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Refactor similarity engine and implement parallel clustering

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Introduces parallel processing for clustering, refines scoring mechanisms, and expands test coverage for the alignment functionality.

This change introduces parallel processing capabilities within the clustering logic, updates the core similarity engine with new data structures and scoring methods, and implements a comprehensive test suite for the alignment tool. It also adds new command-line options for configuring alignment parameters and reference lengths.
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Eric Coissac committed 2026-11-03 14:04:32 +11:00
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pkg/obithermo/nn_table.go
+126
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@@ -0,0 +1,126 @@
// Code generated from ecoPrimers libthermo/nnparams.c (nparam_InitParams); DO NOT EDIT.
package obithermo
// nnEntry is one explicit nearest-neighbor parameter: the 5'->3' dinucleotide of
// the top strand, the 3'->5' dinucleotide facing it, enthalpy (cal/mol) and
// entropy (cal/mol/K).
type nnEntry struct {
top, bottom string
dH, dS float64
}
var nnEntries = [...]nnEntry{
{"AA", "TT", -7600.0, -21.3}, // AA/TT
{"AC", "TG", -8400.0, -22.4}, // AC/TG
{"AG", "TC", -7800.0, -21.0}, // AG/TC
{"AT", "TA", -7200.0, -20.4}, // AT/TA
{"CA", "GT", -8500.0, -22.7}, // CA/GT
{"CC", "GG", -8000.0, -19.9}, // CC/GG
{"CG", "GC", -10600.0, -27.2}, // CG/GC
{"CT", "GA", -7800.0, -21.0}, // CT/GA
{"GA", "CT", -8200.0, -22.2}, // GA/CT
{"GC", "CG", -9800.0, -24.4}, // GC/CG
{"GG", "CC", -8000.0, -19.9}, // GG/CC
{"GT", "CA", -8400.0, -22.4}, // GT/CA
{"TA", "AT", -7200.0, -21.3}, // TA/AT
{"TC", "AG", -8200.0, -22.2}, // TC/AG
{"TG", "AC", -8500.0, -22.7}, // TG/AC
{"TT", "AA", -7600.0, -21.3}, // TT/AA
{"AA", "CT", 7600.0, 20.2}, // AA/CT
{"AA", "TC", 2300.0, 4.6}, // AA/TC
{"AC", "CG", -700.0, -3.8}, // AC/CG
{"AC", "TA", 5300.0, 14.6}, // AC/TA
{"AG", "CC", 600.0, -0.6}, // AG/CC
{"AT", "CA", 5300.0, 14.6}, // AT/CA
{"CA", "AT", 3400.0, 8.0}, // CA/AT
{"CA", "GC", 1900.0, 3.7}, // CA/GC
{"CC", "AG", 5200.0, 14.2}, // CC/AG
{"CC", "GA", 600.0, -0.6}, // CC/GA
{"CG", "AC", 1900.0, 3.7}, // CG/AC
{"CT", "AA", 2300.0, 4.6}, // CT/AA
{"GA", "CC", 5200.0, 14.2}, // GA/CC
{"GC", "CA", -700.0, -3.8}, // GC/CA
{"TA", "AC", 3400.0, 8.0}, // TA/AC
{"TC", "AA", 7600.0, 20.2}, // TC/AA
{"AC", "TT", 700.0, 0.2}, // AC/TT
{"AT", "TC", -1200.0, -6.2}, // AT/TC
{"CA", "TT", 1000.0, 0.7}, // CA/TT
{"CC", "GT", -800.0, -4.5}, // CC/GT
{"CC", "TG", 5200.0, 13.5}, // CC/TG
{"CG", "TC", -1500.0, -6.1}, // CG/TC
{"CT", "GC", -1500.0, -6.1}, // CT/GC
