Mise à jour des dépendances R et amélioration du processus de build

Cette mise à jour apporte plusieurs améliorations : 
- Ajout d'un script R dédié pour l'installation des packages (install_R_packages.R)
- Refactorisation du Dockerfile pour une meilleure gestion des dépendances R et système
- Amélioration du script start-jupyterhub.sh avec gestion dynamique de docker-compose et vérification des timestamps
- Mise à jour de la documentation dans Readme.md pour refléter les nouvelles images Docker et les changements de structure
- Ajout de 'reserve' dans .gitignore

obijupyterhub/install_R_packages.R

@@ -0,0 +1,43 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+# Installer pak (lui-même en binaire si possible)
+install.packages("pak", repos = sprintf("https://r-lib.github.io/p/pak/stable/%s/%s/%s", .Platform$pkgType, R.Version()$os, R.Version()$arch))
+pak::pkg_install("cli")
+
+# Détection automatique du système et installation de tous les paquets en binaire
+pak::pkg_install(c(
+  "IRkernel",
+  "tidyverse",
+  "vegan",
+  "ade4",
+  "BiocManager",
+  "remotes",
+  "igraph",
+  "Rdpack"
+))
+
+# ------------------------------------------------------------
+# Paquets Bioconductor (toujours via BiocManager)
+# ------------------------------------------------------------
+pak::pkg_install("bioc::biomformat")
+
+# ------------------------------------------------------------
+# Paquets depuis GitHub / dépôts git
+# ------------------------------------------------------------
+pak::pkg_install("metabaRfactory/metabaR")
+pak::pkg_install("git::https://forge.metabarcoding.org/obitools/ROBIUtils.git")
+pak::pkg_install("git::https://forge.metabarcoding.org/obitools/ROBITaxonomy.git")
+pak::pkg_install("git::https://forge.metabarcoding.org/obitools/ROBITools.git")
+pak::pkg_install("git::https://forge.metabarcoding.org/MetabarcodingSchool/biodiversity-metrics.git")
+
+# ------------------------------------------------------------
+# Installation du noyau Jupyter pour IRkernel
+# ------------------------------------------------------------
+# Si on est root -> installation système, sinon -> user
+if (Sys.info()["user"] == "root") {
+  IRkernel::installspec(user = FALSE)
+} else {
+  IRkernel::installspec(user = TRUE)
+}
+
+cat("\n✅ Tous les paquets R ont été installés avec succès.\n")