diff --git a/test.go b/test.go deleted file mode 100644 index 5222a8d..0000000 --- a/test.go +++ /dev/null @@ -1,537 +0,0 @@ -package main - -import ( - "bytes" - "fmt" - "io" - "log" - "regexp" - - "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiiter" - "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obioptions" - "git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiseq" - "github.com/gabriel-vasile/mimetype" - "golang.org/x/exp/slices" -) - -func OBIMimeTypeGuesser(stream io.Reader) (*mimetype.MIME, io.Reader, error) { - fastaDetector := func(raw []byte, limit uint32) bool { - ok, err := regexp.Match("^>[^ ]", raw) - return ok && err == nil - } - - fastqDetector := func(raw []byte, limit uint32) bool { - ok, err := regexp.Match("^@[^ ]", raw) - return ok && err == nil - } - - ecoPCR2Detector := func(raw []byte, limit uint32) bool { - ok := bytes.HasPrefix(raw, []byte("#@ecopcr-v2")) - return ok - } - - genbankDetector := func(raw []byte, limit uint32) bool { - ok2 := bytes.HasPrefix(raw, []byte("LOCUS ")) - ok1, err := regexp.Match("^[^ ]* +Genetic Sequence Data Bank *\n", raw) - return ok2 || (ok1 && err == nil) - } - - emblDetector := func(raw []byte, limit uint32) bool { - ok := bytes.HasPrefix(raw, []byte("ID ")) - return ok - } - - mimetype.Lookup("text/plain").Extend(fastaDetector, "text/fasta", ".fasta") - mimetype.Lookup("text/plain").Extend(fastqDetector, "text/fastq", ".fastq") - mimetype.Lookup("text/plain").Extend(ecoPCR2Detector, "text/ecopcr2", ".ecopcr") - mimetype.Lookup("text/plain").Extend(genbankDetector, "text/genbank", ".seq") - mimetype.Lookup("text/plain").Extend(emblDetector, "text/embl", ".dat") - - // Create a buffer to store the read data - buf := make([]byte, 1024*128) - n, err := stream.Read(buf) - - if err != nil && err != io.EOF { - return nil, nil, err - } - - // Detect the MIME type using the mimetype library - mimeType := mimetype.Detect(buf) - if mimeType == nil { - return nil, nil, err - } - - // Create a new reader based on the read data - newReader := io.MultiReader(bytes.NewReader(buf[:n]), stream) - - return mimeType, newReader, nil -} - -var xxx1 = `00422_612GNAAXX:7:73:6614:3284#0/1 -ccgaatatcttagataccccactatgcttagccctaaacataaacattcaataaacaaga -atgttcgccagagtactactagcaacagcctgaaactcaaagcacttg ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:13:11063:8138#0/1 -ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattattataacaaa -attattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcacagaactt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:2:7990:17026#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgcttt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaccattcttgtttattgatt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:19649:11224#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:8446:7884#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:108:8714:2464#0/1 -ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaa -attattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaaaggactt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:28:3969:15209#0/1 -ccaattaacttagataccccactatgcctagccttaaacacaaatagttatgcaaacaaa -actattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaacgcactg ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:44:3269:3608#0/1 -gaagtagtagaacaggctcctctagaagggt` - -var xxx2 = `>HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:13:11063:8138#0/1 -ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattattataacaaa -attattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcacagaactt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:2:7990:17026#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgcttt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaccattcttgtttattgatt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:19649:11224#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:8446:7884#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:108:8714:2464#0/1 -ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaa -attattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaaaggactt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:28:3969:15209#0/1 -ccaattaacttagataccccactatgcctagccttaaacacaaatagttatgcaaacaaa -actattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaacgcactg ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:44:3269:3608#0/1 -gaagtagtagaacaggctcctctagaagggt` - -var xxx3 = `00422_612GNAAXX:7:73:6614:3284#0/1 -ccgaatatcttagataccccactatgcttagccctaaacataaacattcaataaacaaga -atgttcgccagagtactactagcaacagcctgaaactcaaagcacttg ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:13:11063:8138#0/1 -ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattattataacaaa -attattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcacagaactt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:2:7990:17026#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgcttt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaccattcttgtttattgatt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:19649:11224#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:8446:7884#0/1 -ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtt -tcaggctgttgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:108:8714:2464#0/1 -ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaa -attattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaaaggactt ->HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:28:3969:15209#0/1 -ccaattaacttagataccccactatgcctagccttaaacacaaatagttatgcaaacaaa -actattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaacgcactg` - -var yyy1 = `@HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:1:9007:3289#0/1 {"demultiplex_error":"cannot assign the sequence to a sample"} -ccatctctcttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaaattattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaaagaactc -+ -CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCBCCACCCCCCCCCBCCACC779?############################################ -@HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:1:8849:9880#0/1 {"demultiplex_error":"cannot match any primer pair"} -gatcggaagagcggttcagcaggaatgccgagaccgatatcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaacaaaataggagagtagactcactgccagtggtcgtcag -` - -func LastFastqCut(buffer []byte) ([]byte, []byte) { - imax := len(buffer) - cut := imax - state := 0 - restart := imax - 1 - for i := restart; i >= 0 && state < 7; i-- { - C := buffer[i] - is_end_of_line := C == '\r' || C == '\n' - is_space := C == ' ' || C == '\t' - is_sep := is_space || is_end_of_line - - switch state { - case 0: - if C == '+' { - // Potential start of quality part step 1 - state = 1 - restart = i - } - case 1: - if is_end_of_line { - // Potential start of quality part step 2 - state = 2 - } else { - // it was not the start of quality part - state = 0 - i = restart - } - case 2: - if is_sep { - // Potential start of quality part step 2 (stay in the same state) - state = 2 - } else if (C >= 'a' && C <= 'z') || C == '-' || C == '.' { - // End of the sequence - state = 3 - } else { - // it was not the start of quality part - state = 0 - i = restart - } - case 3: - if is_end_of_line { - // Entrering in the header line - state = 4 - } else if (C >= 'a' && C <= 'z') || C == '-' || C == '.' { - // progressing along of the sequence - state = 3 - } else { - // it was not the sequence part - state = 0 - i = restart - } - case 4: - if is_end_of_line { - state = 4 - } else { - state = 5 - } - case 5: - if is_end_of_line { - // It was not the header line - state = 0 - i = restart - } else if C == '@' { - state = 6 - cut = i - } - case 6: - if is_end_of_line { - state = 7 - } else { - state = 0 - i = restart - } - } - } - if state == 7 { - return buffer[:cut], bytes.Clone(buffer[cut:]) - } - return []byte{}, buffer -} - -func LastSequenceCut(buffer []byte) ([]byte, []byte) { - imax := len(buffer) - last := 0 - state := 0 - for i := imax - 1; i >= 0 && state < 2; i-- { - if state == 0 && buffer[i] == '>' { - state = 1 - last = i - } else if state == 1 && (buffer[i] == '\r' || buffer[i] == '\n') { - state = 2 - } else { - state = 0 - } - } - - if state == 2 { - return buffer[:last], bytes.Clone(buffer[last:]) - } - return []byte{}, buffer -} - -func FirstSequenceCut(buffer []byte) ([]byte, []byte) { - imax := len(buffer) - last := 0 - state := 0 - for i := 0; i < imax && state < 2; i++ { - if (state == 0 || state == 1) && (buffer[i] == '\r' || buffer[i] == '\n') { - state = 1 - } else if (state == 1 || i == 0) && buffer[i] == '>' { - state = 2 - last = i - } else { - state = 0 - } - } - - if state == 2 { - return bytes.Clone(buffer[:last]), buffer[last:] - } - return buffer, []byte{} - -} - -func FullSequenceCut(buffer []byte) ([]byte, []byte, []byte) { - before, buffer := FirstSequenceCut(buffer) - - if len(buffer) == 0 { - return before, []byte{}, []byte{} - } - - buffer, after := LastSequenceCut(buffer) - return before, buffer, after -} - -func Concatenate[S ~[]E, E any](s1, s2 S) S { - if len(s1) > 0 { - if len(s2) > 0 { - return append(s1[:len(s1):len(s1)], s2...) - } - return s1 - } - return s2 -} - -type FastxChunk struct { - Bytes []byte - index int -} - -func FastaChunkReader(r io.Reader, size