Refactor primer logic and enhance taxonomy features

This commit introduces refinements to primer design strategies, species identification rules, and performance analysis. It also updates taxonomy handling by implementing methods for setting and dropping taxonomic paths, along with necessary utility improvements for set handling and comprehensive test coverage.

OBIPRIMERS_NOTES.md

@@ -586,3 +586,497 @@ course dans `obiiter.IBioSequence.RebatchBySize` (appelée par `CLIReadBioSequen
 réaffectait la variable capturée `iterator` (`iterator = iterator.SortBatches()`) pendant que la fonction
 appelante lisait `iterator.IsPaired()`. Corrigé avec une variable locale (`sorted`), comportement inchangé ;
 les tests de `obiiter`, `obiformats` et `obitools/...` passent.
+
+### 16 bis. Suppression de `taxonomic_path` après extraction (2026-11-03, demande de l'utilisateur)
+
+Une fois la taxonomie construite, l'attribut `taxonomic_path` (liste d'une vingtaine de chaînes par
+séquence) ne sert plus : la recherche lit les taxons par le `taxid`. Il est supprimé dans les trois
+chemins de lecture (`obiprimers.go`) : fichiers (worker `obiseq.AnnotatorToSeqWorker` sur la seconde
+passe), entrée standard (en place sur la tranche gardée en mémoire, avant de la réémettre) et `-t` donné
+avec un fichier annoté (les chemins sont inutiles). Réutilisation : `AnnotatorToSeqWorker` et
+`BioSequence.DeleteAttribute` existants ; seul ajout partagé : la constante
+`obiseq.TaxonomicPathAttribute`, utilisée par `SetPath`/`Path` à la place du littéral. Test :
+`TestTaxonomicPathIsDroppedAfterExtraction` (le chemin disparaît, le `taxid` reste).
+
+**Mesures, sans gain visible sur le pic de mémoire du processus** :
+- tas réellement libéré (7 822 séquences, 131 Mb de bases, `GC` forcé, tranche gardée vivante) :
+  **19,2 Mo sur 193,7 Mo (9,9 %), 2,46 Ko par séquence**. Un premier essai donnait « 99,9 % » : il était faux
+  (la tranche n'était plus référencée, donc toutes les séquences avaient été libérées) ;
+- pic de mémoire du processus (entrée standard, 8 mesures entrelacées chacune) : médiane **1 334 Mo avant,
+  1 346 Mo après**, dispersion > 250 Mo : aucune différence détectable.
+
+Interprétation : le gain est réel mais de l'ordre de 10 % des séquences gardées, soit ~1 % du pic ici ; il
+deviendrait important sur de très grandes bases (à 2,46 Ko par séquence, ~2,5 Go pour un million de
+séquences). **Le pic de 1,3 Go est sans commune mesure avec les 194 Mo de séquences gardées** : l'essentiel
+du pic vient d'ailleurs (lecture/analyse des 131 Mb du FASTA, retard du ramasse-miettes : `GOGC=25` avait
+fait passer le pic de 2,82 à 1,98 Go). C'est la piste à analyser pour la mémoire.
+
+## 17. Validation avec contre-exemples : `-r 7953 -i 1` (2026-11-03)
+
+Premier cas **avec contre-exemples** comparé à ecoPrimers (la section 1 de l'inventaire : jusque-là tous les
+jeux de référence avaient 0 contre-exemple). Les 325 Cyprinidae sont les exemples (`-r 7953`) et toutes les
+autres séquences de la base (7 497, 7 387 espèces) sont des contre-exemples (`-i 1`, la racine). Paramètres :
+`-e 3 -3 2 -l 30 -L 150 -c`. (« -I 1 » demandé : ecoPrimers n'a pas d'option `-I` ; sa boucle `getopt`
+ignore silencieusement une option inconnue, donc c'était `-i`.)
+
+| | ecoPrimers | obiprimers |
+|---|---|---|
+| exemples / contre-exemples | 325 (316 esp.) / 7 497 (7 387 esp.) | identique |
+| quorum de contre-exemples | 749 / 7 497 | identique |
+| paires retenues | **173** | **173** |
+| temps | **2 728 s (45,5 min)**, 1 cœur | **1,9 s**, 16 workers |
+| pic mémoire | 756 Mo | 781 Mo (taxonomie embarquée) |
+
+**Les deux tables sont identiques sur tous les champs** (173/173 paires, 0 différence : amorces, drapeaux
+good, séquences et taxons amplifiés côté exemples ET contre-exemples, Yule, Bc, Bs, longueurs, GC, Tm).
+Répartition des drapeaux good : 97 `bG` et 76 `Gb` (une seule amorce good par paire, comme attendu avec
+des contre-exemples aussi nombreux) ; contre-exemples amplifiés par paire : de 264 à 513 séquences.
+Notre journal : 6 850 691 occurrences approchées (contre 227 549 sans contre-exemples), 1 200 amorces
+conservées dont **14 good**, 2 037 paires candidates, 200 amplifiant assez d'exemples, 173 retenues
+(ecoPrimers : « Total pair count 2050 », écart de 13 attendu : il a un mot strict de plus, section 10).
+
+Fixé dans `testdata/ecoprimers_Cyprinidae_I1.pairs.tsv` ; test opt-in `TestCounterExamplesAgainstEcoPrimers`.
