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Eric Coissac
e511650f5b
Introduces parallel processing for clustering, refines scoring mechanisms, and expands test coverage for the alignment functionality. This change introduces parallel processing capabilities within the clustering logic, updates the core similarity engine with new data structures and scoring methods, and implements a comprehensive test suite for the alignment tool. It also adds new command-line options for configuring alignment parameters and reference lengths.
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// Code generated from ecoPrimers libthermo/nnparams.c (nparam_InitParams); DO NOT EDIT.
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package obithermo
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// nnEntry is one explicit nearest-neighbor parameter: the 5'->3' dinucleotide of
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// the top strand, the 3'->5' dinucleotide facing it, enthalpy (cal/mol) and
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// entropy (cal/mol/K).
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type nnEntry struct {
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top, bottom string
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dH, dS float64
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}
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var nnEntries = [...]nnEntry{
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{"AA", "TT", -7600.0, -21.3}, // AA/TT
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{"AC", "TG", -8400.0, -22.4}, // AC/TG
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{"AG", "TC", -7800.0, -21.0}, // AG/TC
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{"AT", "TA", -7200.0, -20.4}, // AT/TA
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{"CA", "GT", -8500.0, -22.7}, // CA/GT
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{"CC", "GG", -8000.0, -19.9}, // CC/GG
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{"CG", "GC", -10600.0, -27.2}, // CG/GC
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{"CT", "GA", -7800.0, -21.0}, // CT/GA
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{"GA", "CT", -8200.0, -22.2}, // GA/CT
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{"GC", "CG", -9800.0, -24.4}, // GC/CG
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{"GG", "CC", -8000.0, -19.9}, // GG/CC
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{"GT", "CA", -8400.0, -22.4}, // GT/CA
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{"TA", "AT", -7200.0, -21.3}, // TA/AT
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{"TC", "AG", -8200.0, -22.2}, // TC/AG
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{"TG", "AC", -8500.0, -22.7}, // TG/AC
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{"TT", "AA", -7600.0, -21.3}, // TT/AA
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{"AA", "CT", 7600.0, 20.2}, // AA/CT
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{"AA", "TC", 2300.0, 4.6}, // AA/TC
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{"AC", "CG", -700.0, -3.8}, // AC/CG
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{"AC", "TA", 5300.0, 14.6}, // AC/TA
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{"AG", "CC", 600.0, -0.6}, // AG/CC
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{"AT", "CA", 5300.0, 14.6}, // AT/CA
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{"CA", "AT", 3400.0, 8.0}, // CA/AT
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{"CA", "GC", 1900.0, 3.7}, // CA/GC
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{"CC", "AG", 5200.0, 14.2}, // CC/AG
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{"CC", "GA", 600.0, -0.6}, // CC/GA
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{"CG", "AC", 1900.0, 3.7}, // CG/AC
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{"CT", "AA", 2300.0, 4.6}, // CT/AA
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{"GA", "CC", 5200.0, 14.2}, // GA/CC
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{"GC", "CA", -700.0, -3.8}, // GC/CA
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|
{"TA", "AC", 3400.0, 8.0}, // TA/AC
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{"TC", "AA", 7600.0, 20.2}, // TC/AA
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{"AC", "TT", 700.0, 0.2}, // AC/TT
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{"AT", "TC", -1200.0, -6.2}, // AT/TC
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{"CA", "TT", 1000.0, 0.7}, // CA/TT
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{"CC", "GT", -800.0, -4.5}, // CC/GT
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{"CC", "TG", 5200.0, 13.5}, // CC/TG
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{"CG", "TC", -1500.0, -6.1}, // CG/TC
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{"CT", "GC", -1500.0, -6.1}, // CT/GC
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{"CT", "TA", -1200.0, -6.2}, // CT/TA
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{"GC", "CT", 2300.0, 5.4}, // GC/CT
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{"GT", "CC", 5200.0, 13.5}, // GT/CC
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{"TA", "CT", 1200.0, 0.7}, // TA/CT
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{"TC", "CG", 2300.0, 5.4}, // TC/CG
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{"TC", "AT", 1200.0, 0.7}, // TC/AT
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{"TG", "CC", -800.0, -4.5}, // TG/CC
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{"TT", "CA", 700.0, 0.2}, // TT/CA
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{"TT", "AC", 1000.0, 0.7}, // TT/AC
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{"AA", "GT", 3000.0, 7.4}, // AA/GT
