mirror of
https://github.com/metabarcoding/obitools4.git
synced 2025-06-29 16:20:46 +00:00
Add the possibility to look for patterns allowing indels.
Former-commit-id: 0599c2b0ad16df086dbdb08e491503870d8904be
This commit is contained in:
@ -1,9 +1,9 @@
|
||||
package obialign
|
||||
|
||||
import (
|
||||
"git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/goutils"
|
||||
"git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/obiseq"
|
||||
)
|
||||
// import (
|
||||
// "git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/goutils"
|
||||
// "git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/obiseq"
|
||||
// )
|
||||
|
||||
const wsize = 16
|
||||
const dwsize = wsize * 2
|
||||
@ -58,182 +58,182 @@ var _empty = encodeValues(0, 0, false)
|
||||
var _out = encodeValues(0, 30000, true)
|
||||
var _notavail = encodeValues(0, 30000, false)
|
||||
|
||||
func FastLCSScore(seqA, seqB *obiseq.BioSequence, maxError int, buffer *[]uint64) (int, int) {
|
||||
// func FastLCSScore(seqA, seqB *obiseq.BioSequence, maxError int, buffer *[]uint64) (int, int) {
|
||||
|
||||
lA := seqA.Len()
|
||||
lB := seqB.Len()
|
||||
// lA := seqA.Len()
|
||||
// lB := seqB.Len()
|
||||
|
||||
// Ensure that A is the longest
|
||||
if lA < lB {
|
||||
seqA, seqB = seqB, seqA
|
||||
lA, lB = lB, lA
|
||||
}
|
||||
// // Ensure that A is the longest
|
||||
// if lA < lB {
|
||||
// seqA, seqB = seqB, seqA
|
||||
// lA, lB = lB, lA
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if maxError == -1 {
|
||||
maxError = lA * 2
|
||||
}
|
||||
// if maxError == -1 {
|
||||
// maxError = lA * 2
|
||||
// }
|
||||
|
||||
delta := lA - lB
|
||||
// delta := lA - lB
|
||||
|
||||
// The difference of length is larger the maximum allowed errors
|
||||
if delta > maxError {
|
||||
return -1, -1
|
||||
}
|
||||
// // The difference of length is larger the maximum allowed errors
|
||||
// if delta > maxError {
|
||||
// return -1, -1
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// Doit-on vraiment diviser par deux ??? pas certain
|
||||
extra := (maxError - delta) + 1
|
||||
// // Doit-on vraiment diviser par deux ??? pas certain
|
||||
// extra := (maxError - delta) + 1
|
||||
|
||||
even := 1 + delta + 2*extra
|
||||
width := 2*even - 1
|
||||
// even := 1 + delta + 2*extra
|
||||
// width := 2*even - 1
|
||||
|
||||
if buffer == nil {
|
||||
var local []uint64
|
||||
buffer = &local
|
||||
}
|
||||
// if buffer == nil {
|
||||
// var local []uint64
|
||||
// buffer = &local
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if cap(*buffer) < 2*width {
|
||||
*buffer = make([]uint64, 3*width)
|
||||
}
|
||||
// if cap(*buffer) < 2*width {
|
||||
// *buffer = make([]uint64, 3*width)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
previous := (*buffer)[0:width]
|
||||
current := (*buffer)[width:(2 * width)]
|
||||
// previous := (*buffer)[0:width]
|
||||
// current := (*buffer)[width:(2 * width)]
|
||||
|
||||
previous[extra] = _empty
|
||||
previous[extra+even] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
previous[extra+even-1] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
// previous[extra] = _empty
|
||||
// previous[extra+even] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
// previous[extra+even-1] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
|
||||
N := lB + ((delta) >> 1)
|
||||
// N := lB + ((delta) >> 1)
|
||||
|
||||
bA := seqA.Sequence()
|
||||
bB := seqB.Sequence()
|
||||
// bA := seqA.Sequence()
|
||||
// bB := seqB.Sequence()
|
||||
|
||||
// log.Println("N = ", N)
|
||||
// // log.Println("N = ", N)
|
||||
|
||||
for y := 1; y <= N; y++ {