+Cela couvre désormais : quorum de faux positifs, drapeau good avec contre-exemples, comptes de taxons
+contre-exemples. Reste à comparer (inventaire section 1) : séquences linéaires, `--rank` autre qu'espèce,
+`-e 0`, autres `-e` / `-O` / quorums, et `-E` (exception).
+
+## 18. Validation par variantes d'options, Cyprinidae `-r 7953` (2026-11-03)
+
+16 exécutions d'ecoPrimers lancées en parallèle (1 cœur chacune, 2 à 6 minutes sans contre-exemples),
+comparées ligne à ligne (multi-ensembles de lignes, car des paires d'amorces AT répétées existent des deux
+côtés) à `obiprimers` avec les options équivalentes. Scripts jetables : `/tmp/run_val*.sh`,
+`/tmp/run_mine.sh`, `/tmp/compare_val.py` (non versionnés).
+
+**Identiques sur toutes les lignes et tous les champs** :
+
+| Variante | Lignes |
+|---|---|
+| séquences linéaires (sans `-c`) | 3 448 |
+| `-e 1` | 2 031 |
+| `-e 5` | 4 080 |
+| `-O 20` | 2 288 |
+| `-O 25` | 867 |
+| `-q 0.8 -s 0.95` | 1 110 |
+| `-q 0.5 -s 0.8` | 13 941 |
+| `-3 0` | 5 405 |
+| `-3 4` | 2 262 |
+| `-l 10 -L 80` | 223 |
+| `-E 7954` (Danio, 5 contre-exemples hors des exemples) | 11 |
+| `-E 7954 -x 0.05 -s 0.8` | 16 |
+| `-E 84644 -x 0.95` (Labeo : 304 exemples, 21 contre-exemples dans les exemples) | 54 |
+
+`-E 84644` seul et `-E 84644 -x 0.05 -s 0.8` donnent 0 paire des deux côtés : identiques mais sans valeur,
+les Labeo étant amplifiés par toutes les amorces conservées ; d'où la variante `-x 0.95`.
+
+**`--rank genus` et `-T 0.3` : différents, mais entièrement expliqués** (par mesure) :
+1. **118 et 119 paires seulement chez ecoPrimers** : toutes contiennent le mot strict en trop d'ecoPrimers
+   `TTTATGAAAACAAATAAA` (section 10 : présent dans 225 séquences, quorum 227). Aucune des paires absentes
+   ne l'ignore ; aucune ligne des variantes identiques ne le contient. Leurs comptes d'exemples vont de 294
+   à 325 : l'hypothèse « effet de seuil à 293 » avait été testée et réfutée.
+2. **52 et 65 lignes avec une séquence d'exemple de plus chez ecoPrimers** (exactement +1 exemple, +0
+   contre-exemple à chaque fois) : l'artefact du `N` dans la vérification du 3' (section 12).
+3. **9 écarts de Tm minimale** (mêmes comptes de séquences) : ecoPrimers décode les sites contenant une
+   base ambiguë avec le même registre à décalage ; nous ignorons ces sites (section 12).
+Preuve : un binaire temporaire émulant exactement `extractSite` (3' et sites de Tm), sources restaurées
+ensuite (diff identique aux sauvegardes), supprime **toutes** les différences de champs ; ne restent que
+les 118/119 paires du mot en trop.
+
+## 19. Décisions de l'utilisateur et options `-b`, `-M`, `-k` (2026-11-03)
+
+- **Taxonomie embarquée : extraction stricte** (comme `obitag`) : comportement actuel conservé, rien à changer.
+- **Test instable corrigé** : `obiutils.Set.String()` parcourait une map Go (ordre aléatoire) ; elle trie
+  désormais ses membres (entiers, flottants et chaînes par valeur, y compris types nommés ; repli sur la forme
+  texte pour les autres types). `Members()` est inchangé. Test `TestSetStringIsStable` ; `TestSetString` passe
+  200 fois de suite (il échouait ~4 fois sur 6) et tout le paquet passe.
+- **`-b`, `-M`, `-k`, `-p`** : lus dans `PrimerSets.c` (voir ci-dessous) ; porter ou abandonner : à trancher.
+
+### Ce que sont ces options dans ecoPrimers (lu dans le code)
+
+Un « lien » entre deux paires = le nombre de séquences que **les deux** paires identifient sans ambiguïté
+(`wellIdentifiedSeqs[k] == 1` pour les deux). Le but est de choisir des paires complémentaires (plusieurs
+marqueurs) : peu de liens = les paires identifient des taxons différents.
+- `-b` : filtre la liste finale des paires avec `primers_changeSortedArray` (puis réimprime). Une paire est
+  gardée s'il existe une autre paire avec laquelle elle a au plus 5 liens ou plus de la moitié du plus petit
+  nombre de taxons identifiés ; elle n'est écartée que si, avec **toutes** les autres, ses liens sont entre 6
+  et cette moitié. Règle heuristique sans justification dans le code.
+- `-M` : seuil absolu de liens (nom trompeur : « percent » mais utilisé comme un nombre). Quand il est donné,
+  la boucle contient un `break` inconditionnel : chaque paire n'est comparée qu'à la **première** autre paire
+  de la liste, donc le filtre ne fait pas ce qu'il annonce.
