Debug on taxonomy extraction and CSV conversion

pkg/obitax/default_taxonomy.go

@@ -26,7 +26,7 @@ func (taxonomy *Taxonomy) OrDefault(panicOnNil bool) *Taxonomy {
 	return taxonomy
 }
 
-func IsDefaultTaxonomyDefined() bool {
+func HasDefaultTaxonomyDefined() bool {
 	return __defaut_taxonomy__ != nil
 }
 

pkg/obitax/iterator.go

@@ -28,21 +28,22 @@ func NewITaxon() *ITaxon {
 // Iterator creates a new ITaxon iterator for the TaxonSet.
 // It starts a goroutine to send Taxon instances from the set to the iterator's source channel.
 func (set *TaxonSet) Iterator() *ITaxon {
-	i := NewITaxon()
+	return set.Sort().Iterator()
+	// i := NewITaxon()
 
-	go func() {
-		for _, t := range set.set {
-			taxon := &Taxon{
-				Taxonomy: set.taxonomy,
-				Metadata: nil,
-				Node:     t,
-			}
-			i.Push(taxon)
-		}
-		close(i.source)
-	}()
+	// go func() {
+	// 	for _, t := range set.set {
+	// 		taxon := &Taxon{
+	// 			Taxonomy: set.taxonomy,
+	// 			Metadata: nil,
+	// 			Node:     t,
+	// 		}
+	// 		i.Push(taxon)
+	// 	}
+	// 	close(i.source)
+	// }()
 
-	return i
+	// return i
 }
 
 // Iterator creates a new ITaxon iterator for the TaxonSlice.

pkg/obitax/taxonomy.go

@@ -386,7 +386,7 @@ func (taxonomy *Taxonomy) InsertPathString(path []string) (*Taxonomy, error) {
 		if err != nil {
 			return nil, err
 		}
-		root.SetName(scientific_name, "scientificName")
+		root.SetName(scientific_name, "scientific name")
 	}
 
 	var current *Taxon