|
||||
// in_matrix := false
|
||||
x1 := y - lB + extra
|
||||
x2 := extra - y
|
||||
xs := goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), 0)
|
||||
// for y := 1; y <= N; y++ {
|
||||
// // in_matrix := false
|
||||
// x1 := y - lB + extra
|
||||
// x2 := extra - y
|
||||
// xs := goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), 0)
|
||||
|
||||
x1 = y + extra
|
||||
x2 = lA + extra - y
|
||||
xf := goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), even-1) + 1
|
||||
// x1 = y + extra
|
||||
// x2 = lA + extra - y
|
||||
// xf := goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), even-1) + 1
|
||||
|
||||
for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
// for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
|
||||
i := y - x + extra
|
||||
j := y + x - extra
|
||||
// i := y - x + extra
|
||||
// j := y + x - extra
|
||||
|
||||
var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
// var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
|
||||
switch {
|
||||
// switch {
|
||||
|
||||
case i == 0:
|
||||
Sup = _notavail
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
case j == 0:
|
||||
Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = _notavail
|
||||
default:
|
||||
Sdiag = previous[x]
|
||||
// case i == 0:
|
||||
// Sup = _notavail
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
// case j == 0:
|
||||
// Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = _notavail
|
||||
// default:
|
||||
// Sdiag = previous[x]
|
||||
|
||||
if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
}
|
||||
// if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
// Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if x < (even - 1) {
|
||||
Sup = previous[x+even]
|
||||
} else {
|
||||
Sup = _out
|
||||
}
|
||||
if x > 0 {
|
||||
Sleft = previous[x+even-1]
|
||||
} else {
|
||||
Sleft = _out
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// if x < (even - 1) {
|
||||
// Sup = previous[x+even]
|
||||
// } else {
|
||||
// Sup = _out
|
||||
// }
|
||||
// if x > 0 {
|
||||
// Sleft = previous[x+even-1]
|
||||
// } else {
|
||||
// Sleft = _out
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
|
||||
var score uint64
|
||||
switch {
|
||||
case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
score = Sdiag
|
||||
case Sup >= Sleft:
|
||||
score = Sup
|
||||
default:
|
||||
score = Sleft
|
||||
}
|
||||
// var score uint64
|
||||
// switch {
|
||||
// case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
// score = Sdiag
|
||||
// case Sup >= Sleft:
|
||||
// score = Sup
|
||||
// default:
|
||||
// score = Sleft
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
score = _setout(score)
|
||||
}
|
||||
// if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
// score = _setout(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
current[x] = _incpath(score)
|
||||
}
|
||||
// . 9 10 + 2 - 1
|
||||
x1 = y - lB + extra + even
|
||||
x2 = extra - y + even - 1
|
||||
xs = goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), even)
|
||||
// current[x] = _incpath(score)
|
||||
// }
|
||||
// // . 9 10 + 2 - 1
|
||||
// x1 = y - lB + extra + even
|
||||
// x2 = extra - y + even - 1
|
||||
// xs = goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), even)
|
||||
|
||||
x1 = y + extra + even
|
||||
x2 = lA + extra - y + even - 1
|
||||
xf = goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), width-1) + 1
|
||||
// x1 = y + extra + even
|
||||
// x2 = lA + extra - y + even - 1
|
||||
// xf = goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), width-1) + 1
|
||||