+- `-k` : n'est lu que par `ok_to_add` (construction d'ensembles d'amorces), inatteignable puisque `-p` est
+  désactivé : option morte.
+- `-p` : sa ligne d'affectation est commentée dans `ecoprimer.c` ; elle ne fait rien. Le code d'ensembles
+  associé (glouton, recuit simulé, tabou, force brute) n'est jamais exécuté.
+- `primers_filterWithGivenLinks` et `primers_graph_graphviz` ne sont jamais appelées.
+Dépendance technique d'un éventuel portage : il faudrait garder, pour chaque paire retenue, l'ensemble des
+séquences qu'elle identifie (aujourd'hui seule leur nombre de taxons est conservé).
+
+## 20. Le problème multi-marqueurs : spécification (discussion du 2026-11-03)
+
+**Statut : spécification en cours, aucun code écrit.** Décisions de l'utilisateur ci-dessous ; les points
+marqués « proposition » ou « question ouverte » sont de moi et n'ont pas été validés.
+
+### 20.1 Origine de `-b`, `-M`, `-k`, `-p` : abandonnées
+
+Ces options sont des pistes explorées pendant la thèse de Tiayyba Riaz (auteur de l'article), il y a une
+quinzaine d'années, jamais menées à terme : le problème était mal posé. L'utilisateur avait oublié qu'elles
+traînaient dans le code. **Décision : elles ne sont pas portées** (confirmant l'analyse de la section 19 : deux
+options mortes, une buguée, un filtre heuristique non justifié).
+
+Le modèle de la thèse : chaque paire d'amorces couvre et reconnaît une partie des espèces, avec un
+recouvrement partiel entre paires ; on cherche la meilleure combinaison (graphe de « liens », glouton, recuit
+simulé, tabou, force brute). Ce modèle est quasi inapplicable : un recouvrement d'espèces entre deux paires
+visant des clades différents signifie qu'une amorce est partagée entre ces clades, donc que le recouvrement
+est presque toujours **complet**. Les ensembles de couverture sont emboîtés ou disjoints par clade.
+
+### 20.2 Formulation correcte
+
+But : un ensemble de marqueurs (un multiplex) qui, ensemble, discriminent un maximum d'espèces.
+Structure :
+1. **une paire de base** qui couvre la totalité du groupe visé (Bc proche de 1) ;
+2. **une collection de paires spécialisées**, chacune sur un clade que les paires précédentes résolvent mal.
+
+### 20.3 Réponses de l'utilisateur
+
+1. **Granularité des clades à raffiner : elle dépend du nombre de paires autorisées dans le multiplex.**
+   Avec 2 paires : une paire générique + une seule paire spécialisée, placée assez haut dans la taxonomie,
+   autour d'un gros groupe très mal résolu (celle qui récupère le plus d'espèces). Avec 30 paires : on peut
+   éclater presque chaque famille ou chaque genre mal résolu.
+2. **Éviter d'amplifier les autres clades : pas par défaut, mais une option.** Elle permet de concentrer
+   l'effort d'amplification sur le clade d'intérêt sans le disperser, surtout s'il est sous-représenté dans la
+   matrice d'ADN.
+3. **Critère de résolution : une espèce est résolue si au moins un marqueur la résout.**
+4. **Budget : deux formulations possibles, non tranchées** (maximiser les espèces résolues avec au plus K
+   paires ; ou minimiser le nombre de paires pour atteindre un taux donné).
+5. **La paire de base est choisie d'abord**, ce qui élimine les espèces bien reconnues ; on raisonne ensuite
+   sur ce qui reste (glouton hiérarchique).
+
+### 20.4 Ce que cela implique (propositions, à valider)
+
+- **Algorithme glouton hiérarchique** : paire de base sur tout le groupe (tri Bc puis Bs, comme le mode A) ;
+  puis, tant que le budget le permet, parmi les nœuds de la taxonomie contenant des espèces non résolues,
+  choisir la paire spécialisée au **plus grand gain marginal** (espèces nouvellement résolues). La
+  granularité exigée en 20.3-1 en découle sans règle séparée : un petit budget favorise les nœuds hauts, un
+  grand budget finit par les genres. Les deux formulations du budget (20.3-4) sont le même gain marginal avec
+  deux conditions d'arrêt (K paires atteint, ou taux visé atteint) : le choix n'a pas à être tranché pour
+  écrire la boucle.
+- **Réutilisation** : le mode A avec `-r <clade>` produit déjà les paires conservées dans un clade et leur Bs.
+  Le mode A étant rapide (de 2 à 3 s pour Teleostei), faire une recherche par clade candidat est envisageable ;
+  le corpus devrait alors être chargé une seule fois et la sélection exemples/contre-exemples refaite en
+  mémoire pour chaque clade (aujourd'hui `LoadCorpus` relit les fichiers).
+- **Manque 1 : les ensembles d'espèces résolues.** Aujourd'hui `PairStats` ne garde que des nombres
+  (`Identified`, `ExampleTaxa`). Il faut, pour chaque paire, l'ensemble des taxons identifiés et les classes
+  de taxons partageant un amplicon (même besoin qu'un portage de `-b`).