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{"AA", "TG", -600.0, -2.3}, // AA/TG
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{"AC", "GG", 500.0, 3.2}, // AC/GG
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{"AG", "GC", -4000.0, -13.2}, // AG/GC
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{"AG", "TA", -700.0, -2.3}, // AG/TA
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{"AT", "GA", -700.0, -2.3}, // AT/GA
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{"CA", "GG", -700.0, -2.3}, // CA/GG
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{"CG", "GA", -4000.0, -13.2}, // CG/GA
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{"GA", "AT", 700.0, 0.7}, // GA/AT
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{"GA", "CG", -600.0, -1.0}, // GA/CG
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{"GC", "AG", -600.0, -1.0}, // GC/AG
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{"GG", "AC", -700.0, -2.3}, // GG/AC
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{"GG", "CA", 500.0, 3.2}, // GG/CA
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|
{"GT", "AA", -600.0, -2.3}, // GT/AA
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|
{"TA", "AG", 700.0, 0.7}, // TA/AG
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{"TG", "AA", 3000.0, 7.4}, // TG/AA
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|
{"AG", "TT", 1000.0, 0.9}, // AG/TT
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{"AT", "TG", -2500.0, -8.3}, // AT/TG
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{"CG", "GT", -4100.0, -11.7}, // CG/GT
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{"CT", "GG", -2800.0, -8.0}, // CT/GG
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{"GA", "TT", -1300.0, -5.3}, // GA/TT
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{"GC", "TG", -4400.0, -12.3}, // GC/TG
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{"GG", "CT", 3300.0, 10.4}, // GG/CT
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{"GG", "TC", -2800.0, -8.0}, // GG/TC
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{"GT", "CG", -4400.0, -12.3}, // GT/CG
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|
{"GT", "TA", -2500.0, -8.3}, // GT/TA
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{"TA", "GT", -100.0, -1.7}, // TA/GT
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{"TC", "GG", 3300.0, 10.4}, // TC/GG
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{"TG", "AT", -100.0, -1.7}, // TG/AT
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{"TG", "GC", -4100.0, -11.7}, // TG/GC
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|
{"TT", "AG", -1300.0, -5.3}, // TT/AG
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{"TT", "GA", 1000.0, 0.9}, // TT/GA
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{"AA", "AT", 4700.0, 12.9}, // AA/AT
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{"AA", "TA", 1200.0, 1.7}, // AA/TA
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{"AC", "AG", -2900.0, -9.8}, // AC/AG
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{"AG", "AC", -900.0, -4.2}, // AG/AC
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{"AT", "AA", 1200.0, 1.7}, // AT/AA
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{"CA", "GA", -900.0, -4.2}, // CA/GA
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{"GA", "CA", -2900.0, -9.8}, // GA/CA
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{"TA", "AA", 4700.0, 12.9}, // TA/AA
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|
{"AC", "TC", 0.0, -4.4}, // AC/TC
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{"CA", "CT", 6100.0, 16.4}, // CA/CT
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{"CC", "CG", 3600.0, 8.9}, // CC/CG
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{"CC", "GC", -1500.0, -7.2}, // CC/GC
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{"CG", "CC", -1500.0, -7.2}, // CG/CC
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{"CT", "CA", 0.0, -4.4}, // CT/CA
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{"GC", "CC", 3600.0, 8.9}, // GC/CC
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{"TC", "AC", 6100.0, 16.4}, // TC/AC
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{"AG", "TG", -3100.0, -9.5}, // AG/TG
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{"CG", "GG", -4900.0, -15.3}, // CG/GG
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{"GA", "GT", 1600.0, 3.6}, // GA/GT
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{"GC", "GG", -6000.0, -15.8}, // GC/GG
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{"GG", "CG", -6000.0, -15.8}, // GG/CG
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{"GG", "GC", -4900.0, -15.3}, // GG/GC
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{"GT", "GA", -3100.0, -9.5}, // GT/GA
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{"TG", "AG", 1600.0, 3.6}, // TG/AG
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{"AT", "TT", -2700.0, -10.8}, // AT/TT
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{"CT", "GT", -5000.0, -15.8}, // CT/GT
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{"GT", "CT", -2200.0, -8.4}, // GT/CT
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{"TA", "TT", 200.0, -1.5}, // TA/TT
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{"TC", "TG", -2200.0, -8.4}, // TC/TG
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{"TG", "TC", -5000.0, -15.8}, // TG/TC
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{"TT", "AT", 200.0, -1.5}, // TT/AT
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{"TT", "TA", -2700.0, -10.8}, // TT/TA
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}
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