From 00f2dc26975a07312eddb3442a9b00f6241fe041 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Eric Coissac Date: Wed, 29 Jan 2025 10:45:26 +0100 Subject: [PATCH] Rename obifind obitaxonomy and introduce the new CSV format for taxonomy. --- Release-notes.md | 7 + cmd/obitools/{obifind => obitaxonomy}/main.go | 24 +- pkg/obioptions/version.go | 2 +- .../iterator.go => obitax/csviterator.go} | 5 +- pkg/obitax/csvtaxdump_read.go | 40 +- pkg/obitax/csvtaxdump_write.go | 10 - pkg/obitax/iterator.go | 13 +- pkg/obitax/taxonomy.go | 2 +- .../{obifind => obitaxonomy}/obifind.go | 30 +- .../{obifind => obitaxonomy}/options.go | 31 +- xxx.csv | 4462 +++++++++++++++++ 11 files changed, 4571 insertions(+), 55 deletions(-) rename cmd/obitools/{obifind => obitaxonomy}/main.go (62%) rename pkg/{obitools/obifind/iterator.go => obitax/csviterator.go} (97%) rename pkg/obitools/{obifind => obitaxonomy}/obifind.go (64%) rename pkg/obitools/{obifind => obitaxonomy}/options.go (78%) create mode 100644 xxx.csv diff --git a/Release-notes.md b/Release-notes.md index 8b9ed6a..99f480d 100644 --- a/Release-notes.md +++ b/Release-notes.md @@ -7,6 +7,8 @@ - In `obimultiplex`, the short version of the **--tag-list** option used to specify the list of tags and primers to be used for the demultiplexing has been changed from `-t` to `-s`. +- The command `obifind` is now renamed `obitaxonomy`. + - The **--taxdump** option used to specify the path to the taxdump containing the NCBI taxonomy has been renamed to **--taxonomy**. @@ -21,6 +23,11 @@ ### New features +- `obitoaxonomy` a new **--dump|D** option allows for dumping a sub-taxonomy. + +- Taxonomy dump can now be provided as a four-columns CSV file to the **--taxonomy** + option. + - NCBI Taxonomy dump does not need to be uncompressed and unarchived anymore. The path of the tar and gziped dump file can be directly specified using the **--taxonomy** option. diff --git a/cmd/obitools/obifind/main.go b/cmd/obitools/obitaxonomy/main.go similarity index 62% rename from cmd/obitools/obifind/main.go rename to cmd/obitools/obitaxonomy/main.go index 7e2ac0f..d72f5b6 100644 --- a/cmd/obitools/obifind/main.go +++ b/cmd/obitools/obitaxonomy/main.go @@ -6,25 +6,29 @@ import ( "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obioptions" "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obitax" - "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obitools/obifind" + "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obitools/obitaxonomy" "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiutils" ) func main() { - optionParser := obioptions.GenerateOptionParser(obifind.OptionSet) + optionParser := obioptions.GenerateOptionParser(obitaxonomy.OptionSet) _, args := optionParser(os.Args) var iterator *obitax.ITaxon switch { - case obifind.CLIRequestsPathForTaxid() != "NA": - taxon := obitax.DefaultTaxonomy().Taxon(obifind.CLIRequestsPathForTaxid()) + case obitaxonomy.CLIDumpSubtaxonomy(): + iterator = obitaxonomy.CLISubTaxonomyIterator() + + case obitaxonomy.CLIRequestsPathForTaxid() != "NA": + + taxon := obitax.DefaultTaxonomy().Taxon(obitaxonomy.CLIRequestsPathForTaxid()) if taxon == nil { log.Fatalf("Cannot identify the requested taxon: %s", - obifind.CLIRequestsPathForTaxid()) + obitaxonomy.CLIRequestsPathForTaxid()) } s := taxon.Path() @@ -35,7 +39,7 @@ func main() { iterator = s.Iterator() - if obifind.CLIWithQuery() { + if obitaxonomy.CLIWithQuery() { iterator = iterator.AddMetadata("query", taxon.String()) } @@ -45,8 +49,8 @@ func main() { iters := make([]*obitax.ITaxon, len(args)) for i, pat := range args { - ii := obitax.DefaultTaxonomy().IFilterOnName(pat, obifind.CLIFixedPattern(), true) - if obifind.CLIWithQuery() { + ii := obitax.DefaultTaxonomy().IFilterOnName(pat, obitaxonomy.CLIFixedPattern(), true) + if obitaxonomy.CLIWithQuery() { ii = ii.AddMetadata("query", pat) } iters[i] = ii @@ -59,8 +63,8 @@ func main() { } } - iterator = obifind.CLITaxonRestrictions(iterator) - obifind.CLICSVTaxaWriter(iterator, true) + iterator = obitaxonomy.CLITaxonRestrictions(iterator) + obitaxonomy.CLICSVTaxaWriter(iterator, true) obiutils.WaitForLastPipe() diff --git a/pkg/obioptions/version.go b/pkg/obioptions/version.go index 64fd260..f78140c 100644 --- a/pkg/obioptions/version.go +++ b/pkg/obioptions/version.go @@ -8,7 +8,7 @@ import ( // corresponds to the last commit, and not the one when the file will be // commited -var _Commit = "7c4042d" +var _Commit = "c50a0f4" var _Version = "Release 4.2.0" // Version returns the version of the obitools package. diff --git a/pkg/obitools/obifind/iterator.go b/pkg/obitax/csviterator.go similarity index 97% rename from pkg/obitools/obifind/iterator.go rename to pkg/obitax/csviterator.go index 7fb97d0..2b07cf5 100644 --- a/pkg/obitools/obifind/iterator.go +++ b/pkg/obitax/csviterator.go @@ -1,11 +1,10 @@ -package obifind +package obitax import ( "slices" "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obidefault" "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiitercsv" - "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obitax" ) type __options__ struct { @@ -192,7 +191,7 @@ func OptionsWithMetadata(values ...string) WithOption { return f } -func NewCSVTaxaIterator(iterator *obitax.ITaxon, options ...WithOption) *obiitercsv.ICSVRecord { +func (iterator *ITaxon) CSVTaxaIterator(options ...WithOption) *obiitercsv.ICSVRecord { opt := MakeOptions(options) metakeys := make([]string, 0) diff --git a/pkg/obitax/csvtaxdump_read.go b/pkg/obitax/csvtaxdump_read.go index adb70d6..b25c90c 100644 --- a/pkg/obitax/csvtaxdump_read.go +++ b/pkg/obitax/csvtaxdump_read.go @@ -11,6 +11,8 @@ import ( func LoadCSVTaxonomy(path string, onlysn bool) (*Taxonomy, error) { + log.Infof("Loading taxonomy from csv file: %s", path) + file, err := obiutils.Ropen(path) if err != nil { @@ -47,7 +49,7 @@ func LoadCSVTaxonomy(path string, onlysn bool) (*Taxonomy, error) { parentColIndex = i case "scientific_name": scientific_nameColIndex = i - case "rank": + case "taxonomic_rank": rankColIndex = i } } @@ -70,31 +72,45 @@ func LoadCSVTaxonomy(path string, onlysn bool) (*Taxonomy, error) { name := obiutils.RemoveAllExt(path) short := obiutils.Basename(path) - taxonomy := NewTaxonomy(name, short, obiutils.AsciiAlphaNumSet) line, err := csvfile.Read() + if err == nil { + parts := strings.Split(line[taxidColIndex], " ") + parts = strings.Split(parts[0], ":") + if len(parts) > 1 { + short = parts[0] + } + } - for err != nil { + log.Infof("Taxonomy name: %s", name) + log.Infof("Taxon code: %s", short) + + taxonomy := NewTaxonomy(name, short, obiutils.AsciiAlphaNumSet) + + root := true + var taxon *Taxon + + for err == nil { taxid := line[taxidColIndex] parent := line[parentColIndex] scientific_name := line[scientific_nameColIndex] rank := line[rankColIndex] - parts := strings.Split(rank, ":") - - rank = parts[0] - - root := len(parts) > 1 && parts[1] == "root" - - taxon, err := taxonomy.AddTaxon(taxid, parent, rank, false, root) - taxon.SetName(scientific_name, "scientific name") + taxon, err = taxonomy.AddTaxon(taxid, parent, rank, root, false) if err != nil { - return nil, err + log.Fatalf("cannot add taxon %s: %v", taxid, err) } + root = false + + taxon.SetName(scientific_name, "scientific name") + + line, err = csvfile.Read() } + log.Infof("%d Taxa loaded", taxonomy.Len()) + if !taxonomy.HasRoot() { return nil, errors.New("taxonomy file does not contain root node") } diff --git a/pkg/obitax/csvtaxdump_write.go b/pkg/obitax/csvtaxdump_write.go index 024adb2..9f4c3a6 100644 --- a/pkg/obitax/csvtaxdump_write.go +++ b/pkg/obitax/csvtaxdump_write.go @@ -1,11 +1 @@ package obitax - -import ( - "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiitercsv" -) - -func WriteTaxonomyCSV(iterator ITaxon, - terminalAction bool, filenames ...string) *obiitercsv.ICSVRecord { - - return nil -} diff --git a/pkg/obitax/iterator.go b/pkg/obitax/iterator.go index a4cf039..f53b465 100644 --- a/pkg/obitax/iterator.go +++ b/pkg/obitax/iterator.go @@ -2,6 +2,7 @@ package obitax import ( "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiutils" + log "github.com/sirupsen/logrus" ) // ITaxon represents an iterator for traversing Taxon instances. @@ -189,12 +190,12 @@ func (taxon *Taxon) ISubTaxonomy() *ITaxon { go func() { for i := lpath - 1; i >= 0; i-- { taxon := path.Taxon(i) - parents[taxon.Node] = true iter.Push(taxon) } pushed := true + log.Warn(parents) for pushed { itaxo := taxo.Iterator() pushed = false @@ -215,3 +216,13 @@ func (taxon *Taxon) ISubTaxonomy() *ITaxon { return iter } + +func (taxonomy *Taxonomy) ISubTaxonomy(taxid string) *ITaxon { + taxon := taxonomy.Taxon(taxid) + + if taxon == nil { + return nil + } + + return taxon.ISubTaxonomy() +} diff --git a/pkg/obitax/taxonomy.go b/pkg/obitax/taxonomy.go index 3bc53b7..75fdadf 100644 --- a/pkg/obitax/taxonomy.go +++ b/pkg/obitax/taxonomy.go @@ -197,7 +197,7 @@ func (taxonomy *Taxonomy) Len() int { // - A pointer to the newly created Taxon instance. // - An error if the taxon cannot be added (e.g., it already exists and replace is false). func (taxonomy *Taxonomy) AddTaxon(taxid, parent string, rank string, isRoot bool, replace bool) (*Taxon, error) { - taxonomy = taxonomy.OrDefault(false) + taxonomy = taxonomy.OrDefault(true) parentid, perr := taxonomy.Id(parent) if perr != nil { diff --git a/pkg/obitools/obifind/obifind.go b/pkg/obitools/obitaxonomy/obifind.go similarity index 64% rename from pkg/obitools/obifind/obifind.go rename to pkg/obitools/obitaxonomy/obifind.go index 8fabf5c..ffffd6e 100644 --- a/pkg/obitools/obifind/obifind.go +++ b/pkg/obitools/obitaxonomy/obifind.go @@ -1,4 +1,4 @@ -package obifind +package obitaxonomy import ( "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obidefault" @@ -40,24 +40,34 @@ func CLIFilterRankRestriction(iterator *obitax.ITaxon) *obitax.ITaxon { return iterator } +func CLISubTaxonomyIterator() *obitax.ITaxon { + + if CLIDumpSubtaxonomy() { + return obitax.DefaultTaxonomy().ISubTaxonomy(CLISubTaxonomyNode()) + } + + log.Fatalf("No sub-taxonomy specified use the --dump option") + return nil +} + func CLICSVTaxaIterator(iterator *obitax.ITaxon) *obiitercsv.ICSVRecord { if iterator == nil { return nil } - options := make([]WithOption, 0) + options := make([]obitax.WithOption, 0) options = append(options, - OptionsWithPattern(CLIWithQuery()), - OptionsWithParent(CLIWithParent()), - OptionsWithRank(CLIWithRank()), - OptionsWithScientificName(CLIWithScientificName()), - OptionsWithPath(CLIWithPath()), - OptionsRawTaxid(CLIRawTaxid()), - OptionsSource(obidefault.SelectedTaxonomy()), + obitax.OptionsWithPattern(CLIWithQuery()), + obitax.OptionsWithParent(CLIWithParent()), + obitax.OptionsWithRank(CLIWithRank()), + obitax.OptionsWithScientificName(CLIWithScientificName()), + obitax.OptionsWithPath(CLIWithPath()), + obitax.OptionsRawTaxid(CLIRawTaxid()), + obitax.OptionsSource(obidefault.SelectedTaxonomy()), ) - return NewCSVTaxaIterator(iterator, options...) + return iterator.CSVTaxaIterator(options...) } func CLICSVTaxaWriter(iterator *obitax.ITaxon, terminalAction bool) *obiitercsv.ICSVRecord { diff --git a/pkg/obitools/obifind/options.go b/pkg/obitools/obitaxonomy/options.go similarity index 78% rename from pkg/obitools/obifind/options.go rename to pkg/obitools/obitaxonomy/options.go index 03609d3..1c868d0 100644 --- a/pkg/obitools/obifind/options.go +++ b/pkg/obitools/obitaxonomy/options.go @@ -1,4 +1,4 @@ -package obifind +package obitaxonomy import ( "fmt" @@ -16,11 +16,12 @@ var __with_path__ = false var __with_query__ = false var __without_rank__ = false var __without_parent__ = false -var __with_scientific_name__ = false +var __without_scientific_name__ = false var __raw_taxid__ = false var __taxid_path__ = "NA" var __taxid_sons__ = "NA" var __restrict_rank__ = "" +var __to_dump__ = "" func FilterTaxonomyOptionSet(options *getoptions.GetOpt) { options.BoolVar(&__rank_list__, "rank-list", false, @@ -40,27 +41,35 @@ func OptionSet(options *getoptions.GetOpt) { options.Description("Match taxon names using a fixed pattern, not a regular expression")) options.StringVar(&__taxid_path__, "parents", "NA", options.Alias("p"), + options.ArgName("TAXID"), options.Description("Displays