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    <title>The OBITools4 commands on OBITools4 documentation</title>
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    <description>Recent content in The OBITools4 commands on OBITools4 documentation</description>
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      <title>Glossary of tags</title>
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      <pubDate>Fri, 04 Oct 2024 17:16:03 +0200</pubDate>
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      <description>&lt;h1 id=&#34;glossary-of-tags&#34;&gt;&#xA;  Glossary of tags&#xA;  &lt;a class=&#34;anchor&#34; href=&#34;#glossary-of-tags&#34;&gt;#&lt;/a&gt;&#xA;&lt;/h1&gt;&#xA;&lt;h3 id=&#34;--d--&#34;&gt;&#xA;  - D -&#xA;  &lt;a class=&#34;anchor&#34; href=&#34;#--d--&#34;&gt;#&lt;/a&gt;&#xA;&lt;/h3&gt;&#xA;&lt;ul&gt;&#xA;&lt;li&gt;&#xA;&lt;p&gt;&lt;strong&gt;definition&lt;/strong&gt; :&lt;/p&gt;&#xA;&lt;blockquote&gt;&#xA;&lt;p&gt;text information about the sequence present in the original sequence file.&lt;/p&gt;&#xA;&lt;/blockquote&gt;&#xA;&lt;/li&gt;&#xA;&lt;li&gt;&#xA;&lt;p&gt;&lt;strong&gt;direction&lt;/strong&gt; :&lt;/p&gt;&#xA;&lt;blockquote&gt;&#xA;&lt;p&gt;set to “forward” if the original sequence did not need to be reverse-complemented to be processed, set to “reverse” otherwise.&#xA;(&#xA;  &lt;a href=&#34;http://metabar:8888/obidoc/obitools/obipcr/&#34;&gt;obipcr&lt;/a&gt;)&lt;/p&gt;&#xA;&lt;/blockquote&gt;&#xA;&lt;/li&gt;&#xA;&lt;/ul&gt;&#xA;&lt;h3 id=&#34;--f--&#34;&gt;&#xA;  - F -&#xA;  &lt;a class=&#34;anchor&#34; href=&#34;#--f--&#34;&gt;#&lt;/a&gt;&#xA;&lt;/h3&gt;&#xA;&lt;ul&gt;&#xA;&lt;li&gt;&#xA;&lt;p&gt;&lt;strong&gt;forward_error&lt;/strong&gt; :&lt;/p&gt;&#xA;&lt;blockquote&gt;&#xA;&lt;p&gt;Number of mismatch between forward primer and priming site&#xA;(&#xA;  &lt;a href=&#34;http://metabar:8888/obidoc/obitools/obipcr/&#34;&gt;obipcr&lt;/a&gt;)&lt;/p&gt;&#xA;&lt;/blockquote&gt;&#xA;&lt;/li&gt;&#xA;&lt;li&gt;&#xA;&lt;p&gt;&lt;strong&gt;forward_match&lt;/strong&gt; :&lt;/p&gt;&#xA;&lt;blockquote&gt;&#xA;&lt;p&gt;Forward primer priming site sequence&#xA;(&#xA;  &lt;a href=&#34;http://metabar:8888/obidoc/obitools/obipcr/&#34;&gt;obipcr&lt;/a&gt;)&lt;/p&gt;&#xA;&lt;/blockquote&gt;&#xA;&lt;/li&gt;&#xA;&lt;li&gt;&#xA;&lt;p&gt;&lt;strong&gt;forward_primer&lt;/strong&gt; :&lt;/p&gt;&#xA;&lt;blockquote&gt;&#xA;&lt;p&gt;Forward primer sequence&#xA;(&#xA;  &lt;a href=&#34;http://metabar:8888/obidoc/obitools/obipcr/&#34;&gt;obipcr&lt;/a&gt;)&lt;/p&gt;</description>
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