|
||||
for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
// for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
|
||||
i := y - x + extra + even
|
||||
j := y + x - extra - even + 1
|
||||
// i := y - x + extra + even
|
||||
// j := y + x - extra - even + 1
|
||||
|
||||
var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
// var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
|
||||
switch {
|
||||
// switch {
|
||||
|
||||
case i == 0:
|
||||
Sup = _notavail
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
case j == 0:
|
||||
Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = _notavail
|
||||
default:
|
||||
Sdiag = previous[x]
|
||||
if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
}
|
||||
// case i == 0:
|
||||
// Sup = _notavail
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
// case j == 0:
|
||||
// Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = _notavail
|
||||
// default:
|
||||
// Sdiag = previous[x]
|
||||
// if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
// Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
Sleft = current[x-even]
|
||||
Sup = current[x-even+1]
|
||||
// Sleft = current[x-even]
|
||||
// Sup = current[x-even+1]
|
||||
|
||||
}
|
||||
// }
|
||||
|
||||
var score uint64
|
||||
switch {
|
||||
case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
score = Sdiag
|
||||
case Sup >= Sleft:
|
||||
score = Sup
|
||||
default:
|
||||
score = Sleft
|
||||
}
|
||||
// var score uint64
|
||||
// switch {
|
||||
// case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
// score = Sdiag
|
||||
// case Sup >= Sleft:
|
||||
// score = Sup
|
||||
// default:
|
||||
// score = Sleft
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
score = _setout(score)
|
||||
}
|
||||
// if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
// score = _setout(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
current[x] = _incpath(score)
|
||||
}
|
||||
// current[x] = _incpath(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
previous, current = current, previous
|
||||
// previous, current = current, previous
|
||||
|
||||
}
|
||||
// }
|
||||
|
||||
s, l, o := decodeValues(previous[(delta%2)*even+extra+(delta>>1)])
|
||||
// s, l, o := decodeValues(previous[(delta%2)*even+extra+(delta>>1)])
|
||||
|
||||
if o {
|
||||
return -1, -1
|
||||
}
|
||||
// if o {
|
||||
// return -1, -1
|
||||
// }
|
||||
|
||||
return s, l
|
||||
}
|
||||
// return s, l
|
||||
// }
|
||||
|
||||
319
pkg/obialign/fastlcsegf.go
Normal file
319
pkg/obialign/fastlcsegf.go
Normal file
@ -0,0 +1,319 @@
|
||||
package obialign
|
||||
|
||||
import (
|
||||
"git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/goutils"
|
||||
"git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/obiseq"
|
||||
log "github.com/sirupsen/logrus"
|
||||
)
|
||||
|
||||
var _iupac = [26]byte{
|
||||
// a b c d e f
|
||||
1, 14, 2, 13, 0, 0,
|
||||
// g h i j k l
|
||||
4, 11, 0, 0, 12, 0,
|
||||
// m n o p q r
|
||||
3, 15, 0, 0, 0, 5,
|
||||
// s t u v w x
|
||||
6, 8, 8, 13, 9, 0,
|
||||
// y z
|
||||
10, 0,
|
||||
}
|
||||
|
||||
func _samenuc(a, b byte) bool {
|
||||
if (a >= 'A') && (a <= 'Z') {
|
||||
a |= 32
|
||||
}
|
||||
if (b >= 'A') && (b <= 'Z') {
|
||||
b |= 32
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (a >= 'a') && (a <= 'z') && (b >= 'a') && (b <= 'z') {
|
||||
return (_iupac[a-'a'] & _iupac[b-'a']) > 0
|
||||
}
|
||||
return a == b
|
||||
}
|
||||
func FastLCSEGFScoreByte(bA, bB []byte, maxError int, endgapfree bool, buffer *[]uint64) (int, int) {
|
||||
|
||||
lA := len(bA)
|
||||
lB := len(bB)
|
||||
|
