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Ajout du filtre de fréquence avec v niveaux Roaring Bitmaps

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Implémentation complète du filtre de fréquence utilisant v niveaux de Roaring Bitmaps pour éliminer efficacement les erreurs de séquençage.

- Ajout de la logique de filtrage par fréquence avec v niveaux
- Intégration des bibliothèques RoaringBitmap et bitset
- Ajout d'exemples d'utilisation et de documentation
- Implémentation de l'itérateur de k-mers pour une utilisation mémoire efficace
- Optimisation pour les distributions skewed typiques du séquençage

Ce changement permet de filtrer les k-mers par fréquence minimale avec une utilisation mémoire optimale et une seule passe sur les données.
This commit is contained in:
Eric Coissac
2026-02-04 21:20:27 +01:00
parent 1a1adb83ac
commit 28162ac36f
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go.mod
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@@ -27,10 +27,13 @@ require (
)
require (
github.com/RoaringBitmap/roaring v1.9.4 // indirect
github.com/bits-and-blooms/bitset v1.12.0 // indirect
github.com/davecgh/go-spew v1.1.1 // indirect
github.com/goombaio/orderedmap v0.0.0-20180924084748-ba921b7e2419 // indirect
github.com/kr/pretty v0.3.1 // indirect
github.com/kr/text v0.2.0 // indirect
github.com/mschoch/smat v0.2.0 // indirect
github.com/pmezard/go-difflib v1.0.0 // indirect
github.com/rogpeppe/go-internal v1.12.0 // indirect
)