATACTTCA--GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAT--GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCCCC----TC----GC-----A-----AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-AACCTTGTGTCA-GACCCGC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGTGAG----------------------------
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-C-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
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-CAGAGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-GTGCTCTCT------------
->RRNA23S_NC_023245_236 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.943735; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAAAGAGGAAA-GGCTTG-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
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-ATAGGTCAACCTTTTGAACTGCCTG-CTGAATCCATGA----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTCAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTAC-GGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TAGGTTTAAGGGCA-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CGGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCGAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----CAAG-
--------CGCTGCAGCGCTGAAGTATGAGCCTCGTGGACTAGCCATTGCTTCTCCACGAG
-GCTCATACCAG---GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAT--GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-C-----A-----------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-GTGCTCTCT------------
->RRNA23S_NC_025234_228 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.942029; cluster_center=False; 
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-ACCGCG-AAAGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-C-----A-----------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGGTGGTTCCAAGGGT
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCTACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCT------------
->RRNA23S_NC_023533_210 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.941684; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-------------------------------------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TT----GAGTGCCGCACCCTAGATGGCTAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-GG--GGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGAAAACATTGGTGA
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTAC-GGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TAGGTTTAAGGACA-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-C-----A-----------------------------------------------------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCGAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----CAAG-
--------CGCTGCAGCGCTGAAGTATGAGCCCCGTGGACTAGCCATTGCTTCTCCACGAG
-GCTCATACCAG---GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
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-AACCTTGTGTCA-GACCCGC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGGTGGTTCCAAGGGT
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->RRNA23S_NC_024608_239 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.942374; cluster_center=False; 
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-ATAGGTCAACCTTTTGAACTGCCTG-CTGAATCCATGA----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTGCCGCACCCTAGATGGCTAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-ACCGCG-AAAGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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--------CGCTGCAGCGCTGAAGTATGAGCCCCGTGGACTAGCGATTGCTTCTCCACGAG
-GCTCATACCAG---GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAT--GTAAC---------CG
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCTACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCT------------
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-------------------------------------------------------------
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-GCTCATACCAG---GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GCTCATACCAG---GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-CGGATTCT
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-TTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-CGGATTCT
-AACCTTGTGTCA-GACCCGC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-CATTGGTCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACTCACCCGTCGAG
-CAGAGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTCCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGGTGGTTCCAAGGGT
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAT--GTAAC---------CC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-CGGATTCT
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-------------------------------------------------------------
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-------C-----------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-C----------------------ACCCCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC----AGAACCC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-GTTATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------GGCT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-------C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAC-----------------A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCG-CCCGCG-CAAGC
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---T----TCT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------CCAG-C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------CCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGAG-------------------------------
-----------------------------CGT-----AAAA----GTAAC---------CC
-ATGCCATGCTCCCGGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
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----------C---AAT----AAAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAACGAG------
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-T-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----T----A
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-AG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCAATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TCG-CTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCGAGAAAG
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAAGT-----G----CC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TAAGTT-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTT---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGCACCTGTACCTGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-----CAGTGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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--------------------------GGGGT-CAAGGTTGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGTGAAGTG-CCCGCG-CGAGC
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-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ACAGTG-------------------------------
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-GACTACCTGCACCTGGACAAAGAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCTTGGGATTGGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA---------------------------------------C
-GAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATG---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----TA-----C----A
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---------------------------------------------------C----C-CG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
------------------------ATAG-G-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAATAAGAAGTAACC
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-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGAC
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----------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-TCCATCC-----------------------------------------------------
---------------------------------------AAAT-----AA-----AGAACA
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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--------TAT------------------CGGG-----------G----GTA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------CTACACTAG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-----------------------------------------------GAAAAAATCAATAT
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-ATAAAAGAAGAGAGAAAAAGAGTGTAGCAGG-----AATTTGAAGTAAC----------C
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TAAA------C--
-----AAG---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-------------------------------------------------------------
-------AGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TC----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACGA
--GCCTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCCG-CAAG
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-GAAGGGTGAAAAGGA-CCCCCAGC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGT-------------------TC-------------------
--TGAGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATG---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-TCCATCC-----------------------------------------------------
---------------------------------------AAATAAAG-AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTCCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTG-GGAGTGCCGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCTACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATTGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGAGAAGTG-CCCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGCGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTCAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTACGTTAGCCG-AACG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTCCAAGGGCG-CAAGGT-----G----CC--CCAT----
---A--------------TC---------GGGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGCAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TTC---G----CTTTGAAT-----AGACCACT
-ACACTTCAACCCAGAATCCAGAGAGCAGCCAAAAAAAATACACTATGTATA----CGAG-
-------------------------------------------------------------
---------------TCA-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-A----------------------AGGGTGGATCCATTAAAAAAGAAAATCAAAAAGAAAA
-GAAGAGAGAAAAAGAGTGTAGCAGGAATTTG-----AA------GTAAC----------C
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TAAA------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----T------------------AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCAAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTGGGACGGA
-GATTGGCCCGCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGGATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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----------------------------------------------------------TTC
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-CAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTA-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCA-C-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTTC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT-G-----------------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-T-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-GATGAGTTTTGGTTAGGGGTGAAATGCTACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGGC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGTGGTACCAAATTGAGACAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A---------------AA-----C----A
--------------------------GGGGT-AAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-GCTATCCTTTAAAGAGTGCGTAATAGCTTACTGGATCGAGCGCCCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGTCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGAAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATACCTCGA-GCTAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----C---------TCAACAAGAAC-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCTCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCTC----TC----AA-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-ACGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAC-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCCGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACTTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCTTGGGATTGAC
-TTTGGGCTTTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCACG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGGATTCT
-AACCTTGTGTCAGAACCTAC-GGGACAAGGGA-AAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGTCTTCGAGTGCAAAGGCA-TAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGACCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGGATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGAGCGTTAGAGCATTGAGAGGACTCTTCTC-TAGTACGAGAGG
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAA----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA---------------------------------------C
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-GGGCCGCGAAAGCGGTACCAAATCGATGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C---------------AA----------A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTCCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-GCCACCCTTCAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATTGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGTGAAGTG-CCCGCG-CGAGC
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---T-------------------------CGGG-----------G--GGGTA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----CCAG-
-------------------------------------------------------------
-----------GGCAGCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------T-----
-C----------------------ACTACGCA-----------------------------
-----------------------------CTGCCCAGAA------GTAATAAGAAGTAACC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC-----------------------TAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCAAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CT-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGAAC-----GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGTCCGGACGGA
-GATTGGCCCGCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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----------------------
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-ATAGGGCAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAA----------------------------
----------C---AAT----TCAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCTAGC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA---------------------------------------C
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AG-A-CCACCGGAGCCATAGCGAAAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACCGGAT-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAAAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A---------------AA----------A
--------------------------GGGAT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTCCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTG-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCTACCCTTAAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATTGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGTG-CCCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCACGCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTTAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT----------GC--CCCG----
---------TC-------GG---------CGGG-----------------TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAAGG-TCC---G----CTTCAAAT-----A-------
---------------------------------------------------C----CCAG-
-------------------------------------------------------------
-------CGCAGCGTGCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
------------------------GCTGCC-------------------------------
-----------------------------CGG-----AA------GTAATAAGAAGTAACT
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC-----------------------TAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCAAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGACCCGCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGGATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGCGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGCAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGTGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ATAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-CT----GAATCCTGCACCCTAGATGGTGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTCACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCTAGC-GAGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGT----------------------------------------
-AGAAACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATTGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACA------
-------------------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAAACAATAAAAAACTAAGAG
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGCT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGC
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AG--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGTGGGAAGCC-TACGCG-CGAGC
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-A----TGG-----TTT-TTGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC----------
---C----TTT------------------CAGG-----------G-----TA--AA-ACGA
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CGAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------GC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----G---------TAAA------C-A
-----AAA---GTGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGAAAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----AAAGAGAA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACGATGTAT-GGAGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCT-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCAGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTTTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCGAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGGCGGTTCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTAGGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-TAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCC-----------
->RRNA23S_NC_009765_284 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.961985; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAAGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGGAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGTGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ATAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-CCT---GAATCCTGCACCCTAGATGGTGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTCACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCTAGC-GAGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGT-------------------A--------------------
--TAAACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATTGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACA------
-------------------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAAACAATAAAAAACT----A
----------------------AGAGGGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCTCAGTGCT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGC
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AG--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGTGGGAAGCC-TACGCG-CGAGC
-GA--GGATGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCGAGGTTCGTCCACGGAGGGTAAG
-TCAGGACCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-CTATA-CTTTACTTTTG-TTGGTTC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTT-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC--C-------
--------TCT------------------CAGG-----------G-----TA--AA-ACGA
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-----AAA---GTGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGAAAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----AAAGAGAA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACGATGTAT-GGAGGC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCAGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGACGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTTTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCGAGACCTACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTAGGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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----AA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAACAAAGTC-ATTGCG-TGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----TC--CCTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-CCAGACCCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTGTT------AGGGAGAAACG-CGTGCG-TGAGC
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
--------TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CG
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-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGAAGTGACCAGGCCCGG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTACTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AAAAACAA--A
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
--------TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGAAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGAGAGCCGACGACCGAAGCCCCGGTTAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-GACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCGTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-CGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGAGCCAGACGG-
--ATTGGTCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCAGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGGCGGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCT-TAGTACGAGAGG
-ACCGGTAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCTA----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAACAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
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--------TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGAAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-GACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTAGGTTCCAAGGGT
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAGCTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCT----------------
->RRNA23S_NC_016729_422 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.979787; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAAGAAG-GGCGTAT
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTACTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAACAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCT-------AGAGGGAAGTA-CCGGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT-----G----AC--CCCG----
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-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGAAGTGACCAGGCCCGG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGAGCCGGACGGA
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GTGCTCTCCTA----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGCCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCC-TCTGCG-CGAGC
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--------TTT-------TT---------CAGGATAATGTAATTG-----TA--AT-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC-----------A-----AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024845_498 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.976233; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GC--------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024292_396 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.986510; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---AGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-GTGCTCTCC------------
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AAT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CG----T---------TAAG------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCTAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCC-TCCGCG-CGAGC
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTAGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCT----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-CT----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------------
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AAT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCT----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_026694_165 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.986155; cluster_center=False; 
-----------------------------------------------------------TC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-CT----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------------
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCTAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCC-TCCGCG-CGAGC
-GG--TGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AAT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CT----T---------TGAG------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCT----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-CT----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------------
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCTAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCC-TCCGCG-CGAGC
-GG--TGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG----
---C-CTTTTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CT----T---------TGAG------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-CT----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------------
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCC-TCCGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----TC--CCTG---C
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA--C----T---------TTGA---G--C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCAAACTGAAACATCTTAGTAGCAAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGT----------------------------------------
-TAAGTCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGATC
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGTT-CCCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AA-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA-----AC-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTCGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--GACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC--GGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_021449_280 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.983671; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCAAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-GT----GAATGCTGCACCCTAGATGGTGAAAGTCCAGTAGCCGGAAGCATC-----ACTA
--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAACCCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGT----------------------------------------
-TAAGTCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAGGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGATC
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
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-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC--CCTG---C
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA---A--C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTCGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--GACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAGGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACACGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_025653_281 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.983665; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGAGACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCAAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-GT----GAATGCTGCACCGTAGATGGTGAAAGTCCAGTAGCCGGAAGCATC-----ACTA
--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGT----------------------------------------
-TAAGTCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGATC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCT-CCCGCG-TGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC--CCTG---T
--------TTT-------TT---------CAGG-----------G-----T------AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA--C----C---------TTTA---A-AC-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTCGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAGGG------CCCCCTT--
--CC--GGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACACGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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----------------------------------------------------------TTC
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-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
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-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCCTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAATG-TAAGGT-----G----CC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCGATG-TTC---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA-----AC-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--GACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCA----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTGCCTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGTCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGGGA----------------------------------------
-TAGGGCCCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTGCCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--GACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCAAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-TT----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGACA----------------------------------------
-CAATTCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------AAAATACAAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGATC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCC-CCCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------GT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA-----AC-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--GACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC--GGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_016468_485 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.984386; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
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-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GT--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-CC----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------------
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----TA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGATC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCC-TCCGCG-CGAGC
-AG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-G----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAGGGT-----G----CC--CCTG---C
--------TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA---A--C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTTCTCACTGTTCCCTGGGATTGGG
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCCGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_016433_399 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.986856; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG-----C
-TT----GAAAGTTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGCAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCAGC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGGCCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AG--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGTGAGAAGCC-TCCGCG-CGAGC
-AG--GGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTTGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTTTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-ATAGGGCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-CTGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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--------TTT------------------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GTGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----AAAGGGAA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGTACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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--CC-GGGGGGGCCCT----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGGGCT-AGAATTCT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_022927_510 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.966006; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
---ACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TGGAATGAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-GTGATTTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGCAGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-C-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----G----A
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGCGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CGG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGTCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC-----------------------AA-GGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCAAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCTTGGGATTGAC
-TTTGGGCCCTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCC-ATAATTCT
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCCTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCAGC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA---------------------------------------C
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-GGGCCGCGTAAGCGGTACTAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AG-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCTACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGTG-CCCGCG-CGAGC
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCCTTTTG-CAGGCCCTCGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGG----------GC--CCCG----
---------------------------------------------------------AAGG
-GGCAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-CG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------CTGCAGCTACAGC-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AAGTAACAGTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGTACGG-CCGTTTT---------TAAAACTTAAATA
-----AAAGGGGGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--GC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATCTT-----CTCAGCG
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
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---------------------------------------------------C----A-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------CTACAG
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--AGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AC-C-CCACCGCAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCC-T------AGAGGGAAGCC-CCCGCG-CGAGC
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---C----TTT-------TT---------CAGGGTAAGG-----G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACAGA
-GATCGGTCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACTCACCCGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTAGGTTCCAAGGGT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCTATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC---------------------------------------T
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AC-C-CCACCGCAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGTTTGGATAAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-GGGCCGCGTGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCT-------AGAGGGAAGCC-CCCGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGGT----TTA-TAGGTTCAAGGACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CACG-----GTAAGGG-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CAAG-
-------GCGATAGGGCGCTGAACAAGGCCCTACGGGGCTGAAGTAGTACAAGGCCTCCCT
-ACGGGGCTGAAGTAGTA-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
---------------------CAAGGCCCTACGGGGCTGAAGTAGTACAAGGCCCC-----
-T----------------------ACGGGG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACAATCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGG-GCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGGAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTC-------------
->RRNA23S_NC_026203_386 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.928188; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAACT-AAGCAGAGATCCGGAGATTCCCGA-
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-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--ACGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCGATAGGGCGCTGAAGTAGTACAAGGCGCTACGGGGCTGAAGTAG
-TACAAGGCGCTACGGGGCTGAAGTAGTATAAGGCCCTCCGGGGCTGAAGGAGTACAAGGC
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCACAATCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------ACG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAGGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGCCGGA
-GATCGGTCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---TAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-TTAAGGG-----AA-A-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGACGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_021646_481 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.977644; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
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-GACAACCTGGTGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---TAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-CAGA--GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
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--GGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAAAG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGACGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAACTTA--------------T
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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--CT-GGGGGGGCCAG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-------------------------------------------------------------
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGG-------------------CT--------------C----
--GGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-A-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCACA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------AGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----AA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGGA-CCCGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCT--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTTCCTGGGATTGGC
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--CT-GGGGGGGCCAG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---TAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG----CA
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-AGCCCCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----TT--G
----AA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGGA-CCCGCG-CGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CATGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTTCCTGGGATTGGC
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--CT-GGGGGGGCCAG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCT--------------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCACGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGTGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---TAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG----CA
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-CGGTACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-C--TA-C--CCT--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CATGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTGCCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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----------------------
->RRNA23S_NC_013843_502 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.971358; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
----------AA-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGAT
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCACGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGTGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---TAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG----CA
-TA----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGG-------------------------CTATAAGGCTCAGTC
-CGGTACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------AGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAACCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
----AA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGGA-CCCGCG-CGAGC
-AG--TGCTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACGTTGGTGA
-GAATCCAATGCCTCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCT--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CATGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAAAG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GGGGAGCCGACGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTTCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCAAAGAAGG------CCTTCTT--
--CT-GGGGGGGCCAG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCGGGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCCAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATCGATCCGGAGATTCCCGA-
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAATGCTGCGCCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GTTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GGTT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A---------------AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAAGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCG-CCCGCG-CAAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------T-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT-CCACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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--GGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-C-----C-----------------------------------------------------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--TGATCTCTGACCGTGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----G
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-------------------------------------------------------------
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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->RRNA23S_NC_015894_67 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.982257; cluster_center=False; 
------------------------------------------------------------C
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-ATAGGTTAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCTCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-ATGATCTCTGACCGTGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-T-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C----CC-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----G
--------------------------GAGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGATC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGATAGAAGCA-CCCGTG-CAAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCT---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GGGGAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGTACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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------------------------------------------T-----AA-----C----G
--------------------------GAGGT-CAAGGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TAAA------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGGAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
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-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-C-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
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--TTATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCG-CTT------AGAGGAAAGCA-TCCGCG-CGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----C----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GTAAGGTA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGAATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------------------------------------------------------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-C-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TGCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------GT----------T--------
--TTATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCG-CTT------AGAGGAAAGCA-TCCGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----C----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GTAAGGTA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCCA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCACAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGAATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_009600_314 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.984763; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGGTAGAGT
-TA----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTG
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAATATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AA----------T--------
--GGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GGTCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
-AG--GGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CCGGGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_005086_315 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.983688; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATGGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTACTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAACCGAAAGCATC-----ACTG
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------T--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-AAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGTGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-G----TGGT----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
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-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGCACGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------T--------
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCATAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-CCAAAAC-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCATAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--GGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-C-----C-----------------------------------------------------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-C-----C-----------------------------------------------------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GCAGGGTA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------------------------------------------------------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TG----GAGTGATGCACCCTAGATGGCTAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-C-----C-----------------------------------------------------
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--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GCAGGGTA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TG----GAGTGATGCACCCTAGATGGCTAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACGTGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------A--------------------
----ATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGGC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAAGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCG-CTT------AGAGGGAAGCT-CCCGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GCAGGGTA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024545_406 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.985461; cluster_center=False; 
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-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TG----GAGTGATGCACCCTAGATGGCTAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------A--------------------
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAAGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GCAGGGTA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACG
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_020317_93 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.983333; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
-----GAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACGTGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------A--------------------
----ATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------GCAGGGTA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-C-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----CA-----C-----
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGATCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAATAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
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-----------------------------------------------------------TC
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTACCGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACGA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCCGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-A-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ATGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-------------------------------------------------------------
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACTGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-GTGCTCTC-------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
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--TGATTTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-C-----------A-----------------------------------------------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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-ACTGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTC-------------
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-------------------------------------------------------------
--------------GCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGCC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TA----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCTAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-TAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGAACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTT----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTAGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
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--------------------------------A------AAAT-----TA-----C----A
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATTAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-TAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-C-----C-----------------------------------------------------
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCATC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTGGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCG-CCTGCG-CAAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-C-----C-----------------------------------------------------
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-CCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATAA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_020364_155 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.987575; cluster_center=False; 
-----------------------------------------------------------TC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGTGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-CCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-----------------------------------------------------------TC
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAATATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTAAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-CCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-GTGCTCCCCT-----------
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-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGC-----------------
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-CCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCCCCT-----------
->RRNA23S_NC_022417_297 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.986155; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT----------G--------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-CCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGTCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGC-----------------
->RRNA23S_NC_024170_288 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.985800; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CCGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAACAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT-G-----------------
--TCATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------------A------GAAT-----AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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---C----TTT-------TTCAGGGTAAGCAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGTGCCTCC----TC----AA-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCTACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_025664_310 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.981534; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCGGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-------------------AT-G-----------------
--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-T-CCACCGTAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------------A---------------AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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---------------------------------------------------C----C-AG-
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-AACCTTGTGTCAGAACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_026776_412 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.985795; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A---------------AA-----C----A
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-AT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTT-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AA-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--GC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGAACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGCGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAGGGCA-TAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCTACGGTAAACGCTGGGTAGC
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----------------------------------------------------------TTC
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGCGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
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--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGGAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAATGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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--GGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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--TGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------GATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CAAGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGTGAAGCGG------
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-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCTATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC---------------------------------------C
-CAGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGATGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----ATGCG
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-------------
---------------------------------------------------C------AG-
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------CC-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGTCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AGA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CATTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTATTAGGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC-----------------------------ACAT-------
--AGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----G
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-ACGGCG-CGAGC
-CG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGAAAACATTGGTGA
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGATG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCGATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAG---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGAAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTCGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCCTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCGTCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCCAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGCGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGATCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGAGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCTA----------
->RRNA23S_NC_016708_435 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.979100; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAGG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGGGATTCCCGAT
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCACGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---TAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGTTAGGCGAAGCAG------
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--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC-----------------------------CCAGCCTAGCT
-GGGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAG-----AA-----C----A
--------------------------AAGGT-CAAGGTCAGCTAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---A---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GTG-------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCA-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------CC
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--CC-GGGGGGGCCAG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAGGAGCT-AGAATTCT
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_023544_464 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.952464; cluster_center=False; 
------------TTTAGCAGCACCTTAGGATGGCATAGCCTTAAAGTTAAGGGCGAGGTTC
-AAACGAAGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGCAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGGTGTGGGAGAG----------------------------
----------CA--AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TG----GAGTGTTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CCCTGACCCGAGTAGCATGGGGCCCGTGGAATCCCGTGTGAATCAGCCAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TTCCAAGCAGTGGGAGGAGA----------------------------------CG----
--AGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCTGCG-CGAGC
-AG--TTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------TAGG-----------G-----TA--AG-AAGA
-GGTAGAGAAAATACCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CG-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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----------------------
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----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGCAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------CA--AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TG----GAGTGTTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACGCCCCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAGCCAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TTCCAAGCAGTGGGAGGAGA----------------------------------CG----
--AGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCTGCG-CGAGC
-AG--TTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------TAGG-----------G-----TA--AG-AAGA
-GGTAGAGAAAATACCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CG-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------------------------------------------------------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CCGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-C-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------------
---AATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAA-----AG-----------
--------------------------GGGGT-AAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGATGAAAGCA-CCCGCG-TGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CTTG----
---C----TTT-------TTAAGGG----CGGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTATGGGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--GCGGGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGATCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-----------------------------CTA--CT----
--AGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----T----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-AGAGC
-AG--GGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAAACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCAGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCGTCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_022413_359 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.999645; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TG----GAATGCTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCCATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-----------------------------CTA--CT----
--AGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCATAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----T----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-AGAGC
-AG--GGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAAACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_008115_358 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.999645; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TG-C--GAATGCTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCCATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-----------------------------CTA--CT----
--AGGACTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----T----A
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAAACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA-----------------------------CTA--CT----
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-GATAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAACCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TG----GAGTGCTGCACCATAGATGGCGATAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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---C-----TT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGA
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGTCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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---C-----TT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGA
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGCC-CCCGCG-CGAGC
-AG--GGGTGAACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CACGGT-----G----TC--CCTG----
---C-----TT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGA
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCTGTCGAG
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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->RRNA23S_NC_015308_346 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.988624; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGTGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CACGGT-----G----TC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATATAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024681_342 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.987913; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGAGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-T-----C-----------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_008235_343 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.988269; cluster_center=False; 
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AGAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCCGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----TC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--TGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----TC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_009272_380 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.987207; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCCGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--TGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCTATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGCA-ACCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----TC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--TGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCTATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCTATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_009274_381 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.987207; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCCGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTATG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--TGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCTATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGCA-ACCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----TC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-GTGCTCTCCT-----------
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----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCTATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----AAAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCGTC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--AGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CGAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGCA-CCCGCG-TGAGC
-GG--GAGTAGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCTATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCACGG----------GC--AGGCAAGA
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--GGGGCTCTAACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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----AA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGAAAGGA-CCCGCG-CGAGC
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-GAATCCAATGCCTCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACCGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----A----A
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---C----TTT-------TT---------CGGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TCATAAAC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTG------AGAGGGAAGCA-CTCGCG-CGAGC
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---C----TTT-------TG---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
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-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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->RRNA23S_NC_026103_305 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.988628; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GTGCTCTCC------------
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-----------------------------------------------------------TC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-T-----C-----------------------------------------------------
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--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCCTGCGCCGAAGATGA
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AACG-
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT-CTACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCGTCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CG
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAAC-------------TAGGTAGAGAATACCTAG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCGTCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_026577_361 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.989691; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGCC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CGGGGT-----G----CC--CCTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
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-C----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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--CG-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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----------------------------------------------------------TTC
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--GCTTGCG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--AGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCC-T------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CGGGGT-----G----CC--CCTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
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-C----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
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-------------------------------------------------------------
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-C----------------------ACGGCG-------------------------------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CGGGGT-----G----CC--CCTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-C----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAG-------------------------------------------------
----------------------
->RRNA23S_NC_014697_367 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.988628; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCGAACTG-CTG-CTTAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--TGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCC-T------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
-GG--CGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CGGGGT-----G----CC--CCTG----
---A----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-C----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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------------------------------------------------------------C
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGAAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGTCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAATG--GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCACGGGGCGCGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGACAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGGA-CCCGCG-CGAGC
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-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGTCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTTTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAGGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCTAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
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--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGGTGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAC-----AA-----C----A
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGGA-TCCGCG-CGAGC
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGGTGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGGA-CCCGCG-CGAGC
-AG--TGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-C--TA-C--CCT--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_026677_428 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.989691; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGGTGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAC-----AA-----C----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCCCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTGCCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGTAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_026678_429 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.990046; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGGTGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGAT--AAAGGAGGTA-GGGGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--G
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGGA-CCCGCG-CGAGC
-AG--TGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----CC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGCCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCAGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTGCCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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--------------------------------A------AAA-------------------
----------------------------GGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA----------------------------------CG----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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----------------------------GGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-GTGCTCTCCT-----------
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-----------------------------------------------------------TC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----------------A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGTGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGA
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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--CC-GGGGGGGTCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACGTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_010601_159 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.987211; cluster_center=False; 
-----------------------------------------------------------TC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TA----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-GG--TAGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAAGGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGG-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGCCTGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------------------------------------------------AGGTTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
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-ATAGGTTAACCTTTCAAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
-TA----GAATGCTGCACCCTAGATGGCGAAAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--AGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGTGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
-GG--TAGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
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-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
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-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGTCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACGTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CA
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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--CC-GGGGGGGTCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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---T----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CA
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-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GTGCTCTCCT-----------
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GTGCTCTCC------------
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----------------------------------------------------------TTC
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-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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----------------------------------------------------------TTC
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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->RRNA23S_NC_024543_330 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.988632; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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--------------------------------A------AAAT-----AAAATAAC----A
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_008325_326 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.988628; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_022810_324 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.989694; cluster_center=False; 
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----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAAGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGACAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGGCTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
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-GG--TGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------GT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAAGGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
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-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCC-T------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGACAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCC-T------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024659_335 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.989694; cluster_center=False; 
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-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAGGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
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----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
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---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_023084_7 count=6; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.990050; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTCAACCTTTCGAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGACAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ACAAGCGTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TG----GAGTGCTGCACCCTAGATGGCGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTTACG-CTCTGACCCGAGTAGCATGGGACACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGC----------------------------------CC----
--GGGGCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAGAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGAC-ATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-CAAGGTCGGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCGGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCC-T------AGAGGGAAGCA-CCCGCG-CGAGC
-GG--TGGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGAACG-TAAGGT-----G----AC--CCTG----
---C----TTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TTC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAA---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----A-----AA-GGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TCAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-GATTGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ATAGGTTAACCTTCCAAACTGCCTG-CTGAATTCAGAA----------GC--AGACAAGA
-GACAACCCGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCGGAGGAGGAAAAAGCAAAAGCGATTCC
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-------------AAGACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TT----GAGTGCTGCACCCCAGATGGTGATAGTCCAGTAGCCGGAAGTACA-----GCTA
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-GACCACCTTGTAAGGCTAAATATTCC--TGAGTGACCGATAGCGAAGCAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCGTC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---CGA-GC
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-GAGATCTCTAACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTGTAGGCGGTGGCCCGG
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----------AATT---GTCACCGCTTATAAACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATGTAACGTTCAAG
-T-----A-----------------------------------------------------
--------------------------------A------AAGG-----AA-----C----G
--------------------------AAGGAAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGAGGGAT
-AAGCTTCACCGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-GCGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AA--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCCC------AGATGGAAGCA-CCAGTG-CGAGC
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGTCCTAAGATCAGGCCGAGAGGCGTAGTTGATGGACAACGGGTTAATATTCCCGTA
-C--TG-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-G----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAAGC-----TAATAAA--CCTG----
----------------------------------------------------------AGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTGA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTTTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATGGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------ACGGGAGGTCGCAGCGACCAGGCCCAG
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-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCGCTGTCTCGGAGAAAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGCGATTGGA
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--CC-GGAGGGGCCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAACT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAAGAATTAC-GGACCAAGAGA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAGAGTAACGG---AGGCGCGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTTCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-------------AAGACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TT----GAGTGCTGCACCTCAGATGGTGATAGTCCAGTAGCCGGAAGTACA-----GCTA
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-TAGATCTCTAACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTGTAGGCGGTGGCCCGG
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----------AATT---GTCACCGCTTATAAACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-T-----T-----------------------------------------------------
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--------------------------GGGAA-AAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAAGC-----TAAGAAA--CCCA----
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--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CA
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTGA------C-A
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-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AGGGGAGGTCGCAGCGACCAGGCCCAG
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-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGCGATTGGC
-TTCGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAAAGAGGG------TTCCTTT--
--CC-GGAGGGTCCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGAATTAC-GGGCCAAGAGA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AATCAGCCTCCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCGAGACCTACCAGTCGAG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGT
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-------------AAAGCGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---ATT----GAGGGCTTT-GT-----TTTACTAGGCGAAGCAG------
-TT----GAGTGCTGCACCCCAGATGGTGATAGTCCAGTAGCCGGAAGTACA-----GCTA
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-TGAATCTCTAACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCGGTGGCCCGG
-TTAAGGGGAAG-AA---CCCCCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTGCTG-GGGC-
----------AATT---GTCACCGCTTATAAACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAGCTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATGTGACC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AAGG--------A
--------------------------GAGAAAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTTCC------AGGTAGAAGCA-CTAGTG-CGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTTAAGGACG-CAAAGC-----TAATGAA--CCCA----
------------------TT---------AAGG-----------T-----TA--AT-AAGC
-GGTAGAGAAAATACCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTTTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATGGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
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-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGGA-GTCGGTG--ACCTGATG----ACG
-GGTAAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAAAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGCGATTGGC
-TTCGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAAAGAGGG------TTCCTTT--
--CC-GGGGGGGCCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGAATTAC-GGGCCAAGAGA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTGTCGTGCCCACGGCAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTTAACCTTCTGAACTGCCTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGACAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TT----GAGTACTGCACCCCAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGGAAGTACG-----GCTG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCCGG
-TTAAGGG----GAGAC-CCCCCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTGCTG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGTTTATAAACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAGCTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAATGC---GG----------A
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---C-------------------------AAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
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--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CC
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--CC-GGGGGGGCCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAAGAATTAC-GGGCCAAGGAA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGGGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_022137_446 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.928546; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-ATAGGTTAACCTCCTGAACTGCCTG-CTGAATCCATAG----------GC--AGGCGAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---GAT----GAGAGCCTC-GT-----CTTACTAGGCGAAGCAG------
-CT----GAATACTGCACCCCAGATGGTGAAAGTCCAGTAGCCGGAAGTATG-----GCTG
--GCTTACG-CTCCAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGAAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGAGTGACCGATAGCGAAGCAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-TGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCCGG
-TTAAGGG---GGGA-C-CCCCCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTGCTG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATAAACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATGTCTCC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAC-----GAGG--------A
--------------------------GGGGAAAAGGGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGGCC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-AGAGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AG----AC--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTCCT------AGGTAGAAGCA-CCAGTG-CAAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACGGGTTAATATTCCTGTA
-C--TG-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AATG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTTAAGGACG-CAAGGTTAATGG----AC--CCAT----
---C-------------------------AAGG-----------G-----TA--AT-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGC-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CT----T---------TTAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTTTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATGGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGGA-GTCGGTG--ACCTGATG----ACG
-GGTAAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAAAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTCGAGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAGGGAGGG------TCCCTTT--
--CC-GGGGGGGCCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGGAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATAATTAC-GGGCCAAGGAA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCTAAAGGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCAGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTACCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCAACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCAGGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_022136_36 count=2; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.935915; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAATAAAGAAG-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTGG
-TA--AACGACGACATGCTTCGGGGAGTCGAAAAT-AGGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTATGAACTG-TTG-CTGAATCCATAG----------GC--AGACAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAGAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CATAGTAGCGGCGAGTGAAAC---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAGACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---GG-----GGAAATACCTTT-----GTGGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTACTGCACCCCAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGGAAGTACC-----ATTG
--GCTTACG-CTCCAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGAAATCCCTTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGAGTGACCGATAGCGAAGCAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TTCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CAGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTGCTA-GGGC-
----------AACT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTCCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACT------
-C-----CTCGA-------------------------------------------------
--------------------------------A------GGAT-----GA----------G
--------------------------GAGGT-AAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGATAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-AGAGTGCAGAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGAGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTTCC------AGGGGGAAGCA-CCAGCG-GGAGC
-AG--GTGTGGACGAAAC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTTAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACGGGTGAATATTCCCGTA
-C--TA-T--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCCAAGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTTAAGGACG-CAAGGT-----T----GA--CGTA----
--------TCC-------AT---------CAAG-----------G----ATAAGAATAAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGC-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CC
-ACGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CT----T---------TTGA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTTTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATGGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCCCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTCGGTG--ACCCGATA----ACG
-GGAGAGCCGGCAACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAAAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCCTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CTCCTTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCGTCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGA---TAC-GGGTCAAGGGA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAGGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTCCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCAGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-TAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCAGGATGA
-GTGCTCTCTT-----------
->RRNA23S_NC_020259_445 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.948428; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAA-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTAAACTG-CTG-CTGAATCCATAA----------GT--GAGCAAGA
-GACAACTTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAGAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAAAG----------------------------
----------C---AAT----ATAAGCGTT-GT-----GCTGCTAGGTGAAGCGG------
-TT----GAATCCTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTG
--GCTTACG-CTTCAACCCAAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAATCG---TAA-GC
-CTCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-TCACCGAAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTAGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGCCC------
-C---TCC-----------------------------------------------------
---------------------------------------TAAT-----GA-----CGGGAG
--------------------------GGGGT-TAGGGTCAGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGGCC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCCTGCGCCGAAGATGA
-ATGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCG-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGCA-CCAGCG-TGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA----TCC--TCAGTTGGTCC-CGAGGGACGGAGAAGGTTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTTAAGGACG-CAAGGT----TA----AC--CTTG---G
-TTC----TTC------------------CAAG-----------G-----TA--GG-AAAA
-GGTAGAGAAAATGCCTTGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTAA-
-------------------------------------------------------------
---------------GTG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA------C-A
-----AGT---GGATACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGAAGCTGACGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCCTTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCTCCTT--
--CT-GGGGGGGCTCG----AGCCGTCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAACACTTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCTAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACTTACTCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTTCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCAGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTTCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTAGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_014675_95 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.945210; cluster_center=False; 
-------------------------------------------------------------
-----GAGGGAG-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCAACCAGGGACGAGGAAG-GGCGTAA
-CA--AGCGAC--AATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCGAACTG-CCGCCTAGATTTATAG----------GC--AGGCGAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAACGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AGAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---GAT----ACAAG-GCT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTCCCGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAACATC-----ACTG
--ACTTACG-CTCCAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGTAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATGGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACCGGACCACC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-GTATGACC------
-CCCAATC-----------------------------------------------------
---------------------------------------AAAT------------------
--------------------------GGGGT-AAGGGTCAGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTCCATCGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGACCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTG-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCCTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GGTCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCG-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGGGAAGCA-CCAGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----T----TA--CCTC----
--------TTT-------TC---------GAGG-----------------TG--GG-AAGG
-GGTAGAAAAAATGCCCCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGTCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTACCTTC----TC----AC-----------AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATGACTGACA
-GGGAAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATCGGC
-TTCGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTGGAAGAGCT-AGGATTCT
-AACCTTGTGCCAAGAC-----GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCTAAAAGGTAACGG---AGGCGCGCAAAGGTTCCCTCGGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCGAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGATAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGATAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAGAGCAT-CTAAGCAGGAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_003386_268 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.937610; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAATAAA-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACTCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAC-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAGGAAAGCAAACGCGATTCC
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAGT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
-------CGATACAAAT----ACAAGCTTT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTCCCGCACCCTAGATGGCAAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GCTCACG-CTCTAACCCAAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGCAGTACCGTGAGG
-GAAGGGTGAAAAGAA-CCCCCATA-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-TGGATCTCTGACCGCATGCCTGTTGAGGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTCATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTAAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACCGGACTACC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAAAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-GTATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------GAAG-----AA-----C-----
--------------------------GGGGAAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATTGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACT
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTAAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTACGCCGAAAATGA
-ACGGGACTAAGTGGTCTGCCGAAGCTGTGAGAT-------GTCA-----AA----GG--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTATC------AGAAAGAAGCA-CTAGCG-TGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--TCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT----TAGTGAAC--CCTT----
---CCGGGTTT-------TC----------------------------------AT-AAGG
-GGTGGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGC-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ATGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGTCATACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AA--GGGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTCGGTT--ACTCGATG----ACG
-GGGAAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTCAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGAGATTGGC
-TTTGGGCTCCTCCTGCGCAGCT--TA-GGTGGGAGGCGAAGAAGG------CCCCTTT--
--CC-GGGGGGGTTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAGGGGCT-AGAATTCT
-AACCCTGCGTCAAGACTGAC-GGGCCAAGGGA-CAGTTTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAAGCTGGACGGA
-AATCAGCTTTTGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCAGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTCCACATTGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACTGGGAAGGACGCACCTCCGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCC-----------
->RRNA23S_NC_001319_246 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.943543; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAAAAAG-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AAGTATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTGAAACTG-CTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGACAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCT
-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAACAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGG-GTTGTGGGGGAG----------------------------
----------C---TAA----ATAAGTGTT-GT-----GTTGCTAGGCGAAGCAG------
-TT----GAGTCCTGCACCCTAGATGGTGAAAGTCCAGTAACCGAAAGCAGC-----ACTA
--GCTTAGG-CTCTAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGTAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-TGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AG-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCTTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-GTAGGACT------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------TATT-----AA-----T----A
-------------------------GGAAGT-AAGGGTCAGCCAGTGAGACAGTGGGGGAT
-AAGCTTCATTGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ATGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGGGAGAAGCA--TCACG-TGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGCAAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACG-AGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGATG-CAAGGT-----GAATTCC--CTTG----
-----AAATTT-------TC---------AAGG-----------G-----TA--AAAAAGA
-GGTAGTGAAAATGCTTCCA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AA-
-------------------------------------------------------------
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAT---------TA
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TAAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGATAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC-----T-----A-----AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT--GGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGAAGCCAGCGACTGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGTTTTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCAAAGAAGG------CC-CCTT--
--CT--GGGCGGTGGG----AGC-ATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAAAATTTAC-GGGCCAAGGGA-CATTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGTGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACATACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGGTTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-TTAAGGG-----AACCACCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTCGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-C-----C-----------------------------------------------------
---------------------------------------CAAT-----AA-----TG---G
--------------------------GGGGTAAAAGGTCAACCAGTGAGACAGTGGGGGAT
-AAGCTTCATTGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGATG-CAAGGT-----TAATTCA--CTTG----
------AATTT-------TT---------CAAG-----------G-----TA--AGAAAGA
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---------------------------------------------------C----C-AA-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
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-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTTC----TC----------TA-----AAAGAAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
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--CC--GGGGGGCTAG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATATTGAC-GGGCCGAGGGA-CAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
----------C---TAT----ATAAGCATT-GC-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTTCCA-GGGC-
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTGG-ATGGGACT------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------CAAT-----AA-----T----A
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-C--TA-C--CCC--TTG-CTGGTCC-CGAGGGACGGAGTAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----TAATTCA--CTTG----
------AATTT-------TT---------CAAG-----------G-----TA--AGAAAGA
-GGTAGAGATAATGCCTCGA-GCCAACG-TCT---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AA-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-TC----T---------TAAG------C-A
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC--GGGGGGCTAG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATATTTAC-GGGCCAAGGAA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAT----ATAAGCGTT-TT-----GCTGCTAGGCGAAGCAG------
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCGTC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAG-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGGATCCCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-GTATGATC------
-T-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAATGAAAGAA-----C----A
--------------------------GGAGGTAAAGGTCAGCCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAAATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AA--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-CCAGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACAAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGGTAAGGCCGAAAGGCGTAGTTGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAAGTTAGCCG-AGAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT----TAGTAAAC--CTTT----
---T----TTT-------TT---------AAAG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTTGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCA-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------TC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-G
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCT----TT----AC-----ATTTACAAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGGAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTTGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAGGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAAGACTTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTTAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATCAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCCGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024291_245 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.954996; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACAAGGAAG-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AAGCATGGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGACTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
----------T---GAT----ATGAGCATT-GT-----GTTGCTAGGCGAAGCAG------
-TT----GAGTCCTGTACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAACCGAAAGCATT-----ACTA
--GCTCACG-CTCTAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGTAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGTAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTACTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----T----A
------------------------AAGGGAT-AAAGGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGGCC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGAGAAGCA-CCAGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGAAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----T----ACACCTTA----
--------TTT------------------TGGG-----------G-----TA--AA-AAGA
-GGTAGAGAAAATGCCTCTA-GCTAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTTCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------CAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ATCTGATG----ACA
-GGGAAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATAC-----GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGTAAAGGCA-AAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAGACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_005087_270 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.951590; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAATAAG-GGCTTA-TGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-CA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGACTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---AAA----ATAAGTGTT-GT-----TTTGCTAGGCGAAGCAG------
-TT----GAGTCCTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATA-----ACAA
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-GACCACCTTGTAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGTGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
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-CGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGTAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTACTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTAACCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----T----A
--------------------------GGGGGTAATGGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCAAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTAAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-TCAGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGAAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAAGACG-CAAGGT-----TGTTCAC--CTTA----
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-GGGCGCGAGATAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ATCTGATG----ACA
-GAGAAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCA--ATTTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGTAAAGGCA-AAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCAGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTACCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTATACGCTGGGTAGC
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-------------------------------------------------------------
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-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
----------C---AAA----ATAAACTTT-GT-----GTTGCTAGGTGAAGCAG------
-TT----GAGTCCTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTA
--GTTCATG-CTCTAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGTAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-TGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGTAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTACTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------T------AAAT-----AA-----T----A
--------------------------GGGGATAAAAGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCAAGAGGGGAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-TCAGCG-TGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTAGTCC-CGAGGGACGAAGAAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAAGACG-CAAGGT-----TGTTCAC--CTTA----
------ATTCT-------TT---------TAGG-----------G-----TA--AA-AAAA
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCT---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTAA-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CA
-ATGCCACACTTCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------CAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
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-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATAC-----AGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTACCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------------------------------------------------------
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-CGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGTAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGATAAAGGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCAAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-TCAGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGAAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAAGACG-CAAGGT-----TGTTCAC--CTTA----
-----ATTCTT-------TT---------GAGG-----------------TA--AA-AAAG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCT---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CA
-ATGCCACACTTCCAAGAAAAGCTCGAACGA-TC----A---------TTAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGATAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------CAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ATCTGATG----ACG
-GAGAAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGAGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATAC-----GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCT-----------
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-ATAGGTTAACCTTTTGAACTG-CTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CATAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
----------C---AAA----GCAGACGTT-GT-----GTTGCTAGGCGAAGCAG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGTAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTACTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGATC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGATAAAGGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCAAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--TAAATGACC
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-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTT------AGAGGGAAGCA-TCAGCG-CGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAAGACG-CAAGGT-----G----TTCACCTT---A
-ATTTAATTTT------------------TAAG-----------G-----TA--AA-AAAG
-GGTAGAGAAAATGCCTGGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGTG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CA
-ATGCCACACTTCCAAGAAAAGCTCGAACGA-TC----A---------TTAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------CAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ATCTGATG----ACA
-GAGAAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCGTCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAATAC-----GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGTAAAGGCA-AAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCTACCCGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAGACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_014699_258 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.941343; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AAGCATAGATCCGTAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCAAACTGCTTG-CTGAATTCATAG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGTGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAGAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CCTAGTAGTGGCGAGCGAAAT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
----------C---AAT----ATGAGCTTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTCCCGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTG
--GCTTA-G-CTCTAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGAAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TTCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AACC-CCACCGTAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATTCTCGTCACTGTTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACTGACTGATGTTGAAAAATCAGCA
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----GA-----A----A
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-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--AAAATGACC
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-C--TA-C--CTC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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--------------------------------------------------TG--AT-AAAG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ATAGCG-------------------------------
-----------------------------TTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA------C-A
-----AGT---GTGTACCTGTACCCAAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGCCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTCGGTG--ACCCGATT----ACG
-GGGAAGCCGGCAACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGTACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGTTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGAATTAC-AGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAGGGTAACGG---AGGCGCGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCAGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTTCCAAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCAGGCGTTAGAGCATTGAGAGGATCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAGACGCTGGGTAGC
-CAAGTACGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAGGAAGCCCA-CCTCGAGATGA
-GTGCTCTCCC-----------
->RRNA23S_NC_020146_259 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.940283; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAAGAAG-AGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTAG
-TA--ATCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AAGCATCGATCCGTAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTCAAACTGCTTG-CTAAATTCATAG----------GC--AGGCAAGA
-GACAACCTGGTGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAAGAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CCTAGTAGTGGCGAGCGAAAT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGGGAG----------------------------
----------C---AAT----ATGAGCTTC-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTCCCGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ACTG
--GCTTA-G-CTCTAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGAAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
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-CGAATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AACC-CCACCGTAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATTCTCGTCACTGTTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACTGACTGATGTTGAAAAATCAGCA
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-GGGCTGCGAAAGTGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----GA-----A----A
--------------------------GGGGGAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
-AAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCACCAGCTAAGGCCCC--AAAATGACC
-GCTCAGTGGT--AAAGGAGGTA-GGAGTGCAAAGACAGCCAGGAAGTTTGCCTAGAAGCA
-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCAAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGGTCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTTA-----AA----GA--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTACT------AGAGAGAAGCA-CCAGCG-CGAGC
-AG--GTGTGGACGAAGC--GGAAGCGAGAATGTCGGCTTGAGTAACGCAAACATTGGTGA
-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CTC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGG----------------------
--------------------------------------------------TG--AT-AAAG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGC-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-T----------------------ATAGCG-------------------------------
-----------------------------TTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TTAA------C-A
-----AGT---GTGTACCTGTACCCAAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCCCC----TC----AC-----------AAAGGGGGCCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTCGGTG--ACCCGATT----ACG
-GGGAAGCCGGCAACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGTACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGTTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGGAATTAC-AGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCAGTCGAG
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-CATAGTAGCGGCGAGTGAAAT---GGGAGTAGCCTAAACCG-T-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGAAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTGCTA-GGGC-
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-T-----C-----------------------------------------------------
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--------------------------GGGGA-AAGGGTCAACCAGTGAGACGGTGGGGGAT
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------------------TC---------AAAG-----------G-----TA--AT-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCATAGCGAAAGCGAGTC----TTCTCA-GGGC-
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------GAAT-----AA-----C----A
-------------------------GGGGGGAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
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--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CCG-----AA------GTAAC---------CC
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCCGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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----------C---GAT----ACAAGCTTT-GT-----GCTGTTAGGTGAAGCGG------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCCTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCATAGCGAAAGCGAGTC----TTCCCA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACTGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGACTATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAAAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-GTATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------A------CAAA-----GA----------A
--------------------------GGGGG-AAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTATT------AGGGAGAAGCA-CCAGCG-TGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGTTAGTGA----AC--CTTC----
---C-------------------------CAGG-----------G-----GA--ATTAAGA
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGT-----A-------
--------------------------------------------------------CTGG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGGGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----GC-----------AAGGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTCGGTG--ACCCGATG----ACG
-GGTAAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGTACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCCTCTTGCGTAGCC--TA-GGTGGGAGGCGAAGAAGG------CCCCTTT--
--CC-GGGGGGGCTTG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTGGAAGAGCC-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAAGACTTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGACGGA
-AATCAGCCTTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCGGTCGAG
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-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCCCCT-----------
->RRNA23S_NC_024157_437 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.955721; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGCTGAAAAT-AGGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
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-------------AGAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------C---GAT----AAAAGTCTT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTACTGCACCCCAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGGAAGTATC-----ACTG
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TGA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA--------------------------------------AT
-CGGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTCGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAGCTAAGTGGAGGTCCGAACTGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------T------GAAT-----AA-----C----A
-------------------------GGGGGAAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
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------------------TC---------AAAG-----------G-----TA--AT-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAACG-TCC---G---------AGC-----A-------
--------------------------------------------------------CTAG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-C----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AGT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC----AC-----------AAAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCAG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
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-GACTACCCGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--CACTGTTCCCTGGGATTGGC
-TTTGGGCTCCTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCTTT--
--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGTGTCAAGACTTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTCTT------AGAGAGAAGCA-CCAGCG-CGAGC
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCA-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGTTAGTGA----AC----------
--------CTT-------TT---------CAAG-----------G-----TA--GT-AAGA
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---------------------------------------------------C----C-AG-
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCGAATGA-CC----T---------TCAA------C-A
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--CC-GGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAAAGCGAGTC----TTCCTA-AGGC-
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--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGGAAAGGGTCAACCAGTGAGACGATGGGGGAT
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--------CTT-------TT---------CAAG-----------G-----TA--GT-AAGA
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACGGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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--CCGGGGGGGGCTCG----AGCCATCAGTGAAATACCACTCTAGAAGAGCT-AGAATTCT
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-TTAAGGG-----AG-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAGAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACTAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-GGAGGATC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C---------------CA----------G
--------------------------GGGGT-CAGGGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GCTCGAGCGCTCTTGCGCTGAAGATGA
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTCTC------AGAGAGAAGCGCCCAGCA-CGAGC
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-C--TG-C--CCC--TTG-TTAGTCC-CGAGGGACGGAGAAGGCTAAGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGATG-CAAGGT-----GA---TC--CCTG----
---C----TCT-------TCTCGA-----CGGG-----------G-----TA--AG-AAGA
-GGTAGAGAAAATACCTCGA-GCCAAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C---------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-T----------------------ACGGGA-------------------------------
-----------------------------ATAATATCAA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC---GT---------TTAA------CAA
-----ACG---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGAG
-TTTGGGCTCCTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGGGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCCG----AGCCACCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCC-TGAATTCT
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-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------------------------------------------------------
----------------------GTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTGG
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-ATAGGTTAACCTTTTGAACTGCCCGACCAAATCCATGG----------TC--GGACAAGA
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-CGTAGTAGCGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCCAAACCG-TGA---------------
-------------AGAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------CAATAAT----CTAAGCATC-GT-----GTTGTTAGGCGAAGCAG------
-GT----GAGTACTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCAAAAGCAGC-----ATTG
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-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAGA----------------------------------------
---TTTATCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAGAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTCGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C---------------CA----------G
--------------------------GGGGT-CAGGGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-ACGGGACTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTAA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGTCTC------AGAGAGAAGCACCCAGCA-CGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGATG-CAAGGT-----GA---TC--CCTG----
---C----TCT-------TCTCGG-----CGGG-----------G-----TA--AG-AAGA
-GGTAGAGAAAATACCTCGA-GCCAAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C---------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-T----------------------ACGGGA-------------------------------
-----------------------------ATAATATCAA------GTAAC---------CC
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-----ACG---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGATAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCTCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC---CAC-----A-----GGAGGAGGTCGCAGCGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACA
-GGGAAGGCAGCAACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCAAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGAC
-TTTGGGCTCCTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCAG----AGCCACCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCC-TGAATTCT
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
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-CAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT-CTAAGTAAGAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_024827_449 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.929954; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
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-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAATT-GAGCGTAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCTTTTGAACTGCCCGACCGAATCCATAG----------TC--GGGCAAGG
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-------------AGAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------CAATAAT----CTAAGCATC-GT-----GTTGTTAGGCGAAGCAG------
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-----TATCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTCATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AG-C-CCACCGGAGCCGCAGCGAGAGCGAGTC----TTCATA-GGGC-
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTCGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C----------------------C----A
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---C----TCT-------TCTCGG-----CGGG-----------A-----TA--AG-AAGA
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---------------------------------------------------C---------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-T----------------------ACGGGA-------------------------------
-----------------------------ATAATATCAA------GTAAC---------CC
-ATGCCACACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC---GT---------TTAA------CAA
-----ACG---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCAAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGAC
-TTTGGGCTCCTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCAG----AGCCACCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCC-TGAATTCT
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------AGAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-AATGCGTTGAGGCGCAGCAGTTGACTGGATCATC-TAGGGGTAAAGCACTGTTTCGGTGC
-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG-ATATGACC------
-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
--------------------------GGGGT-AAAGGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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-GCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GCTCGAGCGCTCTTGCGCTGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGGGAAGCA-CCAGCG-TGAGC
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGCTCGTCCACGGAGGGTGAG
-TCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTA
-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGAAGGCTAAGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT-----G----AT--CTTG----
-----TTTTTT-------TT---------CAGG-----------A-----TA--AG-AAGA
-GGTGGAGAAAATACCTCGA-GCCAAGG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----T----
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-T-----------------------------------------------------------
-------------------------------G-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAATGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAC---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCTCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC---CAC-----A-----GGAGGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCATTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGGC
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--CC-GGGGGGGTCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCC-TGAATCCT
-AACCTTGCGTCAAGAC-TAC-AGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
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-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTCCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
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-ATAGGTTAACCTTTTGAACTGCCCG-CCGAATCCATGG----------GC--GGGTAAGG
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAAA----------------------------------------
-------TCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
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-C-----C-----------------------------------------------------
--------------------------------C------AAAT-----AA-----C----A
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACA-CAAGGT-----G----AT--CCTG----
---TTTTTTTT-------TT---------CAGG-----------A-----TA--AG-AAGA
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---------------------------------------------------C----T----
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------G-----AA------GTAAC---------CC
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--CC-GGGGGGGTCTG----AGCCATCAGTGAGATACCACTCTAGAAGAGCC-TGAATCCT
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAAA--------------------------------------AT
-TATATCTCTGACCGTGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAGAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
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-GGGCTGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG---ATTGCC------
-------C-----------------------------------------------------
---------------------------------------CAAT-----AA-----A----A
--------------------------GGGGT-AAAGGTCAGCCAGTGAGACGATGGGGGAT
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGGGAAGCA-CCGGCG-TGAGC
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-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----T----AT--CCTG----
---C---TCTT-------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
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---------------------------------------------------C----C-AA-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAC---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGTC
-TTTGGGTTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAAGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
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-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-AATCGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTACCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
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-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
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-------------------------------------------------------------
----------------------
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-GACAACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCCAGAGGAATAGAAAGCAAAAGCGATTCC
-CGTAGTAGTGGCGAGCGAAAT---GGGAGCAGCCTAAACCG-C-G---------------
-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------CCC-AAT----ATAAGCTCT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-GACCACCTTGCAAGGCTAAATACTCC--TGGGTGACCGATAGCGAAGTAGTACCGTGAGG
-GAAAGGTGAAAAGAA-CCCCCATC-GGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCG---TAA-GC
-TCCCAAGCAGTGGGAGGAAA--------------------------------------AT
-TAGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAGAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
-GGATGAAGCTTGGGTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCG
-GATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCACTCGAACCCAGAGCTAGCTGGTTCTCCCCGA
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-GGGCCGCGAGAGCGGTACCAAATCGAGGCAAACTCTGAATACTAG---ATTGCC------
-------C-----------------------------------------------------
---------------------------------------CAAT-----AA-----A----A
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-GCCAACCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACT-GATCGAGCGCTCTTGCGCCGAAGATGA
-ACGGGACTAAGCGATCTGCCGAAGCTGTGGGAT-------GTCA-----AA----AT--A
----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGGGAAGCA-CCGGCG-CGAGC
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-GAATCCAATGCCCCGAAAACCTAAGGGTTCCTCC-GCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAG
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-C--TA-C--CCC--TTG-TTGGTCC-CGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCG-AAAG-
-A----TGG-----TTA-TCGGTTCAAGGACG-CAAGGT-----G----AC--CCT-----
------------------TT---------CAGG-----------G-----TA--AG-AAGG
-GGTAGAGAAAATGCCTCGA-GCCAATG-TCC---G---------AGT-----A-------
---------------------------------------------------C----C-AA-
-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
-ATGCCATACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGA-CC----T---------TCAA------C-A
-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
-GGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAG
-GGGTGCCTCC----TC-----------A--------GGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
-GCGACTGTTTAACAAAAACACAGGTCTCCGCAAAGTC-GTAAG-ACCATGTAT-GGGGGC
-TGACGC-CTGCCCAGTGCC-GGAAGG-TTAAGGAA-GTTGGTG--ACCTGATG----ACG
-GGGAAGCCAGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAAC-TA--------------T
-AACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTA
-ACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGACTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGAAGATGCG
-GACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTT--TACTGTTCCCTGGGATTGTC
-TTTGGGTTCTTCTTGCGCAGCT--TA-GGTGGAGGGCGAAGAAGG------CCCCCTT--
--CC-GGGGGGGCCTG----AGCCACCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
-AACCTTGCGTCAGGACCTAC-GGGCCAAGGGA-CAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGG
-GCGTAGGCCTCCCAAAAGGTAACGG---AGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGA
-AATCGGCCCTCGAGTGCAAAGGCA-GAAGGGAG-CTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAG
-CAGGGACGAAAGTCGGCCTTAGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAAC
-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAGACGCTGGGTAGC
-CAAGTGCGGAGCGGATAACTACTGAAAGCAT-ATAAGTAGAAAGCCCA-CCCCAAGATGA
-GTGCTCTCCT-----------
->RRNA23S_NC_004677_439 count=1; cluster_weight=533; cluster=RRNA23S_NC_022402_1; cluster_score=0.963855; cluster_center=False; 
----------------------------------------------------------TTC
-AAACGAGGAAG-GGCTTA-CGGTGGATACCTAGGCACCCAGAGACGAGGAAG-GGCGTGG
-TA--AGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAAT-GAGCATAGATCCGGAGATTCCCGA-
-ATAGGTTAACCCTTTTAACTG-CTG-CTGAATCCATGG----------GC--AGGCAAGA
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
----------CCC-AAT----ATAAGCTCT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
-TT----GAGTCCTGCACCCTAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGAAAGCATC-----ATTG
--GCTTACG-CTCTAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGGAATCCCGTGTGAATCAG-CAAG
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-TCCCAAGCAGTGGGAGGAAA--------------------------------------AT
-TAGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
-TTAAGGG-----AA-C-CCACCGGAGCCGTAGCGAGAGCGAGTC----TTCATG-GGGC-
----------AATT---GTCACTGCTTATGGACCCGAACCTGGGTGATCTATCCATGACCA
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-------C-----------------------------------------------------
---------------------------------------CAAT-----AA-----A----A
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----CA-TCGGTAGGGGA-GCGTTCCGCCTC------AGAGAGAAGCA-CCGGCG-CGAGC
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-------------------------------------------------------------
---------------GCG-------------------------------------------
-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
-T----------------------ACAGCG-------------------------------
-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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-----AAT---GGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGTAGGTAGAGAATACCTAG
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-GGGTGCCTCC----TC-----------A--------GGAGGTCGCAGTGACCAGGCCCGG
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--CC-GGGGGGGCCTG----AGCCACCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCT-AGAATTCT
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-TAGATCTCTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTATAGGCAGTGGCTTGG
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------C-----------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-----------------------------CTG-----AA------GTAAC---------CC
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----------CAC-AAT----ATAAGCTCT-GT-----GCTGCTAGGCGAAGCGG------
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-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------AAAACGGGGTTGTGGGAGAG----------------------------
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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---------------------------------------------------C----C-AG-
-------------------------------------------------------------
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-------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------C-----
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-------------------------------------------------------------
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-GGAT-AAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGG
-AAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCGGTAGTACGTTCCAAGGGT
-TGGGCTGTTCGCCCATTAA-AGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTT
-CGGTCCATATCCGGTGCGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCC-TAGTACGAGAGG
-ACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGC
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-GTGCTCTCCTATTCTTACTTC
diff --git a/data/rrna/RRNA_23S/00533_RRNA23S_NC_022402_1.fasta b/data/rrna/RRNA_23S/00533_RRNA23S_NC_022402_1.fasta
deleted file mode 100644
index 01a725c..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_23S/00533_RRNA23S_NC_022402_1.fasta
+++ /dev/null
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deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/data/rrna/RRNA_4_5S/.DS_Store and /dev/null differ
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deleted file mode 100644
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-CTATCCAAGGGATGGAAGGGCAG
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deleted file mode 100644
index 0075ad4..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00001_RRNA4.5S_NC_007578_113.fasta
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deleted file mode 100644
index d6d02b4..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00001_RRNA4.5S_NC_008454_110.align.fasta
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deleted file mode 100644
index 320e979..0000000
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index b4429a6..0000000
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-agacgagccgtttatcatcacgataggtgtcaagtggagatgcagtaatgtatgcagctgaggcatcctaaaagaccgagagatttgaac
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-CTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAAC
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-AACGGGAGTAGCCTAAACCGTGAAGACGGGGTTGTGGGAGAGCGGGGAAATACCTTTGTG
-GCTAGGCGAAGCGGTTGAGTACTGCACCCCAGATGGTGAGAGTCCAGTAGCCGGAAGTAC
-CATTGGCTTACGCTCCAACCCGAGTAGCATGGGGCACGTGAAATCCCTTGTGAATCAGCA
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-ACAGCCAGGAGGTTTGCCTAGAAGCAGCCACCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGA
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-CAAAATACATCGGTAGGGGAGCGTTCCGTTCCAGGGGGAAGCACCAGCGGGAGCAGGTGT
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-TGGTCCCGAGGGACGGAGGAGGCCAAGTTAGCCGAAAGATGGTTATCGGTTTAAGGACGC
-AAGGTTGACGTATCCATCAAGGATAAGAATAAGGGGTAGAGAAAATGCCTCGAGCCAACG
-TCCGAGCACTAGGCGCTACGGCGCCGAAGTAACCCACGCCACACTCCCAAGAAAAGCTCG
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-CTCCTTTCCGGGGGGGCCCGAGCCGTCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCTAGAATTCT
-AACCTTGTGTCAGATACGGGTCAAGGGACAGTCCCAGGTAGACAGTTTCTATGGGGCGTA
-GGCCTCCCAAAGGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTCCCTCAGGCTGGACGGAAATCAGCC
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-TACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCA
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-GAT
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deleted file mode 100644
index 22f7054..0000000
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@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_024157_128 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA4.5S_NC_024157_128; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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index 512293f..0000000
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@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_024168_43 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA4.5S_NC_024168_43; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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-ACTTGAAC
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-ataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccggtagacttgaac
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-GCGATGTATGTTAGCTTAGGTATCCTAAAAGACCGATTTATTTGAAC
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-taaggtcgcggcgagatgatccgttgatagtgactatgataggtactaagtgtaaatgcagcgatgtatgttagcttaggtatcctaaaagaccgatttatttgaac
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-CGATGCATGCAGCTGAGGCATACTAAAAGACCGATATATTTTAAC
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->RRNA4.5S_NC_024945_78 count=1; cluster_weight=2; cluster=RRNA4.5S_NC_020321_48; cluster_score=0.911765; cluster_center=False; 
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-cgaggtcacggcgagacgagccgtttatcagacgataggtgttaagtgaaagtgcagtgatgtatgcagccaaggcatcctaacagaccgaagatttgaacc
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--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00003_RRNA4.5S_NC_023805_80.align.fasta
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--AAGGTCACGGTGAGACTAGCCGTTTACGACTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTG
-ATGTATGTAGCTAAGGCATCCTAACAGACCGAAAGATTTGAAC
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@@ -1,6 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_023805_80 count=1; cluster_weight=3; cluster=RRNA4.5S_NC_023805_80; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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->RRNA4.5S_NC_024827_81 count=1; cluster_weight=3; cluster=RRNA4.5S_NC_023805_80; cluster_score=0.980583; cluster_center=False; 
-taaggtcacggtgagactagccgtttacgactacgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgtagctaaggcatcctaacagaccgaaagatttgaac
->RRNA4.5S_NC_023120_98 count=1; cluster_weight=3; cluster=RRNA4.5S_NC_023805_80; cluster_score=0.970874; cluster_center=False; 
-aaggtcacggtgagactagccgtttacgactacgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgtagctaaggcatcctaacagaccgaaagatttgaac
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index 2c484f7..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00004_RRNA4.5S_NC_008335_15.align.fasta
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-AAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGA
-TGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGA
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index 28498b9..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00004_RRNA4.5S_NC_008335_15.fasta
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->RRNA4.5S_NC_008335_15 count=4; cluster_weight=4; cluster=RRNA4.5S_NC_008335_15; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-aaggtcacggcgagacgagccgtttatcattacgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccga
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-CACCTATTTAAACGGCTCGTCTCGCCGCTACCTTA
diff --git a/data/rrna/RRNA_4_5S/00004_RRNA4.5S_NC_022668_13.fasta b/data/rrna/RRNA_4_5S/00004_RRNA4.5S_NC_022668_13.fasta
deleted file mode 100644
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--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00004_RRNA4.5S_NC_022668_13.fasta
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@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_022668_13 count=4; cluster_weight=4; cluster=RRNA4.5S_NC_022668_13; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-gttcaaatcgttcgttcgttaggatgcctcagctgcatacatcactgcacttccacttgacacctatttaaacggctcgtctcgccgctacctta
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index c8c7ca1..0000000
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--AGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTAGGTGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGCAT
-GCAGCCGAGGCATACTAAAAGACCGAAAGATTTGAAC
->RRNA4.5S_NC_023121_105 count=1; cluster_weight=9; cluster=RRNA4.5S_NC_026296_16; cluster_score=0.989691; cluster_center=False; 
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-GCAGCCGAGGCATACTAAAAGACCGAAAGATTTGAAC
->RRNA4.5S_NC_024024_18 count=4; cluster_weight=9; cluster=RRNA4.5S_NC_026296_16; cluster_score=0.989583; cluster_center=False; 
--AGGTCATGGCGAGACGAGCCGTTAGGTGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGCAT
-GCAGCCGAGGCATACTAAAAGACCGAAAGATTTGAAC
diff --git a/data/rrna/RRNA_4_5S/00009_RRNA4.5S_NC_026296_16.fasta b/data/rrna/RRNA_4_5S/00009_RRNA4.5S_NC_026296_16.fasta
deleted file mode 100644
index 5fded6a..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00009_RRNA4.5S_NC_026296_16.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,6 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_026296_16 count=4; cluster_weight=9; cluster=RRNA4.5S_NC_026296_16; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-aggtcacggcgagacgagccgttaggtgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgcatgcagccgaggcatactaaaagaccgaaagatttgaac
->RRNA4.5S_NC_024024_18 count=4; cluster_weight=9; cluster=RRNA4.5S_NC_026296_16; cluster_score=0.989583; cluster_center=False; 
-aggtcatggcgagacgagccgttaggtgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgcatgcagccgaggcatactaaaagaccgaaagatttgaac
->RRNA4.5S_NC_023121_105 count=1; cluster_weight=9; cluster=RRNA4.5S_NC_026296_16; cluster_score=0.989691; cluster_center=False; 
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deleted file mode 100644
index 3ad506d..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00010_RRNA4.5S_NC_012818_49.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,30 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_004543_64 count=1; cluster_weight=10; cluster=RRNA4.5S_NC_012818_49; cluster_score=0.922330; cluster_center=False; 
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--AAGGTCACGGCAAGACGAGCCGTTTATTATCACGATAGGTGCCAAGTGGAAGTGCAGTA
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->RRNA4.5S_NC_006861_88 count=1; cluster_weight=10; cluster=RRNA4.5S_NC_012818_49; cluster_score=0.923077; cluster_center=False; 
--AAGGTCACGGCAAGACGAGCCGTTTATCATCACGATAGGTGCCAAGTGGAAATACAGTA
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->RRNA4.5S_NC_014592_55 count=1; cluster_weight=10; cluster=RRNA4.5S_NC_012818_49; cluster_score=0.970874; cluster_center=False; 
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->RRNA4.5S_NC_012818_49 count=1; cluster_weight=10; cluster=RRNA4.5S_NC_012818_49; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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diff --git a/data/rrna/RRNA_4_5S/00438_RRNA4.5S_NC_000932_1.fasta b/data/rrna/RRNA_4_5S/00438_RRNA4.5S_NC_000932_1.fasta
deleted file mode 100644
index 6e752c4..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_4_5S/00438_RRNA4.5S_NC_000932_1.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,168 +0,0 @@
->RRNA4.5S_NC_000932_1 count=162; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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->RRNA4.5S_NC_025554_114 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.990291; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttatcattacgataggtgtcaagtggaagtgtagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccggtagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_021111_115 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.980583; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttatcattacgataggtgtcaagtgtaagtgcagtgatgtatgcagctgagacatcctaacagaccggtagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_023359_116 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.980583; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttatcattacgataggtgtcaagtgtaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccgatagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_010776_117 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.980583; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttatcattacgataggtgtcaggtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccgatagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_024635_118 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.980583; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttatcattataataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccggtagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_025907_119 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.951456; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttatcattccaataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccacaagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_008336_120 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.961165; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttattattacgataggtgtcaagtggaagtgcagcgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccgacagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_022457_121 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.970874; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttattattacgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccgccagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_023259_122 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.990291; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttattattacgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccggtagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_025909_123 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.971154; cluster_center=False; 
-gaaggtcacggcgagacgagccgtttctaattaacgataggtgtcaagtggaagtgcagtgatgtatgcagctgaggcatcctaacagaccggtagacttgaac
->RRNA4.5S_NC_024038_124 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.942308; cluster_center=False; 
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->RRNA4.5S_NC_014057_126 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.951923; cluster_center=False; 
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->RRNA4.5S_NC_002694_127 count=1; cluster_weight=438; cluster=RRNA4.5S_NC_000932_1; cluster_score=0.980769; cluster_center=False; 
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deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/data/rrna/RRNA_5S/.DS_Store and /dev/null differ
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deleted file mode 100644
index 4166c29..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_000927_81.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_000927_81 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_000927_81; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-GTCCTGGTGTCTTCAGCGCAGTGGAACCACACCAATCCATCTCGAACTTGGTGGTGAAAC
-GCTGTGGCGGCTACGATACTCGAGGGGGGGCCCTTGGGGACAATCGCTCGATGCCAGGAC
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_000927_81.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_000927_81.fasta
deleted file mode 100644
index 8bcf7a2..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_000927_81.fasta
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@@ -1,2 +0,0 @@
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-gtcctggtgtcttcagcgcagtggaaccacaccaatccatctcgaacttggtggtgaaacgctgtggcggctacgatactcgagggggggcccttggggacaatcgctcgatgccaggac
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deleted file mode 100644
index b785b27..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_001865_136.align.fasta
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@@ -1,3 +0,0 @@
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-TCACTACCTTGTATTCTTGCTTGCATGGAACCACCTTATCCATCTCGAACTAAGAAGTGA
-AACGTGTAAGGGGCGACAATACTTGAGGGGAGGCCCTCTGGAAAGATAGCCTAATGCA
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deleted file mode 100644
index fce6183..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_001865_136.fasta
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@@ -1,2 +0,0 @@
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-tcactaccttgtattcttgcttgcatggaaccaccttatccatctcgaactaagaagtgaaacgtgtaaggggcgacaatacttgaggggaggccctctggaaagatagcctaatgca
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deleted file mode 100644
index c4abfc7..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_002186_222.align.fasta
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@@ -1,3 +0,0 @@
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-ATCCTGGTGTCTTTAGCGCAGTGGAACCACACCAATCCATCCCGAACTTGGTTGTGAAAC
-ATTGCAGCGGCAAAAATACTTTAGAGGTAGCTCTATGGAAAAATAGCTCGATGCCAGGAT
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deleted file mode 100644
index f5ed8d0..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_002186_222.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
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-atcctggtgtctttagcgcagtggaaccacaccaatccatcccgaacttggttgtgaaacattgcagcggcaaaaatactttagaggtagctctatggaaaaatagctcgatgccaggat
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004115_132.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004115_132.align.fasta
deleted file mode 100644
index ba4e431..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004115_132.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
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-TATTCTGGTGTCTTAGGCGTAGAGGCCCCACACCAATCCATCCCGAACTTGGTGGTGAAA
-CTCTACTGCGGTGACAATACTTCAGGGGCAGCTCTGTGGAAAGATAGCTCGATGCCAGAA
-TC
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004115_132.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004115_132.fasta
deleted file mode 100644
index 3d774b5..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004115_132.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
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-tattctggtgtcttaggcgtagaggccccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactctactgcggtgacaatacttcaggggcagctctgtggaaagatagctcgatgccagaatc
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004677_79.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004677_79.align.fasta
deleted file mode 100644
index 5d4f263..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004677_79.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
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-GCTTTTCTCGCATTTATGCCCTTCCTCGTTCATGGTTTGAAATTCTGGTGTCCCAGGCAT
-AGAGGAACCACACCAACCCATCCCGAACTTGGTGGTTAAACTCTACTGCGGTGACGATAC
-TGTAGGGGGAGCCCTGCGGGAAAATAGCTCGGTGCCAGGAT
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004677_79.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004677_79.fasta
deleted file mode 100644
index 0f92808..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_004677_79.fasta
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-gcttttctcgcatttatgcccttcctcgttcatggtttgaaattctggtgtcccaggcatagaggaaccacaccaacccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtagggggagccctgcgggaaaatagctcggtgccaggat
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008097_88.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008097_88.align.fasta
deleted file mode 100644
index 07be316..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008097_88.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
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-TATCCTGGTATCTTAGGCGTAGTGGAACCACACCAATCCATCCCGAACTTGGTGGTGAAA
