diff --git a/python/obitools3/dms/column/column.cfiles b/python/obitools3/dms/column/column.cfiles deleted file mode 100644 index 19f702c..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/column.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../src/obi_lcs.h -../../../../src/obi_lcs.c -../../../../src/obierrno.h -../../../../src/obierrno.c -../../../../src/upperband.h -../../../../src/upperband.c -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../src/obiblob.h -../../../../src/obiblob.c -../../../../src/utils.h -../../../../src/utils.c -../../../../src/obidms.h -../../../../src/obidms.c -../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../src/obiavl.h -../../../../src/obiavl.c -../../../../src/bloom.h -../../../../src/bloom.c -../../../../src/crc64.h -../../../../src/crc64.c -../../../../src/murmurhash2.h -../../../../src/murmurhash2.c -../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../src/obitypes.h -../../../../src/obitypes.c -../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../src/obiview.h -../../../../src/obiview.c -../../../../src/hashtable.h -../../../../src/hashtable.c -../../../../src/linked_list.h -../../../../src/linked_list.c -../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../src/array_indexer.h -../../../../src/array_indexer.c -../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../src/encode.c -../../../../src/encode.h -../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../src/build_reference_db.c -../../../../src/build_reference_db.h -../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../src/obi_clean.c -../../../../src/obi_clean.h -../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../src/_sse.h 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a/python/obitools3/dms/column/column_idx.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../src/obi_lcs.h -../../../../src/obi_lcs.c -../../../../src/obierrno.h -../../../../src/obierrno.c -../../../../src/upperband.h -../../../../src/upperband.c -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../src/obiblob.h -../../../../src/obiblob.c -../../../../src/utils.h -../../../../src/utils.c -../../../../src/obidms.h -../../../../src/obidms.c -../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../src/obiavl.h -../../../../src/obiavl.c -../../../../src/bloom.h -../../../../src/bloom.c -../../../../src/crc64.h -../../../../src/crc64.c -../../../../src/murmurhash2.h -../../../../src/murmurhash2.c -../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../src/obitypes.h -../../../../src/obitypes.c 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-../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../src/array_indexer.h -../../../../src/array_indexer.c -../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../src/encode.c -../../../../src/encode.h -../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../src/build_reference_db.c -../../../../src/build_reference_db.h -../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../src/obi_clean.c -../../../../src/obi_clean.h -../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../src/_sse.h -../../../../src/obidebug.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/column_idx.pxd b/python/obitools3/dms/column/column_idx.pxd index d0758c7..e5248ee 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/column_idx.pxd +++ b/python/obitools3/dms/column/column_idx.pxd @@ -2,7 +2,7 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t - +from obitools3.dms.column.column cimport Column cdef class Column_idx(Column) : diff --git a/python/obitools3/dms/column/column_idx.pyx b/python/obitools3/dms/column/column_idx.pyx index a666bf8..8ddd766 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/column_idx.pyx +++ b/python/obitools3/dms/column/column_idx.pyx @@ -20,7 +20,7 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport OBI_IDX, OBIIdx_NA, index_t from cpython.long cimport PyLong_FromLongLong from obitools3.dms.column.column cimport Column, \ - Column_multi_elts + Column_multi_elts # TODO overwrite other functions from Column and Column_multi_elts diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/bool.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/bool.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/bool.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h 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a/python/obitools3/dms/column/typed_column/char.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/float.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/float.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/float.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c 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-../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pxd b/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pxd index c5ecdbe..b0c0b47 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pxd +++ b/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pxd @@ -3,8 +3,8 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t -from obitools3.dms.column_idx cimport Column_idx, \ - Column_multi_elts_idx +from obitools3.dms.column.column_idx cimport Column_idx, \ + Column_multi_elts_idx cdef class Column_qual(Column_idx) : diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pyx b/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pyx index bae55d1..f45ed88 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pyx +++ b/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.pyx @@ -2,16 +2,15 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t -from obitools3.dms.column_idx cimport Column_idx, \ - Column_multi_elts_idx +from obitools3.dms.column.column_idx cimport Column_idx, \ + Column_multi_elts_idx from obitools3.dms.capi.obierrno cimport obi_errno -from obitools3.dms.column cimport register_column_class - from obitools3.dms.view.view cimport View -from obitools3.dms.column cimport Column +from obitools3.dms.column.column cimport Column, \ + register_column_class from obitools3.utils cimport tobytes, bytes2str, \ obi_errno_to_exception diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pxd b/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pxd index 465ed92..7ccf985 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pxd +++ b/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pxd @@ -3,7 +3,7 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t -from obitools3.dms.column_idx cimport Column_idx, \ +from obitools3.dms.column.column_idx cimport Column_idx, \ Column_multi_elts_idx diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pyx b/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pyx index a198765..6c0679b 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pyx +++ b/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.pyx @@ -2,7 +2,7 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t -from obitools3.dms.column_idx cimport Column_idx, \ +from obitools3.dms.column.column_idx cimport Column_idx, \ Column_multi_elts_idx from obitools3.dms.capi.obierrno cimport obi_errno diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pxd b/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pxd index a17d23c..5bb75df 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pxd +++ b/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pxd @@ -3,7 +3,7 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t -from obitools3.dms.column_idx cimport Column_idx, \ +from obitools3.dms.column.column_idx cimport Column_idx, \ Column_multi_elts_idx diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pyx b/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pyx index e2fe59c..76e14a5 100755 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pyx +++ b/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.pyx @@ -2,7 +2,7 @@ from obitools3.dms.capi.obitypes cimport index_t -from obitools3.dms.column_idx cimport Column_idx, \ +from obitools3.dms.column.column_idx cimport Column_idx, \ Column_multi_elts_idx diff --git a/python/obitools3/dms/dms.pxd b/python/obitools3/dms/dms.pxd index 6fc3068..25e4319 100755 --- a/python/obitools3/dms/dms.pxd +++ b/python/obitools3/dms/dms.pxd @@ -1,8 +1,8 @@ #cython: language_level=3 -from .object cimport OBIWrapper +from obitools3.dms.object cimport OBIWrapper -from .capi.obidms cimport OBIDMS_p +from obitools3.dms.capi.obidms cimport OBIDMS_p cdef class DMS(OBIWrapper):