diff --git a/python/obitools3/apps/arguments.cfiles b/python/obitools3/apps/arguments.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/apps/arguments.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/apps/command.cfiles b/python/obitools3/apps/command.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/apps/command.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/apps/config.cfiles b/python/obitools3/apps/config.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/apps/config.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/apps/logging.cfiles b/python/obitools3/apps/logging.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/apps/logging.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/apps/progress.cfiles b/python/obitools3/apps/progress.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/apps/progress.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/apps/temp.cfiles b/python/obitools3/apps/temp.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/apps/temp.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/commands/align.cfiles b/python/obitools3/commands/align.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/align.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/alignpairedend.cfiles b/python/obitools3/commands/alignpairedend.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/alignpairedend.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/annotate.cfiles b/python/obitools3/commands/annotate.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/annotate.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/build_ref_db.cfiles b/python/obitools3/commands/build_ref_db.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/build_ref_db.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/clean.cfiles b/python/obitools3/commands/clean.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/clean.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/count.cfiles b/python/obitools3/commands/count.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/count.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/ecopcr.cfiles b/python/obitools3/commands/ecopcr.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/ecopcr.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/ecotag.cfiles b/python/obitools3/commands/ecotag.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/ecotag.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/export.cfiles b/python/obitools3/commands/export.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/export.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/grep.cfiles b/python/obitools3/commands/grep.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/grep.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/head.cfiles b/python/obitools3/commands/head.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/head.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/history.cfiles b/python/obitools3/commands/history.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/history.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/import.cfiles b/python/obitools3/commands/import.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/import.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/less.cfiles b/python/obitools3/commands/less.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/less.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/ls.cfiles b/python/obitools3/commands/ls.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/ls.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/ngsfilter.cfiles b/python/obitools3/commands/ngsfilter.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/ngsfilter.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/sort.cfiles b/python/obitools3/commands/sort.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/sort.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/stats.cfiles b/python/obitools3/commands/stats.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/stats.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/tail.cfiles b/python/obitools3/commands/tail.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/tail.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/test.cfiles b/python/obitools3/commands/test.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/test.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/commands/uniq.cfiles b/python/obitools3/commands/uniq.cfiles deleted file mode 100644 index a10371b..0000000 --- a/python/obitools3/commands/uniq.cfiles +++ /dev/null @@ -1,103 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h diff --git a/python/obitools3/dms/column/column.cfiles b/python/obitools3/dms/column/column.cfiles deleted file mode 100644 index 19f702c..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/column.