{"CT", "TA", -1200.0, -6.2}, // CT/TA
{"GC", "CT", 2300.0, 5.4}, // GC/CT
{"GT", "CC", 5200.0, 13.5}, // GT/CC
{"TA", "CT", 1200.0, 0.7}, // TA/CT
{"TC", "CG", 2300.0, 5.4}, // TC/CG
{"TC", "AT", 1200.0, 0.7}, // TC/AT
{"TG", "CC", -800.0, -4.5}, // TG/CC
{"TT", "CA", 700.0, 0.2}, // TT/CA
{"TT", "AC", 1000.0, 0.7}, // TT/AC
{"AA", "GT", 3000.0, 7.4}, // AA/GT
{"AA", "TG", -600.0, -2.3}, // AA/TG
{"AC", "GG", 500.0, 3.2}, // AC/GG
{"AG", "GC", -4000.0, -13.2}, // AG/GC
{"AG", "TA", -700.0, -2.3}, // AG/TA
{"AT", "GA", -700.0, -2.3}, // AT/GA
{"CA", "GG", -700.0, -2.3}, // CA/GG
{"CG", "GA", -4000.0, -13.2}, // CG/GA
{"GA", "AT", 700.0, 0.7}, // GA/AT
{"GA", "CG", -600.0, -1.0}, // GA/CG
{"GC", "AG", -600.0, -1.0}, // GC/AG
{"GG", "AC", -700.0, -2.3}, // GG/AC
{"GG", "CA", 500.0, 3.2}, // GG/CA
{"GT", "AA", -600.0, -2.3}, // GT/AA
{"TA", "AG", 700.0, 0.7}, // TA/AG
{"TG", "AA", 3000.0, 7.4}, // TG/AA
{"AG", "TT", 1000.0, 0.9}, // AG/TT
{"AT", "TG", -2500.0, -8.3}, // AT/TG
{"CG", "GT", -4100.0, -11.7}, // CG/GT
{"CT", "GG", -2800.0, -8.0}, // CT/GG
{"GA", "TT", -1300.0, -5.3}, // GA/TT
{"GC", "TG", -4400.0, -12.3}, // GC/TG
{"GG", "CT", 3300.0, 10.4}, // GG/CT
{"GG", "TC", -2800.0, -8.0}, // GG/TC
{"GT", "CG", -4400.0, -12.3}, // GT/CG
{"GT", "TA", -2500.0, -8.3}, // GT/TA
{"TA", "GT", -100.0, -1.7}, // TA/GT
{"TC", "GG", 3300.0, 10.4}, // TC/GG
{"TG", "AT", -100.0, -1.7}, // TG/AT
{"TG", "GC", -4100.0, -11.7}, // TG/GC
{"TT", "AG", -1300.0, -5.3}, // TT/AG
{"TT", "GA", 1000.0, 0.9}, // TT/GA
{"AA", "AT", 4700.0, 12.9}, // AA/AT
{"AA", "TA", 1200.0, 1.7}, // AA/TA
{"AC", "AG", -2900.0, -9.8}, // AC/AG
{"AG", "AC", -900.0, -4.2}, // AG/AC
{"AT", "AA", 1200.0, 1.7}, // AT/AA
{"CA", "GA", -900.0, -4.2}, // CA/GA
{"GA", "CA", -2900.0, -9.8}, // GA/CA
{"TA", "AA", 4700.0, 12.9}, // TA/AA
{"AC", "TC", 0.0, -4.4}, // AC/TC
{"CA", "CT", 6100.0, 16.4}, // CA/CT
{"CC", "CG", 3600.0, 8.9}, // CC/CG
{"CC", "GC", -1500.0, -7.2}, // CC/GC
{"CG", "CC", -1500.0, -7.2}, // CG/CC
{"CT", "CA", 0.0, -4.4}, // CT/CA
{"GC", "CC", 3600.0, 8.9}, // GC/CC
{"TC", "AC", 6100.0, 16.4}, // TC/AC
{"AG", "TG", -3100.0, -9.5}, // AG/TG
{"CG", "GG", -4900.0, -15.3}, // CG/GG
{"GA", "GT", 1600.0, 3.6}, // GA/GT
{"GC", "GG", -6000.0, -15.8}, // GC/GG
{"GG", "CG", -6000.0, -15.8}, // GG/CG
{"GG", "GC", -4900.0, -15.3}, // GG/GC
{"GT", "GA", -3100.0, -9.5}, // GT/GA
{"TG", "AG", 1600.0, 3.6}, // TG/AG
{"AT", "TT", -2700.0, -10.8}, // AT/TT
{"CT", "GT", -5000.0, -15.8}, // CT/GT
{"GT", "CT", -2200.0, -8.4}, // GT/CT
{"TA", "TT", 200.0, -1.5}, // TA/TT
{"TC", "TG", -2200.0, -8.4}, // TC/TG
{"TG", "TC", -5000.0, -15.8}, // TG/TC
{"TT", "AT", 200.0, -1.5}, // TT/AT
{"TT", "TA", -2700.0, -10.8}, // TT/TA
}