Refactor taxonomy handling and improve performance

This update introduces logic for handling embedded taxonomy, allowing users to specify taxonomy or extract it from sequences, while optimizing performance through reduced memory usage. It also adds batch reordering capabilities and implements comprehensive testing to ensure correct precedence rules and robust error handling for missing taxonomic paths.

OBIPRIMERS_NOTES.md

@@ -423,7 +423,7 @@ Options (noms alignés sur `obipcr` et `obigrep` quand ils existent) :
 
 | Option | ecoPrimers | Défaut |
 |---|---|---|
-| `-t/--taxonomy` (obligatoire) | `-d` (base) | |
+| `-t/--taxonomy` (facultatif depuis la section 16) | `-d` (base) | taxonomie embarquée |
 | `-r/--restrict-to-taxon` | `-r` | tous les exemples |
 | `-i/--ignore-taxon` | `-i` | |
 | `-E/--exception-taxon` | `-E` | |
@@ -532,3 +532,57 @@ l'intention, pas le C :
 - `obiutils` : `TestSetString` est **instable** (échoue ~4 fois sur 6) : `Set.String()` parcourt une map Go
   et le test attend `[1 2 3]`. Sans rapport avec obiprimers, non corrigé.
 - Un défaut de mon test précédent (`TestCLISearchParams` laissait `_salt = -1`) a été corrigé.
+
+## 16. Taxonomie embarquée dans les séquences (2026-11-03)
+
+Demande : comme `obitag`, `obiprimers` doit pouvoir se passer de `-t` quand les séquences ont été annotées
+avec `obiannotate --taxonomic-path` (attribut `taxonomic_path` : liste « code:taxid [nom]@rang » de la racine
+au taxon).
+
+Code : `pkg/obitools/obiprimers/obiprimers.go` (`readSequencesAndTaxonomy`, `embeddedTaxonomyInMemory`,
+`CLIReadSequencesAndTaxonomy`), `-t` rendu facultatif (`LoadTaxonomyOptionSet(options, false, false)`),
+`CLIPrimerPairs(sequences, taxonomy)` reçoit désormais la taxonomie. Réutilise l'existant :
+`IBioSequence.ExtractTaxonomy` et `BioSequenceSlice.ExtractTaxonomy` (le mécanisme d'`obitag`).
+
+Règles : `-t` donné (taxonomie par défaut déjà chargée) : il l'emporte, les chemins embarqués sont ignorés ;
+sinon la taxonomie est extraite des séquences et définie comme taxonomie par défaut, comme `obitag`.
+- **Fichiers** : deux passes. La première ne retient que les chemins taxonomiques (mémoire = taxonomie
+  seule), la seconde lit le corpus. Une seule passe obligerait à garder toutes les séquences en mémoire,
+  puisque la sélection des exemples (`-r`, `-i`, `-E`) a besoin de la taxonomie.
+- **Entrée standard** (non relisible) : séquences gardées en mémoire (`Load()`), taxonomie extraite, puis
+  réémises par `IBatchOver`.
+- **Pas de chemin** : erreur « no taxonomy: use the -t option, or give sequences annotated with their
+  taxonomic path (obiannotate --taxonomic-path): path is empty ». L'extraction est stricte, comme celle
+  d'`obitag` : une seule séquence sans chemin fait échouer l'extraction.
+- `--with-leaves` (séquence = feuille de son taxon), acceptée par le jeu d'options partagé de taxonomie,
+  est **sans effet** sur obiprimers.
+
+**Contrôle** (fichier `mito.vert.path.fasta.gz` produit par `obiannotate -t ... --taxonomic-path`, 6,3 s) :
+
+| Cas | Résultat |
+|---|---|
+| sans `-t`, fichier | CSV **identique octet pour octet** (`cmp`) au CSV obtenu avec `-t` (3 448 paires) |
+| sans `-t`, entrée standard | CSV identique |
+| `-t` + fichier annoté | CSV identique, pas d'extraction (le `-t` l'emporte) |
+| sans `-t`, fichier non annoté | erreur explicite, code de sortie 1 |
+
+La taxonomie embarquée ne contient que 13 039 taxons (ceux des chemins) contre 2,6 millions de nœuds pour
+la taxonomie NCBI complète. **Effet sur la mémoire et le temps (Cyprinidae)** :
+
+| | avec `-t` NCBI | taxonomie embarquée (fichier) | embarquée (stdin) |
+|---|---|---|---|
+| temps | 7,4 s | **2,65 s** | 1,27 s (lecture depuis `gzcat`) |
+| pic mémoire | 2,82 Go | **1,50 Go** | 1,23 Go |
+
+(le fichier annoté pèse 43,9 Mo au lieu de 39,0 Mo en gzip.) Ce gain vient du chargeur de taxonomie NCBI
+évité ; il ne change rien à l'algorithme.
+
+Tests (`embedded_test.go`) : extraction depuis des fichiers avec restriction `-r` sur un taxid de la
+taxonomie embarquée et attribution des espèces, extraction en mémoire, erreur avec conseil, précédence de
+`-t`, taxonomie nulle refusée.
+
+**Correctif de code partagé** : en testant sous `-race` la lecture des fichiers, le détecteur a signalé une
+course dans `obiiter.IBioSequence.RebatchBySize` (appelée par `CLIReadBioSequences`) : la goroutine
+réaffectait la variable capturée `iterator` (`iterator = iterator.SortBatches()`) pendant que la fonction
+appelante lisait `iterator.IsPaired()`. Corrigé avec une variable locale (`sorted`), comportement inchangé ;
+les tests de `obiiter`, `obiformats` et `obitools/...` passent.