Initial commit for this soft
git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPrimers/trunk@175 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d
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369
src/libapat/apat_parse.c
Normal file
369
src/libapat/apat_parse.c
Normal file
@ -0,0 +1,369 @@
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/* ==================================================== */
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/* Copyright (c) Atelier de BioInformatique */
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/* Mar. 92 */
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/* File: apat_parse.c */
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/* Purpose: Codage du pattern */
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/* History: */
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/* 00/07/94 : <Gloup> first version (stanford) */
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/* 00/11/94 : <Gloup> revised for DNA/PROTEIN */
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/* 30/12/94 : <Gloup> modified EncodePattern */
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/* for manber search */
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/* 14/05/99 : <Gloup> indels added */
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/* ==================================================== */
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#include <ctype.h>
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#include <stdlib.h>
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#include <stdio.h>
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#include <string.h>
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#include "Gtypes.h"
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#include "apat.h"
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/* -------------------- */
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/* default char */
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/* encodings */
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/* -------------------- */
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||||
static Int32 sDftCode[] = {
|
||||
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#include "CODES/dft_code.h"
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|
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};
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/* -------------------- */
|
||||
/* char encodings */
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||||
/* IUPAC */
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/* -------------------- */
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||||
|
||||
/* IUPAC Proteins */
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||||
static Int32 sProtCode[] = {
|
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|
||||
#include "CODES/prot_code.h"
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|
||||
};
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/* IUPAC Dna/Rna */
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static Int32 sDnaCode[] = {
|
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|
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#include "CODES/dna_code.h"
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|
||||
};
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/* -------------------------------------------- */
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/* internal replacement of gets */
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/* -------------------------------------------- */
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static char *sGets(char *buffer, int size) {
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char *ebuf;
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if (! fgets(buffer, size-1, stdin))
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return NULL;
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/* remove trailing line feed */
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ebuf = buffer + strlen(buffer);
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while (--ebuf >= buffer) {
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if ((*ebuf == '\n') || (*ebuf == '\r'))
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*ebuf = '\000';
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else
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break;
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}
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return buffer;
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}
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/* -------------------------------------------- */
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/* returns actual code associated to type */
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/* -------------------------------------------- */
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Int32 *GetCode(CodType ctype)
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{
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Int32 *code = sDftCode;
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switch (ctype) {
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||||
case dna : code = sDnaCode ; break;
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case protein : code = sProtCode ; break;
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default : code = sDftCode ; break;
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}
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return code;
|
||||
}
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/* -------------------------------------------- */
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#define BAD_IF(tst) if (tst) return 0
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int CheckPattern(Pattern *ppat)
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{
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int lev;
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char *pat;
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pat = ppat->cpat;
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BAD_IF (*pat == '#');
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for (lev = 0; *pat ; pat++)
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||||
switch (*pat) {
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||||
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||||
case '[' :
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||||
BAD_IF (lev);
|
||||
BAD_IF (*(pat+1) == ']');
|
||||
lev++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case ']' :
|
||||
lev--;
|
||||
BAD_IF (lev);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case '!' :
|
||||
BAD_IF (lev);
|
||||
BAD_IF (! *(pat+1));
|
||||
BAD_IF (*(pat+1) == ']');
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case '#' :
|
||||
BAD_IF (lev);
|
||||
BAD_IF (*(pat-1) == '[');
|