+- **Question ouverte (moi) : relativement à quel ensemble une espèce est-elle « résolue » par un spécialiste
+  qui peut amplifier d'autres clades (20.3-2) ?** Le Bs actuel ne juge l'unicité de l'amplicon que parmi les
+  exemples. Si le spécialiste amplifie aussi des espèces extérieures au clade, un amplicon partagé avec un
+  extérieur ne permet pas d'identifier l'espèce dans un échantillon réel. Je propose de juger l'unicité sur
+  **tout ce que la paire amplifie dans la base de référence**. Cela demande un troisième rôle de séquence,
+  « contexte » : non exigée amplifiée, non pénalisée, mais comptée dans le partage d'amplicons.
+- **Lien avec la voie B** : avec l'option « éviter les autres clades » (20.3-2), les voisins deviennent des
+  contre-exemples ; sans elle, ils sont du contexte. La voie B (amorces spécifiques d'une espèce ou de
+  quelques espèces proches) et l'étape de spécialisation ressemblent donc beaucoup : je propose de les
+  spécifier ensemble, comme un seul mécanisme avec une option d'exclusion.
+- **Non abordé, à demander** : compatibilité des amorces d'un même multiplex (Tm voisines, absence de
+  dimères entre amorces de paires différentes). `obithermo` fournit déjà les Tm.
+- **Sortie** : un ensemble ordonné de paires avec, pour chacune, les espèces qu'elle ajoute (gain marginal) ;
+  la courbe cumulée des espèces résolues en fonction du nombre de paires répond aux deux formulations du
+  budget.
+
+### 20.5 Prochaines étapes
+
+Pas de code avant accord sur 20.4. À trancher : (a) le jugement d'unicité (tout ce qui est amplifié, ou
+seulement le clade), donc le rôle « contexte » ; (b) si les voies B et de spécialisation sont spécifiées
+ensemble ; (c) les contraintes de multiplex. Le reste de l'inventaire du mode A (validation `-e 0`, nettoyage,
+mémoire, tests shell, documentation) est indépendant et peut avancer.
+
+## 21. Suite de la spécification : résolution, voie B, optimisation de Tm (2026-11-03)
+
+**Statut : spécification, aucun code.** « Décision » = réponse de l'utilisateur ; « Proposition » et
+« Question » = de moi, non validées.
+
+### 21.1 Décisions
+
+1. **Une espèce est résolue par rapport à tout ce qui est amplifié**, dans le clade cible **et** dans le clade
+   voisin non cible. Confirme le jugement d'unicité sur tout ce que la paire amplifie dans la référence.
+2. **La voie B doit être spécifiée complètement** avant tout code (et avec la spécialisation, 20.4).
+3. **Tm** : idéalement oui, des Tm voisines entre amorces. Aujourd'hui la longueur est fixée et la Tm subie.
+   Idée de l'utilisateur : **fixer la Tm et optimiser la longueur à la fin pour équilibrer les Tm**, et cela
+   **pour n'importe quelle paire**. Ajouter à `obiprimers` une **phase d'optimisation de Tm** avec deux
+   paramètres : **un écart de Tm maximal entre les deux amorces** et **une Tm cible pour les paires**.
+
+### 21.2 Conséquence de 21.1-1 : quatre rôles de séquences (proposition)
+
+| Rôle | Exigence sur l'amplification | Compte dans l'unicité des amplicons |
+|---|---|---|
+| Exemple | doit être amplifiée (quorum de sensibilité) | oui |
+| Contre-exemple | ne doit pas l'être (quorum de faux positifs) | **oui, si amplifiée** |
+| Contexte | libre, aucune pénalité | **oui, si amplifiée** |
+| Ignorée | sans objet | non |
+
+Le rôle « contexte » est nouveau (aujourd'hui : exemple, contre-exemple, ignorée). L'option « éviter les autres
+clades » (20.3-2) transforme simplement leurs séquences de contexte en contre-exemples.
+**Écart avec ecoPrimers à noter** : le Bs d'ecoPrimers ne juge l'unicité que parmi les exemples, même quand des
+contre-exemples sont amplifiés. Proposition : **garder le Bs d'ecoPrimers inchangé** (c'est ce qui reproduit
+les tables de référence) et ajouter un second indice calculé sur tout ce qui est amplifié (nom à choisir,
+p. ex. `bs_all`), qui sert à la sélection multi-marqueurs ; il coïncide avec `bs` quand il n'y a ni
+contre-exemple amplifié ni contexte.
+
+### 21.3 Optimisation de Tm (proposition, paramètres de l'utilisateur)
+
+- **Paramètres** : `Tm cible` et `écart de Tm maximal`. Proposition d'interprétation : la cible porte sur la
+  **moyenne des deux amorces** et l'écart borne leur différence, ce qui revient à imposer à chaque amorce
+  `cible ± écart/2`.
+- **Où** : phase **après** la sélection des paires, sur chaque paire retenue : choisir les longueurs
+  `(L1, L2)` des deux amorces satisfaisant la cible et l'écart.
+- **Ce qui rend la phase possible** : raccourcir une amorce **par son extrémité 5'** ne peut que conserver ou
+  réduire ses erreurs sur chaque site (c'est une sous-chaîne), donc la sensibilité est conservée. Allonger
+  par le 5' demande de **revérifier** les sites. Raccourcir fait en revanche perdre de la spécificité
+  (l'amorce raccourcie peut s'apparier ailleurs), d'où la nécessité de **réévaluer la paire** (sensibilité,
+  faux positifs, Bc, Bs, Tm) après chaque changement de longueur.