every parental tree's information for the provided taxid.")) options.StringVar(&__restrict_rank__, "rank", "", + options.ArgName("RANK"), options.Description("Restrict to the given taxonomic rank.")) options.BoolVar(&__without_parent__, "without-parent", __without_parent__, - options.Description("Adds a column containing the parent's taxonid for each displayed taxon.")) + options.Description("Supress the column containing the parent's taxonid from the output.")) options.StringVar(&__taxid_sons__, "sons", "NA", options.Alias("s"), + options.ArgName("TAXID"), options.Description("Displays every sons' tree's information for the provided taxid.")) options.BoolVar(&__with_path__, "with-path", false, options.Description("Adds a column containing the full path for each displayed taxon.")) options.BoolVar(&__without_rank__, "without-rank", __without_rank__, options.Alias("R"), - options.Description("Adds a column containing the taxonomic rank for each displayed taxon.")) + options.Description("Supress the column containing the taxonomic rank from the output.")) options.BoolVar(&__with_query__, "with-query", false, options.Alias("P"), options.Description("Adds a column containing query used to filter taxon name for each displayed taxon.")) - options.BoolVar(&__with_scientific_name__, "with-scientific-name", false, + options.BoolVar(&__without_scientific_name__, "without-scientific-name", __without_scientific_name__, options.Alias("S"), - options.Description("Adds a column containing the scientific name for each displayed taxon.")) + options.Description("Supress the column containing the scientific name from the output.")) options.BoolVar(&__raw_taxid__, "raw-taxid", false, options.Description("Displays the raw taxid for each displayed taxon.")) + options.StringVar(&__to_dump__, "dump", __to_dump__, + options.Alias("D"), + options.ArgName("TAXID"), + options.Description("Dump a sub-taxonomy corresponding to the precised clade"), + ) } func CLITaxonomicalRestrictions() (*obitax.TaxonSet, error) { @@ -109,7 +118,7 @@ func CLIWithRank() bool { } func CLIWithScientificName() bool { - return __with_scientific_name__ + return !__without_scientific_name__ } func CLIRawTaxid() bool { @@ -127,3 +136,11 @@ func CLIFixedPattern() bool { func CLIWithQuery() bool { return __with_query__ } + +func CLIDumpSubtaxonomy() bool { + return __to_dump__ != "" +} + +func CLISubTaxonomyNode() string { + return __to_dump__ +} diff --git a/xxx.csv b/xxx.csv new file mode 100644 index 0000000..8cc0c6e --- /dev/null +++ b/xxx.csv @@ -0,0 +1,4462 @@ +taxid,parent,taxonomic_rank,scientific_name +taxon:1 [root]@no rank,taxon:1 [root]@no rank,no rank,root +taxon:131567 [cellular organisms]@no rank,taxon:1 [root]@no rank,no rank,cellular organisms +taxon:2 [Bacteria]@superkingdom,taxon:131567 [cellular organisms]@no rank,superkingdom,Bacteria +taxon:1224 [Pseudomonadota]@phylum,taxon:2 [Bacteria]@superkingdom,phylum,Pseudomonadota +taxon:1236 [Gammaproteobacteria]@class,taxon:1224 [Pseudomonadota]@phylum,class,Gammaproteobacteria +taxon:91347 [Enterobacterales]@order,taxon:1236 [Gammaproteobacteria]@class,order,Enterobacterales +taxon:543 [Enterobacteriaceae]@family,taxon:91347 [Enterobacterales]@order,family,Enterobacteriaceae +taxon:561 [Escherichia]@genus,taxon:543 [Enterobacteriaceae]@family,genus,Escherichia +taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,taxon:561 [Escherichia]@genus,no rank,unclassified Escherichia +taxon:754315 [Escherichia sp. E1492]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E1492 +taxon:1644929 [Escherichia sp. UIWRF0463]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0463 +taxon:1645057 [Escherichia sp. UIWRF0945]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0945 +taxon:374879 [Escherichia sp. EMB 339]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. EMB 339 +taxon:1647689 [Escherichia sp. S488]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. S488 +taxon:1563535 [Escherichia sp. ESBL535B1_13_4A]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL535B1_13_4A +taxon:1644906 [Escherichia sp. UIWRF0155]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0155 +taxon:1777375 [Escherichia sp. 102C.2]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 102C.2 +taxon:1678485 [Escherichia sp. UIWRF0705]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0705 +taxon:1220656 [Escherichia sp. 003.14]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 003.14 +taxon:1777381 [Escherichia sp. 39D.1]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 39D.1 +taxon:1874078 [Escherichia sp. AHG-4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. AHG-4 +taxon:2653533 [Escherichia sp. AGR4111]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. AGR4111 +taxon:1343182 [Escherichia sp. 49]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 49 +taxon:1343180 [Escherichia sp. 4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 4 +taxon:1572350 [Escherichia sp. PHFF-9]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. PHFF-9 +taxon:2093877 [Escherichia sp. MOD1-EC5948]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. MOD1-EC5948 +taxon:1647691 [Escherichia sp. S83]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. S83 +taxon:1535107 [Escherichia sp. ESBL228B15_13_2E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL228B15_13_2E +taxon:1535120 [Escherichia sp. ESBL37B15_13_1E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL37B15_13_1E +taxon:2764324 [Escherichia hominis]@species,taxon:561 [Escherichia]@genus,species,Escherichia hominis +taxon:1535135 [Escherichia sp. ESBL54B15_13_1E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL54B15_13_1E +taxon:1645079 [Escherichia sp. UIWRF1141]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF1141 +taxon:1864752 [Escherichia sp. BAB-5810]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. BAB-5810 +taxon:1343186 [Escherichia sp. 64]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 64 +taxon:1678469 [Escherichia sp. UIWRF0523]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0523 +taxon:1179806 [Escherichia sp. DGM MC4E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. DGM MC4E +taxon:2082629 [Escherichia sp. R15]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. R15 +taxon:1220663 [Escherichia sp. 105.12]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 105.12 +taxon:1343177 [Escherichia sp. 23]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 23 +taxon:1179805 [Escherichia sp. DGM MC3E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. DGM MC3E +taxon:1644924 [Escherichia sp. UIWRF0420]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0420 +taxon:754317 [Escherichia sp. E472]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E472 +taxon:1645036 [Escherichia sp. UIWRF0909]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0909 +taxon:1299478 [Escherichia sp. C3]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. C3 +taxon:2723297 [Escherichia sp. 11.1600]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 11.1600 +taxon:1645013 [Escherichia sp. UIWRF0838]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0838 +taxon:1535112 [Escherichia sp. ESBL294B15_13_2E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL294B15_13_2E +taxon:1535102 [Escherichia sp. ESBL198B1_13_1A]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL198B1_13_1A +taxon:1645041 [Escherichia sp. UIWRF0916]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0916 +taxon:1678503 [Escherichia sp. UIWRF0883]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0883 +taxon:1535088 [Escherichia sp. ESBL134B1_13_2E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL134B1_13_2E +taxon:2093865 [Escherichia sp. MOD1-EC5287]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. MOD1-EC5287 +taxon:1472079 [Escherichia sp. A12_CLW]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. A12_CLW +taxon:2478966 [Escherichia sp. T.m.NI2]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. T.m.NI2 +taxon:1678508 [Escherichia sp. UIWRF0913]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0913 +taxon:1563523 [Escherichia sp. ESBL300B1_13_3E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL300B1_13_3E +taxon:1405523 [Escherichia sp. AGH09]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. AGH09 +taxon:753122 [Escherichia sp. V3M66]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. V3M66 +taxon:2082633 [Escherichia sp. R19]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. R19 +taxon:1116749 [Escherichia sp. F24-PCAi-T3P21]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. F24-PCAi-T3P21 +taxon:2044460 [Escherichia sp. E2748]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E2748 +taxon:1391102 [Escherichia sp. DSD31]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. DSD31 +taxon:1299483 [Escherichia sp. C5]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. C5 +taxon:2872641 [Escherichia sp. pS-10]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. pS-10 +taxon:754308 [Escherichia sp. B1225]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. B1225 +taxon:2723296 [Escherichia sp. 11.1597]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 11.1597 +taxon:2608867 [Escherichia ruysiae]@species,taxon:561 [Escherichia]@genus,species,Escherichia ruysiae +taxon:536479 [Escherichia sp. B4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. B4 +taxon:2723302 [Escherichia sp. 14.0993]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 14.0993 +taxon:1437739 [Escherichia sp. BAB-3409]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. BAB-3409 +taxon:2003275 [Escherichia sp. NCCP-1802]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. NCCP-1802 +taxon:1535122 [Escherichia sp. ESBL39B15_13_1E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL39B15_13_1E +taxon:1645064 [Escherichia sp. UIWRF0958]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0958 +taxon:1808309 [Escherichia sp. E23]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E23 +taxon:1644982 [Escherichia sp. UIWRF0750]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0750 +taxon:1777387 [Escherichia sp. 71A.4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 71A.4 +taxon:1808310 [Escherichia sp. E34]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E34 +taxon:1824881 [Escherichia sp. Y5]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. Y5 +taxon:1645069 [Escherichia sp. UIWRF0963]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0963 +taxon:1716442 [Escherichia sp. CH-11]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. CH-11 +taxon:754335 [Escherichia sp. TW11966]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. TW11966 +taxon:2723311 [Escherichia sp. 93.1518]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 93.1518 +taxon:1644954 [Escherichia sp. UIWRF0627]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0627 +taxon:1645020 [Escherichia sp. UIWRF0853]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0853 +taxon:1678507 [Escherichia sp. UIWRF0911]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0911 +taxon:2653518 [Escherichia sp. AGR3720]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. AGR3720 +taxon:1678479 [Escherichia sp. UIWRF0649]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0649 +taxon:2870768 [Escherichia sp. NIC10]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. NIC10 +taxon:1645007 [Escherichia sp. UIWRF0815]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0815 +taxon:2082626 [Escherichia sp. R12]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. R12 +taxon:1535103 [Escherichia sp. ESBL19B1_13_1E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL19B1_13_1E +taxon:370987 [Escherichia sp. 7CR]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 7CR +taxon:1283964 [Escherichia sp. BV24]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. BV24 +taxon:1777385 [Escherichia sp. 71A.2]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 71A.2 +taxon:1644983 [Escherichia sp. UIWRF0753]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0753 +taxon:1645050 [Escherichia