-CTCTACCGCGGTGACAATACTGTAGAGGAAGCTCTACGGGAAAATAACTCGATGCCAGGA
-T
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008097_88.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008097_88.fasta
deleted file mode 100644
index 20a73cf..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008097_88.fasta
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@@ -1,2 +0,0 @@
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-tatcctggtatcttaggcgtagtggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactctaccgcggtgacaatactgtagaggaagctctacgggaaaataactcgatgccaggat
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008099_208.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008099_208.align.fasta
deleted file mode 100644
index d23d063..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008099_208.align.fasta
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@@ -1,4 +0,0 @@
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-AGTCCTGGTGCGCTTGCTGCAGTGGAACAACGCCAATCCATCCCGAATTTGGTTGTTAAA
-CATTGCAGGGCTGAAACTAGTGAAGGCGGGGGCCTTTGTGAATCAATGCTCGTGCCAGGG
-CA
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008099_208.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008099_208.fasta
deleted file mode 100644
index 868f161..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008099_208.fasta
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@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_008099_208 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_008099_208; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-agtcctggtgcgcttgctgcagtggaacaacgccaatccatcccgaatttggttgttaaacattgcagggctgaaactagtgaaggcgggggcctttgtgaatcaatgctcgtgccagggca
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008100_196.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008100_196.align.fasta
deleted file mode 100644
index d687b0f..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008100_196.align.fasta
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-AATAAAATTAGTGTCTTAATAATATAGAAAGACCTTAAATCCATACCGAACTAAGAAGTG
-ATACTATATTAAAACAAAAATACTAAGTGGGCAGCTGCTTGGAAAGATAGTTAGATGCT
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008100_196.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008100_196.fasta
deleted file mode 100644
index 0ee4fc7..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008100_196.fasta
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-aataaaattagtgtcttaataatatagaaagaccttaaatccataccgaactaagaagtgatactatattaaaacaaaaatactaagtgggcagctgcttggaaagatagttagatgct
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008101_211.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008101_211.align.fasta
deleted file mode 100644
index 47f00c7..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008101_211.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_008101_211 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_008101_211; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-ATACTCTGGTGCTCTATGCTTTTGTGGAACCACGCCAATCCATCCCGAACTTGGCTGTGA
-AACGCTAAAGAAGTTGACAAACTTGTTGGAAGTCTAGCAGGAAAAATCAACTTAGTGCCA
-GGGTG
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008101_211.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008101_211.fasta
deleted file mode 100644
index a3dec74..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008101_211.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_008101_211 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_008101_211; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-atactctggtgctctatgcttttgtggaaccacgccaatccatcccgaacttggctgtgaaacgctaaagaagttgacaaacttgttggaagtctagcaggaaaaatcaacttagtgccagggtg
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008114_206.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008114_206.align.fasta
deleted file mode 100644
index c70a9cf..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008114_206.align.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_008114_206 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_008114_206; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-ACTGGTGTCTTAGTTAAATTGGAACAACACCAATCCATCTCGAACTTGGTCGTTAAACAA
-TTTAAGGGTAAAAATACTTAGGGGGTAGCCCCTTGGGAAAATAGCCTGATGCCAGTTT
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008114_206.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008114_206.fasta
deleted file mode 100644
index 70a2cb4..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008114_206.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,2 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_008114_206 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_008114_206; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-actggtgtcttagttaaattggaacaacaccaatccatctcgaacttggtcgttaaacaatttaagggtaaaaatacttagggggtagccccttgggaaaatagcctgatgccagttt
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008117_199.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008117_199.align.fasta
deleted file mode 100644
index 672cf24..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_008117_199.align.fasta
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@@ -1,4 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_008117_199 count=1; cluster_weight=1; cluster=RRNA5S_NC_008117_199; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
-AATGCTGGTACCTTAAGCGCAGAGGCAACACGCTAACCCATCCCGAACTTGGCGGTGAAA
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-TA
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-AGTCGGCGGCTCTCCTAGGCTTCCCTCATCTGGGATCCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGG
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-AA
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-TC
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-GTTGGATGAGAGTGAGGATGATGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTGCAAAC
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-TGGAAGAAGGGGCTGGATCACCTCCTGG
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-GGGGTG
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-TTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGG
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-GGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGC
-AACCCCTATCGTACGTTACCTATAAGGCTCTCGTGCGAGACTGCCGGTGATAAGTCGGAG
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-AATGGCCGGGACAAAGGGAAGCCAACCCGCGAGGGGGAGCAAATCTCATAAACCCGGTCT
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-GAGCGGGCCATACCCAACGTCGTATCCTCTCAAAGGGAGCGCCTAAGGTAGGACTCGTGA
-CTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACTGGAAGGTGCGGCTGGATTACCTCCTAT
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index 3a13355..0000000
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-caattggagagtttgatcctggctcaggatgaacgctggcggcatgcttaatacatgcaagttgaacgagaatagtaaaagcttgcttttactaggacagtagcgaacgggtgagtaatacgtaagaatctgccctttggaggaggaaaacggttggaaacgaccgctaatcctgcatatgccattggtaaaaggtctctaacacgagattgccaaaggatgagcttacgcctgattagctagttggtggggtaaaagcctaccaaggcaacgatcagtagctggtctgagaggatgatcagccacactgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtagggaattttccgcaatgggcgaaagcctgacggagcaatgccgcgtggagggtgaaggcctattgggttgttaactccttttcccagagaagaaacctgacggtatctggggaataagcatcggctaactccgtgccagcagccgcggtaatacgggggatgcaagcgttatccggaattattgggcgtaaagagtccgtaggttgttatcaaagcctattgttaaatatcaaggcttcaccttgaatctgcagtaggaacctgataacttgagtgcggtaggagtagggggaattcccggtgtagcggtgaaatgcgtagatatcgggaagaacaccggaggcgaaagcgccctactaggccgacactgacactaagggacgaaagctaggggagcaaacgggattagataccccggtagtcctagccgtaaacgatgggcactacgtgtggggaaaacttagttttttctgtgcgatagctaacgcgttaagtgccccgcctggggagtacgctcgcaagggtgaaactcaaaggaattgacgggggcccacacaagcggtggagcatgtggtttaattcgatgcaacgcgaagaaccttaccagggtttgacataccaggaaggtcctttaaacgggactgtgccttcgggaatctggatacaggtggtgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaacccctatcgtacgttacctataaggctctcgtgcgagactgccggtgataagtcggaggaaggtggggatgacgtcaagtcagcatgccccttacaccctgggctacacacgtgctacaatggccgggacaaagggaagccaacccgcgagggggagcaaatctcataaacccggtctcagttcggatcgtaggctgcaactcgcctacgtgaagttggaatcgctagtaatcgcgggtcagctataccgcggtgaatatgttcctgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagcgggccatacccaacgtcgtatcctctcaaagggagcgcctaaggtaggactcgtgactggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtactggaaggtgcggctggattacctcctat
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index dfe9ff0..0000000
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-TCCTAAAATCTCCATTTGGTGGAGACGGTTGGATTCCTAGTGTTGATAACATGGAAGATG
-TTATTGGTGGACATATTTGGATTGGTAGTATTGAAATTTTTGGTGGTATTTGGCACATTC
-TAACAAAGCCTTTTGCTTGGGCAAGACGTGCTTTTGTATGGTCAGGTGAAGCTTATCTTT
-CATACAGTCTTGCAGCTGTTTCTTTAATGGCTTTAATTGCTGTACCTATGGTTTGGTTCA
-ATAATACTGTTTACCCTAGTGAATTCTTTGGTCCTACAGGTCCTGAAGCATCACAGTCAC
-AAGCTTTTACATTCCTTGTTCGTGACCAACGACTAGGTGCAAATGTTGCATCAGCTCAAG
-GTCCTACAGGTTTAGGTAAATACCTAATGCGTTCTCCTACAGGAGAAATTATTTTTGGTG
-GTGAAACAATGCGTTTTTGGGATTTTAGAGGTCCTTGGCTAGAGCCACTTCGTGGTCCTA
-ATGGTCTTGATCTTAATAAGCTTAAAAATGATATTCAACCTTGGCAAGAACGTCGTTCTG
-CTGAGTACATGACTCATGCACCTCTAGGTTCACTGAACTCGGTAGGTGGAGTTGCTACAG
-AAATTAACGCAGTTAACTATGTAAACCCACGTAGTTGGTTAGCAACGTCTCATTTTGTTC
-TAGGTTTCTTCTTTTTTATTGGCCACTTATGGCATGCAGGTCGTGCACGTGCTGCTGCTG
-CTGGTTTTGAAAAAGGTATTGATCGTGATAATGAAGCGGTTCTTTCTATGCGTCCACTTG
-ACTAATAGTTTGGCTAACATTCAGATTATTTAAAAATATTAGTTTTACAAAACTTTCTCT
-TCTTTTTTAGAAATAAAAGAAGAGAAAGTTTTTATTACATTTTAATTGAATTTACTTGAA
-AACGTGCTCTTGCGCGTTTAAAAGCAATATTAGCTTCAATTTTTTCTTTTCGACCATTAG
-CTTTTTCAAGAATTTCTTTCGCAGATTGATATTCAATTTCTGCTTCTTCTGGATTAATAC
-TTGAACCTAAAACAGCCTCATTAACAAGAATAGTGACTTTGTTATCTTTTACAAGAGCAA
-AACCACCCATAAGTGCCATCGAAATCCATTCTGTTCCAGTTCGAACAAGCATTACACCAA
-CATCTAGTCCTGTAATAAGTGGAGTGTGATTTTTTAATACACCCATTTGCCCAGTATTCG
-TTGGTAAAATAAGCTCTGTAGCTTCTTCGTTCCAAAAAATACGATCCGGGGCCATAATAC
-AAACTTGTAAACTCATCTTTTTTACTCCTTTTTCTTTACTTCAACTATTTATGATGCTAA
-AGAAGCACCTTTTTCGATAGCCTCATCTAGATTACCTACTAAATAGAAAGATTGCTCAGG
-AAGAGCATCTAACTGACCTGTAAGAATCATTTGGAAACCTTGAATGCTTTCTGCTAGAC
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index f3b7d04..0000000
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index 42c056a..0000000
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-TTTGAACGGCTAAAATACTTCAAGGGGAGCCTTGTGGAAAGATACGCTGACGCCAGAGA
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deleted file mode 100644
index 459941a..0000000
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-actctggtatcctcggttcaaaagaactacaccaaccctttccgaatttggtggtaaaagtttgaacggctaaaatacttcaaggggagccttgtggaaagatacgctgacgccagaga
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deleted file mode 100644
index 0489e24..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_012575_62.align.fasta
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-CTTTGAGATAACGATAGGATACGGGTAGCTGTATCTGAAAACATATCGATGCCAAGA
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deleted file mode 100644
index bb860aa..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_012575_62.fasta
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deleted file mode 100644
index 8a0f931..0000000
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-CTTCGGGAATCGCTTTTGCTTTCTTTTCCTCCAGTTACTAAGATGTTTCAGTTCACTGGG
-TAGCCTCTTACCTAATTATGAATTTATTCGGTAGTTTTATCAGATTGCCCTATTCGGGAA
-TCTTCGGTTCTAACCTTGTTTCCAGCTCCGCGAAGCGTTTCGCCGGTAACTGCGCCCTTC
-ATCGTCTCTGAGTGCCTAGGTCTCCTCCGTACGCCTTAATTC
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deleted file mode 100644
index 368f80a..0000000
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diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014346_189.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014346_189.align.fasta
deleted file mode 100644
index 905c618..0000000
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-ATAATAGGAGGAAAAAGTAGCCCTGCAAGGGGTGCCTTGCGGAACTCTTTTTCTAGTGCT
-AGGAT
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index 01699e3..0000000
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diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014874_129.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014874_129.align.fasta
deleted file mode 100644
index 3aeaa15..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014874_129.align.fasta
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-CTATACTGCGGTTACGATACTGTGGGGGGGGCCCACGGAAAATAGTTAGATGCCAGAAT
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014874_129.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014874_129.fasta
deleted file mode 100644
index bf0639a..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_014874_129.fasta
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diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015084_53.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015084_53.align.fasta
deleted file mode 100644
index c70c8b3..0000000
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-ATAGCCTTGTGCCAAGAGGTCTCATGCATTTGCTTCTAATAGAAGGCAAAAAGCTGAAGA
-AACAGAAGCCATTTCGCAAA
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015084_53.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015084_53.fasta
deleted file mode 100644
index 141ede2..0000000
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diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015359_46.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015359_46.align.fasta
deleted file mode 100644
index 8412184..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015359_46.align.fasta
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-ATGCAAGGTACTTTCAAAAATATACGATCC
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015359_46.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015359_46.fasta
deleted file mode 100644
index 56274a0..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015359_46.fasta
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diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015645_164.align.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015645_164.align.fasta
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-AA
diff --git a/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015645_164.fasta b/data/rrna/RRNA_5S/00001_RRNA5S_NC_015645_164.fasta
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deleted file mode 100644
index f364d91..0000000
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-GTCATCGGGATAACGCCTCAGCTCAAGTTTAGTTTTTCTTCTAACTCTCAACACCTTGAC
-GCTTCCACTATAATCCATTAGTAGTCTCAGTTTAGCCTTCTTCGTCCCTTGTTCCCAATA
-GAATCAGTACAGGAATATTAACCTGTTTTCCATCGACGACGCCTTTCGGCCTAGCCTTAG
-GACCTGACTAACCCCCCATGGACGAACCTAGTGGAGGAACCCAACGGTTTTCGGGGCATT
-GGATTCTCACCAATGTTTTCGTTACTCAAGCCAACAATCTCACTTCTGTTTTGTCCATTC
-TGGTTTACACCATAACTTCACCCAATAACAGAACGCTCCCCTACCGATTCTTATATAAGA
-ATCTCACAGCTTCGGCAGGTTTCTTAGTCCCGGCCATTATCGGCGCAAGAACGCTTTACC
-AGTGAGCTATTACGCACTCTTTCAAGGGATAGCTGCTTCTACAATTTGTTATAATCTCTA
-AATTAAAATAATTTATTTTAATAATTTCACTGAATTTGACGGTCAGAAATTAAATTTTCC
-ATAAGCTTTTCGTAATCTCTTGAAAACGTTTGCTCAGAACGTTTTCCTTTATCAGGATTA
-CAAAAATAGGCTTTGCGCACATAAGATCGAAATAGCTGTGCATCTTTAAAAGTGTTTGGA
-TTAGAATGTAATCCACAAACCTCAATAAAATTTGAAACTTTGTTGGCTATTACATCAGGA
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-C
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-T
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-ATACTTTAGGAGTGAAAATACTTAAAGGGAGACCTTTTGGGAAAATAACTTGATGCCTGG
-ATAT
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-AT
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-TGTGCCAAGAAG
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-AAAC
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-ATAGAT
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-GA
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-AA
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-ATTATATTGCGGTAACGATACTACGGGGGAAGCCCTTTGGTAAAATAATTAGACGCCATA
-TC
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-A
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-TT
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---
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-A
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-GAT
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@@ -1,8 +0,0 @@
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--------------------------AGGCTGAGGAGCAAAAAG-----GAGGAATCCGCC
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-CTCCTTT
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deleted file mode 100644
index ededb62..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00020_RRNA5S_NC_003119_57.fasta
+++ /dev/null
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deleted file mode 100644
index dedf7e1..0000000
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@@ -1,56 +0,0 @@
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-AACTCTACTGCGGTGACGATACTGTAGGGGAGGTCCTG-CGG-AAAAATAGCTCGGCGCC
-AGGAT----------
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deleted file mode 100644
index 2bdba6f..0000000
--- a/data/rrna/RRNA_5S/00528_RRNA5S_NC_004993_1.fasta
+++ /dev/null
@@ -1,190 +0,0 @@
->RRNA5S_NC_004993_1 count=177; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=1.000000; cluster_center=True; 
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->RRNA5S_NC_026778_120 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.934426; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaatttggtggtgaaactctactgtggtgacaatactgtagggggggccttgcggaaaaatagctcgacgccagaat
->RRNA5S_NC_008454_121 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.983471; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggccctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_025305_122 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.975207; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggtcctacggaaaaatagctcgacgccagaat
->RRNA5S_NC_023115_123 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.991736; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggtcctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_025237_124 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.966942; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggtcctgcggtaaaatagctcgatgccagaat
->RRNA5S_NC_021936_125 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.966942; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaagcacaccaatccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggccctgcggaaaaatagctcgacgccagaat
->RRNA5S_NC_014582_126 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.950413; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtagaggaaggacaccaacccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggccctgcggaaaaatagctcggcgccaggat
->RRNA5S_NC_001568_127 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.975207; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtataggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggttaaattatactgcggtgacgatactgtaggggaggtcctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_025906_128 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.958678; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctaggcgtggaggaagcacaccaatccataccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggccctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_015083_130 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.958678; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcctagtcgtagaggaagcacaccaatccataccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggccctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_017006_131 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.918033; cluster_center=False; 
-tattctggtgtctcaggcgtgggggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaagccctgcgggaaaataactcgacgccagaat
->RRNA5S_NC_013086_133 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.909091; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcttagtcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaactcggtggtgaaactctactgcggtgacgatactgcaggggaagccccgcgggaaaatagctcggcgccagggt
->RRNA5S_NC_014675_134 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.925620; cluster_center=False; 
-tattctggtgtcttgggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactctaccgcggtgacaatactgtaggggaagccctgcgggaaaatagctcggcgccaggat
->RRNA5S_NC_009808_151 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.991736; cluster_center=False; 
-tcttctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggtcctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_026703_168 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.983471; cluster_center=False; 
-ttctggtgtcctaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaggtcctgcggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_020147_170 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.902439; cluster_center=False; 
-ttctggtgtctcaggcgtgggggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaaccctactgcggtgacgatactgtagggggagccctgcggaaaaatagctcgatgccaggat
->RRNA5S_NC_025668_171 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.933884; cluster_center=False; 
-ttctggtgtcttaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactctactgcggtgacaatactgtaggggaagccctacggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_001319_172 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.909091; cluster_center=False; 
-ttctggtgtcttaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactctattgcggtgacaatactttaggggaagccctatggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_012052_173 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.925620; cluster_center=False; 
-ttctggtgtcttaggcgtagaggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggtgaaactttactgcggtgacaatactgtaggggaagccctacggaaaaatagctcgacgccaggat
->RRNA5S_NC_004543_174 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.900826; cluster_center=False; 
-ttctggtgtcttaggcgtagaggaaccacaccaatccattccgaacttggtggtgaaactttactgcggtgacaatactgtaggggaagccctgtggaaagatagctcgacgccagaat
->RRNA5S_NC_016058_201 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.933884; cluster_center=False; 
-aattctggtgtccaaggcgtagaggaaccacaccaacccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaagccctgcgggaaaatagctcggtgccaggat
->RRNA5S_NC_011156_202 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.918033; cluster_center=False; 
-aattctggtgtcccaggcatagaggaaccacaccaacccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtagggggagccctgcgggaaaatagctcggtgccaggat
->RRNA5S_NC_024945_203 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.942623; cluster_center=False; 
-aattctggtgtctcaggcgtaggggaaccacaccaatccatcccgaacttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaagccctgcggaaaaatagctcgatgccaggat
->RRNA5S_NC_020321_204 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.934426; cluster_center=False; 
-aattctggtgtctcaggcgtaggggaaccacaccaatccatcccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtaggggaagccctgcggaaaaatagctcgatgccaggat
->RRNA5S_NC_014573_209 count=1; cluster_weight=528; cluster=RRNA5S_NC_004993_1; cluster_score=0.909836; cluster_center=False; 
-agttctggtgtcctatgcctagaggaaacacaccaatccataccgaatttggtggttaaactctactgcggtgacgatactgtagggtagaccctgcggaaaaatagctcgatgccaggat
diff --git a/detectors/cds/tools/build_swissprot_mito_db.sh b/detectors/cds/tools/build_swissprot_mito_db.sh
new file mode 100644
index 0000000..c5c72ba
--- /dev/null
+++ b/detectors/cds/tools/build_swissprot_mito_db.sh
@@ -0,0 +1,528 @@
+#!/bin/bash
+#
+#                           BUILD REFERENCE : From SwissProt
+#
+#========================================================================================
+
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+SPDIR="$CDS_DATA_DIR/sp_mitodb"
+SPGENESDIR="$SPDIR/genes"
+
+CORE_GENES="atp6 atp8"
+CORE_GENES="$CORE_GENES cox1 cox2 cox3"
+CORE_GENES="$CORE_GENES cytb"
+CORE_GENES="$CORE_GENES nd1 nd2 nd3 nd4 nd4L nd5 nd6"
+
+function download_swissprot() {
+    URL="https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.dat.gz"
+
+    curl $URL
+}
+
+function extract_mito_entries() {
+    awk -F'\n' '
+        BEGIN {RS="//\n"; ORS=RS; OFS="\n"} 
+        /OC   Eukaryota; Metazoa;/ && /OG   Mitochondrion\./ && !/DE   Flags: Fragment;/ {print $0}
+    ' $1
+}
+
+function extract_mito_gene_entries() {
+
+    awk -v gene=$1 -F'\n' '
+        BEGIN {RS="//\n"; ORS=RS; OFS="\n"} 
+        ($0 ~ gene"_") && /OC   Eukaryota; Metazoa;/ && /OG   Mitochondrion./ {print $0}
+    ' $2
+}
+
+function extract_mito_gene_frg() {
+
+    awk -F'\n' '
+        BEGIN {RS="//\n"; ORS=RS; OFS="\n"} 
+        /DE   Flags: Fragment;/ {print $0}
+    ' $1
+}
+
+function extract_mito_gene_ac() {
+
+    awk -v ac=$1 -F'\n' '
+        BEGIN {RS="//\n"; ORS=RS; OFS="\n"} 
+        ($0 ~ "AC   " ac ";") && /OC   Eukaryota; Metazoa;/ && /OG   Mitochondrion./ {print $0}
+    ' $2
+}
+
+function extract_fasta_protein() {
+    $AwkCmd '
+        /^ID/ {ID=$2} 
+        /^AC/ {AC=$2; sub(";","",AC)} 
+        /^DR   EMBL;/ {
+            EMBL=$4; 
+            sub(";","",EMBL); 
+            sub("-","xxx",EMBL);
+            if ( EMBL != "xxx" ) {
+                EBI="curl \"https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/embl/" EMBL "?download=true\" | egrep \"FT +/gene=\" | cut -d \"=\" -f 2 | tr -d \"\\\"\""
+                EBI | getline GENE
+                close(EBI)
+            } else {
+                GENE = "xxx"
+            }
+            } 
+        /^   / {gsub(/ /,"",$0); SEQ=SEQ $0}
+        /^\/\// {
+            if (GENE != "xxx") {
+                print ">"ID,"SP_AC="AC";","EMBL_AC="EMBL";","gene="GENE";";
+                print SEQ 
+            }
+            ID="xxx";
+            AC="xxx"; 
+            EMBL="xxx"; 
+            GENE="xxx"
+            SEQ=""
+        }
+        ' $1 \
+    | formatfasta
+}
+
+function rename_rules() {
+    egrep "^>" $1 \
+    | sed 's/^>//' \
+    | sed 's/_/=/' \
+    | tr -d ";" \
+    | awk -F"=" '{print $1,$NF}' \
+    | sort \
+    | uniq -c \
+    | awk '{
+        x=$1
+        $1=$2
+        $2=sprintf("%06d",x)
+        print $0}' \
+    | sort -rn \
+    | sed 's/ /=/' \
+    | sed 's/ /=/' \
+    | awk -F "=" '
+        ($1 == current) {
+            sub(/^0+/,"",occurrence)
+            print "# based on",occurrence,"observations renames",$NF,"in",gene
+            print "/^>" current "/ s@gene=" $NF "@gene=" gene "@"
+        }
+        ($1 != current) {
+            current= $1
+            gene=$NF 
+            occurrence=$2
+        }
+        '
+}
+
+function rename_genes() {
+    local n=1
+    local input=$1
+    cat $input > __tmp__$$__fasta
+    rules=${input/fst/rules}
+    #echo $rule 1>&2
+
+    rename_rules __tmp__$$__fasta > $rules.$n
+    while [[ -s $rules.$n ]] ; do
+        sed -f $rules.$n __tmp__$$__fasta > __tmp2__$$__fasta
+        mv __tmp2__$$__fasta __tmp__$$__fasta
+        ((n++))
+        rename_rules __tmp__$$__fasta > $rules.$n
+    done
+
+    cat __tmp__$$__fasta
+    rm __tmp__$$__fasta
+}
+
+
+function clean_strange_gene_name() {
+    local input=$1
+    local output=${input/.fst/_sp_ebi.genes}
+    local to_keep=${input/.fst/_to_keep.lst}
+    local to_be_removed=${input/.fst/_to_be_removed.lst}
+
+    grep '^>' $input \
+    | sed 's/^>//' \
+    | sed 's/_/=/' \
+    | sed 's/;$//' \
+    | awk -F'=' '{print $NF,$1}' \
+    | sort \
+    | uniq -c \
+    | $AwkCmd '{
+        x=$1
+        $1=$2
+        $2=sprintf("%06d",x)
+        print $0}' \
+    | sort -r > $output
+
+    $AwkCmd '
+        ($1!=current) {current=$1; print $3}
+        ' $output > $to_keep
+
+    $AwkCmd '
+        ($1==current) {print $3} 
+        ($1!=current) {current=$1}
+        ' $output > $to_be_removed
+
+    filter_sp_fasta_db $to_be_removed $input > ${input/.fst/_strange_genes.fst}
+    filter_sp_fasta_db $to_keep $input
+}
+
+function filter_sp_fasta_db() {
+    gene_pattern="$(echo $(cat $1) | tr ' ' '|')"
+
+    $AwkCmd -F "_" -v gene_pattern=$gene_pattern '
+        /^>/ && (gene ~ gene_pattern) {
+            print entry
+        }
+
+        /^>/ {
+            entry = $0
+            gene = $1
+            sub(/^>/, "", gene)
+        }
+
+        !/^>/ {
+            entry = entry "\n" $0
+        }
+
+        END {
+            if (gene ~ gene_pattern)
+                print entry
+        }
+    ' $2
+
+}
+
+function filter_out_sp_fasta_db() {
+    gene_pattern="$(echo $(cat $1) | tr ' ' '|')"
+
+    $AwkCmd -v gene_pattern=$gene_pattern '
+        /^>/ && (gene !~ gene_pattern) {
+            print entry
+        }
+
+        /^>/ {
+            entry = $0
+            gene = $1
+            sub(/^>/, "", gene)
+        }
+
+        !/^>/ {
+            entry = entry "\n" $0
+        }
+
+        END {
+            if (gene !~ gene_pattern)
+                print entry
+        }
+    ' $2
+
+}
+
+function split_by_gene() {
+    $AwkCmd -F "=" -v SPGENES=$SPGENESDIR '
+        function writegene(gene,entry) {
+            outputdir = SPGENES "/" gene 
+            output = outputdir "/" gene ".fst"
+            system("mkdir -p " outputdir)
+            print entry >> output
+            close(output)
+        }
+
+        /^>/ && gene!="" {
+            writegene(gene,entry)
+        }
+
+        /^>/ {
+            entry = $0
+            gene = $NF
+            sub(/;$/, "", gene)
+        }
+
+        !/^>/ {
+            entry = entry "\n" $0
+        }
+
+        END {
+            writegene(gene,entry)
+        }
+    ' $1
+}
+
+function dereplicate() {
+    local CDHIT_ID=0.95
+    local CDHIT_DELTA=0.95
+
+ 	local gene="${1}"
+ 	local fastain="${gene}/${gene}.fst"
+ 	local cdhitout="${gene}/${gene}.cdhit.fst"
+
+     	cd-hit 	-i "${fastain}" \
+ 	    	-o "${cdhitout}" \
+ 	    	-c ${CDHIT_DELTA} \
+ 	    	-G 1 \
+			-g 1 \
+			-aL 0.95 \
+			-s ${CDHIT_ID} \
+ 	    	-b 350 -p 1 \
+ 	    	-d 0 -n 3
+
+ 	local fasta1="${gene}/${gene}.1l.fst"
+}
+
+function dereplicate_genes() {
+    pushd $SPGENESDIR
+    for g in * ; do 
+        dereplicate $g ; 
+    done
+    popd
+}
+
+function buildGeneBlastDB() {
+ 	local gene="${1}"
+ 	local fastain="${gene}/${gene}.cdhit.fst"
+
+    loginfo "  formatting Blast $gene DB"
+    timeoutcmd 300 makeblastdb -dbtype prot -in ${fastain} >& /dev/null
+	loginfo "Done"
+}
+
+function buildBlastDBs() {
+    pushd $SPGENESDIR
+    for g in * ; do 
+        buildGeneBlastDB $g ; 
+    done
+    popd
+}
+
+function list_shell_genes() {
+    pushd $SPDIR
+
+    ls genes \
+    | grep -v '\.' \
+    | egrep -iv $(tr " " "|" <<< $CORE_GENES) \
+    | grep -iv '^orf' \
+    | grep -iv "$RPS12_GENE"
+
+    popd
+}
+
+function list_dust_genes() {
+    pushd $SPDIR 1>&2
+
+    ls genes \
+    | grep -v '\.' \
+    | egrep -iv $(tr " " "|" <<< $CORE_GENES) \
+    | grep -i '^orf' 
+
+    popd 1>&2
+}
+
+function build_core_libraries() {
+    pushd $SPDIR 1>&2
+
+    rm -rf core
+    mkdir -p core
+
+    for gene in $CORE_GENES ; do 
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst core/$gene.fst
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.phr core/$gene.fst.phr
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.pin core/$gene.fst.pin
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.psq core/$gene.fst.psq
+    done
+
+    popd 1>&2
+}
+
+function build_rps12_library() {
+    pushd $SPDIR 1>&2
+
+    local gene=$RPS12_GENE
+
+    rm -rf RPS12
+    mkdir -p RPS12
+    
+    cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst RPS12/$gene.fst
+    cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.phr RPS12/$gene.fst.phr
+    cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.pin RPS12/$gene.fst.pin
+    cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.psq RPS12/$gene.fst.psq
+
+    popd 1>&2
+}
+
+function build_shell_libraries() {
+    pushd $SPDIR 1>&2
+
+    rm -rf shell
+    mkdir -p shell
+
+    for gene in $(list_shell_genes) ; do 
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst shell/$gene.fst
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.phr shell/$gene.fst.phr
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.pin shell/$gene.fst.pin
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.psq shell/$gene.fst.psq
+    done
+
+    popd 1>&2
+}
+
+function build_dust_libraries() {
+    pushd $SPDIR 1>&2
+
+    rm -rf dust
+    mkdir -p dust
+
+    for gene in $(list_dust_genes) ; do 
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst dust/$gene.fst
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.phr dust/$gene.fst.phr
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.pin dust/$gene.fst.pin
+        cp genes/$gene/$gene.cdhit.fst.psq dust/$gene.fst.psq
+    done
+
+    popd 1>&2
+}
+
+function get_product_line() {
+    pushd $SPGENESDIR 1>&2
+
+    local gene=$1
+    local spac=$(head -1 $gene/$gene.cdhit.fst \
+                 | awk '
+                     { AC=$2; 
+                       sub(/^SP_AC=/,"",AC); 
+                       sub(/;$/,"",AC); 
+                       print AC}')
+
+    popd 1>&2
+
+    pushd $SPDIR 1>&2
+
+    extract_mito_gene_ac $spac rawdata/SP_Mito.dat \
+    | grep "^DE   " \
+    | $AwkCmd -v gene=$gene '
+        function remove_tails(line) {
+            sub(/ *(\{[^}]+\});/,"",line)
+            st = index(line,"=")
+            return substr(line,st+1)
+        } 
+
+        /DE +RecName:/ {
+            full = remove_tails($0)
+        }
+        /DE +Short=/ {
+            ns = remove_tails($0)
+            if (length(ns) > length(short)) {
+                short = ns
+            }
+        }
+        /DE +EC=/ {
+            ec = remove_tails($0)
+        }
+
+        END {
+            if (length(short) > 10) {
+                product = short
+            } else {
+                product = full
+            }
+
+            if (ec != "") {
+                product = product " (EC:" ec ")"
+            }
+
+            if (product == "") {
+                product = "Hypothetical protein of unknown function"
+            } 
+
+            gsub(/ /,"_",product)
+
+            print gene,gene,"--","--","--",product
+        }
+      '
+    popd 1>&2
+}
+
+function build_annotate_lst() {
+    pushd $SPGENESDIR 1>&2
+
+    for gene in * ; do 
+        get_product_line $gene
+    done
+
+    popd 1>&2
+}
+
+pushd $SPDIR
+
+####
+#
+# Download and prepare raw library from Swissprot FTP site
+#
+###
+
+rm -rf rawdata
+mkdir -p rawdata
+
+pushd rawdata
+
+download_swissprot | extract_mito_entries > SP_Mito.dat
+
+extract_fasta_protein SP_Mito.dat > SP_Mito_gene_db.fst
+
+popd
+
+####
+#
+# Clean swiss-prot fasta file for gene name annotation
+#
+###
+
+pushd rawdata
+
+rename_genes SP_Mito_gene_db.fst > SP_Mito_gene_db.clean_name.fst
+
+clean_strange_gene_name SP_Mito_gene_db.clean_name.fst \
+                      > SP_Mito_gene_db.good_gene.fst
+
+popd
+
+####
+#
+# Prepare the database for all genes
+#
+###
+
+rm -rf genes
+split_by_gene rawdata/SP_Mito_gene_db.good_gene.fst
+
+dereplicate_genes
+
+buildBlastDBs
+
+####
+#
+# Prepare the differente gene databases for CDS annotation
+#
+###
+
+build_core_libraries
+build_shell_libraries
+build_dust_libraries
+build_rps12_library
+
+####
+#
+# Build Annotation file
+#
+###
+
+build_annotate_lst > Annot.lst
+
+# ls ../../mitodb/core/ | grep -v '\.' | sort > core_genes.lst
+# ls | grep -v '\.' | awk '{print tolower($1),$1}' | sort > sp_genes.lst
+# join -a 1 -e xxxx core_genes.lst sp_genes.lst  > join_core.lst
+
+popd
\ No newline at end of file
diff --git a/detectors/ir/.DS_Store b/detectors/ir/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 3b80de6..0000000
Binary files a/detectors/ir/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/detectors/normalize/tools/selectMetazoa.sh b/detectors/normalize/tools/selectMetazoa.sh
new file mode 100755
index 0000000..bdb5d39
--- /dev/null
+++ b/detectors/normalize/tools/selectMetazoa.sh
@@ -0,0 +1,23 @@
+#!/bin/bash
+
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+
+(                                          \
+	for f in $1/*.gbk* ; do                       \
+		if [[ "$f" =~ \.gz$ ]] ; then      \
+			GREP=zgrep;                    \
+	    else                               \
+			GREP=grep;                     \
+	    fi;                                \
+		${GREP} -H -A 1 '  ORGANISM' $f;   \
+    done                                   \
+) | \
+  grep -B 1 Metazoa | \
+  $AwkCmd '{print $1}' | \
+  grep '\.gbk' | \
+  sed -E 's/(^.*\.gbk(.gz)?).$/\1/' | \
+  uniq
\ No newline at end of file
diff --git a/detectors/rrna/.DS_Store b/detectors/rrna/.DS_Store
deleted file mode 100644
index b9850b2..0000000
Binary files a/detectors/rrna/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/detectors/rrna/tools/buildRRNAModels_mito.sh b/detectors/rrna/tools/buildRRNAModels_mito.sh
new file mode 100755
index 0000000..e2c0ee7
--- /dev/null
+++ b/detectors/rrna/tools/buildRRNAModels_mito.sh
@@ -0,0 +1,141 @@
+#!/bin/bash
+#
+#                           BUILD RRNA models
+#
+#========================================================================================
+
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+function fasta1li {
+
+    $AwkCmd '/^>/ {if (sequence) \
+                  {print sequence}; \
+               print $0; \
+               sequence=""} \
+         !/^>/ {sequence = sequence $0} \
+         END {print sequence}' $1
+}
+
+function dereplicate {
+	DATA=$1
+	sumaclust -t 1 $DATA | \
+		fasta1li | \
+		grep -A 1 '^>' | \
+		grep -A1 'cluster_center=True;' | \
+		grep -v -- -- | \
+		sed -E "s/count=[0-9]+; //" | \
+		sed 's/cluster_weight/count/' | \
+		$AwkCmd ' /^>/ {SEQ++;\
+		            match($0,"count=[0-9][0-9]*;");\
+		            count=substr($0,RSTART,RLENGTH);\
+		            $1=$1"_"SEQ;\
+		            print $1,count} \
+			 !/^>/ {print $0}'
+}
+
+
+function clustering {
+	DATA=$1
+	rm -rf $DATA
+	mkdir $DATA
+	sumaclust -t 0.9 $DATA.fasta | \
+		fasta1li > $DATA.clust.fasta
+	cluster=$(grep '^>' $DATA.clust.fasta | \
+	            sed -E 's/.*cluster=([^;]+);.*$/\1/' | \
+	            sort -u)
+	for c in $cluster; do
+		w=$(grep "$c" "${DATA}.clust.fasta" | \
+			head -1 | \
+			sed -E 's/.*cluster_weight=([^;]+);.*$/\1/')
+	    out=$(printf "${DATA}/%05d_%s" $w $c)
+        grep -A1  "$c" "${DATA}.clust.fasta" | \
+           grep -v -- -- > "$out.fasta"
+        muscle -in "$out.fasta" -out "$out.align.fasta"
+	done
+}
+
+function revcomp {
+    $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                  \
+            seqlen=length(seq);                                       \
+            for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                              \
+              print substr(seq,i,60);                                 \
+         }                                                          \
+        function comp(seq) {                                           \
+            "echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA " | getline res;     \
+            close("echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA "); \
+            return res;                                                \
+        }                                                              \
+        function rev(seq) {                                            \
+            "echo "seq" | rev " | getline res;                         \
+            close("echo "seq" | rev ");                                \
+            return res;                                                \
+        }                                                              \
+        function revcomp(seq) {                                        \
+            res=rev(comp(seq));                                        \
+            return res;                                                \
+        }                                                              \
+                                                                       \
+        (seq) && /^>/ {print head;                                     \
+                       printfasta(revcomp(seq));                       \
+                       seq=""}                                         \
+        /^>/   {head=$0}                                               \
+        ! /^>/ {seq=seq$0}                                             \
+        END { print head;                                     \
+              printfasta(revcomp(seq));                       \
+            }' $1
+}
+
+
+pushTmpDir ORG.buildRRNAMito
+	loginfo "Tempdir: $(pwd)"
+
+	openLogFile "${RRNA_DATA_DIR}/rRNA_mito_models.log"
+	
+	loginfo "Selecting Metazoa genebank entries..."
+		METAZOA=$(${PROG_DIR}/../../normalize/tools/selectMetazoa.sh $*) 
+		loginfo " --> $(echo ${METAZOA} | wc -w) entries selected"
+	loginfo "Done"
+	
+	loginfo "Extracting 12S rRNA sequences..."
+		rm -f raw_12S.fasta
+		for f in ${METAZOA}; do
+			loginfo "Extracting 12S rRNA sequences from ${f}..."
+			${PROG_DIR}/extract_ref12S.sh ${f} >> raw_12S.fasta
+		done
+		loginfo " --> $(fastaCount raw_12S.fasta) retreived sequences"
+		dereplicate raw_12S.fasta >> 12S.fasta
+		loginfo " --> $(fastaCount 12S.fasta) distinct sequences"
+	loginfo "Done"
+
+	loginfo "Clustering 12S rRNA sequences..."
+		clustering 12S
+	loginfo "Done"
+	
+	loginfo "Installing 12S rRNA sequences..."
+		cp -r 12S 	"${RRNA_DATA_DIR}/RRNA_12S_mito"
+	loginfo "Done"
+
+
+	loginfo "Extracting 16S rRNA sequences..."
+		rm -f raw_16S.fasta
+		for f in ${METAZOA}; do
+			${PROG_DIR}/extract_ref16S.sh ${f} >> raw_16S.fasta
+		done
+		loginfo " --> $(fastaCount raw_16S.fasta) retreived sequences"
+		dereplicate raw_16S.fasta > 16S.fasta
+		loginfo " --> $(fastaCount 16S.fasta) distinct sequences"
+	loginfo "Done"
+
+	loginfo "Clustering 16S rRNA sequences..."
+		clustering 16S
+	loginfo "Done"
+	
+	loginfo "Installing 16S rRNA sequences..."
+		cp -r 16S 	"${RRNA_DATA_DIR}/RRNA_16S_mito"
+	loginfo "Done"
+
+
+popTmpDir
diff --git a/detectors/rrna/tools/extract_ref12S.sh b/detectors/rrna/tools/extract_ref12S.sh
new file mode 100755
index 0000000..0d07d48
--- /dev/null
+++ b/detectors/rrna/tools/extract_ref12S.sh
@@ -0,0 +1,55 @@
+#!/bin/bash
+#
+
+
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+  $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                            \
+             seqlen=length(seq);                                             \
+             for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                                   \
+                 print substr(seq,i,60);                                    \
+             }                                                               \
+       function comp(seq) {                   						                   \
+              "echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA " | getline res; 	         \
+              close("echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA ");                   \
+              return res;                        						                 \
+             }                                      						             \
+       function rev(seq) {                    						                   \
+              "echo "seq" | rev " | getline res; 						                 \
+              close("echo "seq" | rev ");                                    \
+              return res;                        						                 \
+             }                                      						             \
+       function revcomp(seq) {                						                   \
+              res=rev(comp(seq));                						                 \
+              return res;                        						                 \
+             }                                      						             \
+                                                                             \
+       /^LOCUS / {AC=$2; sequence=""; seqon=0; FROM="";TO=""}                \
+       /^     rRNA  / {LOCUS=$2; STRAND=1}                             \
+       /^     rRNA  / && /complement/ {STRAND=0;                       \
+                                             sub("complement\\(","",LOCUS);  \
+                                             sub("\\)","",LOCUS);    \
+                                            }                      \
+       /12S/ {split(LOCUS,POS,".");         \
+                                     FROM=POS[1];                  \
+                                     TO=POS[3];                    \
+                                     LENGTH=TO-FROM+1              \
+                                    }                              \
+       /^ORIGIN/ {seqon=1}                                         \
+       /^ *[1-9][0-9]* [a-z ]+$/ && seqon {seq=$2 $3 $4 $5 $6 $7;  \
+                                           gsub("[^acgt]","n",seq);\
+                                           sequence=sequence seq   \
+                                          }                        \
+       /^\/\// && FROM    \
+                        {print ">RRNA12S_"AC" Strand="STRAND";",       \
+                               "cut="FROM".."TO";",                \
+                               "seq_length="LENGTH";";             \
+                         SS=substr(sequence,FROM,LENGTH);          \
+                         if (! STRAND)                             \
+                           SS=revcomp(SS);                         \
+                         printfasta(SS);                           \
+       }             \
+      ' $*
diff --git a/detectors/rrna/tools/extract_ref16S.sh b/detectors/rrna/tools/extract_ref16S.sh
index 86b93a3..187fd35 100755
--- a/detectors/rrna/tools/extract_ref16S.sh
+++ b/detectors/rrna/tools/extract_ref16S.sh
@@ -2,7 +2,12 @@
 #
 
 
-  gawk 'function printfasta(seq) {                                            \
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+  $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                            \
              seqlen=length(seq);                                             \
              for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                                   \
                  print substr(seq,i,60);                                    \
diff --git a/detectors/rrna/tools/extract_ref23S.sh b/detectors/rrna/tools/extract_ref23S.sh
index fc210df..6c8d1e7 100755
--- a/detectors/rrna/tools/extract_ref23S.sh
+++ b/detectors/rrna/tools/extract_ref23S.sh
@@ -2,7 +2,12 @@
 #
 
 
-  gawk 'function printfasta(seq) {                                            \
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+  $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                            \
              seqlen=length(seq);                                             \
              for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                                   \
                  print substr(seq,i,60);                                     \
diff --git a/detectors/rrna/tools/extract_ref4.5S.sh b/detectors/rrna/tools/extract_ref4.5S.sh
index 35c2ba5..e7d19a8 100755
--- a/detectors/rrna/tools/extract_ref4.5S.sh
+++ b/detectors/rrna/tools/extract_ref4.5S.sh
@@ -1,8 +1,12 @@
 #!/bin/bash
 #
 
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
 
-  gawk 'function printfasta(seq) {                                            \
+  $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                            \
              seqlen=length(seq);                                             \
              for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                                   \
                  print substr(seq,i,60);                                     \
diff --git a/detectors/rrna/tools/extract_ref5S.sh b/detectors/rrna/tools/extract_ref5S.sh
index 322227b..53773be 100755
--- a/detectors/rrna/tools/extract_ref5S.sh
+++ b/detectors/rrna/tools/extract_ref5S.sh
@@ -2,7 +2,12 @@
 #
 
 
-  gawk 'function printfasta(seq) {                                            \
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+  $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                            \
              seqlen=length(seq);                                             \
              for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                                   \
                  print substr(seq,i,60);                                     \
diff --git a/detectors/rrna/tools/revcomp_alignments.sh b/detectors/rrna/tools/revcomp_alignments.sh
index 7d1d089..6d7c54f 100644
--- a/detectors/rrna/tools/revcomp_alignments.sh
+++ b/detectors/rrna/tools/revcomp_alignments.sh
@@ -11,7 +11,7 @@ source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
 
 
 function revcomp {
-    gawk 'function printfasta(seq) {                                  \
+    $AwkCmd 'function printfasta(seq) {                                  \
             seqlen=length(seq);                                       \
             for (i=1; i <= seqlen; i+=60)                              \
               print substr(seq,i,60);                                 \
diff --git a/detectors/rrna/tools/splitgbk.sh b/detectors/rrna/tools/splitgbk.sh
new file mode 100755
index 0000000..2759e83
--- /dev/null
+++ b/detectors/rrna/tools/splitgbk.sh
@@ -0,0 +1,29 @@
+#!/bin/bash
+#
+#                           splitgbk.sh:
+#                           Split a gbk file in multiple files
+#                           each containing a single sequence
+#
+#========================================================================================
+
+# -- CAUTION -- Works as long than the script 
+#               is not called through a symlink
+THIS_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
+source "${THIS_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
+
+inputfile=$1
+dest=${inputfile/.*/}
+
+mkdir -p $dest
+
+$AwkCmd -v dest="$dest" '/^LOCUS/ {
+            AC=$2;
+            destfile = sprintf("%s/%s.gbk", dest, AC);
+        }
+        { 
+            print $0 >> destfile
+        }
+        /^\/\// {
+            close(destfile);
+        }
+        ' $inputfile
\ No newline at end of file
diff --git a/detectors/trna/bin/go_trna.sh b/detectors/trna/bin/go_trna.sh
index c336a6f..442db7a 100755
--- a/detectors/trna/bin/go_trna.sh
+++ b/detectors/trna/bin/go_trna.sh
@@ -32,7 +32,7 @@ pushTmpDir ORG.trna
 
 	TRNA=$(basename ${QUERY})
 	
-	aragorn -i -w -seq -gc11 ${QUERY} | \
+	aragorn -i -w -seq -gc${2} ${QUERY} | \
 		${AwkCmd} -f ${PROG_DIR}/../lib/aragorn_wrapper.awk
 	
 
diff --git a/detectors/trna/lib/aragorn.man b/detectors/trna/lib/aragorn.man
new file mode 100644
index 0000000..0d3597c
--- /dev/null
+++ b/detectors/trna/lib/aragorn.man
@@ -0,0 +1,390 @@
+'\" t
+.\"     Title: aragorn
+.\"    Author: [see the "AUTHORS" section]
+.\" Generator: DocBook XSL Stylesheets v1.76.1 <http://docbook.sf.net/>
+.\"      Date: 02/24/2013
+.\"    Manual: \ \&
+.\"    Source: \ \&
+.\"  Language: English
+.\"
+.TH "ARAGORN" "1" "02/24/2013" "\ \&" "\ \&"
+.\" -----------------------------------------------------------------
+.\" * Define some portability stuff
+.\" -----------------------------------------------------------------
+.\" ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+.\" http://bugs.debian.org/507673
+.\" http://lists.gnu.org/archive/html/groff/2009-02/msg00013.html
+.\" ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+.ie \n(.g .ds Aq \(aq
+.el       .ds Aq '
+.\" -----------------------------------------------------------------
+.\" * set default formatting
+.\" -----------------------------------------------------------------
+.\" disable hyphenation
+.nh
+.\" disable justification (adjust text to left margin only)
+.ad l
+.\" -----------------------------------------------------------------
+.\" * MAIN CONTENT STARTS HERE *
+.\" -----------------------------------------------------------------
+.SH "NAME"
+aragorn \- detect tRNA genes in nucleotide sequences
+.SH "SYNOPSIS"
+.sp
+\fBaragorn\fR [\fIOPTION\fR]\&... \fIFILE\fR
+.SH "OPTIONS"
+.PP
+\fB\-m\fR
+.RS 4
+Search for tmRNA genes\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-t\fR
+.RS 4
+Search for tRNA genes\&. By default, all are detected\&. If one of
+\fB\-m\fR
+or
+\fB\-t\fR
+is specified, then the other is not detected unless specified as well\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-mt\fR
+.RS 4
+Search for Metazoan mitochondrial tRNA genes\&. tRNA genes with introns not detected\&.