+- **Réutilisation** : `obithermo` (Tm, Tm minimale), `MatchWords` et `FindPairs` sur une poignée de mots :
+  le coût est celui d'une évaluation par variante de longueur et par paire.
+- **Intérêt pour le multiplex** : une Tm cible commune à toutes les paires d'un ensemble les rend compatibles
+  par construction.
+- **Questions** : (a) la cible porte-t-elle sur la Tm de l'appariement parfait ou sur la Tm minimale sur les
+  sites (la pire), ou sur une valeur intermédiaire ? (b) bornes de longueur [Lmin, Lmax] ? Le mot actuel est
+  limité à 31 bases (codage 2 bits sur 64). (c) extension et raccourcissement seulement par le 5', en gardant
+  l'ancrage 3' ? (d) « pour n'importe quelle paire » : phase intégrée à la recherche, ou aussi outil
+  indépendant appliqué à des amorces fournies par l'utilisateur ? (e) une paire dont la Tm ne peut pas être
+  satisfaite dans les bornes : écartée ou signalée ?
+
+### 21.4 Voie B : esquisse de spécification (proposition)
+
+**But.** Une paire qui amplifie les cibles T (une espèce, ou quelques espèces très proches) et, autant que
+possible, aucun de leurs voisins non cibles C. Facteur de conception : l'espace de recherche est élagué en
+se concentrant sur les régions **non conservées** (celles où T diffère de C), l'inverse du mode A.
+
+**Rôles.** T = exemples ; C = contre-exemples (voisins à ne pas amplifier) ; le reste, contexte ou ignoré.
+
+**Constat.** Le pipeline actuel fait déjà fonctionner un cas voie B de façon naïve (`-r 8028 -i 8015`, *Salmo*
+contre les autres Salmonidae : 7 exemples, 76 contre-exemples, 15 534 mots stricts), mais sans élagage, et le
+critère « un quorum de faux positifs de 10 % » y est trop permissif pour une amorce spécifique.
+
+**Principe d'une paire spécifique.** Une paire n'amplifie un voisin que si **ses deux amorces** s'y apparient.
+Il suffit donc d'**une amorce spécifique** (loin de tous les sites de C) et d'une **amorce partenaire**
+quelconque et conservée dans T, à distance d'amplicon permise. Les candidats se génèrent ainsi : mots de T
+(quorum de T) dont aucun site à <= `e_exclusion` erreurs n'existe dans C (au-delà du quorum de faux
+positifs) ; puis le partenaire dans la fenêtre d'amplicon de chaque occurrence dans T.
+
+**Deux tolérances (proposition).** `-e` (sensibilité sur T) et une tolérance d'exclusion **`e_exclusion`** sur C,
+éventuellement plus grande : un voisin est « amplifié » s'il s'apparie à `e_exclusion` erreurs ou moins. Cela
+donne une marge de sécurité sans dégrader la sensibilité sur T.
+
+**Score de marge (proposition).** Pour une amorce : nombre minimal d'erreurs d'un site de C ; pour la paire :
+la meilleure des deux amorces (un voisin n'est amplifié que si les deux s'apparient), avec un poids
+particulier pour les erreurs proches du 3'. Il compléterait Yule x Bs pour classer.
+
+**Sortie.** Colonnes du mode A plus la marge des deux amorces.
+
+**Échelle (à prévoir).** Pour T = un génome, le nombre de mots candidats est celui des positions du génome
+(16 000 pour une mitochondrie, des millions pour une bactérie) : l'index de graines (`MatchWords`) indexe les
+**mots** et balaie le texte de C ; pour des millions de mots il faudra les traiter par lots, chacun balayant C
+une fois. À dimensionner selon l'usage visé.
+
+**Questions pour finaliser.**
+1. **Exclusion stricte ou marge** : une paire est-elle admise seulement si elle n'amplifie aucun voisin à
+   `e_exclusion` erreurs, ou classe-t-on par marge sans seuil dur ? Faut-il une contrainte particulière sur
+   les 3' derniers nucléotides des voisins (au moins une erreur dans les 5 dernières bases) ?
+2. **Tailles typiques** de T et de C (une espèce avec combien de séquences ? voisins = un genre, une famille,
+   toute la base de 8 000 génomes mitochondriaux, des génomes entiers de bactéries ?).
+3. **Type de séquences** : génomes organellaires entiers (comme le tutoriel), loci courts, génomes complets ?
+4. **Plusieurs cibles** (quelques espèces proches) : amplifier le groupe sans les distinguer (détection de
+   groupe), ou les amplifier et les **résoudre** entre elles (Bs au sein de T, comme la spécialisation) ?
+5. **Une amorce spécifique + une générale** est-il acceptable, ou les deux amorces doivent-elles être
+   spécifiques ?
+6. **Sensibilité sur T** : quorum comme en mode A (0,9), ou toutes les séquences de T (intra-spécifique) ?
+
+### 21.5 Travaux préalables communs (sans les engager)
+
+Rôle « contexte » ; indice de résolution sur tout ce qui est amplifié ; ensembles d'espèces résolues par
+paire ; corpus chargé une seule fois et sélection refaite en mémoire ; réévaluation d'une paire pour des
+longueurs d'amorces variables ; marge d'une amorce (erreurs minimales sur C).