||||
// Ensure that A is the longest
|
||||
if lA < lB {
|
||||
bA, bB = bB, bA
|
||||
lA, lB = lB, lA
|
||||
}
|
||||
|
||||
if maxError == -1 {
|
||||
maxError = lA * 2
|
||||
}
|
||||
|
||||
delta := lA - lB
|
||||
|
||||
// The difference of length is larger the maximum allowed errors
|
||||
if delta > maxError {
|
||||
return -1, -1
|
||||
}
|
||||
|
||||
// // BEGINNING OF DEBUG CODE //
|
||||
// debug_scores := make([][]int, lB+1)
|
||||
// for i := range debug_scores {
|
||||
// debug_scores[i] = make([]int, lA+1)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// debug_path := make([][]int, lB+1)
|
||||
// for i := range debug_path {
|
||||
// debug_path[i] = make([]int, lA+1)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// debug_out := make([][]bool, lB+1)
|
||||
// for i := range debug_out {
|
||||
// debug_out[i] = make([]bool, lA+1)
|
||||
// }
|
||||
// // END OF DEBUG CODE //
|
||||
|
||||
// Doit-on vraiment diviser par deux ??? pas certain
|
||||
extra := (maxError - delta) + 1
|
||||
|
||||
even := 1 + delta + 2*extra
|
||||
width := 2*even - 1
|
||||
|
||||
if buffer == nil {
|
||||
var local []uint64
|
||||
buffer = &local
|
||||
}
|
||||
|
||||
if cap(*buffer) < 2*width {
|
||||
*buffer = make([]uint64, 3*width)
|
||||
}
|
||||
|
||||
previous := (*buffer)[0:width]
|
||||
current := (*buffer)[width:(2 * width)]
|
||||
|
||||
previous[extra] = _empty // Initialise cell 0,0
|
||||
if endgapfree { // Initialise cell 0,1
|
||||
previous[extra+even] = encodeValues(0, 0, false)
|
||||
} else {
|
||||
previous[extra+even] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
}
|
||||
previous[extra+even-1] = encodeValues(0, 1, false) // Initialise cell 1,0
|
||||
|
||||
N := lB + ((delta) >> 1)
|
||||
|
||||
log.Debugln("N = ", N, " delta = ", delta, " extra = ", extra, " maxError = ", maxError)
|
||||
|
||||
for y := 1; y <= N; y++ {
|
||||
// in_matrix := false
|
||||
x1 := y - lB + extra
|
||||
x2 := extra - y
|
||||
xs := goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), 0)
|
||||
|
||||
x1 = y + extra
|
||||
x2 = lA + extra - y
|
||||
xf := goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), even-1) + 1
|
||||
|
||||
for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
|
||||
// i span along B and j along A
|
||||
i := y - x + extra
|
||||
j := y + x - extra
|
||||
|
||||
// log.Debugln("Coord : ", i, j)
|
||||
var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
|
||||
switch {
|
||||
|
||||
case i == 0:
|
||||
Sup = _notavail
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
if endgapfree {
|
||||
Sleft = encodeValues(0, 0, false)
|
||||
} else {
|
||||
Sleft = encodeValues(0, j, false)
|
||||
}
|
||||
case j == 0:
|
||||
Sup = encodeValues(0, i, false)
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = _notavail
|
||||
default:
|
||||
Sdiag = _incpath(previous[x])
|
||||
if _samenuc(bA[j-1], bB[i-1]) {
|
||||
Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
}
|
||||
|
||||
if x < (even - 1) {
|
||||
Sup = _incpath(previous[x+even])
|
||||
} else {
|
||||
Sup = _out
|
||||
}
|
||||
if x > 0 {
|
||||
Sleft = previous[x+even-1]
|
||||
if (i > 0 && i < lB) || !endgapfree {
|
||||
Sleft = _incpath(Sleft)
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
Sleft = _out
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
var score uint64
|
||||
switch {
|
||||
case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
score = Sdiag
|
||||
case Sup >= Sleft:
|
||||
score = Sup
|
||||
default:
|
||||
score = Sleft
|
||||
}
|
||||
|
||||
// I supose the bug was here
|
||||
// if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