+\fB\-i\fR,
+\fB\-sr\fR
+switchs ignored\&. Composite Metazoan mitochondrial genetic code used\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-mtmam\fR
+.RS 4
+Search for Mammalian mitochondrial tRNA genes\&.
+\fB\-i\fR,
+\fB\-sr\fR
+switchs ignored\&.
+\fB\-tv\fR
+switch set\&. Mammalian mitochondrial genetic code used\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-mtx\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-mt\fR
+but low scoring tRNA genes are not reported\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-mtd\fR
+.RS 4
+Overlapping metazoan mitochondrial tRNA genes on opposite strands are reported\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gc\fR[\fInum\fR]
+.RS 4
+Use the GenBank transl_table = [\fInum\fR] genetic code\&. Individual modifications can be appended using
+\fI,BBB\fR=<aa> B = A,C,G, or T\&. <aa> is the three letter code for an amino\-acid\&. More than one modification can be specified\&. eg
+\fB\-gcvert\fR,aga=Trp,agg=Trp uses the Vertebrate Mitochondrial code and the codons AGA and AGG changed to Tryptophan\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcstd\fR
+.RS 4
+Use standard genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcmet\fR
+.RS 4
+Use composite Metazoan mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcvert\fR
+.RS 4
+Use Vertebrate mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcinvert\fR
+.RS 4
+Use Invertebrate mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcyeast\fR
+.RS 4
+Use Yeast mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcprot\fR
+.RS 4
+Use Mold/Protozoan/Coelenterate mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcciliate\fR
+.RS 4
+Use Ciliate genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcflatworm\fR
+.RS 4
+Use Echinoderm/Flatworm mitochondrial genetic code
+.RE
+.PP
+\fB\-gceuplot\fR
+.RS 4
+Use Euplotid genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcbact\fR
+.RS 4
+Use Bacterial/Plant Chloroplast genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcaltyeast\fR
+.RS 4
+Use alternative Yeast genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcascid\fR
+.RS 4
+Use Ascidian Mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcaltflat\fR
+.RS 4
+Use alternative Flatworm Mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcblep\fR
+.RS 4
+Use Blepharisma genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcchloroph\fR
+.RS 4
+Use Chlorophycean Mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gctrem\fR
+.RS 4
+Use Trematode Mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcscen\fR
+.RS 4
+Use Scenedesmus obliquus Mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-gcthraust\fR
+.RS 4
+Use Thraustochytrium Mitochondrial genetic code\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-tv\fR
+.RS 4
+Do not search for mitochondrial TV replacement loop tRNA genes\&. Only relevant if
+\fB\-mt\fR
+used\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-c7\fR
+.RS 4
+Search for tRNA genes with 7 base C\-loops only\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-i\fR
+.RS 4
+Search for tRNA genes with introns in anticodon loop with maximum length 3000 bases\&. Minimum intron length is 0 bases\&. Ignored if
+\fB\-m\fR
+is specified\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-i\fR[\fImax\fR]
+.RS 4
+Search for tRNA genes with introns in anticodon loop with maximum length [\fImax\fR] bases\&. Minimum intron length is 0 bases\&. Ignored if
+\fB\-m\fR
+is specified\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-i\fR[\fImin\fR],[\fImax\fR]
+.RS 4
+Search for tRNA genes with introns in anticodon loop with maximum length [\fImax\fR] bases, and minimum length [\fImin\fR] bases\&. Ignored if
+\fB\-m\fR
+is specified\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-io\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-i\fR, but allow tRNA genes with long introns to overlap shorter tRNA genes\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-if\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-i\fR, but fix intron between positions 37 and 38 on C\-loop (one base after anticodon)\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-ifo\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-if\fR
+and
+\fB\-io\fR
+combined\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-ir\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-i\fR, but report tRNA genes with minimum length [\fImin\fR] bases rather than search for tRNA genes with minimum length [\fImin\fR] bases\&. With this switch, [\fImin\fR] acts as an output filter, minimum intron length for searching is still 0 bases\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-c\fR
+.RS 4
+Assume that each sequence has a circular topology\&. Search wraps around each end\&. Default setting\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-l\fR
+.RS 4
+Assume that each sequence has a linear topology\&. Search does not wrap\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-d\fR
+.RS 4
+Double\&. Search both strands of each sequence\&. Default setting\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-s\fR or \fB\-s+\fR
+.RS 4
+Single\&. Do not search the complementary (antisense) strand of each sequence\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-sc\fR or \fB\-s\-\fR
+.RS 4
+Single complementary\&. Do not search the sense strand of each sequence\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-ps\fR
+.RS 4
+Lower scoring thresholds to 95% of default levels\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-ps\fR[\fInum\fR]
+.RS 4
+Change scoring thresholds to [\fInum\fR] percent of default levels\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-rp\fR
+.RS 4
+Flag possible pseudogenes (score < 100 or tRNA anticodon loop <> 7 bases long)\&. Note that genes with score < 100 will not be detected or flagged if scoring thresholds are not also changed to below 100% (see \-ps switch)\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-seq\fR
+.RS 4
+Print out primary sequence\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-br\fR
+.RS 4
+Show secondary structure of tRNA gene primary sequence using round brackets\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-fasta\fR
+.RS 4
+Print out primary sequence in fasta format\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-fo\fR
+.RS 4
+Print out primary sequence in fasta format only (no secondary structure)\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-fon\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-fo\fR, with sequence and gene numbering in header\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-fos\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-fo\fR, with no spaces in header\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-fons\fR
+.RS 4
+Same as
+\fB\-fo\fR, with sequence and gene numbering, but no spaces\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-w\fR
+.RS 4
+Print out in Batch mode\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-ss\fR
+.RS 4
+Use the stricter canonical 1\-2 bp spacer1 and 1 bp spacer2\&. Ignored if
+\fB\-mt\fR
+set\&. Default is to allow 3 bp spacer1 and 0\-2 bp spacer2, which may degrade selectivity\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-v\fR
+.RS 4
+Verbose\&. Prints out information during search to STDERR\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-a\fR
+.RS 4
+Print out tRNA domain for tmRNA genes\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-a7\fR
+.RS 4
+Restrict tRNA astem length to a maximum of 7 bases
+.RE
+.PP
+\fB\-aa\fR
+.RS 4
+Display message if predicted iso\-acceptor species does not match species in sequence name (if present)\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-j\fR
+.RS 4
+Display 4\-base sequence on 3\*(Aq end of astem regardless of predicted amino\-acyl acceptor length\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-jr\fR
+.RS 4
+Allow some divergence of 3\*(Aq amino\-acyl acceptor sequence from NCCA\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-jr4\fR
+.RS 4
+Allow some divergence of 3\*(Aq amino\-acyl acceptor sequence from NCCA, and display 4 bases\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-q\fR
+.RS 4
+Dont print configuration line (which switchs and files were used)\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-rn\fR
+.RS 4
+Repeat sequence name before summary information\&.
+.RE
+.PP
+\fB\-O\fR [\fIoutfile\fR]
+.RS 4
+Print output to
+\fI\&. If [\*(Aqoutfile\fR] already exists, it is overwritten\&. By default all output goes to stdout\&.
+.RE
+.SH "DESCRIPTION"
+.sp
+aragorn detects tRNA, mtRNA, and tmRNA genes\&. A minimum requirement is at least a 32 bit compiler architecture (variable types int and unsigned int are at least 4 bytes long)\&.
+.sp
+[\fIFILE\fR] is assumed to contain one or more sequences in FASTA format\&. Results of the search are printed to STDOUT\&. All switches are optional and case\-insensitive\&. Unless \-i is specified, tRNA genes containing introns are not detected\&.
+.SH "AUTHORS"
+.sp
+Bjorn Canback <bcanback@acgt\&.se>, Dean Laslett <gaiaquark@gmail\&.com>
+.SH "REFERENCES"
+.sp
+Laslett, D\&. and Canback, B\&. (2004) ARAGORN, a program for the detection of transfer RNA and transfer\-messenger RNA genes in nucleotide sequences Nucleic Acids Research, 32;11\-16
+.sp
+Laslett, D\&. and Canback, B\&. (2008) ARWEN: a program to detect tRNA genes in metazoan mitochondrial nucleotide sequences Bioinformatics, 24(2); 172\-175\&.
\ No newline at end of file
diff --git a/organnot/Dockerfile b/organnot/Dockerfile
new file mode 100644
index 0000000..06109f6
--- /dev/null
+++ b/organnot/Dockerfile
@@ -0,0 +1,65 @@
+FROM ubuntu:lunar as builder
+LABEL dockerfile.version="1"
+LABEL software="phyloskims"
+
+##
+#
+# Install org-annot
+#
+##
+
+WORKDIR /
+RUN apt update  --fix-missing && apt upgrade -y
+RUN apt install -y build-essential 
+RUN apt install -y git tcsh bash gawk parallel gettext zlib1g-dev libglib2.0-0
+RUN git clone https://git.metabarcoding.org/org-asm/org-annotate.git
+
+#
+# Compile tools
+#
+
+WORKDIR /org-annotate/src
+RUN make
+
+
+##
+#
+# Install Organelle Assembler
+#
+##
+
+WORKDIR "/" 
+RUN apt install -y python3-pip python3-dev python3-venv
+RUN git clone https://git.metabarcoding.org/org-asm/org-asm.git
+RUN python3 -m venv org-assembler 
+WORKDIR "/org-asm" 
+RUN bash -c '../org-assembler/bin/pip3 install -r requirements.txt'
+RUN bash -c '../org-assembler/bin/python3 setup.py install --no-serenity' 
+WORKDIR "/" 
+
+##
+#
+# Install the final image grouping previously compiled softwares
+#
+##
+
+FROM ubuntu:lunar as phyloskims
+WORKDIR /
+RUN apt update  --fix-missing && apt upgrade -y
+RUN apt install -y tcsh bash gawk parallel zlib1g libglib2.0-0 clustalo muscle cd-hit hmmer
+COPY --from=builder /org-annotate /org-annotate
+RUN rm -rf /org-annotate/src
+COPY --from=builder /org-assembler /org-assembler
+COPY --from=builder /org-assembler/bin/oa /bin
+COPY organnot /bin
+RUN  chmod +x /bin/organnot
+#
+# Recompile HMMER models
+#
+WORKDIR /org-annotate/data/its/ITSx_db/HMMs
+RUN rm *.h3*
+RUN for f in *.hmm ; do hmmpress $f ; done
+WORKDIR /
+
+RUN mkdir -p /data
+WORKDIR /data
\ No newline at end of file
diff --git a/organnot/organnot b/organnot/organnot
new file mode 100644
index 0000000..7f0c580
--- /dev/null
+++ b/organnot/organnot
@@ -0,0 +1,3 @@
+#!/bin/bash
+
+/org-annotate/org-annotate.sh $*
diff --git a/src/exonerate/.DS_Store b/src/exonerate/.DS_Store
deleted file mode 100644
index b064811..0000000
Binary files a/src/exonerate/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/src/exonerate/src/exonerate/.DS_Store b/src/exonerate/src/exonerate/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/src/exonerate/src/exonerate/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/src/exonerate/src/libffi/.DS_Store b/src/exonerate/src/libffi/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/src/exonerate/src/libffi/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/Makefile b/src/ncbiblast/binaries/Makefile
index 19ef07c..52cc4c5 100644
--- a/src/ncbiblast/binaries/Makefile
+++ b/src/ncbiblast/binaries/Makefile
@@ -33,7 +33,9 @@ include $(CFGDIR)targets/help.targ
 
 all:: install
 
-extract:
+extract: $(PKGDIR)
+
+$(PKGDIR): $(PKGTAR)
 	test -d $(PKGDIR) || mkdir $(PKGDIR)
 	test -d $(PKGDIR)/bin || $(TAR) zxf $(PKGTAR) -C $(PKGDIR) --strip-components 1
 	
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-darwin.tgz.REMOVED.git-id b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-darwin.tgz.REMOVED.git-id
deleted file mode 100644
index f07bd0c..0000000
--- a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-darwin.tgz.REMOVED.git-id
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-0e7930365b9633d9ade6060599cb0f31825e04d8
\ No newline at end of file
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux.tgz.REMOVED.git-id b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux.tgz.REMOVED.git-id
deleted file mode 100644
index 72984c8..0000000
--- a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux.tgz.REMOVED.git-id
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-f5be2a5e3aae2d9a175aa804f12db0db035cfda5
\ No newline at end of file
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/ChangeLog b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/ChangeLog
new file mode 100644
index 0000000..1b571fa
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/ChangeLog
@@ -0,0 +1,2 @@
+The BLAST+ release notes can be found in
+http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/LICENSE b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/LICENSE
new file mode 100644
index 0000000..f3577c2
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/LICENSE
@@ -0,0 +1,19 @@
+                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
+               National Center for Biotechnology Information
+
+  This software/database is a "United States Government Work" under the
+  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
+  the author's official duties as a United States Government employee and
+  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
+  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
+  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
+
+  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+  Government do not and cannot warrant the performance or results that
+  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+  Government disclaim all warranties, express or implied, including
+  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
+  purpose.
+
+  Please cite the author in any work or product based on this material.
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/README b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/README
new file mode 100644
index 0000000..b5b1764
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/README
@@ -0,0 +1,10 @@
+BLAST Command Line Applications
+
+The NCBI Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of
+local similarity between sequences. The program compares nucleotide or
+protein sequences to sequence databases and calculates the statistical
+significance of matches. BLAST can be used to infer functional and
+evolutionary relationships between sequences as well as help identify
+members of gene families.
+
+For more information, visit http://blast.ncbi.nlm.nih.gov
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blast_formatter b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blast_formatter
new file mode 100755
index 0000000..218d4d0
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blast_formatter differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdb_aliastool b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdb_aliastool
new file mode 100755
index 0000000..6b476f8
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdb_aliastool differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdbcheck b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdbcheck
new file mode 100755
index 0000000..6a3dff5
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdbcheck differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdbcmd b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdbcmd
new file mode 100755
index 0000000..2d1e4ce
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastdbcmd differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastn b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastn
new file mode 100755
index 0000000..218c703
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastn differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastp b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastp
new file mode 100755
index 0000000..30e661f
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastp differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastx b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastx
new file mode 100755
index 0000000..ca83332
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/blastx differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/convert2blastmask b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/convert2blastmask
new file mode 100755
index 0000000..76fdf07
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/convert2blastmask differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/deltablast b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/deltablast
new file mode 100755
index 0000000..93a3901
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/deltablast differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/dustmasker b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/dustmasker
new file mode 100755
index 0000000..a369eed
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/dustmasker differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/legacy_blast.pl b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/legacy_blast.pl
new file mode 100755
index 0000000..6422cf7
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/legacy_blast.pl
@@ -0,0 +1,1359 @@
+#! /usr/bin/perl -w
+# $Id: legacy_blast.pl 195935 2010-06-28 20:32:08Z camacho $
+# ===========================================================================
+#
+#                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
+#               National Center for Biotechnology Information
+#
+#  This software/database is a "United States Government Work" under the
+#  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
+#  the author's official duties as a United States Government employee and
+#  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
+#  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
+#  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
+#
+#  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+#  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+#  Government do not and cannot warrant the performance or results that
+#  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+#  Government disclaim all warranties, express or implied, including
+#  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
+#  purpose.
+#
+#  Please cite the author in any work or product based on this material.
+#
+# ===========================================================================
+#
+# Author:  Christiam Camacho
+#
+# File Description:
+#   Script to convert NCBI C toolkit command line program and arguments into 
+#   NCBI C++ toolkit command line program and arguments for the BLAST suite of
+#   programs
+#
+# ===========================================================================
+
+use strict;
+use warnings;
+use Getopt::Long qw(:config no_ignore_case bundling no_auto_abbrev);
+use Pod::Usage;
+
+use constant DEBUG => 0;
+# Default PATH where binaries will be found
+use constant DEFAULT_PATH => "/usr/bin";
+
+pod2usage({-exitval => 1, -verbose => 2}) if (@ARGV == 0);
+
+my $application = shift;
+my $print_only = "0"; # Determines whether script prints or runs the command
+# This array will contain file names to delete that are created with bl2seq's
+# -A option
+my @files2delete;
+
+my $cmd;
+if ($application eq "blastall") {
+    $cmd = &handle_blastall(\$print_only);
+} elsif ($application eq "megablast") {
+    $cmd = &handle_megablast(\$print_only);
+} elsif ($application eq "blastpgp") {
+    $cmd = &handle_blastpgp(\$print_only);
+} elsif ($application eq "bl2seq") {
+    $cmd = &handle_bl2seq(\$print_only);
+} elsif ($application eq "rpsblast") {
+    $cmd = &handle_rpsblast(\$print_only);
+} elsif ($application eq "fastacmd") {
+    $cmd = &handle_fastacmd(\$print_only);
+} elsif ($application eq "formatdb") {
+    $cmd = &handle_formatdb(\$print_only);
+} elsif ($application eq "seedtop") {
+    $cmd = &handle_seedtop(\$print_only);
+} elsif ($application =~ /version/) {
+    my $revision = '$Revision: 195935 $';
+    $revision =~ s/\$Revision: | \$//g;
+    print "$0 version $revision\n";
+    goto CLEAN_UP;
+} elsif ($application =~ /help/) {
+    pod2usage({-exitval => 1, -verbose => 2});
+} else {
+    die "Application: '$application' is not supported\n";
+}
+
+if ($print_only) {
+    print "$cmd\n";
+} else {
+    print STDERR "$cmd\n" if (DEBUG);
+    my $rv = system($cmd);
+    unless ($rv == 0) {
+        die "Program failed, try executing the command manually.\n"; 
+    }
+}
+
+CLEAN_UP:
+unlink foreach (@files2delete);
+
+# Only add quotation marks in case there are spaces in the database argument
+sub create_db_argument($)
+{
+    my $arg = shift;
+    my $retval = "-db ";
+    $retval .= ( ($arg =~ /\s/) ? "\"$arg\" " : "$arg ");
+    return $retval;
+}
+
+# Converts floating point numbers to integers
+sub convert_float_to_int($)
+{
+    my $float_arg = shift;
+    my $retval = 0;
+    if ($float_arg =~ /(\d+)e([+-])(\d+)/) {
+        $retval = $1;
+        if ($2 eq "+") {
+            $retval *= 10**$3
+        } else {
+            $retval /= 10**$3
+        }
+    } else {
+        $retval = int($float_arg);
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Add the .exe extension for binaries if necessary on windows
+sub add_exe_extension()
+{
+    return ($^O =~ /mswin|cygwin/i) ? ".exe " : " ";
+}
+
+sub convert_sequence_locations($$)
+{
+    my $arg = shift;
+    my $target = shift;
+    my $retval;
+    if (defined $arg) {
+        if ($target eq "query") {
+            $retval .= "-query_loc ";
+        } elsif ($target eq "range") {
+            $retval .= "-range ";
+        } else {
+            $retval .= "-subject_loc ";
+        }
+        my @fields = split(/[ ;,]/, $arg);
+        $retval .= "$fields[0]-$fields[1] ";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+sub convert_filter_string($$)
+{
+    my $filter_string = shift;
+    my $program = shift;
+
+    #print STDERR "Parsing '$filter_string'\n";
+
+    if ($filter_string =~ /F/) {
+        if ($program eq "blastp" or $program eq "tblastn" or 
+            $program eq "blastx" or $program eq "tblastx") {
+            return "-seg no ";
+        } else {
+            return "-dust no ";
+        }
+    }
+
+    my $retval = "";
+    if ($filter_string =~ /S (\d+) (\S+) (\S+)/) {
+        $retval .= "-seg '$1 $2 $3' ";
+    }
+    if ($filter_string =~ /D (\d+) (\d+) (\d+)/) {
+        $retval .= "-dust '$1 $2 $3' ";
+    }
+    if ($filter_string =~ /R -d (\S+)/) {
+        $retval .= "-filtering_db $1 ";
+    } elsif ($filter_string =~ /R\s*;/) {
+        $retval .= "-filtering_db repeat/repeat_9606 ";
+    }
+
+    if ($filter_string =~ /L|T|S|D/ and not ($retval =~ /seg|dust/)) {
+        if ($program eq "blastp" or $program eq "tblastn" or 
+            $program eq "blastx") {
+            $retval .= "-seg yes ";
+        } else {
+            $retval .= "-dust yes ";
+        }
+    }
+
+    if ($filter_string =~ /m/) {
+        $retval .= "-soft_masking true ";
+    }
+    #print STDERR "returning '$retval'\n";
+    return $retval;
+}
+
+sub convert_strand($)
+{
+    my $old_strand_arg = shift;
+    my $retval = "-strand ";
+    if ($old_strand_arg == 1) {
+        $retval .= "plus ";
+    } elsif ($old_strand_arg == 2) {
+        $retval .= "minus ";
+    } else {
+        $retval .= "both ";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Handle the conversion from blastall arguments to the corresponding C++
+# binaries
+sub handle_blastall($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_B, $opt_C, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_I, $opt_J, 
+        $opt_K, $opt_L, $opt_M, $opt_O, $opt_P, $opt_Q, $opt_R, $opt_S, $opt_T, 
+        $opt_U, $opt_V, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, $opt_a, $opt_b, $opt_d, 
+        $opt_e, $opt_f, $opt_g, $opt_i, $opt_l, $opt_m, $opt_n, $opt_o, $opt_p, 
+        $opt_q, $opt_r, $opt_s, $opt_t, $opt_v, $opt_w, $opt_y, $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A=i"            => \$opt_A,
+               "B=i"            => \$opt_B, # not handled, not applicable
+               "C=s"            => \$opt_C,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "K=i"            => \$opt_K,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "Q=i"            => \$opt_Q,
+               "R=s"            => \$opt_R,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V:s"            => \$opt_V, # not handled, not applicable
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f=i"            => \$opt_f,
+               "g:s"            => \$opt_g,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "n:s"            => \$opt_n,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r,
+               "s:s"            => \$opt_s,
+               "t=i"            => \$opt_t,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "w=i"            => \$opt_w,
+               "y=f"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z,
+               );
+
+    unless (defined $opt_p) {
+        die "-p must be provided\n";
+    }
+
+    my $retval = $path;
+    if (defined $opt_p) {
+        if (defined $opt_R) {
+            $retval .= "/tblastn";
+            $retval .= &add_exe_extension();
+            $retval .= "-in_pssm $opt_R ";
+        } elsif (defined $opt_n and $opt_n =~ /t/i) {
+            $retval .= "/blastn";
+            $retval .= &add_exe_extension();
+            $retval .= "-task megablast ";
+        } else {
+            $retval .= "/$opt_p";
+            $retval .= &add_exe_extension();
+            $retval .= "-task blastn " if ($opt_p eq "blastn");
+        }
+    }
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    unless (($retval =~ /\/tblastn/) and defined $opt_R) {
+        $retval .= "-query $opt_i "         if (defined $opt_i);
+    }
+    $retval .= "-gilist $opt_l "            if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    if (defined $opt_A) {
+        if (defined $opt_P and $opt_P ne "0") {
+            print STDERR "Warning: ignoring -P because window size is set\n";
+        }
+        $retval .= "-window_size $opt_A "       
+    }
+    if (defined $opt_P and $opt_P eq "1" and (not defined $opt_A)) {
+        $retval .= "-window_size 0 ";
+    }
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    if (defined $opt_f) {
+        unless ($opt_p eq "blastn") {
+            $retval .= "-min_word_score $opt_f "    
+        } else {
+            print STDERR "Warning: -f is not supported for blastn\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-query_gencode $opt_Q "     if (defined $opt_Q);
+    $retval .= "-db_gencode $opt_D "        if (defined $opt_D);
+    $retval .= "-penalty $opt_q "           if (defined $opt_q);
+    $retval .= "-reward $opt_r "            if (defined $opt_r);
+    $retval .= "-culling_limit $opt_K "     if (defined $opt_K);
+    $retval .= "-max_intron_length $opt_t " if (defined $opt_t);
+    $retval .= "-frame_shift_penalty $opt_w " if (defined $opt_w);
+    $retval .= "-comp_based_stats $opt_C "  if (defined $opt_C);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "query") if ($opt_L);
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_g and $opt_g =~ /f/i) {
+        $retval .= "-ungapped ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    $retval .= &convert_strand($opt_S) if (defined $opt_S and not
+                                           ($opt_p ne "blastp" or 
+                                            $opt_p ne "tblastn"));
+    if (defined $opt_s and (length($opt_s) == 0 or $opt_s =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-use_sw_tback ";
+    }
+
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, $opt_p);
+    } elsif (not defined $opt_F and $opt_p eq "blastp") {
+        $retval .= &convert_filter_string("T", $opt_p);
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_seedtop($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_C, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_I, $opt_J, $opt_K, $opt_M,
+        $opt_O, $opt_S, $opt_X, $opt_d, $opt_e, $opt_f, $opt_i, $opt_k, $opt_o,
+        $opt_p, $opt_q, $opt_r);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "C=i"            => \$opt_C,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F:s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "K=i"            => \$opt_K,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f:s"            => \$opt_f,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "k=s"            => \$opt_k,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r
+               );
+
+    my $retval = $path;
+    $retval .= "/psiblast";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= "-phi_pattern $opt_k "       if (defined $opt_k);
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    my $query_is_protein = "1";
+    if (defined $opt_p) {
+        unless ($opt_p eq "patseedp") {
+            die "Only patseedp program is supported\n";
+        }
+        # Change query_is_protein if other programs are supported
+    } else {
+        die "Program must be specified\n";
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F,
+                                          ($query_is_protein eq "1")
+                                          ? "blastp" : "blastn");
+    }
+
+    # Unsupported options
+    if (defined $opt_D) {
+        print STDERR "Warning: -D option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_S) {
+        print STDERR "Warning: -S option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_C) {
+        print STDERR "Warning: -C option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_q) {
+        print STDERR "Warning: -q option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_r) {
+        print STDERR "Warning: -r option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_f) {
+        print STDERR "Warning: -f option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_K) {
+        print STDERR "Warning: -K option is not supported!\n";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_megablast($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_H, $opt_I, $opt_J, 
+        $opt_L, $opt_M, $opt_N, $opt_O, $opt_P, $opt_Q, $opt_R, $opt_S, 
+        $opt_T, $opt_U, $opt_V, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, $opt_a, 
+        $opt_b, $opt_d, $opt_e, $opt_f, $opt_g, $opt_i, $opt_l, $opt_m, 
+        $opt_n, $opt_o, $opt_p, $opt_q, $opt_r, $opt_s, $opt_t, $opt_v, 
+        $opt_y, $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A=i"            => \$opt_A,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "H=i"            => \$opt_H,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "M=i"            => \$opt_M,
+               "N=i"            => \$opt_N,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P, # no equivalent in new engine
+               "Q=s"            => \$opt_Q,
+               "R:s"            => \$opt_R,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V:s"            => \$opt_V, # not handled, not applicable
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f:s"            => \$opt_f,
+               "g:s"            => \$opt_g,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "n:s"            => \$opt_n,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=f"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r,
+               "s=i"            => \$opt_s,
+               "t=i"            => \$opt_t,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "y=i"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z
+               );
+    my $retval = $path;
+
+    $retval .= "/blastn";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-gilist $opt_l "            if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-penalty $opt_q "           if (defined $opt_q);
+    $retval .= "-reward $opt_r "            if (defined $opt_r);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    if (defined $opt_t) {
+        $retval .= "-template_length $opt_t ";
+        # Set the template type to the default value in megablast if not
+        # provided, as blastn requires it
+        $opt_N = 0 unless (defined $opt_N); 
+    }
+    $retval .= "-window_size $opt_A "       if (defined $opt_A);
+    if (defined $opt_N) {
+        $retval .= "-template_type coding " if ($opt_N == 0);
+        $retval .= "-template_type optimal " if ($opt_N == 1);
+        $retval .= "-template_type coding_and_optimal " if ($opt_N == 2);
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, "blastn");
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+
+
+    $retval .= "-perc_identity $opt_p " if (defined $opt_p);
+    $retval .= "-min_raw_gapped_score $opt_s " if (defined $opt_s);
+    $retval .= &convert_strand($opt_S) if (defined $opt_S);
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "query") if ($opt_L);
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_n and (length($opt_n) == 0 or $opt_n =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-no_greedy ";
+    }
+
+    # Unsupported options
+    # This option can be safely ignored
+    #if (defined $opt_M) {
+    #    print STDERR "Warning: -M option is ignored\n";
+    #}
+
+    my $tab_with_acc =
+        "-outfmt \"7 qacc sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend " .
+        "sstart send evalue bitscore\" ";
+
+    # Here are some combinations of options and their equivalent conversion to
+    # the -outfmt option:
+    # NOTE: only in the last case we use sgi as the user explicitely requests
+    # the GIs to be shown (via -I), thus we assume the database/subjects will
+    # have GIs. We don't do the same for accessions, because if these are not
+    # available, an ordinal ID gets printed.
+    # -J -D3 -R -fF = -outfmt "7 qacc sseqid pident length mismatch gapopen
+    # qstart qend sstart send evalue bitscore"
+    # -J -D3 -R -fT = -outfmt "7 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen
+    # qstart qend sstart send evalue bitscore"
+    # -J -D3 -R -fT -I = -outfmt "7 qgi sgi pident length mismatch gapopen
+    # qstart qend sstart send evalue bitscore"
+
+    if (defined $opt_D) {
+        if ($opt_D == 3) {  # tabular output
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/$tab_with_acc/) {
+                $retval .= "$tab_with_acc ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } elsif ($opt_D == 2) { # traditional BLAST output
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 0/) {
+                $retval .= "-outfmt 0 ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } elsif ($opt_D == 4) { # text ASN.1
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+                $retval .= "-outfmt 8 ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } elsif ($opt_D == 5) { # binary ASN.1
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 9/) {
+                $retval .= "-outfmt 9 ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } else {
+            print STDERR "Warning: -D option with value $opt_D is not " .
+                "supported!\n";
+        }
+    }
+
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+        $retval =~ s/qacc/qgi/;
+        $retval =~ s/sseqid/sgi/;
+    }
+    # -fF is the default, if -f or -fT is specified, we assume that's what's
+    # desired and we apply a modification to the previously set output format
+    # (we can safely assume this b/c -f only works with -D3)
+    if (defined $opt_f and (length($opt_f) == 0 or $opt_f =~ /t/i)) {
+        $retval =~ s/qacc/qseqid/;
+    }
+    if (defined $opt_R and not ($retval =~ /-outfmt.*7/)) {
+        print STDERR "Warning: -R option is deprecated, please rely on the ".
+            "application's exit code to determine its success or failure.\n" .
+            "0 means success, non-zero means failure\n";
+    }
+    # Deprecated options
+    if (defined $opt_g and $opt_g =~ /f/i) {
+        print STDERR "Warning: -g option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_H) {
+        print STDERR "Warning -H option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_Q) {
+        print STDERR "Warning: -Q option is deprecated\n";
+    }
+    if (defined $opt_P) {
+        print STDERR "Warning: -P option is deprecated\n";
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_blastpgp($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_B, $opt_C, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_H, $opt_I, 
+        $opt_J, $opt_K, $opt_L, $opt_M, $opt_N, $opt_O, $opt_P, $opt_Q, 
+        $opt_R, $opt_S, $opt_T, $opt_U, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, 
+        $opt_a, $opt_b, $opt_c, $opt_d, $opt_e, $opt_f, $opt_h, $opt_i, 
+        $opt_j, $opt_k, $opt_l, $opt_m, $opt_o, $opt_p, $opt_q, $opt_s, 
+        $opt_t, $opt_u, $opt_v, $opt_y, $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A=i"            => \$opt_A,
+               "B=s"            => \$opt_B,
+               "C=s"            => \$opt_C,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "H=i"            => \$opt_H,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "K=i"            => \$opt_K,
+               "L=i"            => \$opt_L,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "N=f"            => \$opt_N,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "Q=s"            => \$opt_Q,
+               "R=s"            => \$opt_R,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "c=i"            => \$opt_c,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f=i"            => \$opt_f,
+               "h=f"            => \$opt_h,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "j=i"            => \$opt_j,
+               "k=s"            => \$opt_k,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "s:s"            => \$opt_s,
+               "t=s"            => \$opt_t,
+               "u=i"            => \$opt_u,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "y=f"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z
+               );
+    my $retval = $path . "/psiblast";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+
+    my $query_is_protein = "1";
+
+    if (defined $opt_p and not ($opt_p ne "blastpgp" or
+                                $opt_p ne "patseedp")) {
+        die "Program '$opt_p' not implemented\n";
+    }
+
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= "-gilist $opt_l "            if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-gap_trigger $opt_N "       if (defined $opt_N);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    $retval .= "-num_iterations $opt_j "    if (defined $opt_j);
+    $retval .= "-min_word_score $opt_f "    if (defined $opt_f);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    $retval .= "-pseudocount $opt_c "       if (defined $opt_c);
+    $retval .= "-inclusion_ethresh $opt_h " if (defined $opt_h);
+    if (defined $opt_A) {
+        if (defined $opt_P and $opt_P ne "0") {
+            print STDERR "Warning: ignoring -P because window size is set\n";
+        }
+        $retval .= "-window_size $opt_A "       
+    }
+    if (defined $opt_P and $opt_P eq "1" and (not defined $opt_A)) {
+        $retval .= "-window_size 0 ";
+    }
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-culling_limit $opt_K "     if (defined $opt_K);
+    $retval .= "-comp_based_stats $opt_t "  if (defined $opt_t);
+    $retval .= "-phi_pattern $opt_k "       if (defined $opt_k);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    $retval .= "-out_ascii_pssm $opt_Q "    if (defined $opt_Q);
+    $retval .= "-in_msa $opt_B "            if (defined $opt_B);
+
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    if (defined $opt_s and (length($opt_s) == 0 or $opt_s =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-use_sw_tback ";
+    }
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, 
+                                          ($query_is_protein eq "1")
+                                          ? "blastp" : "blastn");
+    }
+
+    my $location = "";
+    $location .= $opt_S if (defined $opt_S);
+    if (defined $opt_H) {
+        if ($location eq "") {
+            $location = "0,$opt_H";
+        } else {
+            $location .= ",$opt_H";
+        }
+    }
+    if ($location ne "") {
+        $location .= ",-1" unless (defined $opt_H);
+        $retval .= &convert_sequence_locations($location, "query");
+    }
+
+    # Checkpoint file recovery
+    if (defined $opt_R) {
+        if (defined $opt_q and $opt_q ne "0") {
+            $retval .= "-in_pssm $opt_R " 
+        } else {
+            die "ERROR: recovery from C toolkit checkpoint " .
+                "file format not supported\n";
+        }
+    }
+
+    # Checkpoint file saving
+    if (defined $opt_C) {
+        if (defined $opt_C and $opt_u ne "0") {
+            $retval .= "-out_pssm $opt_C "          
+        } else {
+            die "ERROR: saving PSSM to C toolkit checkpoint " .
+                "file format not supported\n";
+        }
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+# Tested: all conversions should work
+sub handle_bl2seq
+{
+    use File::Temp qw(:POSIX);  # for tmpnam
+
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_I, $opt_J, $opt_M, 
+        $opt_S, $opt_T, $opt_U, $opt_V, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_a, 
+        $opt_d, $opt_e, $opt_g, $opt_i, $opt_j, $opt_m, $opt_o, $opt_p, 
+        $opt_q, $opt_r, $opt_t);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A:s"            => \$opt_A,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "I=s"            => \$opt_I,
+               "J=s"            => \$opt_J,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V:s"            => \$opt_V, # not handled, not applicable
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "a=s"            => \$opt_a,
+               "d=f"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "g:s"            => \$opt_g,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "j=s"            => \$opt_j,
+               "m:s"            => \$opt_m,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r,
+               "t=i"            => \$opt_t
+               );
+    my $retval = $path;
+
+    unless (defined $opt_i and defined $opt_j) {
+        die "-i and -j are required in bl2seq\n";
+    }
+
+    if (defined $opt_p) {
+        $retval .= "/$opt_p";
+        $retval .= &add_exe_extension();
+    } else {
+        die "Program must be specified via the -p option\n";
+    }
+    unless (defined $opt_A) {
+        $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+        $retval .= "-subject $opt_j "           if (defined $opt_j);
+    } else {
+        # The -A option is not supported, so we create temporary files to
+        # simulate it (example input: bl2seq -i129295 -j104501 -pblastp -A)
+        my $query_fname = tmpnam();
+        open(Q, ">$query_fname") or die "Failed to open $query_fname: $!\n";
+        print Q "$opt_i" and close(Q);
+        push @files2delete, $query_fname;
+
+        my $subj_fname = tmpnam();
+        open(S, ">$subj_fname") or die "Failed to open $subj_fname: $!\n";
+        print S "$opt_j" and close(S);
+        push @files2delete, $subj_fname;
+        if (DEBUG) {
+            print STDERR "Created temp. files $query_fname and $subj_fname\n";
+        }
+
+        $retval .= "-query $query_fname -subject $subj_fname ";
+        if ($$print_only) {
+            print STDERR "Warning: arguments to -query and -subject must be ";
+            print STDERR "files containing the\narguments to bl2seq's -i and ";
+            print STDERR "-j arguments respectively.\n";
+        }
+    }
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_a) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_a /) {
+            $retval .= "-out $opt_a ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_D and $opt_D =~ /1/) {
+        if ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 7/) {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        } else {
+            $retval .= "-outfmt 7 ";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    $retval .= "-penalty $opt_q "           if (defined $opt_q);
+    $retval .= "-reward $opt_r "            if (defined $opt_r);
+    $retval .= &convert_strand($opt_S)      if (defined $opt_S);
+    $retval .= "-max_intron_length $opt_t " if (defined $opt_t);
+    $retval .= "-dbsize $opt_d "            if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_m and (length($opt_m) == 0 or $opt_m =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-task megablast ";
+    }
+    if (defined $opt_g and $opt_g =~ /f/i) {
+        $retval .= "-ungapped ";
+    }
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_I, "query") if ($opt_I);
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_J, "subject") if ($opt_J);
+
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, $opt_p);
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_rpsblast
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_F, $opt_I, $opt_J, $opt_L, $opt_N, $opt_O, $opt_P, $opt_T, 
+        $opt_U, $opt_V, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, $opt_a, $opt_b, $opt_d, 
+        $opt_e, $opt_i, $opt_l, $opt_m, $opt_o, $opt_p, $opt_v, $opt_y, 
+        $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "N=f"            => \$opt_N,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V=s"            => \$opt_V,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p:s"            => \$opt_p,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "y=f"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z
+               );
+    my $retval = $path;
+
+    if (defined $opt_p and $opt_p =~ /f/i) {
+        $retval .= "/rpstblastn";
+    } else {
+        $retval .= "/rpsblast";
+    }
+    $retval .= &add_exe_extension();
+
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-min_raw_gapped_score $opt_N " if (defined $opt_N);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    if (defined $opt_P and $opt_P eq "1") {
+        $retval .= "-window_size 0 ";
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, "blastp");
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "query") if ($opt_L);
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_fastacmd
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_d, $opt_p, $opt_s, $opt_i, $opt_a, $opt_l, $opt_t, $opt_o,
+        $opt_c, $opt_D, $opt_L, $opt_S, $opt_T, $opt_I, $opt_P);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "a:s"            => \$opt_a,
+               "c:s"            => \$opt_c,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=i"            => \$opt_l,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "s=s"            => \$opt_s,
+               "t:s"            => \$opt_t
+               );
+
+    my $retval = $path . "/blastdbcmd";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    if (defined $opt_p) {
+        $retval .= "-dbtype ";
+        if ($opt_p =~ /p/i) {
+            $retval .= "prot ";
+        } elsif ($opt_p =~ /f/i) {
+            $retval .= "nucl ";
+        } else {
+            $retval .= "guess ";
+        }
+    }
+    $retval .= "-entry $opt_s "             if (defined $opt_s);
+    $retval .= "-entry_batch $opt_i "       if (defined $opt_i);
+    $retval .= "-line_length $opt_l "       if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    $retval .= "-pig $opt_P "               if (defined $opt_P);
+    if (defined $opt_D) {
+        $retval .= "-entry all -outfmt ";
+        if ($opt_D eq '1') {
+            $retval .= "\%f ";
+        } elsif ($opt_D eq '2') {
+            $retval .= "\%g ";
+        } elsif ($opt_D eq '3') {
+            $retval .= "\%a ";
+        } else {
+            die "Invalid argument to -D\n";
+        }
+    }
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "range") if ($opt_L);
+    $retval .= &convert_strand($opt_S) if (defined $opt_S);
+    if (defined $opt_T) {
+        #print STDERR "Warning: -T option is not supported, please use " .
+        #    "the -outfmt option to blastdbcmd with \%T, \%L, or \%S as an " .
+        #    "argument\n";
+        $retval .= "-outfmt \"NCBI Taxonomy id: \%T; Common name: \%L; ";
+        $retval .= "Scientific name: \%S\" ";
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-info ";
+    }
+    if (defined $opt_a and (length($opt_a) == 0 or $opt_a =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-get_dups ";
+    }
+    if (defined $opt_t and (length($opt_t) == 0 or $opt_t =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-target_only ";
+    }
+    if (defined $opt_c and (length($opt_c) == 0 or $opt_c =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-ctrl_a ";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_formatdb
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_B, $opt_F, $opt_L, $opt_T, $opt_V, $opt_a, $opt_b, $opt_e, $opt_i,
+        $opt_l, $opt_n, $opt_o, $opt_p, $opt_s, $opt_t, $opt_v);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "B=s"            => \$opt_B,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "T=s"            => \$opt_T,
+               "V:s"            => \$opt_V,
+               "a:s"            => \$opt_a,
+               "b:s"            => \$opt_b,
+               "e:s"            => \$opt_e,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "n=s"            => \$opt_n,
+               "o:s"            => \$opt_o,
+               "p:s"            => \$opt_p,
+               "s:s"            => \$opt_s,
+               "t=s"            => \$opt_t,
+               "v=i"            => \$opt_v
+               );
+
+    my $retval = $path;
+    if (defined $opt_L) {
+        $retval .= "/blastdb_aliastool";
+        die "-i is required\n" unless (defined $opt_i);
+        die "-F is required\n" unless (defined $opt_F);
+    } else {
+        $retval .= "/makeblastdb";
+    }
+    $retval .= &add_exe_extension();
+
+    if (defined $opt_B) {
+        die "-F option must be specified with -B\n" unless (defined $opt_F);
+        $retval = $path . "/blastdb_aliastool";
+        $retval .= &add_exe_extension();
+        $retval .= "-gi_file_in $opt_F -gi_file_out $opt_B";
+        return $retval;
+    }
+
+    $retval .= "-title \"$opt_t\" "         if (defined $opt_t);
+    if (defined $opt_p) {
+        $retval .= "-dbtype ";
+        if ((length($opt_p) == 0 or $opt_p =~ /t/i)) {
+            $retval .= "prot ";
+        } else {
+            $retval .= "nucl ";
+        }
+    }
+    if ($retval =~ /blastdb_aliastool/) {
+        $retval .= "-out $opt_L "               if (defined $opt_L);
+        if (defined $opt_i and not defined $opt_n) {
+            $retval .= &create_db_argument($opt_i);
+        }
+        # there's no -n in blastdb_aliastool, as we copy the argument value
+        # verbatim into the DBLIST field of the alias file, so we make
+        # formatdb's -n option tool override -i
+        $retval .= &create_db_argument($opt_n)  if (defined $opt_n);
+    } else {
+        $retval .= "-out $opt_n "               if (defined $opt_n);
+        $retval .= "-in $opt_i "                if (defined $opt_i);
+    }
+    $retval .= "-gilist $opt_F "            if (defined $opt_F);
+    $retval .= "-logfile $opt_l "           if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-taxid-map $opt_T "           if (defined $opt_T);
+
+    if (defined $opt_o and (length($opt_o) == 0 or $opt_o =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_seqids ";
+    }
+    if (defined $opt_a) {
+        print STDERR "Warning: -a option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_b) {
+        print STDERR "Warning: -b option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_e) {
+        print STDERR "Warning: -e option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_s) {
+        print STDERR "Warning: -s option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_V) {
+        print STDERR "Warning: -V option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_v) {
+        print STDERR "Warning: -v option is not supported, please use " .
+            "the -max_file_sz option to makeblastdb\n";
+    }
+    return $retval;
+}
+__END__
+
+=head1 NAME
+
+B<legacy_blast.pl> - Convert BLAST command line invocations from NCBI C 
+toolkit's implementation to NCBI C++ toolkit's implementation.
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+legacy_blast.pl <C toolkit command line program and arguments> [--print_only] 
+[--path /path/to/binaries] 
+legacy_blast.pl [--version]
+legacy_blast.pl [--help]
+
+=head1 OPTIONS
+
+=over 2
+
+=item B<--path>
+
+Use the provided path as the location of the BLAST binaries to execute/print
+(default: /usr/bin).
+
+=item B<--print_only>
+
+Print the equivalent command line option instead of running the command
+(default: false).
+
+=item B<--version>
+
+Prints this script's version. Must be invoked as the first and only argument to
+this script.
+
+=back
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+This script converts and runs the equivalent NCBI C toolkit command line BLAST 
+program and arguments provided to it (whenever possible) to NCBI C++ tookit 
+BLAST programs. Note that to specify options to this script they B<MUST> use 2
+dashes to prefix the options B<AND> be listed at the end of the command line
+invocation to convert.
+
+=head1 EXIT CODES
+
+This script returns 0 on success and a non-zero value on errors.
+
+=head1 BUGS
+
+Please report them to <blast-help@ncbi.nlm.nih.gov>
+
+=head1 COPYRIGHT
+
+See PUBLIC DOMAIN NOTICE included at the top of this script.
+
+=cut
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makeblastdb b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makeblastdb
new file mode 100755
index 0000000..dc45a61
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makeblastdb differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makembindex b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makembindex
new file mode 100755
index 0000000..6051c96
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makembindex differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makeprofiledb b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makeprofiledb
new file mode 100755
index 0000000..ff85286
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/makeprofiledb differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/psiblast b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/psiblast
new file mode 100755
index 0000000..33d86ad
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/psiblast differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/rpsblast b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/rpsblast
new file mode 100755
index 0000000..55ad4e3
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/rpsblast differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/rpstblastn b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/rpstblastn
new file mode 100755
index 0000000..5bd7fa1
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/rpstblastn differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/segmasker b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/segmasker
new file mode 100755
index 0000000..b3cc4eb
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/segmasker differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/tblastn b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/tblastn
new file mode 100755
index 0000000..aece398
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/tblastn differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/tblastx b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/tblastx
new file mode 100755
index 0000000..5e77416
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/tblastx differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/update_blastdb.pl b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/update_blastdb.pl
new file mode 100755
index 0000000..6f59aec
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/update_blastdb.pl
@@ -0,0 +1,405 @@
+#!/usr/bin/perl
+# $Id: update_blastdb.pl 446090 2014-09-11 12:12:27Z ivanov $
+# ===========================================================================
+#
+#                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
+#               National Center for Biotechnology Information
+#
+#  This software/database is a "United States Government Work" under the
+#  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
+#  the author's official duties as a United States Government employee and
+#  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
+#  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
+#  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
+#
+#  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+#  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+#  Government do not and cannot warrant the performance or results that
+#  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+#  Government disclaim all warranties, express or implied, including
+#  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
+#  purpose.
+#
+#  Please cite the author in any work or product based on this material.
+#
+# ===========================================================================
+#
+# Author:  Christiam Camacho
+#
+# File Description:
+#   Script to download the pre-formatted BLAST databases from the NCBI ftp
+#   server.
+#
+# ===========================================================================
+
+use strict;
+use warnings;
+use Net::FTP;
+use Getopt::Long;
+use Pod::Usage;
+use File::stat;
+use Digest::MD5;
+use Archive::Tar;
+use List::MoreUtils qw(uniq);
+
+use constant NCBI_FTP => "ftp.ncbi.nlm.nih.gov";
+use constant BLAST_DB_DIR => "/blast/db";
+use constant USER => "anonymous";
+use constant PASSWORD => "anonymous";
+use constant DEBUG => 0;
+use constant MAX_DOWNLOAD_ATTEMPTS => 3;
+use constant EXIT_FAILURE => 2;
+
+# Process command line options
+my $opt_verbose = 1;
+my $opt_quiet = 0;
+my $opt_force_download = 0;     
+my $opt_help = 0;
+my $opt_passive = 0;
+my $opt_timeout = 120;
+my $opt_showall = 0;
+my $opt_show_version = 0;
+my $opt_decompress = 0;
+my $result = GetOptions("verbose+"      =>  \$opt_verbose,
+                        "quiet"         =>  \$opt_quiet,
+                        "force"         =>  \$opt_force_download,
+                        "passive"       =>  \$opt_passive,
+                        "timeout=i"     =>  \$opt_timeout,
+                        "showall"       =>  \$opt_showall,
+                        "version"       =>  \$opt_show_version,
+                        "decompress"    =>  \$opt_decompress,
+                        "help"          =>  \$opt_help);
+$opt_verbose = 0 if $opt_quiet;
+die "Failed to parse command line options\n" unless $result;
+pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) if $opt_help;
+pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) unless (scalar @ARGV or 
+                                                  $opt_showall or
+                                                  $opt_show_version);
+
+my $exit_code = 0;
+$|++;
+
+# Connect and download files
+my $ftp = &connect_to_ftp() unless ($opt_show_version);
+if ($opt_show_version) {
+    my $revision = '$Revision: 446090 $';
+    $revision =~ s/\$Revision: | \$//g;
+    print "$0 version $revision\n";
+} elsif ($opt_showall) {
+    print "$_\n" foreach (sort(&get_available_databases()));
+} else {
+    my @files = sort(&get_files_to_download());
+    my @files2decompress;
+    $exit_code = &download(\@files, \@files2decompress);
+    if ($exit_code == 1) {
+        foreach (@files2decompress) {
+            $exit_code = &decompress($_);
+            last if ($exit_code != 1);
+        }
+    }
+}
+$ftp->quit() unless ($opt_show_version);
+
+exit($exit_code);
+
+# Connects to NCBI ftp server
+sub connect_to_ftp
+{
+    my %ftp_opts;
+    $ftp_opts{'Passive'} = 1 if $opt_passive;
+    $ftp_opts{'Timeout'} = $opt_timeout if ($opt_timeout >= 0);
+    $ftp_opts{'Debug'}   = 1 if ($opt_verbose > 1);
+    my $ftp = Net::FTP->new(NCBI_FTP, %ftp_opts)
+        or die "Failed to connect to " . NCBI_FTP . ": $!\n";
+    $ftp->login(USER, PASSWORD) 
+        or die "Failed to login to " . NCBI_FTP . ": $!\n";
+    $ftp->cwd(BLAST_DB_DIR);
+    $ftp->binary();
+    print "Connected to NCBI\n" if $opt_verbose;
+    return $ftp;
+}
+
+# Gets the list of available databases on NCBI FTP site
+sub get_available_databases
+{
+    my @blast_db_files = $ftp->ls();
+    my @retval = ();
+
+    foreach (@blast_db_files) {
+        next unless (/\.tar\.gz$/);
+        push @retval, &extract_db_name($_);
+    }
+    return uniq @retval;
+}
+
+# Obtains the list of files to download
+sub get_files_to_download
+{
+    my @blast_db_files = $ftp->ls();
+    my @retval = ();
+
+    if ($opt_verbose > 2) {
+        print "Found the following files on ftp site:\n";
+        print "$_\n" for (@blast_db_files);
+    }
+
+    if (grep(/gss/, @ARGV) and not grep(/gss_annot/, @ARGV)) {
+        push @ARGV, qw(gss_annot);
+    }
+
+    for my $requested_db (@ARGV) {
+        for my $file (@blast_db_files) {
+            next unless ($file =~ /\.tar\.gz$/);    
+            if ($file =~ /^$requested_db\..*/) {
+                push @retval, $file;
+            }
+        }
+    }
+
+    if ($opt_verbose) {
+        for my $requested_db (@ARGV) {
+            unless (grep(/$requested_db/, @retval)) {
+                print STDERR "$requested_db not found, skipping.\n" 
+            }
+        }
+    }
+
+    return @retval;
+}
+
+# Download the requested files only if their checksum files are missing or if
+# these (or the archives) are newer in the FTP site. Returns 0 if no files were
+# downloaded, 1 if at least one file was downloaded (so that this can be the
+# application's exit code)
+sub download($$)
+{
+    my @requested_dbs = @ARGV;
+    my @files2download = @{$_[0]};
+    my $files2decompress = $_[1];
+    my $retval = 0;
+
+    for my $file (@files2download) {
+
+        my $attempts = 0;   # Download attempts for this file
+        if ($opt_verbose and &is_multivolume_db($file) and $file =~ /\.00\./) {
+            my $db_name = &extract_db_name($file);
+            my $nvol = &get_num_volumes($db_name, @files2download);
+            print "Downloading $db_name (" . $nvol . " volumes) ...\n" unless ($opt_quiet);
+        }
+
+        # We preserve the checksum files as evidence of the downloaded archive
+        my $checksum_file = "$file.md5";
+        my $new_download = (-e $checksum_file ? 0 : 1);
+        my $update_available = ($new_download or 
+                    ((stat($checksum_file))->mtime < $ftp->mdtm($checksum_file)));
+        if (-e $file and (stat($file)->mtime < $ftp->mdtm($file))) {
+            $update_available = 1;
+        }
+
+download_file:
+        if ($opt_force_download or $new_download or $update_available) {
+            print "Downloading $file..." if $opt_verbose;
+            $ftp->get($file);
+            unless ($ftp->get($checksum_file)) {
+                print STDERR "Failed to download $checksum_file!\n";
+                return EXIT_FAILURE;
+            }
+            my $rmt_digest = &read_md5_file($checksum_file);
+            my $lcl_digest = &compute_md5_checksum($file);
+            print "\nRMT $file Digest $rmt_digest" if (DEBUG);
+            print "\nLCL $file Digest $lcl_digest\n" if (DEBUG);
+            if ($lcl_digest ne $rmt_digest) {
+                unlink $file, $checksum_file;
+                if (++$attempts >= MAX_DOWNLOAD_ATTEMPTS) {
+                    print STDERR "too many failures, aborting download!\n";
+                    return EXIT_FAILURE;
+                } else {
+                    print "corrupt download, trying again.\n";
+                    goto download_file;
+                }
+            }
+            push @$files2decompress, $file if ($opt_decompress);
+            print " [OK]\n" if $opt_verbose;
+            $retval = 1 if ($retval == 0);
+        } else {
+            if ($opt_decompress and -f $file) {
+                push @$files2decompress, $file;
+                $retval = 1;
+            } else {
+                my $msg = ($opt_decompress 
+                           ? "The contents of $file are up to date in your system." 