||||
break;
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||||
default :
|
||||
if (! isupper(*pat))
|
||||
return 0;
|
||||
break;
|
||||
}
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||||
|
||||
return (lev ? 0 : 1);
|
||||
}
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#undef BAD_IF
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||||
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||||
/* -------------------------------------------- */
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||||
static char *skipOblig(char *pat)
|
||||
{
|
||||
return (*(pat+1) == '#' ? pat+1 : pat);
|
||||
}
|
||||
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||||
/* -------------------------------------------- */
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||||
static char *splitPattern(char *pat)
|
||||
{
|
||||
switch (*pat) {
|
||||
|
||||
case '[' :
|
||||
for (; *pat; pat++)
|
||||
if (*pat == ']')
|
||||
return skipOblig(pat);
|
||||
return NULL;
|
||||
break;
|
||||
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||||
case '!' :
|
||||
return splitPattern(pat+1);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
return skipOblig(pat);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
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||||
static Int32 valPattern(char *pat, Int32 *code)
|
||||
{
|
||||
Int32 val;
|
||||
|
||||
switch (*pat) {
|
||||
|
||||
case '[' :
|
||||
return valPattern(pat+1, code);
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case '!' :
|
||||
val = valPattern(pat+1, code);
|
||||
return (~val & PATMASK);
|
||||
break;
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default :
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||||
val = 0x0;
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||||
while (isupper(*pat)) {
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||||
val |= code[*pat - 'A'];
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||||
pat++;
|
||||
}
|
||||
return val;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return 0x0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
static Int32 obliBitPattern(char *pat)
|
||||
{
|
||||
return (*(pat + strlen(pat) - 1) == '#' ? OBLIBIT : 0x0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
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||||
static int lenPattern(char *pat)
|
||||
{
|
||||
int lpat;
|
||||
|
||||
lpat = 0;
|
||||
|
||||
while (*pat) {
|
||||
|
||||
if (! (pat = splitPattern(pat)))
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
pat++;
|
||||
|
||||
lpat++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return lpat;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
/* Interface */
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
/* encode un pattern */
|
||||
/* -------------------------------------------- */
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int EncodePattern(Pattern *ppat, CodType ctype)
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{
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||||
int pos, lpat;
|
||||
Int32 *code;
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char *pp, *pa, c;
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||||
ppat->ok = Faux;
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||||
code = GetCode(ctype);
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||||
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||||
ppat->patlen = lpat = lenPattern(ppat->cpat);
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||||
if (lpat <= 0)
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
if (! (ppat->patcode = NEWN(Int32, lpat)))
|
||||
return 0;
|
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||||
pa = pp = ppat->cpat;
|
||||
|
||||
pos = 0;
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||||
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||||
while (*pa) {
|
||||
|
||||
pp = splitPattern(pa);
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||||
|
||||
c = *++pp;
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||||
|
||||
*pp = '\000';
|
||||
|
||||
ppat->patcode[pos++] = valPattern(pa, code) | obliBitPattern(pa);
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||||
|
||||
*pp = c;
|
||||
|
||||
pa = pp;
|
||||
}
|
||||
|
||||
ppat->ok = Vrai;
|
||||
|
||||
return lpat;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
/* remove blanks */
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
static char *RemBlanks(char *s)
|
||||
{
|
||||
char *sb, *sc;
|
||||
|
||||
for (sb = sc = s ; *sb ; sb++)
|
||||
if (! isspace(*sb))
|
||||
*sc++ = *sb;
|
||||
|
||||
return s;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
/* count non blanks */
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
static Int32 CountAlpha(char *s)
|
||||
{
|
||||
Int32 n;
|
||||
|
||||
for (n = 0 ; *s ; s++)
|
||||
if (! isspace(*s))
|
||||
n++;
|
||||
|
||||
return n;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
/* lit un pattern */
|
||||
/* <pattern> #mis */
|
||||
/* ligne starting with '/' are comments */
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
int ReadPattern(Pattern *ppat)
|
||||
{
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||||
int val;
|
||||
char *spac;
|
||||
char buffer[BUFSIZ];
|
||||
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||||
ppat->ok = Vrai;
|
||||
|
||||
if (! sGets(buffer, sizeof(buffer)))
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
if (*buffer == '/')
|
||||
return ReadPattern(ppat);
|
||||
|
||||
if (! CountAlpha(buffer))
|
||||
return ReadPattern(ppat);
|
||||
|
||||
for (spac = buffer ; *spac ; spac++)
|
||||
if ((*spac == ' ') || (*spac == '\t'))
|
||||
break;
|
||||
|
||||
ppat->ok = Faux;
|
||||
|
||||
if (! *spac)
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
if (sscanf(spac, "%d", &val) != 1)
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
ppat->hasIndel = (val < 0);
|
||||
|
||||
ppat->maxerr = ((val >= 0) ? val : -val);
|
||||
|
||||
*spac = '\000';
|
||||
|
||||
(void) RemBlanks(buffer);
|
||||
|
||||
if ((ppat->cpat = NEWN(char, strlen(buffer)+1)))
|
||||
strcpy(ppat->cpat, buffer);
|
||||
|
||||
ppat->ok = (ppat->cpat != NULL);
|
||||
|
||||
return (ppat->ok ? 1 : 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
/* ecrit un pattern - Debug - */
|
||||
/* -------------------------------------------- */
|
||||
void PrintDebugPattern(Pattern *ppat)
|
||||
{
|
||||
int i;
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||||
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||||
printf("Pattern : %s\n", ppat->cpat);
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||||
printf("Encoding : \n\t");
|
||||
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||||
for (i = 0 ; i < ppat->patlen ; i++) {
|
||||
printf("0x%8.8x ", ppat->patcode[i]);
|
||||
if (i%4 == 3)
|
||||
printf("\n\t");
|
||||
}
|
||||
printf("\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
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