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../src/obi_lcs.h -../../../../src/obi_lcs.c -../../../../src/obierrno.h -../../../../src/obierrno.c -../../../../src/upperband.h -../../../../src/upperband.c -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../src/obiblob.h -../../../../src/obiblob.c -../../../../src/utils.h -../../../../src/utils.c -../../../../src/obidms.h -../../../../src/obidms.c -../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../src/obiavl.h -../../../../src/obiavl.c -../../../../src/bloom.h -../../../../src/bloom.c -../../../../src/crc64.h -../../../../src/crc64.c -../../../../src/murmurhash2.h -../../../../src/murmurhash2.c -../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../src/obitypes.h -../../../../src/obitypes.c -../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../src/obiview.h -../../../../src/obiview.c -../../../../src/hashtable.h -../../../../src/hashtable.c -../../../../src/linked_list.h -../../../../src/linked_list.c -../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../src/array_indexer.h -../../../../src/array_indexer.c -../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../src/encode.c -../../../../src/encode.h -../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../src/build_reference_db.c -../../../../src/build_reference_db.h -../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../src/obi_clean.c -../../../../src/obi_clean.h -../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../src/_sse.h -../../../../src/obidebug.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/column_idx.cfiles b/python/obitools3/dms/column/column_idx.cfiles deleted file mode 100644 index 19f702c..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/column_idx.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../src/obi_lcs.h -../../../../src/obi_lcs.c -../../../../src/obierrno.h -../../../../src/obierrno.c -../../../../src/upperband.h -../../../../src/upperband.c -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../src/obiblob.h -../../../../src/obiblob.c -../../../../src/utils.h -../../../../src/utils.c -../../../../src/obidms.h -../../../../src/obidms.c -../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../src/obiavl.h -../../../../src/obiavl.c -../../../../src/bloom.h -../../../../src/bloom.c -../../../../src/crc64.h -../../../../src/crc64.c -../../../../src/murmurhash2.h -../../../../src/murmurhash2.c -../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../src/obitypes.h -../../../../src/obitypes.c -../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../src/obiview.h -../../../../src/obiview.c -../../../../src/hashtable.h -../../../../src/hashtable.c -../../../../src/linked_list.h -../../../../src/linked_list.c -../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../src/array_indexer.h -../../../../src/array_indexer.c -../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../src/encode.c -../../../../src/encode.h -../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../src/build_reference_db.c -../../../../src/build_reference_db.h -../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../src/obi_clean.c -../../../../src/obi_clean.h -../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../src/_sse.h -../../../../src/obidebug.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/bool.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/bool.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/bool.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/char.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/char.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/char.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/float.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/float.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/float.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/int.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/int.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/int.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/qual.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/seq.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.cfiles b/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/column/typed_column/str.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/dms.cfiles b/python/obitools3/dms/dms.cfiles deleted file mode 100755 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/dms/dms.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/obiseq.cfiles b/python/obitools3/dms/obiseq.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/dms/obiseq.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/object.cfiles b/python/obitools3/dms/object.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/dms/object.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/taxo/taxo.cfiles b/python/obitools3/dms/taxo/taxo.cfiles deleted file mode 100644 index 19f702c..0000000 --- a/python/obitools3/dms/taxo/taxo.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../src/obi_lcs.h -../../../../src/obi_lcs.c -../../../../src/obierrno.h -../../../../src/obierrno.c -../../../../src/upperband.h -../../../../src/upperband.c -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../src/obiblob.h -../../../../src/obiblob.c -../../../../src/utils.h -../../../../src/utils.c -../../../../src/obidms.h -../../../../src/obidms.c -../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../src/obiavl.h -../../../../src/obiavl.c -../../../../src/bloom.h -../../../../src/bloom.c -../../../../src/crc64.h -../../../../src/crc64.c -../../../../src/murmurhash2.h -../../../../src/murmurhash2.c -../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../src/obitypes.h -../../../../src/obitypes.c -../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../src/obiview.h -../../../../src/obiview.c -../../../../src/hashtable.h -../../../../src/hashtable.c -../../../../src/linked_list.h -../../../../src/linked_list.c -../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../src/array_indexer.h -../../../../src/array_indexer.c -../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../src/encode.c -../../../../src/encode.h -../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../src/build_reference_db.c -../../../../src/build_reference_db.h -../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../src/obi_clean.c -../../../../src/obi_clean.h -../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../src/_sse.h -../../../../src/obidebug.