## Chose à vérifier suite à la commande index

- il faudrait lister les fichier qui vont être indexés
- partition.meta ne devrait plus exister
- les spectrums globaux devrait etre identifier par génome
  - regrouper dans un sous-dossier spectrums à la racine de l'index avec un nom basé sur le génome
- les spectrum patiels ont-ils vocation à être conserver ?
- l'étape de déreplication dure quasiment autant de temps que le comptage mais ne laisse aucune trace de progression à l'utilisateur

## commandes à ajouter

- filter : produit un nouvel index filtré à partir d'un index existant en verifiant que les kmer présents dans le nouvel index respectent les critères de filtrage spécifiés
  - quorum de presence en fraction-(min/max) du nombre de génomes, en nombre-(min/max) de génomes, si mode count la présence peut être défini par un seuil personnalisé minimum et maximum

- aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.

- query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes

- distance : calcule la matrice de distance entre les genomes
  - proposer une option pour chaque distance à calculer
  - un possibité de récuperer la matrice des kmer communs
  - un possibité de calculer l'arbre nj 
  - les matrices sont sauvegardées en CSV
  - les arbres NJ sont sauvegardés en Newick avec les longeurs de branche

- dump : une table csv de l'index avec les kmer et les genomes associés en mode count ou presence/absence avec une option pour forcer le mode presence/absence meme si l'index est en mode count. Par defaut, le mode count est utilisé pour les index en mode count et le mode presence/absence pour les index en mode presence/absence.

- status : affiche le statut de l'index