+
+## 22. Réponses de l'utilisateur sur la résolution et la Tm (2026-11-03)
+
+**Statut : spécification, aucun code.** La voie B attend les réponses de l'utilisateur (« encore un peu »).
+
+### 22.1 Redéfinir Bs : oui (décision de principe, détails à confirmer)
+
+Question de l'utilisateur : ecoPrimers calcule Bs sur les seules séquences amplifiées parce que ce sont les
+seules chargées en mémoire ; ne vaudrait-il pas mieux **charger tout le monde, chercher les amorces
+seulement dans une sélection, et tester sur tout le monde** ? Réponse : **oui**, et cela redéfinit Bs. Trois
+populations distinctes :
+
+| Population | Sert à |
+|---|---|
+| exemples (sélection de recherche) | générer les mots conservés ; sensibilité ; dénominateur de Bc et de Bs |
+| contre-exemples | quorum de faux positifs |
+| **tout le monde** (population d'évaluation) | juger l'unicité des amplicons : une espèce exemple est résolue si son amplicon n'est partagé avec aucun autre taxon amplifié, où qu'il soit dans la base |
+
+Proposition de définition : `Bs = espèces exemples dont l'amplicon est unique parmi tous les taxons amplifiés de
+la population d'évaluation / espèces exemples amplifiées`. Elle coïncide avec le Bs d'ecoPrimers quand la
+population d'évaluation est la sélection (aucun contre-exemple ni contexte amplifié). **Piège à ne pas
+oublier** : avec `-i 1` (validation de la section 17) le Bs d'ecoPrimers ignore les amplicons des
+contre-exemples amplifiés ; la nouvelle définition changera donc ces valeurs. Pour garder les tests de
+non-régression, proposition : conserver aussi le Bs d'ecoPrimers dans une colonne à part (p. ex.
+`bs_examples`) et définir `bs` comme le nouvel indice ; à confirmer. Colonne informative à ajouter :
+nombre de taxons hors exemples amplifiés.
+
+**Mémoire (proposition)** : charger tout le monde n'est pas nécessaire pour un passage simple. Après la
+recherche (sur la sélection, en mémoire), un **passage d'évaluation en flux** relit la base entière avec les
+seules amorces des paires retenues (quelques centaines de mots : `MatchWords` en 0,04 s pour 65 Mb) et ne
+conserve que, par paire, un hash d'amplicon et un taxon par séquence amplifiée, jamais les séquences. Coût :
+une relecture du fichier (comme la double lecture de la taxonomie embarquée). Pour la sélection multi-marqueurs
+(évaluations répétées par clade), une population d'évaluation **en mémoire sous forme compacte** (2 bits par
+base, soit ~33 Mo pour les 131 Mb du tutoriel) serait préférable. À trancher à la spécification de la
+sélection multi-marqueurs.
+
+### 22.2 Longueur des amorces : 61 nucléotides (question de l'utilisateur)
+
+L'utilisateur rappelle qu'agrep avait été réimplémenté en 64 bits pour des amorces jusqu'à 61 nucléotides
+(`MAX_PAT_LEN` vaut 64 dans `obiapat/apat.h`). État **actuel** de obiprimers : **31 bases au maximum**, limite
+inscrite dans `match.go:48`, `words.go:44`, `pairs.go:31`, dans `obikmer` (`encodekmer.go`,
+`seqquorum.go:63` : k-mers sur 64 bits, 2 bits par base) et par des tampons fixes `[32]byte`
+(`pairs_eval.go:208`). `obithermo` n'a pas de limite de longueur (tranches).
+
+La stratégie de l'index de graines **n'est pas bloquée** : elle se généralise à 61 bases (et 64) avec une fenêtre
+de **128 bits** (deux mots de 64 bits, décalage et popcount sur les deux) ; les moitiés (<= 31 bases) tiennent
+dans un mot et le chemin d'index haché pour les grandes graines est déjà utilisé et testé (k = 25 et 31).
+L'oracle de test existant (`matchNaive`) fixe la justesse. Le compteur de mots stricts (k-mers sur 64 bits,
+type partagé d'`obikmer`) resterait limité à 31 : **proposition** : chercher les mots conservés avec un k <= 31
+(le « coeur » conservé), puis obtenir les amorces plus longues par **extension** pendant la phase de Tm
+(22.3), vérifiée par l'appariement généralisé.
+
+### 22.3 Optimisation de Tm : réponses aux questions de 21.3
+
+(a) **Cible sur l'apparié non parfait** (la Tm de l'amorce sur les sites réels, avec leurs erreurs), pas sur
+l'appariement parfait. *Question restante* : quelle statistique des Tm de sites ? Le minimum (`tm_min` d'ecoPrimers)
+est dominé par des valeurs aberrantes : sur les tables de référence on lit des minimums de 12 à 45 °C pour des
+amorces dont la Tm parfaite est de 52 à 62 °C ; une cible sur le minimum imposerait des longueurs absurdes.
+Proposition : cible sur la **moyenne ou la médiane** des Tm de sites (éventuellement pondérées par taxon), le
+minimum restant rapporté ; ou un quantile bas réglable. À choisir.
+(b) bornes de longueur : traitées en 22.2 (jusqu'à 61 bases possible avec la généralisation).