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/view/typed_view/view_NUC_SEQS.cfiles b/python/obitools3/dms/view/typed_view/view_NUC_SEQS.cfiles deleted file mode 100644 index 72668a9..0000000 --- a/python/obitools3/dms/view/typed_view/view_NUC_SEQS.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../../src/obi_lcs.h -../../../../../src/obi_lcs.c -../../../../../src/obierrno.h -../../../../../src/obierrno.c -../../../../../src/upperband.h -../../../../../src/upperband.c -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../../src/obiblob.h -../../../../../src/obiblob.c -../../../../../src/utils.h -../../../../../src/utils.c -../../../../../src/obidms.h -../../../../../src/obidms.c -../../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../../src/obiavl.h -../../../../../src/obiavl.c -../../../../../src/bloom.h -../../../../../src/bloom.c -../../../../../src/crc64.h -../../../../../src/crc64.c -../../../../../src/murmurhash2.h -../../../../../src/murmurhash2.c -../../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../../src/obitypes.h -../../../../../src/obitypes.c -../../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../../src/obiview.h -../../../../../src/obiview.c -../../../../../src/hashtable.h -../../../../../src/hashtable.c -../../../../../src/linked_list.h -../../../../../src/linked_list.c -../../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../../src/array_indexer.h -../../../../../src/array_indexer.c -../../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../../src/encode.c -../../../../../src/encode.h -../../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../../src/build_reference_db.c -../../../../../src/build_reference_db.h -../../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../../src/obi_clean.c -../../../../../src/obi_clean.h -../../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../../src/_sse.h -../../../../../src/obidebug.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/dms/view/view.cfiles b/python/obitools3/dms/view/view.cfiles deleted file mode 100644 index 19f702c..0000000 --- a/python/obitools3/dms/view/view.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../../src/obi_lcs.h -../../../../src/obi_lcs.c -../../../../src/obierrno.h -../../../../src/obierrno.c -../../../../src/upperband.h -../../../../src/upperband.c -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../../src/obiblob.h -../../../../src/obiblob.c -../../../../src/utils.h -../../../../src/utils.c -../../../../src/obidms.h -../../../../src/obidms.c -../../../../src/libjson/json_utils.h -../../../../src/libjson/json_utils.c -../../../../src/libjson/cJSON.h -../../../../src/libjson/cJSON.c -../../../../src/obiavl.h -../../../../src/obiavl.c -../../../../src/bloom.h -../../../../src/bloom.c -../../../../src/crc64.h -../../../../src/crc64.c -../../../../src/murmurhash2.h -../../../../src/murmurhash2.c -../../../../src/obidmscolumn.h -../../../../src/obidmscolumn.c -../../../../src/obitypes.h -../../../../src/obitypes.c -../../../../src/obidmscolumndir.h -../../../../src/obidmscolumndir.c -../../../../src/obiblob_indexer.h -../../../../src/obiblob_indexer.c -../../../../src/obiview.h -../../../../src/obiview.c -../../../../src/hashtable.h -../../../../src/hashtable.c -../../../../src/linked_list.h -../../../../src/linked_list.c -../../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../../src/array_indexer.h -../../../../src/array_indexer.c -../../../../src/char_str_indexer.h -../../../../src/char_str_indexer.c -../../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../../src/encode.c -../../../../src/encode.h -../../../../src/uint8_indexer.c -../../../../src/uint8_indexer.h -../../../../src/build_reference_db.c -../../../../src/build_reference_db.h -../../../../src/kmer_similarity.c -../../../../src/kmer_similarity.h -../../../../src/obi_clean.c -../../../../src/obi_clean.h -../../../../src/obi_ecopcr.c -../../../../src/obi_ecopcr.h -../../../../src/obi_ecotag.c -../../../../src/obi_ecotag.h -../../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../../src/obilittlebigman.c -../../../../src/obilittlebigman.h -../../../../src/_sse.h -../../../../src/obidebug.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/files/linebuffer.cfiles b/python/obitools3/files/linebuffer.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/files/linebuffer.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/files/uncompress.cfiles b/python/obitools3/files/uncompress.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/files/uncompress.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/files/universalopener.cfiles b/python/obitools3/files/universalopener.