+                           : "$file is up to date.");
+                print "$msg\n" if $opt_verbose;
+            }
+        }
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Try to decompress using /bin/tar as Archive::Tar is known to be slower (as
+# it's pure perl)
+sub _decompress_impl($)
+{
+    my $file = shift;
+    unless ($^O =~ /win/i) {
+        local $ENV{PATH} = "/bin:/usr/bin";
+        my $cmd = "gzip -cd $file 2>/dev/null | tar xf - 2>/dev/null";
+        return 1 unless (system($cmd));
+    }
+    return Archive::Tar->extract_archive($file, 1);
+}
+
+# Decompresses the file passed as its argument
+# Returns 1 on success, and 2 on failure, printing an error to STDERR
+sub decompress($)
+{
+    my $file = shift;
+    print "Decompressing $file ..." unless ($opt_quiet);
+    my $succeeded = &_decompress_impl($file);
+    unless ($succeeded) {
+        my $msg = "Failed to decompress $file ($Archive::Tar::error), ";
+        $msg .= "please do so manually.";
+        print STDERR "$msg\n";
+        return EXIT_FAILURE;
+    }
+    unlink $file;   # Clean up archive, but preserve the checksum file
+    print " [OK]\n" unless ($opt_quiet);
+    return 1;
+}
+
+sub compute_md5_checksum($)
+{
+    my $file = shift;
+    my $digest = "N/A";
+    if (open(DOWNLOADED_FILE, $file)) {
+        binmode(DOWNLOADED_FILE);
+        $digest = Digest::MD5->new->addfile(*DOWNLOADED_FILE)->hexdigest;
+        close(DOWNLOADED_FILE);
+    }
+    return $digest;
+}
+
+sub read_md5_file($)
+{
+    my $md5file = shift;
+    open(IN, $md5file);
+    $_ = <IN>;
+    close(IN);
+    my @retval = split;
+    return $retval[0];
+}
+
+# Determine if a given pre-formatted BLAST database file is part of a
+# multi-volume database
+sub is_multivolume_db
+{
+    my $file = shift;
+    return 1 if ($file =~ /\.\d{2,3}\.tar\.gz$/);
+    return 0;
+}
+
+# Extracts the database name from the pre-formatted BLAST database archive file
+# name
+sub extract_db_name
+{
+    my $file = shift;
+    my $retval = "";
+    if (&is_multivolume_db($file)) {
+        $retval = $1 if ($file =~ m/(.*)\.\d{2,3}\.tar\.gz$/);
+    } else {
+        $retval = $1 if ($file =~ m/(.*)\.tar\.gz$/);
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Returns the number of volumes for a BLAST database given the file name of a
+# pre-formatted BLAST database and the list of all databases to download
+sub get_num_volumes
+{
+    my $db = shift;
+    my $retval = 0;
+    foreach (@_) {
+        if (/$db/) {
+            if (/.*\.(\d{2,3})\.tar\.gz$/) {
+                $retval = int($1) if (int($1) > $retval);
+            }
+        }
+    }
+    return $retval + 1;
+}
+
+__END__
+
+=head1 NAME
+
+B<update_blastdb.pl> - Download pre-formatted BLAST databases from NCBI
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+update_blastdb.pl [options] blastdb ...
+
+=head1 OPTIONS
+
+=over 2
+
+=item B<--decompress>
+
+Downloads, decompresses the archives in the current working directory, and
+deletes the downloaded archive to save disk space, while preserving the
+archive checksum files (default: false).
+B<Note>: Using this option may require more computing resources than using
+your system's native decompression tool(s).
+
+=item B<--showall>
+
+Show all available pre-formatted BLAST databases (default: false). The output
+of this option lists the database names which should be used when
+requesting downloads or updates using this script.
+
+=item B<--passive>
+
+Use passive FTP, useful when behind a firewall (default: false).
+
+=item B<--timeout>
+
+Timeout on connection to NCBI (default: 120 seconds).
+
+=item B<--force>
+
+Force download even if there is a archive already on local directory (default:
+false).
+
+=item B<--verbose>
+
+Increment verbosity level (default: 1). Repeat this option multiple times to 
+increase the verbosity level (maximum 2).
+
+=item B<--quiet>
+
+Produce no output (default: false). Overrides the B<--verbose> option.
+
+=item B<--version>
+
+Prints this script's version. Overrides all other options.
+
+=back
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+This script will download the pre-formatted BLAST databases requested in the
+command line from the NCBI ftp site.
+
+=head1 EXIT CODES
+
+This script returns 0 on successful operations that result in no downloads, 1
+on successful operations that downloaded files, and 2 on errors.
+
+=head1 BUGS
+
+Please report them to <blast-help@ncbi.nlm.nih.gov>
+
+=head1 COPYRIGHT
+
+See PUBLIC DOMAIN NOTICE included at the top of this script.
+
+=cut
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/windowmasker b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/windowmasker
new file mode 100755
index 0000000..64a9c9c
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/bin/windowmasker differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/doc/README.txt b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/doc/README.txt
new file mode 100644
index 0000000..0b7325f
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/doc/README.txt
@@ -0,0 +1,2 @@
+The user manual is available in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690
+Release notes are available in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/ncbi_package_info b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/ncbi_package_info
new file mode 100644
index 0000000..e987b15
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31.i386-linux/ncbi_package_info
@@ -0,0 +1,186 @@
+PACKAGE_NAME: blast
+PACKAGE_VERSION: 2.2.31
+PACKAGE_SIGNATURE: ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+PACKAGE_CONFIG: Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+>>>>>  blastp
+
+blastp: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  blastn
+
+blastn: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  blastx
+
+blastx: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  tblastn
+
+tblastn: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  tblastx
+
+tblastx: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  psiblast
+
+psiblast: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  rpsblast
+
+rpsblast: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  rpstblastn
+
+rpstblastn: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  makembindex
+
+makembindex: 0.0.0
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  segmasker
+
+segmasker: 1.0.0
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  dustmasker
+
+dustmasker: 1.0.0
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  windowmasker
+
+windowmasker: 1.0.0
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  deltablast
+
+deltablast: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  makeblastdb
+
+makeblastdb: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  blastdbcmd
+
+blastdbcmd: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  blastdb_aliastool
+
+blastdb_aliastool: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  convert2blastmask
+
+convert2blastmask: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  blastdbcheck
+
+blastdbcheck: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  makeprofiledb
+
+makeprofiledb: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+>>>>>  blast_formatter
+
+blast_formatter: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:20:04
+ ICC_1313-ReleaseMT64--x86_64-unknown-linux2.6.32-gnu2.12-coremake11
+ Linux64-Centos : icc : ./c++/compilers/unix/ICC.sh --with-strip --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-build-root-sfx=--Linux64-Centos-icc --with-ncbi-public --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+
+
+
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/ChangeLog b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/ChangeLog
new file mode 100644
index 0000000..1b571fa
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/ChangeLog
@@ -0,0 +1,2 @@
+The BLAST+ release notes can be found in
+http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/LICENSE b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/LICENSE
new file mode 100644
index 0000000..f3577c2
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/LICENSE
@@ -0,0 +1,19 @@
+                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
+               National Center for Biotechnology Information
+
+  This software/database is a "United States Government Work" under the
+  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
+  the author's official duties as a United States Government employee and
+  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
+  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
+  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
+
+  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+  Government do not and cannot warrant the performance or results that
+  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+  Government disclaim all warranties, express or implied, including
+  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
+  purpose.
+
+  Please cite the author in any work or product based on this material.
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/README b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/README
new file mode 100644
index 0000000..b5b1764
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/README
@@ -0,0 +1,10 @@
+BLAST Command Line Applications
+
+The NCBI Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of
+local similarity between sequences. The program compares nucleotide or
+protein sequences to sequence databases and calculates the statistical
+significance of matches. BLAST can be used to infer functional and
+evolutionary relationships between sequences as well as help identify
+members of gene families.
+
+For more information, visit http://blast.ncbi.nlm.nih.gov
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/README_x86_64 b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/README_x86_64
new file mode 100644
index 0000000..72ddabb
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/README_x86_64
@@ -0,0 +1,8 @@
+#
+# these are non-universal, x84_64 architecture only, binaries
+# from the original NCBI distribution
+#
+# binaries have been liposucted by: 
+# ditto --rsrc -arch x84_64
+#
+
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blast_formatter b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blast_formatter
new file mode 100755
index 0000000..a212def
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blast_formatter differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdb_aliastool b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdb_aliastool
new file mode 100755
index 0000000..c583814
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdb_aliastool differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdbcheck b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdbcheck
new file mode 100755
index 0000000..3a29d2a
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdbcheck differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdbcmd b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdbcmd
new file mode 100755
index 0000000..38a6a27
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastdbcmd differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastn b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastn
new file mode 100755
index 0000000..38eaa17
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastn differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastp b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastp
new file mode 100755
index 0000000..f9c8bb5
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastp differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastx b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastx
new file mode 100755
index 0000000..2a975b2
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/blastx differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/convert2blastmask b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/convert2blastmask
new file mode 100755
index 0000000..ce90bc5
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/convert2blastmask differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/deltablast b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/deltablast
new file mode 100755
index 0000000..1ea8a24
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/deltablast differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/dustmasker b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/dustmasker
new file mode 100755
index 0000000..cc57025
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/dustmasker differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/legacy_blast.pl b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/legacy_blast.pl
new file mode 100755
index 0000000..6422cf7
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/legacy_blast.pl
@@ -0,0 +1,1359 @@
+#! /usr/bin/perl -w
+# $Id: legacy_blast.pl 195935 2010-06-28 20:32:08Z camacho $
+# ===========================================================================
+#
+#                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
+#               National Center for Biotechnology Information
+#
+#  This software/database is a "United States Government Work" under the
+#  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
+#  the author's official duties as a United States Government employee and
+#  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
+#  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
+#  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
+#
+#  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+#  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+#  Government do not and cannot warrant the performance or results that
+#  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+#  Government disclaim all warranties, express or implied, including
+#  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
+#  purpose.
+#
+#  Please cite the author in any work or product based on this material.
+#
+# ===========================================================================
+#
+# Author:  Christiam Camacho
+#
+# File Description:
+#   Script to convert NCBI C toolkit command line program and arguments into 
+#   NCBI C++ toolkit command line program and arguments for the BLAST suite of
+#   programs
+#
+# ===========================================================================
+
+use strict;
+use warnings;
+use Getopt::Long qw(:config no_ignore_case bundling no_auto_abbrev);
+use Pod::Usage;
+
+use constant DEBUG => 0;
+# Default PATH where binaries will be found
+use constant DEFAULT_PATH => "/usr/bin";
+
+pod2usage({-exitval => 1, -verbose => 2}) if (@ARGV == 0);
+
+my $application = shift;
+my $print_only = "0"; # Determines whether script prints or runs the command
+# This array will contain file names to delete that are created with bl2seq's
+# -A option
+my @files2delete;
+
+my $cmd;
+if ($application eq "blastall") {
+    $cmd = &handle_blastall(\$print_only);
+} elsif ($application eq "megablast") {
+    $cmd = &handle_megablast(\$print_only);
+} elsif ($application eq "blastpgp") {
+    $cmd = &handle_blastpgp(\$print_only);
+} elsif ($application eq "bl2seq") {
+    $cmd = &handle_bl2seq(\$print_only);
+} elsif ($application eq "rpsblast") {
+    $cmd = &handle_rpsblast(\$print_only);
+} elsif ($application eq "fastacmd") {
+    $cmd = &handle_fastacmd(\$print_only);
+} elsif ($application eq "formatdb") {
+    $cmd = &handle_formatdb(\$print_only);
+} elsif ($application eq "seedtop") {
+    $cmd = &handle_seedtop(\$print_only);
+} elsif ($application =~ /version/) {
+    my $revision = '$Revision: 195935 $';
+    $revision =~ s/\$Revision: | \$//g;
+    print "$0 version $revision\n";
+    goto CLEAN_UP;
+} elsif ($application =~ /help/) {
+    pod2usage({-exitval => 1, -verbose => 2});
+} else {
+    die "Application: '$application' is not supported\n";
+}
+
+if ($print_only) {
+    print "$cmd\n";
+} else {
+    print STDERR "$cmd\n" if (DEBUG);
+    my $rv = system($cmd);
+    unless ($rv == 0) {
+        die "Program failed, try executing the command manually.\n"; 
+    }
+}
+
+CLEAN_UP:
+unlink foreach (@files2delete);
+
+# Only add quotation marks in case there are spaces in the database argument
+sub create_db_argument($)
+{
+    my $arg = shift;
+    my $retval = "-db ";
+    $retval .= ( ($arg =~ /\s/) ? "\"$arg\" " : "$arg ");
+    return $retval;
+}
+
+# Converts floating point numbers to integers
+sub convert_float_to_int($)
+{
+    my $float_arg = shift;
+    my $retval = 0;
+    if ($float_arg =~ /(\d+)e([+-])(\d+)/) {
+        $retval = $1;
+        if ($2 eq "+") {
+            $retval *= 10**$3
+        } else {
+            $retval /= 10**$3
+        }
+    } else {
+        $retval = int($float_arg);
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Add the .exe extension for binaries if necessary on windows
+sub add_exe_extension()
+{
+    return ($^O =~ /mswin|cygwin/i) ? ".exe " : " ";
+}
+
+sub convert_sequence_locations($$)
+{
+    my $arg = shift;
+    my $target = shift;
+    my $retval;
+    if (defined $arg) {
+        if ($target eq "query") {
+            $retval .= "-query_loc ";
+        } elsif ($target eq "range") {
+            $retval .= "-range ";
+        } else {
+            $retval .= "-subject_loc ";
+        }
+        my @fields = split(/[ ;,]/, $arg);
+        $retval .= "$fields[0]-$fields[1] ";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+sub convert_filter_string($$)
+{
+    my $filter_string = shift;
+    my $program = shift;
+
+    #print STDERR "Parsing '$filter_string'\n";
+
+    if ($filter_string =~ /F/) {
+        if ($program eq "blastp" or $program eq "tblastn" or 
+            $program eq "blastx" or $program eq "tblastx") {
+            return "-seg no ";
+        } else {
+            return "-dust no ";
+        }
+    }
+
+    my $retval = "";
+    if ($filter_string =~ /S (\d+) (\S+) (\S+)/) {
+        $retval .= "-seg '$1 $2 $3' ";
+    }
+    if ($filter_string =~ /D (\d+) (\d+) (\d+)/) {
+        $retval .= "-dust '$1 $2 $3' ";
+    }
+    if ($filter_string =~ /R -d (\S+)/) {
+        $retval .= "-filtering_db $1 ";
+    } elsif ($filter_string =~ /R\s*;/) {
+        $retval .= "-filtering_db repeat/repeat_9606 ";
+    }
+
+    if ($filter_string =~ /L|T|S|D/ and not ($retval =~ /seg|dust/)) {
+        if ($program eq "blastp" or $program eq "tblastn" or 
+            $program eq "blastx") {
+            $retval .= "-seg yes ";
+        } else {
+            $retval .= "-dust yes ";
+        }
+    }
+
+    if ($filter_string =~ /m/) {
+        $retval .= "-soft_masking true ";
+    }
+    #print STDERR "returning '$retval'\n";
+    return $retval;
+}
+
+sub convert_strand($)
+{
+    my $old_strand_arg = shift;
+    my $retval = "-strand ";
+    if ($old_strand_arg == 1) {
+        $retval .= "plus ";
+    } elsif ($old_strand_arg == 2) {
+        $retval .= "minus ";
+    } else {
+        $retval .= "both ";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Handle the conversion from blastall arguments to the corresponding C++
+# binaries
+sub handle_blastall($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_B, $opt_C, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_I, $opt_J, 
+        $opt_K, $opt_L, $opt_M, $opt_O, $opt_P, $opt_Q, $opt_R, $opt_S, $opt_T, 
+        $opt_U, $opt_V, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, $opt_a, $opt_b, $opt_d, 
+        $opt_e, $opt_f, $opt_g, $opt_i, $opt_l, $opt_m, $opt_n, $opt_o, $opt_p, 
+        $opt_q, $opt_r, $opt_s, $opt_t, $opt_v, $opt_w, $opt_y, $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A=i"            => \$opt_A,
+               "B=i"            => \$opt_B, # not handled, not applicable
+               "C=s"            => \$opt_C,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "K=i"            => \$opt_K,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "Q=i"            => \$opt_Q,
+               "R=s"            => \$opt_R,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V:s"            => \$opt_V, # not handled, not applicable
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f=i"            => \$opt_f,
+               "g:s"            => \$opt_g,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "n:s"            => \$opt_n,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r,
+               "s:s"            => \$opt_s,
+               "t=i"            => \$opt_t,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "w=i"            => \$opt_w,
+               "y=f"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z,
+               );
+
+    unless (defined $opt_p) {
+        die "-p must be provided\n";
+    }
+
+    my $retval = $path;
+    if (defined $opt_p) {
+        if (defined $opt_R) {
+            $retval .= "/tblastn";
+            $retval .= &add_exe_extension();
+            $retval .= "-in_pssm $opt_R ";
+        } elsif (defined $opt_n and $opt_n =~ /t/i) {
+            $retval .= "/blastn";
+            $retval .= &add_exe_extension();
+            $retval .= "-task megablast ";
+        } else {
+            $retval .= "/$opt_p";
+            $retval .= &add_exe_extension();
+            $retval .= "-task blastn " if ($opt_p eq "blastn");
+        }
+    }
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    unless (($retval =~ /\/tblastn/) and defined $opt_R) {
+        $retval .= "-query $opt_i "         if (defined $opt_i);
+    }
+    $retval .= "-gilist $opt_l "            if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    if (defined $opt_A) {
+        if (defined $opt_P and $opt_P ne "0") {
+            print STDERR "Warning: ignoring -P because window size is set\n";
+        }
+        $retval .= "-window_size $opt_A "       
+    }
+    if (defined $opt_P and $opt_P eq "1" and (not defined $opt_A)) {
+        $retval .= "-window_size 0 ";
+    }
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    if (defined $opt_f) {
+        unless ($opt_p eq "blastn") {
+            $retval .= "-min_word_score $opt_f "    
+        } else {
+            print STDERR "Warning: -f is not supported for blastn\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-query_gencode $opt_Q "     if (defined $opt_Q);
+    $retval .= "-db_gencode $opt_D "        if (defined $opt_D);
+    $retval .= "-penalty $opt_q "           if (defined $opt_q);
+    $retval .= "-reward $opt_r "            if (defined $opt_r);
+    $retval .= "-culling_limit $opt_K "     if (defined $opt_K);
+    $retval .= "-max_intron_length $opt_t " if (defined $opt_t);
+    $retval .= "-frame_shift_penalty $opt_w " if (defined $opt_w);
+    $retval .= "-comp_based_stats $opt_C "  if (defined $opt_C);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "query") if ($opt_L);
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_g and $opt_g =~ /f/i) {
+        $retval .= "-ungapped ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    $retval .= &convert_strand($opt_S) if (defined $opt_S and not
+                                           ($opt_p ne "blastp" or 
+                                            $opt_p ne "tblastn"));
+    if (defined $opt_s and (length($opt_s) == 0 or $opt_s =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-use_sw_tback ";
+    }
+
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, $opt_p);
+    } elsif (not defined $opt_F and $opt_p eq "blastp") {
+        $retval .= &convert_filter_string("T", $opt_p);
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_seedtop($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_C, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_I, $opt_J, $opt_K, $opt_M,
+        $opt_O, $opt_S, $opt_X, $opt_d, $opt_e, $opt_f, $opt_i, $opt_k, $opt_o,
+        $opt_p, $opt_q, $opt_r);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "C=i"            => \$opt_C,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F:s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "K=i"            => \$opt_K,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f:s"            => \$opt_f,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "k=s"            => \$opt_k,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r
+               );
+
+    my $retval = $path;
+    $retval .= "/psiblast";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= "-phi_pattern $opt_k "       if (defined $opt_k);
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    my $query_is_protein = "1";
+    if (defined $opt_p) {
+        unless ($opt_p eq "patseedp") {
+            die "Only patseedp program is supported\n";
+        }
+        # Change query_is_protein if other programs are supported
+    } else {
+        die "Program must be specified\n";
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F,
+                                          ($query_is_protein eq "1")
+                                          ? "blastp" : "blastn");
+    }
+
+    # Unsupported options
+    if (defined $opt_D) {
+        print STDERR "Warning: -D option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_S) {
+        print STDERR "Warning: -S option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_C) {
+        print STDERR "Warning: -C option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_q) {
+        print STDERR "Warning: -q option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_r) {
+        print STDERR "Warning: -r option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_f) {
+        print STDERR "Warning: -f option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_K) {
+        print STDERR "Warning: -K option is not supported!\n";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_megablast($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_H, $opt_I, $opt_J, 
+        $opt_L, $opt_M, $opt_N, $opt_O, $opt_P, $opt_Q, $opt_R, $opt_S, 
+        $opt_T, $opt_U, $opt_V, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, $opt_a, 
+        $opt_b, $opt_d, $opt_e, $opt_f, $opt_g, $opt_i, $opt_l, $opt_m, 
+        $opt_n, $opt_o, $opt_p, $opt_q, $opt_r, $opt_s, $opt_t, $opt_v, 
+        $opt_y, $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A=i"            => \$opt_A,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "H=i"            => \$opt_H,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "M=i"            => \$opt_M,
+               "N=i"            => \$opt_N,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P, # no equivalent in new engine
+               "Q=s"            => \$opt_Q,
+               "R:s"            => \$opt_R,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V:s"            => \$opt_V, # not handled, not applicable
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f:s"            => \$opt_f,
+               "g:s"            => \$opt_g,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "n:s"            => \$opt_n,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=f"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r,
+               "s=i"            => \$opt_s,
+               "t=i"            => \$opt_t,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "y=i"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z
+               );
+    my $retval = $path;
+
+    $retval .= "/blastn";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-gilist $opt_l "            if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-penalty $opt_q "           if (defined $opt_q);
+    $retval .= "-reward $opt_r "            if (defined $opt_r);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    if (defined $opt_t) {
+        $retval .= "-template_length $opt_t ";
+        # Set the template type to the default value in megablast if not
+        # provided, as blastn requires it
+        $opt_N = 0 unless (defined $opt_N); 
+    }
+    $retval .= "-window_size $opt_A "       if (defined $opt_A);
+    if (defined $opt_N) {
+        $retval .= "-template_type coding " if ($opt_N == 0);
+        $retval .= "-template_type optimal " if ($opt_N == 1);
+        $retval .= "-template_type coding_and_optimal " if ($opt_N == 2);
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, "blastn");
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+
+
+    $retval .= "-perc_identity $opt_p " if (defined $opt_p);
+    $retval .= "-min_raw_gapped_score $opt_s " if (defined $opt_s);
+    $retval .= &convert_strand($opt_S) if (defined $opt_S);
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "query") if ($opt_L);
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_n and (length($opt_n) == 0 or $opt_n =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-no_greedy ";
+    }
+
+    # Unsupported options
+    # This option can be safely ignored
+    #if (defined $opt_M) {
+    #    print STDERR "Warning: -M option is ignored\n";
+    #}
+
+    my $tab_with_acc =
+        "-outfmt \"7 qacc sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend " .
+        "sstart send evalue bitscore\" ";
+
+    # Here are some combinations of options and their equivalent conversion to
+    # the -outfmt option:
+    # NOTE: only in the last case we use sgi as the user explicitely requests
+    # the GIs to be shown (via -I), thus we assume the database/subjects will
+    # have GIs. We don't do the same for accessions, because if these are not
+    # available, an ordinal ID gets printed.
+    # -J -D3 -R -fF = -outfmt "7 qacc sseqid pident length mismatch gapopen
+    # qstart qend sstart send evalue bitscore"
+    # -J -D3 -R -fT = -outfmt "7 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen
+    # qstart qend sstart send evalue bitscore"
+    # -J -D3 -R -fT -I = -outfmt "7 qgi sgi pident length mismatch gapopen
+    # qstart qend sstart send evalue bitscore"
+
+    if (defined $opt_D) {
+        if ($opt_D == 3) {  # tabular output
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/$tab_with_acc/) {
+                $retval .= "$tab_with_acc ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } elsif ($opt_D == 2) { # traditional BLAST output
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 0/) {
+                $retval .= "-outfmt 0 ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } elsif ($opt_D == 4) { # text ASN.1
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+                $retval .= "-outfmt 8 ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } elsif ($opt_D == 5) { # binary ASN.1
+            unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 9/) {
+                $retval .= "-outfmt 9 ";
+            } else {
+                print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+            }
+        } else {
+            print STDERR "Warning: -D option with value $opt_D is not " .
+                "supported!\n";
+        }
+    }
+
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+        $retval =~ s/qacc/qgi/;
+        $retval =~ s/sseqid/sgi/;
+    }
+    # -fF is the default, if -f or -fT is specified, we assume that's what's
+    # desired and we apply a modification to the previously set output format
+    # (we can safely assume this b/c -f only works with -D3)
+    if (defined $opt_f and (length($opt_f) == 0 or $opt_f =~ /t/i)) {
+        $retval =~ s/qacc/qseqid/;
+    }
+    if (defined $opt_R and not ($retval =~ /-outfmt.*7/)) {
+        print STDERR "Warning: -R option is deprecated, please rely on the ".
+            "application's exit code to determine its success or failure.\n" .
+            "0 means success, non-zero means failure\n";
+    }
+    # Deprecated options
+    if (defined $opt_g and $opt_g =~ /f/i) {
+        print STDERR "Warning: -g option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_H) {
+        print STDERR "Warning -H option is not supported!\n";
+    }
+    if (defined $opt_Q) {
+        print STDERR "Warning: -Q option is deprecated\n";
+    }
+    if (defined $opt_P) {
+        print STDERR "Warning: -P option is deprecated\n";
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_blastpgp($)
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_B, $opt_C, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_H, $opt_I, 
+        $opt_J, $opt_K, $opt_L, $opt_M, $opt_N, $opt_O, $opt_P, $opt_Q, 
+        $opt_R, $opt_S, $opt_T, $opt_U, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, 
+        $opt_a, $opt_b, $opt_c, $opt_d, $opt_e, $opt_f, $opt_h, $opt_i, 
+        $opt_j, $opt_k, $opt_l, $opt_m, $opt_o, $opt_p, $opt_q, $opt_s, 
+        $opt_t, $opt_u, $opt_v, $opt_y, $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A=i"            => \$opt_A,
+               "B=s"            => \$opt_B,
+               "C=s"            => \$opt_C,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "H=i"            => \$opt_H,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "K=i"            => \$opt_K,
+               "L=i"            => \$opt_L,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "N=f"            => \$opt_N,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "Q=s"            => \$opt_Q,
+               "R=s"            => \$opt_R,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "c=i"            => \$opt_c,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "f=i"            => \$opt_f,
+               "h=f"            => \$opt_h,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "j=i"            => \$opt_j,
+               "k=s"            => \$opt_k,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "s:s"            => \$opt_s,
+               "t=s"            => \$opt_t,
+               "u=i"            => \$opt_u,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "y=f"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z
+               );
+    my $retval = $path . "/psiblast";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+
+    my $query_is_protein = "1";
+
+    if (defined $opt_p and not ($opt_p ne "blastpgp" or
+                                $opt_p ne "patseedp")) {
+        die "Program '$opt_p' not implemented\n";
+    }
+
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= "-gilist $opt_l "            if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-gap_trigger $opt_N "       if (defined $opt_N);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    $retval .= "-num_iterations $opt_j "    if (defined $opt_j);
+    $retval .= "-min_word_score $opt_f "    if (defined $opt_f);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    $retval .= "-pseudocount $opt_c "       if (defined $opt_c);
+    $retval .= "-inclusion_ethresh $opt_h " if (defined $opt_h);
+    if (defined $opt_A) {
+        if (defined $opt_P and $opt_P ne "0") {
+            print STDERR "Warning: ignoring -P because window size is set\n";
+        }
+        $retval .= "-window_size $opt_A "       
+    }
+    if (defined $opt_P and $opt_P eq "1" and (not defined $opt_A)) {
+        $retval .= "-window_size 0 ";
+    }
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-culling_limit $opt_K "     if (defined $opt_K);
+    $retval .= "-comp_based_stats $opt_t "  if (defined $opt_t);
+    $retval .= "-phi_pattern $opt_k "       if (defined $opt_k);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    $retval .= "-out_ascii_pssm $opt_Q "    if (defined $opt_Q);
+    $retval .= "-in_msa $opt_B "            if (defined $opt_B);
+
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    if (defined $opt_s and (length($opt_s) == 0 or $opt_s =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-use_sw_tback ";
+    }
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, 
+                                          ($query_is_protein eq "1")
+                                          ? "blastp" : "blastn");
+    }
+
+    my $location = "";
+    $location .= $opt_S if (defined $opt_S);
+    if (defined $opt_H) {
+        if ($location eq "") {
+            $location = "0,$opt_H";
+        } else {
+            $location .= ",$opt_H";
+        }
+    }
+    if ($location ne "") {
+        $location .= ",-1" unless (defined $opt_H);
+        $retval .= &convert_sequence_locations($location, "query");
+    }
+
+    # Checkpoint file recovery
+    if (defined $opt_R) {
+        if (defined $opt_q and $opt_q ne "0") {
+            $retval .= "-in_pssm $opt_R " 
+        } else {
+            die "ERROR: recovery from C toolkit checkpoint " .
+                "file format not supported\n";
+        }
+    }
+
+    # Checkpoint file saving
+    if (defined $opt_C) {
+        if (defined $opt_C and $opt_u ne "0") {
+            $retval .= "-out_pssm $opt_C "          
+        } else {
+            die "ERROR: saving PSSM to C toolkit checkpoint " .