+(c) **Extension et raccourcissement du côté le mieux conservé** (et non seulement par le 5', contrairement à ma
+proposition). Cela se calcule avec un profil de conservation par position (fraction des sites cibles qui
+portent la même base, comme le PSSM du tutoriel) autour de chaque amorce, tiré des occurrences déjà
+trouvées. Attention : la contrainte `-3` s'applique à l'extrémité 3' *de l'amorce*, quelle que soit sa
+position sur la séquence ; étendre ou raccourcir du côté 3' déplace donc cette extrémité et modifie la
+longueur d'amplicon.
+(d) **Intégrée à la recherche, en phase de post-traitement** de la même exécution de obiprimers (pas d'outil
+indépendant pour l'instant).
+(e) Une paire dont la Tm n'est pas atteignable dans les bornes est **écartée**.
+
+### 22.4 En attente
+
+Réponses de l'utilisateur sur la voie B (questions de 21.4) ; choix de la statistique de Tm (22.3-a) ; nom et
+sort de l'ancien Bs (22.1) ; en-têtes éventuels à prévoir pour les colonnes de population d'évaluation.
+
+## 23. Décisions : un seul Bs, tout en mémoire (2026-11-03)
+
+**Statut : spécification, aucun code.** Cette section **remplace** la proposition de 22.1 (colonne `bs_examples`,
+passage d'évaluation en flux).
+
+### 23.1 Décisions de l'utilisateur
+
+1. **Un seul indice Bs, calculé d'une seule façon.** Pas de colonne `bs_examples`, pas de variante : « on décide
+   un indice, il se calcule d'une certaine façon, point barre ». Le Bs d'ecoPrimers disparaît.
+2. **Tout charger en mémoire.** Ne pas tout charger interdirait de lire la base de référence sur l'entrée
+   standard, que les obitools permettent ; la base est lue par le mécanisme de lecture standard
+   (comme `obiconvert`), sans format dédié. Le passage d'évaluation en flux de 22.1 est abandonné.
+3. **Définition de Bs** : le nombre de taxons **bien identifiés parmi les cibles**, en considérant **tous les
+   barcodes amplifiés, y compris ceux hors des cibles et ceux des contre-exemples**. Une espèce cible est
+   mal identifiée si son barcode, unique parmi les cibles, est partagé avec une espèce non cible ou un
+   contre-exemple.
+
+### 23.2 Définition formelle retenue (traduction de 23.1-3)
+
+Pour une paire, soit A l'ensemble des séquences qu'elle amplifie, **de n'importe quel rôle** (cibles,
+contre-exemples, autres). Pour un amplicon a, T(a) est l'ensemble des taxons (au rang choisi) des séquences de A
+qui le portent. Un taxon cible t est **bien identifié** s'il existe un amplicon a produit par t avec T(a) = {t}.
+
+### 23.3 Conséquences
+
+- **Fin de la notion de séquence « ignorée »** : les séquences qui ne sont ni cibles ni contre-exemples ne sont
+  plus écartées à la lecture (comportement actuel, hérité d'ecoPrimers) ; elles sont **non cibles** : elles ne
+  comptent ni dans les quorums de sensibilité et de faux positifs, mais leurs amplicons comptent dans Bs.
+  Pour exclure des séquences de l'analyse, on filtre l'entrée en amont (`obigrep`), à la manière des obitools.
+  Le rôle « contexte » de 21.2 devient donc simplement « non cible ».
+- **Les valeurs changent, y compris pour le tutoriel** : une paire conservée chez tous les vertébrés amplifie
+  aussi des non-Cyprinidae ; son Bs baissera par rapport aux tables d'ecoPrimers, même sans `-i`. Les tests de
+  non-régression de la section 17 et de la section 18 ne peuvent plus comparer Bs/identifiés avec ecoPrimers sur
+  la base entière. **Proposition, sans option ni colonne supplémentaire** : au niveau de la bibliothèque, un corpus
+  construit avec les seules cibles et contre-exemples (c'est ce que fait `LoadCorpus` aujourd'hui) redonne
+  exactement la définition d'ecoPrimers, car il n'y a alors aucune séquence hors sélection à amplifier ; les tests de
+  non-régression continuent d'utiliser ce corpus, la CLI charge toujours tout.
+- **Coût mémoire** : tout le fichier est conservé (131 Mb de bases pour 194 Mo de tas dans le tutoriel, contre
+  5 Mb pour Cyprinidae aujourd'hui). Une représentation compacte (2 bits par base) reste possible plus tard ;
+  non décidée.
+- **Coût de calcul** : l'appariement approché des mots et l'énumération des amplicons passent de la sélection à
+  tout le corpus (l'exécution `-r 7953 -i 1` du tutoriel, qui charge déjà tout, prend 1,9 s) ; les quorums ne
+  comptent toujours que cibles et contre-exemples.
+
+### 23.4 Points à confirmer (propositions, non validées)
+
+1. **Dénominateur de Bs** : taxons cibles **amplifiés** (comme le code d'ecoPrimers : 2 650 identifiés sur 3 805
+   amplifiés = 0,696) ou **tous** les taxons cibles ? Avec le premier, Bc (couverture) et Bs (discrimination)
+   restent indépendants et `Bc x Bs` est la part des cibles résolues par la paire, ce qui est le gain mesuré par
+   la sélection multi-marqueurs. Avec le second, Bs <= Bc et ce produit disparaît. **Je recommande le
+   premier.** L'article (« nombre de taxons identifiés sur |E| ») et le code divergent déjà.
