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761e0dbed3
Ajout d'un parseur GenBank basé sur rope pour réduire l'usage de mémoire (RSS) et les allocations heap. - Ajout de `gbRopeScanner` pour lire les lignes sans allocation heap - Implémentation de `GenbankChunkParserRope` qui utilise rope au lieu de `Pack()` - Modification de `_ParseGenbankFile` et `ReadGenbank` pour utiliser le nouveau parseur - Réduction du RSS attendue de 57 GB à ~128 MB × workers - Conservation de l'ancien parseur pour compatibilité et tests Réduction significative des allocations (~50M) et temps sys, avec un temps user comparable ou meilleur.
38 lines
333 B
Plaintext
38 lines
333 B
Plaintext
**/cpu.pprof
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**/cpu.trace
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**/test
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**/bin
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**/vendor
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**/*.fastq
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**/*.fasta
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**/*.fastq.gz
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**/*.fasta.gz
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**/.DS_Store
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**/*.gml
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**/*.log
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**/xxx*
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**/*.sav
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**/*.old
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**/*.tgz
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**/*.yaml
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**/*.csv
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**/*.pb.gz
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xx
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.rhistory
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/.vscode
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/build
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/bugs
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/ncbitaxo
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!/obitests/**
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!/sample/**
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LLM/**
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*_files
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entropy.html
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bug_id.txt
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obilowmask_ref
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test_*
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