int, cutHead bool) (chan FastxChunk, error) { - out := make(chan FastxChunk) - buff := make([]byte, size) - - n, err := r.Read(buff) - if n > 0 && err == nil { - if n < size { - buff = buff[:n] - } - - begin, buff := FirstSequenceCut(buff) - - if len(begin) > 0 && !cutHead { - return out, fmt.Errorf("begin is not empty : %s", string(begin)) - } - - go func(buff []byte) { - idx := 0 - end := []byte{} - - for err == nil && n > 0 { - // fmt.Println("============end=========================") - // fmt.Println(string(end)) - // fmt.Println("------------buff------------------------") - // fmt.Println(string(buff)) - buff = Concatenate(end, buff) - // fmt.Println("------------buff--pasted----------------") - // fmt.Println(string(buff)) - buff, end = LastSequenceCut(buff) - // fmt.Println("----------------buff--cutted------------") - // fmt.Println(string(buff)) - // fmt.Println("------------------end-------------------") - // fmt.Println(string(end)) - // fmt.Println("========================================") - if len(buff) > 0 { - out <- FastxChunk{ - Bytes: bytes.Clone(buff), - index: idx, - } - idx++ - } else { - fmt.Println("***** Empty buff *****") - } - - buff = slices.Grow(buff[:0], size)[0:size] - n, err = r.Read(buff) - if n < size { - buff = buff[:n] - } - // fmt.Printf("n = %d, err = %v\n", n, err) - } - - if len(end) > 0 { - out <- FastxChunk{ - Bytes: bytes.Clone(end), - index: idx, - } - } - - close(out) - }(buff) - } - - return out, nil -} - -func ParseFastaChunk(ch FastxChunk) *obiiter.BioSequenceBatch { - fmt.Println(string(ch.Bytes)) - slice := make(obiseq.BioSequenceSlice, 0, obioptions.CLIBatchSize()) - - state := 0 - start := 0 - current := 0 - var identifier string - var definition string - - for i := 0; i < len(ch.Bytes); i++ { - C := ch.Bytes[i] - is_end_of_line := C == '\r' || C == '\n' - is_space := C == ' ' || C == '\t' - is_sep := is_space || is_end_of_line - - switch state { - case 0: - if C == '>' { - // Beginning of sequence - state = 1 - } - case 1: - if is_sep { - // No identifier -> ERROR - return nil - } else { - // Beginning of identifier - state = 2 - start = i - } - case 2: - if is_sep { - // End of identifier - identifier = string(ch.Bytes[start:i]) - state = 3 - } - case 3: - if is_end_of_line { - // Definition empty - definition = "" - state = 5 - } else if !is_space { - // Beginning of definition - start = i - state = 4 - } - case 4: - if is_end_of_line { - definition = string(ch.Bytes[start:i]) - state = 5 - - } - case 5: - if !is_end_of_line { - // Beginning of sequence - start = i - current = i - state = 6 - } - case 6: - if C == '>' { - // End of sequence - s := obiseq.NewBioSequence(identifier, bytes.Clone(ch.Bytes[start:current]), definition) - slice = append(slice, s) - state = 1 - - } else if !is_sep { - if C >= 'A' && C <= 'Z' { - C = C + 'a' - 'A' - } - // Removing white space from the sequence - if (C >= 'a' && C <= 'z') || C == '-' || C == '.' { - ch.Bytes[current] = C - current++ - } - } - } - } - - fmt.Printf("Index = %d, State = %d\n", ch.index, state) - slice = append(slice, obiseq.NewBioSequence(identifier, bytes.Clone(ch.Bytes[start:current]), definition)) - batch := obiiter.MakeBioSequenceBatch(ch.index, slice) - return &batch -} - -func ReadFastaSequence(reader io.Reader) obiiter.IBioSequence { - out := obiiter.MakeIBioSequence() - - nworker := obioptions.CLIReadParallelWorkers() - out.Add(nworker) - - chkchan, err := FastaChunkReader(reader, 1024*500, false) - - if err != nil { - log.Panicln("Error:", err) - } - - go func() { - out.WaitAndClose() - }() - - parser := func() { - defer out.Done() - for chk := range chkchan { - seqs := ParseFastaChunk(chk) - if seqs != nil { - out.Push(*seqs) - } - } - } - - for i := 0; i < nworker; i++ { - go parser() - } - - return out.SortBatches().Rebatch(obioptions.CLIBatchSize()) -} - -func main() { - // if len(os.Args) != 2 { - // fmt.Println("Usage: go run main.go ") - // return - // } - - // filename := os.Args[1] - // filename := "100.fasta" - // file, err := os.Open(filename) - // if err != nil { - // fmt.Println("Error:", err) - // return - // } - // defer file.Close() - - // mimeType, input, err := OBIMimeTypeGuesser(file) - // if err != nil { - // fmt.Println("Error:", err) - // return - // } - - // fmt.Println("Detected MIME Type:", mimeType.String()) - - // ch, err := FastaChunkReader(input, 1024, false) - - // if err != nil { - // fmt.Println("Error:", err) - // return - // } - - // for chk := range ch { - // fmt.Printf("--------------------\n") - // b := ParseFastaChunk(chk) - // fmt.Printf("-------- %d --------\n", b.Order()) - // for _, b := range b.Slice() { - // fmt.Printf("--%s--\t--%s--\t--%s--\n", b.Id(), b.Definition(), b.String()) - // } - // } - - d1, f1 := LastFastqCut([]byte(yyy1)) - // d2, f2 := LastSequenceCut([]byte(xxx2)) - // d3, f3 := LastSequenceCut([]byte(xxx3)) - - fmt.Println("Last Sequence Cut 1:", string(d1), "---", string(f1)) - // fmt.Println("Last Sequence Cut 2:", string(d2), "---", string(f2)) - // fmt.Println("Last Sequence Cut 3:", string(d3), "---", string(f3)) - - // d1, b1, f1 := FullSequenceCut([]byte(xxx1)) - // d2, b2, f2 := FullSequenceCut([]byte(xxx2)) - // d3, b3, f3 := FullSequenceCut([]byte(xxx3)) - - // fmt.Println("Last Sequence Cut:", string(d1), "---", string(b1), "---", string(f1)) - // fmt.Println("Last Sequence Cut:", string(d2), "---", string(b2), "---", string(f2)) - // fmt.Println("Last Sequence Cut:", string(d3), "---", string(b3), "---", string(f3)) - - // Now you can use "extractedData" to access the read data with the associated MIME type. - // For example, you can copy the data into a buffer for further manipulation. -} diff --git a/toto.csv b/toto.csv deleted file mode 100644 index 8cc443a..0000000 --- a/toto.csv +++ /dev/null @@ -1,45277 +0,0 @@ -id,sequence -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:119:14871:19157#0/1,ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattattataacaaaatcattcgccagagtactaccggcaatagctcaaaactcaaagaactt -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:108:5640:3823#0/1,ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaaattgttcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaaaggactt -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:97:14311:19299#0/1,ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaaattattcgccagagtactaccgccactagcttaaaactcaaagaactc -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:22:8540:14708#0/1,ccgcctccttagaacaggctcctctagaagggtataaagcaccgccaagtcctttgagttttaagctattgccggtagtactctggcgaataattttgttatattaat -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:57:18459:16145#0/1,ccgaatatcttagataccccactatgcttagccctaaacataaacattcaataaacaagaatgttcgccagagtactactagcaccagcctgaaactcacaggactcg -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:89:10281:5930#0/1,ccgcctcctttagataccccactatgcttagccctaaacacaaataattacacaaacaaaattgttcaccagagtactagcggcaacagcttaaaactcaaagtactc -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:29:15520:18035#0/1,ccgcctccttagaacaggctcctctagaagggtataaagcaccgccaagtcctttgagttttaagctattgccggtagtactctggcgaataattttgttataataat -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:6:9274:14951#0/1,ccaattaactagaacaggctcctctagaagggtataaagcaccgccaagtcctttgagttttaagctattgccggtagtactctgccgaatagttttgtttgcataac -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:111:2893:6772#0/1,ccgcctccttagaacaggctcctctagaagggtataaagcaccgccaagtcctttgagttttaagctattgccggtagtactctggcgaataattttgttatattatt -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:89:10621:20317#0/1,ccgcctccttagaacaggctcctctagaagggtataaagcaccgccaagtcctttgagttttaagctattgccggtagtactctggcgaataattttgttatattaat -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:50:2791:11138#0/1,ccgcctccttagaacaggctcctctagaagggtataaagcaccgccaagtcctttgagttttaagctattgccggtagtactctgtcgagtaattttgttatattaat -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:108:17701:18887#0/1,ccgaagtagttagataccccactatgcttagccctaaacacaagtaattaatataacaaaattattcgccagagtactaccggcactagctaaaaactcaaagaactg 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-HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:3:14624:12375#0/1,ccgaatatctagaacaggctcctctagagggatgtaaagcaccgccaagtcctttgagtttcaggctgtcgctagtagtactctggcgaacattcttgtttattgaat -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:18:5317:11571#0/1,ccaattaacttagataccccactatgcctagccttaaacacaaatagttatgcaaacaaaactattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaaagaactt -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:109:17335:11429#0/1,ccgaatatcttagataccccactatgcttagccctaaacataaacattcaataaacaagaatgttcgccagagtactactagcaacagcctgaaactcaaagaacttg -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:7:10646:8487#0/1,ccaattaacttagataccccactatgcctagccttaaacacaaatagttatgcaaacaaaactattcgccagagtactaccggcaatagctcaaaactcaaaggactt -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:19:4865:20715#0/1,ccaattaacttagataccccactatgcctagccttaaacacaaatagttatgcaaacaaaactattcgccagagtactaccggcaatagcttaaaactcaacggactc -HELIUM_000100422_612GNAAXX:7:13:6954:13039#0/1,ccgaatatcttagataccccactatgcttagccctaaacataaacattcaataaacaagaatgttcgccagaggactactagcaatagcttaaaactcaaagaacttg 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