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/files/universalopener.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/format/fasta.cfiles b/python/obitools3/format/fasta.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/format/fasta.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/format/fastq.cfiles b/python/obitools3/format/fastq.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/format/fastq.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/format/header.cfiles b/python/obitools3/format/header.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/format/header.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_assemble.cfiles b/python/obitools3/libalign/_assemble.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_assemble.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_dynamic.cfiles b/python/obitools3/libalign/_dynamic.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_dynamic.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_freeendgap.cfiles b/python/obitools3/libalign/_freeendgap.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_freeendgap.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_freeendgapfm.cfiles b/python/obitools3/libalign/_freeendgapfm.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_freeendgapfm.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_nws.cfiles b/python/obitools3/libalign/_nws.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_nws.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_qsassemble.cfiles b/python/obitools3/libalign/_qsassemble.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_qsassemble.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_qsrassemble.cfiles b/python/obitools3/libalign/_qsrassemble.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_qsrassemble.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_rassemble.cfiles b/python/obitools3/libalign/_rassemble.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_rassemble.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/_solexapairend.cfiles b/python/obitools3/libalign/_solexapairend.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/_solexapairend.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/apat_pattern.cfiles b/python/obitools3/libalign/apat_pattern.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/apat_pattern.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/libalign/shifted_ali.cfiles b/python/obitools3/libalign/shifted_ali.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/libalign/shifted_ali.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/embl.cfiles b/python/obitools3/parsers/embl.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/embl.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/embl_genbank_features.cfiles b/python/obitools3/parsers/embl_genbank_features.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/embl_genbank_features.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/fasta.cfiles b/python/obitools3/parsers/fasta.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/fasta.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/fastq.cfiles b/python/obitools3/parsers/fastq.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/fastq.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/genbank.cfiles b/python/obitools3/parsers/genbank.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/genbank.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/header.cfiles b/python/obitools3/parsers/header.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/header.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/ngsfilter.cfiles b/python/obitools3/parsers/ngsfilter.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/ngsfilter.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/tab.cfiles b/python/obitools3/parsers/tab.cfiles deleted file mode 100755 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/tab.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/parsers/universal.cfiles b/python/obitools3/parsers/universal.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/parsers/universal.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/uri/decode.cfiles b/python/obitools3/uri/decode.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/uri/decode.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/utils.cfiles b/python/obitools3/utils.cfiles deleted file mode 100755 index 73ce179..0000000 --- a/python/obitools3/utils.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../src/obi_lcs.h -../../src/obi_lcs.c -../../src/obierrno.h -../../src/obierrno.c -../../src/upperband.h -../../src/upperband.c -../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../src/obiblob.h -../../src/obiblob.c -../../src/utils.h -../../src/utils.c -../../src/obidms.h -../../src/obidms.c -../../src/libjson/json_utils.h -../../src/libjson/json_utils.c -../../src/libjson/cJSON.h -../../src/libjson/cJSON.c -../../src/obiavl.h -../../src/obiavl.c -../../src/bloom.h -../../src/bloom.c -../../src/crc64.h -../../src/crc64.c -../../src/murmurhash2.h -../../src/murmurhash2.c -../../src/obidmscolumn.h -../../src/obidmscolumn.c -../../src/obitypes.h -../../src/obitypes.c -../../src/obidmscolumndir.h -../../src/obidmscolumndir.c -../../src/obiblob_indexer.h -../../src/obiblob_indexer.c -../../src/obiview.h -../../src/obiview.c -../../src/hashtable.h -../../src/hashtable.c -../../src/linked_list.h -../../src/linked_list.c -../../src/obidmscolumn_array.h -../../src/obidmscolumn_array.c -../../src/obidmscolumn_blob.h -../../src/obidmscolumn_blob.c -../../src/obidmscolumn_idx.h -../../src/obidmscolumn_idx.c -../../src/obidmscolumn_bool.h -../../src/obidmscolumn_bool.c -../../src/obidmscolumn_char.h -../../src/obidmscolumn_char.c -../../src/obidmscolumn_float.h -../../src/obidmscolumn_float.c -../../src/obidmscolumn_int.h -../../src/obidmscolumn_int.c -../../src/obidmscolumn_qual.h -../../src/obidmscolumn_qual.c -../../src/obidmscolumn_seq.h -../../src/obidmscolumn_seq.c -../../src/obidmscolumn_str.h -../../src/obidmscolumn_str.c -../../src/array_indexer.h -../../src/array_indexer.c -../../src/char_str_indexer.h -../../src/char_str_indexer.c -../../src/dna_seq_indexer.h -../../src/dna_seq_indexer.c -../../src/encode.c -../../src/encode.h -../../src/uint8_indexer.c -../../src/uint8_indexer.h -../../src/build_reference_db.c -../../src/build_reference_db.h -../../src/kmer_similarity.c -../../src/kmer_similarity.h -../../src/obi_clean.c -../../src/obi_clean.h -../../src/obi_ecopcr.c -../../src/obi_ecopcr.h -../../src/obi_ecotag.c -../../src/obi_ecotag.h -../../src/obidms_taxonomy.c -../../src/obidms_taxonomy.h -../../src/obilittlebigman.c -../../src/obilittlebigman.h -../../src/_sse.h -../../src/obidebug.h -../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/writers/fasta.cfiles b/python/obitools3/writers/fasta.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/writers/fasta.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - - diff --git a/python/obitools3/writers/fastq.cfiles b/python/obitools3/writers/fastq.cfiles deleted file mode 100644 index fcf4279..0000000 --- a/python/obitools3/writers/fastq.cfiles +++ /dev/null @@ -1,110 +0,0 @@ -../../../src/obi_lcs.h -../../../src/obi_lcs.c -../../../src/obierrno.h -../../../src/obierrno.c -../../../src/upperband.h -../../../src/upperband.c -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.h -../../../src/sse_banded_LCS_alignment.c -../../../src/obiblob.h -../../../src/obiblob.c -../../../src/utils.h -../../../src/utils.c -../../../src/obidms.h -../../../src/obidms.c -../../../src/libjson/json_utils.h -../../../src/libjson/json_utils.c -../../../src/libjson/cJSON.h -../../../src/libjson/cJSON.c -../../../src/obiavl.h -../../../src/obiavl.c -../../../src/bloom.h -../../../src/bloom.c -../../../src/crc64.h -../../../src/crc64.c -../../../src/murmurhash2.h -../../../src/murmurhash2.c -../../../src/obidmscolumn.h -../../../src/obidmscolumn.c -../../../src/obitypes.h -../../../src/obitypes.c -../../../src/obidmscolumndir.h -../../../src/obidmscolumndir.c -../../../src/obiblob_indexer.h -../../../src/obiblob_indexer.c -../../../src/obiview.h -../../../src/obiview.c -../../../src/hashtable.h -../../../src/hashtable.c -../../../src/linked_list.h -../../../src/linked_list.c -../../../src/obidmscolumn_array.h -../../../src/obidmscolumn_array.c -../../../src/obidmscolumn_blob.h -../../../src/obidmscolumn_blob.c -../../../src/obidmscolumn_idx.h -../../../src/obidmscolumn_idx.c -../../../src/obidmscolumn_bool.h -../../../src/obidmscolumn_bool.c -../../../src/obidmscolumn_char.h -../../../src/obidmscolumn_char.c -../../../src/obidmscolumn_float.h -../../../src/obidmscolumn_float.c -../../../src/obidmscolumn_int.h -../../../src/obidmscolumn_int.c -../../../src/obidmscolumn_qual.h -../../../src/obidmscolumn_qual.c -../../../src/obidmscolumn_seq.h -../../../src/obidmscolumn_seq.c -../../../src/obidmscolumn_str.h -../../../src/obidmscolumn_str.c -../../../src/array_indexer.h -../../../src/array_indexer.c -../../../src/char_str_indexer.h -../../../src/char_str_indexer.c -../../../src/dna_seq_indexer.h -../../../src/dna_seq_indexer.c -../../../src/encode.c -../../../src/encode.h -../../../src/uint8_indexer.c -../../../src/uint8_indexer.h -../../../src/build_reference_db.c -../../../src/build_reference_db.h -../../../src/kmer_similarity.c -../../../src/kmer_similarity.h -../../../src/obi_clean.c -../../../src/obi_clean.h -../../../src/obi_ecopcr.c -../../../src/obi_ecopcr.h -../../../src/obi_ecotag.c -../../../src/obi_ecotag.h -../../../src/obidms_taxonomy.c -../../../src/obidms_taxonomy.h -../../../src/obilittlebigman.c -../../../src/obilittlebigman.h -../../../src/_sse.h -../../../src/obidebug.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dft_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/dna_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/CODES/prot_code.h -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_parse.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat_search.c -../../../src/libecoPCR/libapat/apat.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gmach.h -../../../src/libecoPCR/libapat/Gtypes.h -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.c -../../../src/libecoPCR/libapat/libstki.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.h -../../../src/libecoPCR/libthermo/nnparams.c -../../../src/libecoPCR/ecoapat.c -../../../src/libecoPCR/ecodna.c -../../../src/libecoPCR/ecoError.c -../../../src/libecoPCR/ecoMalloc.c -../../../src/libecoPCR/ecoPCR.h - - - - - - -