+                "file format not supported\n";
+        }
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+# Tested: all conversions should work
+sub handle_bl2seq
+{
+    use File::Temp qw(:POSIX);  # for tmpnam
+
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_A, $opt_D, $opt_E, $opt_F, $opt_G, $opt_I, $opt_J, $opt_M, 
+        $opt_S, $opt_T, $opt_U, $opt_V, $opt_W, $opt_X, $opt_Y, $opt_a, 
+        $opt_d, $opt_e, $opt_g, $opt_i, $opt_j, $opt_m, $opt_o, $opt_p, 
+        $opt_q, $opt_r, $opt_t);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "A:s"            => \$opt_A,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "E=i"            => \$opt_E,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "G=i"            => \$opt_G,
+               "I=s"            => \$opt_I,
+               "J=s"            => \$opt_J,
+               "M=s"            => \$opt_M,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V:s"            => \$opt_V, # not handled, not applicable
+               "W=i"            => \$opt_W,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "a=s"            => \$opt_a,
+               "d=f"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "g:s"            => \$opt_g,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "j=s"            => \$opt_j,
+               "m:s"            => \$opt_m,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "q=i"            => \$opt_q,
+               "r=i"            => \$opt_r,
+               "t=i"            => \$opt_t
+               );
+    my $retval = $path;
+
+    unless (defined $opt_i and defined $opt_j) {
+        die "-i and -j are required in bl2seq\n";
+    }
+
+    if (defined $opt_p) {
+        $retval .= "/$opt_p";
+        $retval .= &add_exe_extension();
+    } else {
+        die "Program must be specified via the -p option\n";
+    }
+    unless (defined $opt_A) {
+        $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+        $retval .= "-subject $opt_j "           if (defined $opt_j);
+    } else {
+        # The -A option is not supported, so we create temporary files to
+        # simulate it (example input: bl2seq -i129295 -j104501 -pblastp -A)
+        my $query_fname = tmpnam();
+        open(Q, ">$query_fname") or die "Failed to open $query_fname: $!\n";
+        print Q "$opt_i" and close(Q);
+        push @files2delete, $query_fname;
+
+        my $subj_fname = tmpnam();
+        open(S, ">$subj_fname") or die "Failed to open $subj_fname: $!\n";
+        print S "$opt_j" and close(S);
+        push @files2delete, $subj_fname;
+        if (DEBUG) {
+            print STDERR "Created temp. files $query_fname and $subj_fname\n";
+        }
+
+        $retval .= "-query $query_fname -subject $subj_fname ";
+        if ($$print_only) {
+            print STDERR "Warning: arguments to -query and -subject must be ";
+            print STDERR "files containing the\narguments to bl2seq's -i and ";
+            print STDERR "-j arguments respectively.\n";
+        }
+    }
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    if (defined $opt_a) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_a /) {
+            $retval .= "-out $opt_a ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_D and $opt_D =~ /1/) {
+        if ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 7/) {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        } else {
+            $retval .= "-outfmt 7 ";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-gapopen $opt_G "           if (defined $opt_G);
+    $retval .= "-gapextend $opt_E "         if (defined $opt_E);
+    $retval .= "-word_size $opt_W "         if (defined $opt_W);
+    $retval .= "-matrix $opt_M "            if (defined $opt_M);
+    $retval .= "-penalty $opt_q "           if (defined $opt_q);
+    $retval .= "-reward $opt_r "            if (defined $opt_r);
+    $retval .= &convert_strand($opt_S)      if (defined $opt_S);
+    $retval .= "-max_intron_length $opt_t " if (defined $opt_t);
+    $retval .= "-dbsize $opt_d "            if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    if (defined $opt_m and (length($opt_m) == 0 or $opt_m =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-task megablast ";
+    }
+    if (defined $opt_g and $opt_g =~ /f/i) {
+        $retval .= "-ungapped ";
+    }
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_I, "query") if ($opt_I);
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_J, "subject") if ($opt_J);
+
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, $opt_p);
+    }
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_rpsblast
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_F, $opt_I, $opt_J, $opt_L, $opt_N, $opt_O, $opt_P, $opt_T, 
+        $opt_U, $opt_V, $opt_X, $opt_Y, $opt_Z, $opt_a, $opt_b, $opt_d, 
+        $opt_e, $opt_i, $opt_l, $opt_m, $opt_o, $opt_p, $opt_v, $opt_y, 
+        $opt_z);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "J:s"            => \$opt_J,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "N=f"            => \$opt_N,
+               "O=s"            => \$opt_O,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "U:s"            => \$opt_U,
+               "V=s"            => \$opt_V,
+               "X=i"            => \$opt_X,
+               "Y=f"            => \$opt_Y,
+               "Z=i"            => \$opt_Z,
+               "a=i"            => \$opt_a,
+               "b=i"            => \$opt_b,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "e=f"            => \$opt_e,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "m=i"            => \$opt_m,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p:s"            => \$opt_p,
+               "v=i"            => \$opt_v,
+               "y=f"            => \$opt_y,
+               "z=f"            => \$opt_z
+               );
+    my $retval = $path;
+
+    if (defined $opt_p and $opt_p =~ /f/i) {
+        $retval .= "/rpstblastn";
+    } else {
+        $retval .= "/rpsblast";
+    }
+    $retval .= &add_exe_extension();
+
+    $retval .= "-query $opt_i "             if (defined $opt_i);
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    $retval .= "-evalue $opt_e "            if (defined $opt_e);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    $retval .= "-xdrop_ungap $opt_y "       if (defined $opt_y);
+    $retval .= "-xdrop_gap $opt_X "         if (defined $opt_X);
+    $retval .= "-min_raw_gapped_score $opt_N " if (defined $opt_N);
+    $retval .= "-num_threads $opt_a "       if (defined $opt_a);
+    $retval .= "-num_descriptions $opt_v "  if (defined $opt_v);
+    $retval .= "-num_alignments $opt_b "    if (defined $opt_b);
+    $retval .= "-dbsize $opt_z "            if (defined $opt_z);
+    if (defined $opt_Y) {
+        $retval .= "-searchsp " . &convert_float_to_int($opt_Y) . " ";
+    }
+    $retval .= "-xdrop_gap_final $opt_Z "   if (defined $opt_Z);
+    if (defined $opt_m) {
+        if ($opt_m == 5 or $opt_m == 6) {
+            print STDERR "Warning: -m5 or -m6 formatting options ";
+            print STDERR "are not supported!\n";
+        }
+        $opt_m -= 2 if ($opt_m >= 7);
+        $retval .= "-outfmt $opt_m "            
+    }
+    if (defined $opt_O) {
+        unless ($retval =~ s/-out \S+ /-out $opt_O /) {
+            $retval .= "-out $opt_O ";
+        }
+        unless ($retval =~ s/-outfmt \d+/-outfmt 8/) {
+            $retval .= "-outfmt 8 ";
+        } else {
+            print STDERR "Warning: overriding output format\n";
+        }
+    }
+    if (defined $opt_T and (length($opt_T) == 0 or $opt_T =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-html "                     
+    }
+    if (defined $opt_P and $opt_P eq "1") {
+        $retval .= "-window_size 0 ";
+    }
+    if (defined $opt_F) {
+        $retval .= &convert_filter_string($opt_F, "blastp");
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-show_gis ";
+    }
+    if (defined $opt_J and (length($opt_J) == 0 or $opt_J =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_deflines ";
+    }
+    if (defined $opt_U and (length($opt_U) == 0 or $opt_U =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-lcase_masking ";
+    }
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "query") if ($opt_L);
+
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_fastacmd
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_d, $opt_p, $opt_s, $opt_i, $opt_a, $opt_l, $opt_t, $opt_o,
+        $opt_c, $opt_D, $opt_L, $opt_S, $opt_T, $opt_I, $opt_P);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "D=i"            => \$opt_D,
+               "I:s"            => \$opt_I,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "P=i"            => \$opt_P,
+               "S=i"            => \$opt_S,
+               "T:s"            => \$opt_T,
+               "a:s"            => \$opt_a,
+               "c:s"            => \$opt_c,
+               "d=s"            => \$opt_d,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=i"            => \$opt_l,
+               "o=s"            => \$opt_o,
+               "p=s"            => \$opt_p,
+               "s=s"            => \$opt_s,
+               "t:s"            => \$opt_t
+               );
+
+    my $retval = $path . "/blastdbcmd";
+    $retval .= &add_exe_extension();
+    $retval .= &create_db_argument($opt_d)  if (defined $opt_d);
+    if (defined $opt_p) {
+        $retval .= "-dbtype ";
+        if ($opt_p =~ /p/i) {
+            $retval .= "prot ";
+        } elsif ($opt_p =~ /f/i) {
+            $retval .= "nucl ";
+        } else {
+            $retval .= "guess ";
+        }
+    }
+    $retval .= "-entry $opt_s "             if (defined $opt_s);
+    $retval .= "-entry_batch $opt_i "       if (defined $opt_i);
+    $retval .= "-line_length $opt_l "       if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-out $opt_o "               if (defined $opt_o);
+    $retval .= "-pig $opt_P "               if (defined $opt_P);
+    if (defined $opt_D) {
+        $retval .= "-entry all -outfmt ";
+        if ($opt_D eq '1') {
+            $retval .= "\%f ";
+        } elsif ($opt_D eq '2') {
+            $retval .= "\%g ";
+        } elsif ($opt_D eq '3') {
+            $retval .= "\%a ";
+        } else {
+            die "Invalid argument to -D\n";
+        }
+    }
+    $retval .= &convert_sequence_locations($opt_L, "range") if ($opt_L);
+    $retval .= &convert_strand($opt_S) if (defined $opt_S);
+    if (defined $opt_T) {
+        #print STDERR "Warning: -T option is not supported, please use " .
+        #    "the -outfmt option to blastdbcmd with \%T, \%L, or \%S as an " .
+        #    "argument\n";
+        $retval .= "-outfmt \"NCBI Taxonomy id: \%T; Common name: \%L; ";
+        $retval .= "Scientific name: \%S\" ";
+    }
+    if (defined $opt_I and (length($opt_I) == 0 or $opt_I =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-info ";
+    }
+    if (defined $opt_a and (length($opt_a) == 0 or $opt_a =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-get_dups ";
+    }
+    if (defined $opt_t and (length($opt_t) == 0 or $opt_t =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-target_only ";
+    }
+    if (defined $opt_c and (length($opt_c) == 0 or $opt_c =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-ctrl_a ";
+    }
+    return $retval;
+}
+
+sub handle_formatdb
+{
+    my $print_only = shift;
+    my $path = DEFAULT_PATH;
+    my ($opt_B, $opt_F, $opt_L, $opt_T, $opt_V, $opt_a, $opt_b, $opt_e, $opt_i,
+        $opt_l, $opt_n, $opt_o, $opt_p, $opt_s, $opt_t, $opt_v);
+
+    GetOptions("<>"             => sub { $application = shift; },
+               "print_only!"    => $print_only,
+               "path=s"         => \$path,
+               "B=s"            => \$opt_B,
+               "F=s"            => \$opt_F,
+               "L=s"            => \$opt_L,
+               "T=s"            => \$opt_T,
+               "V:s"            => \$opt_V,
+               "a:s"            => \$opt_a,
+               "b:s"            => \$opt_b,
+               "e:s"            => \$opt_e,
+               "i=s"            => \$opt_i,
+               "l=s"            => \$opt_l,
+               "n=s"            => \$opt_n,
+               "o:s"            => \$opt_o,
+               "p:s"            => \$opt_p,
+               "s:s"            => \$opt_s,
+               "t=s"            => \$opt_t,
+               "v=i"            => \$opt_v
+               );
+
+    my $retval = $path;
+    if (defined $opt_L) {
+        $retval .= "/blastdb_aliastool";
+        die "-i is required\n" unless (defined $opt_i);
+        die "-F is required\n" unless (defined $opt_F);
+    } else {
+        $retval .= "/makeblastdb";
+    }
+    $retval .= &add_exe_extension();
+
+    if (defined $opt_B) {
+        die "-F option must be specified with -B\n" unless (defined $opt_F);
+        $retval = $path . "/blastdb_aliastool";
+        $retval .= &add_exe_extension();
+        $retval .= "-gi_file_in $opt_F -gi_file_out $opt_B";
+        return $retval;
+    }
+
+    $retval .= "-title \"$opt_t\" "         if (defined $opt_t);
+    if (defined $opt_p) {
+        $retval .= "-dbtype ";
+        if ((length($opt_p) == 0 or $opt_p =~ /t/i)) {
+            $retval .= "prot ";
+        } else {
+            $retval .= "nucl ";
+        }
+    }
+    if ($retval =~ /blastdb_aliastool/) {
+        $retval .= "-out $opt_L "               if (defined $opt_L);
+        if (defined $opt_i and not defined $opt_n) {
+            $retval .= &create_db_argument($opt_i);
+        }
+        # there's no -n in blastdb_aliastool, as we copy the argument value
+        # verbatim into the DBLIST field of the alias file, so we make
+        # formatdb's -n option tool override -i
+        $retval .= &create_db_argument($opt_n)  if (defined $opt_n);
+    } else {
+        $retval .= "-out $opt_n "               if (defined $opt_n);
+        $retval .= "-in $opt_i "                if (defined $opt_i);
+    }
+    $retval .= "-gilist $opt_F "            if (defined $opt_F);
+    $retval .= "-logfile $opt_l "           if (defined $opt_l);
+    $retval .= "-taxid-map $opt_T "           if (defined $opt_T);
+
+    if (defined $opt_o and (length($opt_o) == 0 or $opt_o =~ /t/i)) {
+        $retval .= "-parse_seqids ";
+    }
+    if (defined $opt_a) {
+        print STDERR "Warning: -a option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_b) {
+        print STDERR "Warning: -b option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_e) {
+        print STDERR "Warning: -e option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_s) {
+        print STDERR "Warning: -s option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_V) {
+        print STDERR "Warning: -V option is not supported\n";
+    }
+    if (defined $opt_v) {
+        print STDERR "Warning: -v option is not supported, please use " .
+            "the -max_file_sz option to makeblastdb\n";
+    }
+    return $retval;
+}
+__END__
+
+=head1 NAME
+
+B<legacy_blast.pl> - Convert BLAST command line invocations from NCBI C 
+toolkit's implementation to NCBI C++ toolkit's implementation.
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+legacy_blast.pl <C toolkit command line program and arguments> [--print_only] 
+[--path /path/to/binaries] 
+legacy_blast.pl [--version]
+legacy_blast.pl [--help]
+
+=head1 OPTIONS
+
+=over 2
+
+=item B<--path>
+
+Use the provided path as the location of the BLAST binaries to execute/print
+(default: /usr/bin).
+
+=item B<--print_only>
+
+Print the equivalent command line option instead of running the command
+(default: false).
+
+=item B<--version>
+
+Prints this script's version. Must be invoked as the first and only argument to
+this script.
+
+=back
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+This script converts and runs the equivalent NCBI C toolkit command line BLAST 
+program and arguments provided to it (whenever possible) to NCBI C++ tookit 
+BLAST programs. Note that to specify options to this script they B<MUST> use 2
+dashes to prefix the options B<AND> be listed at the end of the command line
+invocation to convert.
+
+=head1 EXIT CODES
+
+This script returns 0 on success and a non-zero value on errors.
+
+=head1 BUGS
+
+Please report them to <blast-help@ncbi.nlm.nih.gov>
+
+=head1 COPYRIGHT
+
+See PUBLIC DOMAIN NOTICE included at the top of this script.
+
+=cut
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makeblastdb b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makeblastdb
new file mode 100755
index 0000000..ffd9117
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makeblastdb differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makembindex b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makembindex
new file mode 100755
index 0000000..fe157cf
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makembindex differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makeprofiledb b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makeprofiledb
new file mode 100755
index 0000000..ec18e70
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/makeprofiledb differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/psiblast b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/psiblast
new file mode 100755
index 0000000..4627a46
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/psiblast differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/rpsblast b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/rpsblast
new file mode 100755
index 0000000..1100aea
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/rpsblast differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/rpstblastn b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/rpstblastn
new file mode 100755
index 0000000..681030c
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/rpstblastn differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/segmasker b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/segmasker
new file mode 100755
index 0000000..8795f32
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/segmasker differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/tblastn b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/tblastn
new file mode 100755
index 0000000..039272d
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/tblastn differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/tblastx b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/tblastx
new file mode 100755
index 0000000..faffb94
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/tblastx differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/update_blastdb.pl b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/update_blastdb.pl
new file mode 100755
index 0000000..6f59aec
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/update_blastdb.pl
@@ -0,0 +1,405 @@
+#!/usr/bin/perl
+# $Id: update_blastdb.pl 446090 2014-09-11 12:12:27Z ivanov $
+# ===========================================================================
+#
+#                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
+#               National Center for Biotechnology Information
+#
+#  This software/database is a "United States Government Work" under the
+#  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
+#  the author's official duties as a United States Government employee and
+#  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
+#  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
+#  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
+#
+#  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
+#  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
+#  Government do not and cannot warrant the performance or results that
+#  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
+#  Government disclaim all warranties, express or implied, including
+#  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
+#  purpose.
+#
+#  Please cite the author in any work or product based on this material.
+#
+# ===========================================================================
+#
+# Author:  Christiam Camacho
+#
+# File Description:
+#   Script to download the pre-formatted BLAST databases from the NCBI ftp
+#   server.
+#
+# ===========================================================================
+
+use strict;
+use warnings;
+use Net::FTP;
+use Getopt::Long;
+use Pod::Usage;
+use File::stat;
+use Digest::MD5;
+use Archive::Tar;
+use List::MoreUtils qw(uniq);
+
+use constant NCBI_FTP => "ftp.ncbi.nlm.nih.gov";
+use constant BLAST_DB_DIR => "/blast/db";
+use constant USER => "anonymous";
+use constant PASSWORD => "anonymous";
+use constant DEBUG => 0;
+use constant MAX_DOWNLOAD_ATTEMPTS => 3;
+use constant EXIT_FAILURE => 2;
+
+# Process command line options
+my $opt_verbose = 1;
+my $opt_quiet = 0;
+my $opt_force_download = 0;     
+my $opt_help = 0;
+my $opt_passive = 0;
+my $opt_timeout = 120;
+my $opt_showall = 0;
+my $opt_show_version = 0;
+my $opt_decompress = 0;
+my $result = GetOptions("verbose+"      =>  \$opt_verbose,
+                        "quiet"         =>  \$opt_quiet,
+                        "force"         =>  \$opt_force_download,
+                        "passive"       =>  \$opt_passive,
+                        "timeout=i"     =>  \$opt_timeout,
+                        "showall"       =>  \$opt_showall,
+                        "version"       =>  \$opt_show_version,
+                        "decompress"    =>  \$opt_decompress,
+                        "help"          =>  \$opt_help);
+$opt_verbose = 0 if $opt_quiet;
+die "Failed to parse command line options\n" unless $result;
+pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) if $opt_help;
+pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) unless (scalar @ARGV or 
+                                                  $opt_showall or
+                                                  $opt_show_version);
+
+my $exit_code = 0;
+$|++;
+
+# Connect and download files
+my $ftp = &connect_to_ftp() unless ($opt_show_version);
+if ($opt_show_version) {
+    my $revision = '$Revision: 446090 $';
+    $revision =~ s/\$Revision: | \$//g;
+    print "$0 version $revision\n";
+} elsif ($opt_showall) {
+    print "$_\n" foreach (sort(&get_available_databases()));
+} else {
+    my @files = sort(&get_files_to_download());
+    my @files2decompress;
+    $exit_code = &download(\@files, \@files2decompress);
+    if ($exit_code == 1) {
+        foreach (@files2decompress) {
+            $exit_code = &decompress($_);
+            last if ($exit_code != 1);
+        }
+    }
+}
+$ftp->quit() unless ($opt_show_version);
+
+exit($exit_code);
+
+# Connects to NCBI ftp server
+sub connect_to_ftp
+{
+    my %ftp_opts;
+    $ftp_opts{'Passive'} = 1 if $opt_passive;
+    $ftp_opts{'Timeout'} = $opt_timeout if ($opt_timeout >= 0);
+    $ftp_opts{'Debug'}   = 1 if ($opt_verbose > 1);
+    my $ftp = Net::FTP->new(NCBI_FTP, %ftp_opts)
+        or die "Failed to connect to " . NCBI_FTP . ": $!\n";
+    $ftp->login(USER, PASSWORD) 
+        or die "Failed to login to " . NCBI_FTP . ": $!\n";
+    $ftp->cwd(BLAST_DB_DIR);
+    $ftp->binary();
+    print "Connected to NCBI\n" if $opt_verbose;
+    return $ftp;
+}
+
+# Gets the list of available databases on NCBI FTP site
+sub get_available_databases
+{
+    my @blast_db_files = $ftp->ls();
+    my @retval = ();
+
+    foreach (@blast_db_files) {
+        next unless (/\.tar\.gz$/);
+        push @retval, &extract_db_name($_);
+    }
+    return uniq @retval;
+}
+
+# Obtains the list of files to download
+sub get_files_to_download
+{
+    my @blast_db_files = $ftp->ls();
+    my @retval = ();
+
+    if ($opt_verbose > 2) {
+        print "Found the following files on ftp site:\n";
+        print "$_\n" for (@blast_db_files);
+    }
+
+    if (grep(/gss/, @ARGV) and not grep(/gss_annot/, @ARGV)) {
+        push @ARGV, qw(gss_annot);
+    }
+
+    for my $requested_db (@ARGV) {
+        for my $file (@blast_db_files) {
+            next unless ($file =~ /\.tar\.gz$/);    
+            if ($file =~ /^$requested_db\..*/) {
+                push @retval, $file;
+            }
+        }
+    }
+
+    if ($opt_verbose) {
+        for my $requested_db (@ARGV) {
+            unless (grep(/$requested_db/, @retval)) {
+                print STDERR "$requested_db not found, skipping.\n" 
+            }
+        }
+    }
+
+    return @retval;
+}
+
+# Download the requested files only if their checksum files are missing or if
+# these (or the archives) are newer in the FTP site. Returns 0 if no files were
+# downloaded, 1 if at least one file was downloaded (so that this can be the
+# application's exit code)
+sub download($$)
+{
+    my @requested_dbs = @ARGV;
+    my @files2download = @{$_[0]};
+    my $files2decompress = $_[1];
+    my $retval = 0;
+
+    for my $file (@files2download) {
+
+        my $attempts = 0;   # Download attempts for this file
+        if ($opt_verbose and &is_multivolume_db($file) and $file =~ /\.00\./) {
+            my $db_name = &extract_db_name($file);
+            my $nvol = &get_num_volumes($db_name, @files2download);
+            print "Downloading $db_name (" . $nvol . " volumes) ...\n" unless ($opt_quiet);
+        }
+
+        # We preserve the checksum files as evidence of the downloaded archive
+        my $checksum_file = "$file.md5";
+        my $new_download = (-e $checksum_file ? 0 : 1);
+        my $update_available = ($new_download or 
+                    ((stat($checksum_file))->mtime < $ftp->mdtm($checksum_file)));
+        if (-e $file and (stat($file)->mtime < $ftp->mdtm($file))) {
+            $update_available = 1;
+        }
+
+download_file:
+        if ($opt_force_download or $new_download or $update_available) {
+            print "Downloading $file..." if $opt_verbose;
+            $ftp->get($file);
+            unless ($ftp->get($checksum_file)) {
+                print STDERR "Failed to download $checksum_file!\n";
+                return EXIT_FAILURE;
+            }
+            my $rmt_digest = &read_md5_file($checksum_file);
+            my $lcl_digest = &compute_md5_checksum($file);
+            print "\nRMT $file Digest $rmt_digest" if (DEBUG);
+            print "\nLCL $file Digest $lcl_digest\n" if (DEBUG);
+            if ($lcl_digest ne $rmt_digest) {
+                unlink $file, $checksum_file;
+                if (++$attempts >= MAX_DOWNLOAD_ATTEMPTS) {
+                    print STDERR "too many failures, aborting download!\n";
+                    return EXIT_FAILURE;
+                } else {
+                    print "corrupt download, trying again.\n";
+                    goto download_file;
+                }
+            }
+            push @$files2decompress, $file if ($opt_decompress);
+            print " [OK]\n" if $opt_verbose;
+            $retval = 1 if ($retval == 0);
+        } else {
+            if ($opt_decompress and -f $file) {
+                push @$files2decompress, $file;
+                $retval = 1;
+            } else {
+                my $msg = ($opt_decompress 
+                           ? "The contents of $file are up to date in your system." 
+                           : "$file is up to date.");
+                print "$msg\n" if $opt_verbose;
+            }
+        }
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Try to decompress using /bin/tar as Archive::Tar is known to be slower (as
+# it's pure perl)
+sub _decompress_impl($)
+{
+    my $file = shift;
+    unless ($^O =~ /win/i) {
+        local $ENV{PATH} = "/bin:/usr/bin";
+        my $cmd = "gzip -cd $file 2>/dev/null | tar xf - 2>/dev/null";
+        return 1 unless (system($cmd));
+    }
+    return Archive::Tar->extract_archive($file, 1);
+}
+
+# Decompresses the file passed as its argument
+# Returns 1 on success, and 2 on failure, printing an error to STDERR
+sub decompress($)
+{
+    my $file = shift;
+    print "Decompressing $file ..." unless ($opt_quiet);
+    my $succeeded = &_decompress_impl($file);
+    unless ($succeeded) {
+        my $msg = "Failed to decompress $file ($Archive::Tar::error), ";
+        $msg .= "please do so manually.";
+        print STDERR "$msg\n";
+        return EXIT_FAILURE;
+    }
+    unlink $file;   # Clean up archive, but preserve the checksum file
+    print " [OK]\n" unless ($opt_quiet);
+    return 1;
+}
+
+sub compute_md5_checksum($)
+{
+    my $file = shift;
+    my $digest = "N/A";
+    if (open(DOWNLOADED_FILE, $file)) {
+        binmode(DOWNLOADED_FILE);
+        $digest = Digest::MD5->new->addfile(*DOWNLOADED_FILE)->hexdigest;
+        close(DOWNLOADED_FILE);
+    }
+    return $digest;
+}
+
+sub read_md5_file($)
+{
+    my $md5file = shift;
+    open(IN, $md5file);
+    $_ = <IN>;
+    close(IN);
+    my @retval = split;
+    return $retval[0];
+}
+
+# Determine if a given pre-formatted BLAST database file is part of a
+# multi-volume database
+sub is_multivolume_db
+{
+    my $file = shift;
+    return 1 if ($file =~ /\.\d{2,3}\.tar\.gz$/);
+    return 0;
+}
+
+# Extracts the database name from the pre-formatted BLAST database archive file
+# name
+sub extract_db_name
+{
+    my $file = shift;
+    my $retval = "";
+    if (&is_multivolume_db($file)) {
+        $retval = $1 if ($file =~ m/(.*)\.\d{2,3}\.tar\.gz$/);
+    } else {
+        $retval = $1 if ($file =~ m/(.*)\.tar\.gz$/);
+    }
+    return $retval;
+}
+
+# Returns the number of volumes for a BLAST database given the file name of a
+# pre-formatted BLAST database and the list of all databases to download
+sub get_num_volumes
+{
+    my $db = shift;
+    my $retval = 0;
+    foreach (@_) {
+        if (/$db/) {
+            if (/.*\.(\d{2,3})\.tar\.gz$/) {
+                $retval = int($1) if (int($1) > $retval);
+            }
+        }
+    }
+    return $retval + 1;
+}
+
+__END__
+
+=head1 NAME
+
+B<update_blastdb.pl> - Download pre-formatted BLAST databases from NCBI
+
+=head1 SYNOPSIS
+
+update_blastdb.pl [options] blastdb ...
+
+=head1 OPTIONS
+
+=over 2
+
+=item B<--decompress>
+
+Downloads, decompresses the archives in the current working directory, and
+deletes the downloaded archive to save disk space, while preserving the
+archive checksum files (default: false).
+B<Note>: Using this option may require more computing resources than using
+your system's native decompression tool(s).
+
+=item B<--showall>
+
+Show all available pre-formatted BLAST databases (default: false). The output
+of this option lists the database names which should be used when
+requesting downloads or updates using this script.
+
+=item B<--passive>
+
+Use passive FTP, useful when behind a firewall (default: false).
+
+=item B<--timeout>
+
+Timeout on connection to NCBI (default: 120 seconds).
+
+=item B<--force>
+
+Force download even if there is a archive already on local directory (default:
+false).
+
+=item B<--verbose>
+
+Increment verbosity level (default: 1). Repeat this option multiple times to 
+increase the verbosity level (maximum 2).
+
+=item B<--quiet>
+
+Produce no output (default: false). Overrides the B<--verbose> option.
+
+=item B<--version>
+
+Prints this script's version. Overrides all other options.
+
+=back
+
+=head1 DESCRIPTION
+
+This script will download the pre-formatted BLAST databases requested in the
+command line from the NCBI ftp site.
+
+=head1 EXIT CODES
+
+This script returns 0 on successful operations that result in no downloads, 1
+on successful operations that downloaded files, and 2 on errors.
+
+=head1 BUGS
+
+Please report them to <blast-help@ncbi.nlm.nih.gov>
+
+=head1 COPYRIGHT
+
+See PUBLIC DOMAIN NOTICE included at the top of this script.
+
+=cut
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/windowmasker b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/windowmasker
new file mode 100755
index 0000000..2050d6b
Binary files /dev/null and b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/bin/windowmasker differ
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/doc/README.txt b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/doc/README.txt
new file mode 100644
index 0000000..0b7325f
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/doc/README.txt
@@ -0,0 +1,2 @@
+The user manual is available in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690
+Release notes are available in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777
diff --git a/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/ncbi_package_info b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/ncbi_package_info
new file mode 100644
index 0000000..4ea1c25
--- /dev/null
+++ b/src/ncbiblast/binaries/ncbi-blast-2.2.31i386-darwin/ncbi_package_info
@@ -0,0 +1,186 @@
+PACKAGE_NAME: blast
+PACKAGE_VERSION: 2.2.31
+PACKAGE_SIGNATURE: LLVMGCC_421-ReleaseMT--x86_64-apple-darwin12.6.0-xcoremake2
+PACKAGE_CONFIG: IntelMAC : universal : ./c++/compilers/unix/GCC.sh 4.2 --without-debug --without-pcre --with-mt --with-openmp --with-flat-makefile --with-universal=i386,x86_64 --with-ncbi-public --with-build-root-sfx=--IntelMAC-universal --without-ccache --without-caution --without-makefile-auto-update --with-projects=scripts/projects/blast/project.lst --with-internal
+
+>>>>>  blastp
+
+blastp: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:47:46
+ LLVMGCC_421-ReleaseMT--x86_64-apple-darwin12.6.0-xcoremake2
+ 
+
+
+
+>>>>>  blastn
+
+blastn: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:47:46
+ LLVMGCC_421-ReleaseMT--x86_64-apple-darwin12.6.0-xcoremake2
+ 
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+>>>>>  blast_formatter
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+blast_formatter: 2.2.31+
+Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:47:46
+ LLVMGCC_421-ReleaseMT--x86_64-apple-darwin12.6.0-xcoremake2
+ 
+
+
+
+
diff --git a/src/repseek/.DS_Store b/src/repseek/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/src/repseek/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/src/sequtils/.DS_Store b/src/sequtils/.DS_Store
deleted file mode 100644
index f43966c..0000000
Binary files a/src/sequtils/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/src/sequtils/lxpack/.DS_Store b/src/sequtils/lxpack/.DS_Store
deleted file mode 100644
index 5008ddf..0000000
Binary files a/src/sequtils/lxpack/.DS_Store and /dev/null differ
diff --git a/src/sequtils/lxpack/src/Utilsrc/.DS_Store b/src/sequtils/lxpack/src/Utilsrc/.DS_Store
deleted file mode 100755
index 5008ddf..0000000
Binary files a/src/sequtils/lxpack/src/Utilsrc/.DS_Store and /dev/null differ