+2. **Taxon à plusieurs amplicons** : bien identifié dès qu'**un** de ses amplicons est unique (règle d'ecoPrimers),
+   ou seulement si **tous** le sont ? Je propose de garder la règle d'ecoPrimers.
+3. **Séquence non cible sans taxon au rang choisi** : la traiter comme un taxon anonyme distinct (prudent :
+   elle empêche l'identification d'une cible qui partage son amplicon) ou l'ignorer ? Je propose le premier.
+
+## 24. Règle d'identification de Bs, et l'indice BD (2026-11-03)
+
+**Statut : spécification, aucun code.** Complète et corrige la section 23.
+
+### 24.1 Décisions de l'utilisateur
+
+1. **Dénominateur de Bs : les taxons cibles amplifiés** (comme ecoPrimers : 2 650 / 3 805 = 0,696).
+   Bc (couverture) et Bs (discrimination) restent indépendants ; `Bc x Bs` est la part des cibles résolues.
+2. **Règle d'identification : une espèce est bien identifiée si TOUS ses barcodes ne sont associés qu'à
+   elle.** Dès qu'un barcode est partagé entre deux espèces, **les deux** sont mal identifiées. Cette règle
+   remplace celle de 23.4-2 (que j'avais proposé de garder).
+3. **Nouvel indice BD (barcode discrimination)** proposé par l'utilisateur : la part des **barcodes** qui
+   mènent sans ambiguïté à une espèce cible. Exemple de l'utilisateur : A porte les barcodes A1 et A2, B porte
+   A2 et B1. Ni A ni B ne sont bien identifiées (elles partagent A2), mais **A1 et B1 sont discriminants**, A2
+   ne l'est pas. Ici Bs = 0/2 et BD = 2/3. (Avec la règle d'ecoPrimers on aurait Bs = 2/2.)
+
+### 24.2 ecoPrimers applique bien l'autre règle (vérifié)
+
+Lecture de `taxstats.c` : pour chaque amplicon distinct (parmi les exemples), on dresse l'ensemble de ses
+taxons ; si cet ensemble n'a qu'**un** taxon (`taxoncount == 1`), ce taxon est marqué bien identifié. Un
+taxon est donc compté **dès qu'un** de ses amplicons lui est propre. Confirmations : (i) mon implémentation de
+cette règle reproduit toutes les colonnes `identifiés` et Bs de plus de vingt tables d'ecoPrimers (sections
+12, 15, 17, 18) ; (ii) recalcul indépendant avec `obipcr` + Python sur la paire n° 1 de `Cyprinidae.ecoprimers`
+(320 amplicons chez `obipcr`, 318 chez ecoPrimers qui impose `-3 2`) : règle « au moins un barcode unique »
+239/312 = 0,766 contre 237/310 = 0,765 pour ecoPrimers ; règle « tous uniques » 238/312 = 0,763 ; **BD =
+240/265 = 0,906** (265 barcodes distincts). **Portée de (ii)** : sur cette paire les deux règles ne diffèrent
+que d'**une** espèce sur 312, car les données du tutoriel ont un génome par espèce (4 espèces seulement
+portent plusieurs barcodes) : ce recalcul ne tranche pas entre les règles à lui seul ; la preuve est le code
+et les tables reproduites.
+
+### 24.3 Conséquences
+
+- **Les différences entre règles seront faibles sur le tutoriel** (un génome par espèce) et **plus fortes**
+  sur des bases à plusieurs séquences par espèce (variation intra-spécifique), typiquement des bases de loci courts.
+- **Non-régression** : la règle changeant, l'égalité des colonnes `identifiés` et Bs avec ecoPrimers n'est plus
+  atteignable, même avec un corpus restreint aux cibles et contre-exemples (annule la proposition de 23.3 sur ce
+  point). Toutes les autres colonnes (séquences, taxons, Bc, Yule, longueurs, GC, Tm, drapeaux good) restent
+  comparables. Pour Bs, BD et `identifiés` : tests sur cas synthétiques (dont l'exemple A1/A2/B1 ci-dessus) et
+  **vérification indépendante** par `obipcr` + script, comme en 24.2, sur des paires choisies.
+- **Seuil `-T` (spécificité minimale, 0,6 par défaut)** : calibré sur l'ancienne règle, plus indulgente. Le
+  défaut sera peut-être à revoir ; à décider avec la spécification complète.
+- **Implémentation (plus tard)** : la phase 2 de `FindPairs` doit enregistrer le hash d'amplicon de **toutes** les
+  séquences amplifiées (cibles, contre-exemples, non-cibles) et non plus des seuls exemples ; un taxon cible est
+  mal identifié si l'un de ses amplicons est porté par un autre taxon.
+
+### 24.4 Questions restantes
+
+1. **BD** : l'inclure dans la sortie, et dans le classement ? Dénominateur proposé : les barcodes distincts
+   portés par **au moins une cible** (un barcode propre à une non-cible ne « mène » pas à une espèce cible) ;
+   comptage par barcode distinct, sans pondération par le nombre de séquences.
+2. **Non-cible sans taxon au rang choisi** (23.4-3, proposé, non confirmé) : taxon anonyme distinct, donc
+   barcode partagé = ambigu (prudent).
+3. **`-T` par défaut** (voir ci-dessus).