sp. UIWRF0930]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0930 +taxon:1678450 [Escherichia sp. UIWRF0340]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0340 +taxon:1697943 [Escherichia sp. NSESC01]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. NSESC01 +taxon:416275 [Escherichia sp. daliu]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. daliu +taxon:1808306 [Escherichia sp. CR1]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. CR1 +taxon:1645016 [Escherichia sp. UIWRF0846]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0846 +taxon:761727 [Escherichia sp. II_B13]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. II_B13 +taxon:2082623 [Escherichia sp. R9]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. R9 +taxon:1644920 [Escherichia sp. UIWRF0398]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0398 +taxon:1645021 [Escherichia sp. UIWRF0854]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0854 +taxon:1220667 [Escherichia sp. 105.30]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 105.30 +taxon:1645039 [Escherichia sp. UIWRF0914]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0914 +taxon:340725 [Escherichia sp. ML2-46]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ML2-46 +taxon:2044466 [Escherichia sp. E4736]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E4736 +taxon:2093897 [Escherichia sp. MOD1-EC6300]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. MOD1-EC6300 +taxon:2870762 [Escherichia sp. M626]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. M626 +taxon:1645084 [Escherichia sp. UIWRF1146]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF1146 +taxon:2040639 [Escherichia sp. E4385]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E4385 +taxon:370990 [Escherichia sp. 23CR]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 23CR +taxon:1535108 [Escherichia sp. ESBL232B15_13_2E]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL232B15_13_2E +taxon:2093880 [Escherichia sp. MOD1-EC5990]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. MOD1-EC5990 +taxon:2996464 [Escherichia sp. J-18004577]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. J-18004577 +taxon:1169349 [Escherichia sp. KTE31]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. KTE31 +taxon:1861673 [Escherichia sp. U1]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. U1 +taxon:754327 [Escherichia sp. TW09231]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. TW09231 +taxon:2800163 [Escherichia sp. XD97]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. XD97 +taxon:1177956 [Escherichia sp. HPCKc-45]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. HPCKc-45 +taxon:1163453 [Escherichia sp. ML-11]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ML-11 +taxon:1678499 [Escherichia sp. UIWRF0831]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0831 +taxon:480855 [Escherichia sp. 32]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 32 +taxon:1644974 [Escherichia sp. UIWRF0704]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0704 +taxon:1299475 [Escherichia sp. C25]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. C25 +taxon:2082631 [Escherichia sp. R17]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. R17 +taxon:412886 [Escherichia sp. ZY-2006a]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ZY-2006a +taxon:1707429 [Escherichia sp. HH-51]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. HH-51 +taxon:1644963 [Escherichia sp. UIWRF0648]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0648 +taxon:754310 [Escherichia sp. B685]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. B685 +taxon:1678456 [Escherichia sp. UIWRF0436]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0436 +taxon:755228 [Escherichia sp. C013(2010)]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. C013(2010) +taxon:1535080 [Escherichia sp. 554B1_12EESBL]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 554B1_12EESBL +taxon:754312 [Escherichia sp. E1118]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E1118 +taxon:2800170 [Escherichia sp. XD11]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. XD11 +taxon:2870755 [Escherichia sp. M605]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. M605 +taxon:1116726 [Escherichia sp. W8-PCAi-E14]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. W8-PCAi-E14 +taxon:2509668 [Escherichia sp. SI077-1A]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. SI077-1A +taxon:754307 [Escherichia sp. B1147]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. B1147 +taxon:2082619 [Escherichia sp. R4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. R4 +taxon:1645078 [Escherichia sp. UIWRF1140]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF1140 +taxon:1478282 [Escherichia sp. KVR_CO2]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. KVR_CO2 +taxon:1716460 [Escherichia sp. CH-9]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. CH-9 +taxon:1822109 [Escherichia sp. GJ12]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. GJ12 +taxon:2478975 [Escherichia sp. E14V7]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E14V7 +taxon:2860337 [Escherichia sp. TM-G17TGC]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. TM-G17TGC +taxon:1563532 [Escherichia sp. ESBL530B1_13_4A]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. ESBL530B1_13_4A +taxon:1356214 [Escherichia sp. CAR47]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. CAR47 +taxon:1507051 [Escherichia sp. VIT-SSA]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. VIT-SSA +taxon:223381 [Escherichia senegalensis]@species,taxon:561 [Escherichia]@genus,species,Escherichia senegalensis +taxon:2652394 [Escherichia sp. JL983]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. JL983 +taxon:1848499 [Escherichia sp. MRL5B]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. MRL5B +taxon:1644941 [Escherichia sp. UIWRF0508]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0508 +taxon:1644969 [Escherichia sp. UIWRF0670]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0670 +taxon:1356215 [Escherichia sp. FES45]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. FES45 +taxon:1777389 [Escherichia sp. 76.4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 76.4 +taxon:1645027 [Escherichia sp. UIWRF0868]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0868 +taxon:1824880 [Escherichia sp. Y4]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. Y4 +taxon:1645067 [Escherichia sp. UIWRF0961]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0961 +taxon:1678488 [Escherichia sp. UIWRF0716]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0716 +taxon:1702039 [Escherichia sp. KHH18]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. KHH18 +taxon:1678496 [Escherichia sp. UIWRF0810]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0810 +taxon:1777379 [Escherichia sp. 39C.2]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 39C.2 +taxon:1472106 [Escherichia sp. E36_UTI]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E36_UTI +taxon:2723299 [Escherichia sp. 12.2612]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 12.2612 +taxon:1644956 [Escherichia sp. UIWRF0632]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0632 +taxon:754332 [Escherichia sp. TW10509]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. TW10509 +taxon:2093889 [Escherichia sp. MOD1-EC6149]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. MOD1-EC6149 +taxon:1645098 [Escherichia sp. UIWRF1301]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF1301 +taxon:2044458 [Escherichia sp. E2593]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. E2593 +taxon:1645029 [Escherichia sp. UIWRF0876]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0876 +taxon:1220664 [Escherichia sp. 105.16]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. 105.16 +taxon:1644911 [Escherichia sp. UIWRF0198]@species,taxon:2608889 [unclassified Escherichia]@no rank,species,Escherichia sp. UIWRF0198 +taxon:1849446 [Escherichia sp. 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