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Implémentation des superkmers canoniques et nettoyage du parsing GenBank
Ajout de la fonction IterCanonicalSuperKmers dans superkmer_iter.go pour implémenter les superkmers canoniques selon le document d'architecture. Corrections dans genbank_read.go : - Nettoyage des lignes de données avec strings.TrimSpace - Augmentation du nombre de parties extraites avec SplitN à 7 - Début de la boucle à l'indice 1 au lieu de 0 pour ignorer le premier élément vide Création du fichier Canonical-superkmers.md pour documenter l'implémentation.
This commit is contained in:
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blackboard/ToDo/Canonical-superkmers.md
Normal file
3
blackboard/ToDo/Canonical-superkmers.md
Normal file
@@ -0,0 +1,3 @@
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lit le ficier [@canonical-super-kmer-strategy.md](file:///Users/coissac/Sync/travail/__MOI__/GO/obitools4/blackboard/Prospective/canonical-super-kmer-strategy.md).
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Dans le fichier [@superkmer_iter.go](file:///Users/coissac/Sync/travail/__MOI__/GO/obitools4/pkg/obikmer/superkmer_iter.go) implemente une nouvelle fonction IterCanonicalSuperKmers sur le modèle de IterSuperKmers, qui implémente la notion de SuperKmers canonique présenté dans le document d'architecture.
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@@ -162,9 +162,10 @@ func GenbankChunkParser(withFeatureTable, UtoT bool) func(string, io.Reader) (ob
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// log.Debugf("Chunk %d : Genbank: line %d, state = %d : %s", chunks.order, nl, state, line)
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// log.Debugf("Chunk %d : Genbank: line %d, state = %d : %s", chunks.order, nl, state, line)
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sl++
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sl++
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parts := strings.SplitN(line[10:], " ", 6)
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cleanline := strings.TrimSpace(line)
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parts := strings.SplitN(cleanline, " ", 7)
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lparts := len(parts)
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lparts := len(parts)
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for i := 0; i < lparts; i++ {
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for i := 1; i < lparts; i++ {
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if UtoT {
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if UtoT {
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parts[i] = strings.ReplaceAll(parts[i], "u", "t")
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parts[i] = strings.ReplaceAll(parts[i], "u", "t")
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}
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}
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