// score = _setout(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// // BEGINNING OF DEBUG CODE //
|
||||
// if i < 2 && j < 5 {
|
||||
// log.Debugf("[%d,%d]\n",i,j)
|
||||
// s, p, o := decodeValues(Sdiag)
|
||||
// log.Debugf("+Sdiag (%v) : %d, %d, %v\n",Sdiag,s,p,o)
|
||||
// s, p, o = decodeValues(Sup)
|
||||
// log.Debugf("+Sup (%v) : %d, %d, %v\n",Sup,s,p,o)
|
||||
// s, p, o = decodeValues(Sleft)
|
||||
// log.Debugf("+Sleft (%v) : %d, %d, %v\n",Sleft,s,p,o)
|
||||
// s, p, o = decodeValues(score)
|
||||
// log.Debugf("+score (%v) : %d, %d, %v\n",score,s,p,o)
|
||||
// log.Debugln("-------------------")
|
||||
// }
|
||||
// s, p, o := decodeValues(score)
|
||||
// debug_scores[i][j] = s
|
||||
// debug_path[i][j] = p
|
||||
// debug_out[i][j] = o
|
||||
// // END OF DEBUG CODE //
|
||||
|
||||
current[x] = score
|
||||
}
|
||||
// . 9 10 + 2 - 1
|
||||
x1 = y - lB + extra + even
|
||||
x2 = extra - y + even - 1
|
||||
xs = goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), even)
|
||||
|
||||
x1 = y + extra + even
|
||||
x2 = lA + extra - y + even - 1
|
||||
xf = goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), width-1) + 1
|
||||
|
||||
for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
|
||||
i := y - x + extra + even
|
||||
j := y + x - extra - even + 1
|
||||
|
||||
//log.Debugln("Coord : ", i, j)
|
||||
var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
|
||||
switch {
|
||||
|
||||
case i == 0:
|
||||
Sup = _notavail
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
if endgapfree {
|
||||
Sleft = encodeValues(0, 0, false)
|
||||
} else {
|
||||
Sleft = encodeValues(0, j, false)
|
||||
}
|
||||
case j == 0:
|
||||
Sup = encodeValues(0, i, false)
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = _notavail
|
||||
default:
|
||||
Sdiag = _incpath(previous[x])
|
||||
if _samenuc(bA[j-1], bB[i-1]) {
|
||||
Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
}
|
||||
|
||||
Sleft = current[x-even]
|
||||
if (i > 0 && i < lB) || !endgapfree {
|
||||
Sleft = _incpath(Sleft)
|
||||
}
|
||||
Sup = _incpath(current[x-even+1])
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
var score uint64
|
||||
switch {
|
||||
case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
score = Sdiag
|
||||
case Sup >= Sleft:
|
||||
score = Sup
|
||||
default:
|
||||
score = Sleft
|
||||
}
|
||||
|
||||
// I supose the bug was here
|
||||
// if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
// score = _setout(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// // BEGINNING OF DEBUG CODE //
|
||||
// if i < 2 && j < 5 {
|
||||
// log.Debugf("[%d,%d]\n",i,j)
|
||||
// s, p, o := decodeValues(Sdiag)
|
||||
// log.Debugf("-Sdiag (%v) : %d, %d, %v\n",Sdiag,s,p,o)
|
||||
// s, p, o = decodeValues(Sup)
|
||||
// log.Debugf("-Sup (%v) : %d, %d, %v\n",Sup,s,p,o)
|
||||
// s, p, o = decodeValues(Sleft)
|
||||
// log.Debugf("-Sleft (%v) : %d, %d, %v\n",Sleft,s,p,o)
|
||||
// s, p, o = decodeValues(score)
|
||||
// log.Debugf("-score (%v) : %d, %d, %v\n",score,s,p,o)
|
||||
// log.Debugln("-------------------")
|
||||
// }
|
||||
// s, p, o := decodeValues(score)
|
||||
// debug_scores[i][j] = s
|
||||
// debug_path[i][j] = p
|
||||
// debug_out[i][j] = o
|
||||
// // END OF DEBUG CODE //
|
||||
current[x] = score
|
||||
}
|
||||
|
||||
previous, current = current, previous
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
s, l, o := decodeValues(previous[(delta%2)*even+extra+(delta>>1)])
|
||||
|
||||
// // BEGINNING OF DEBUG CODE //
|
||||
// fmt.Printf("%2c\t", ' ')
|
||||
// for j := 0; j <= lA; j++ {
|
||||
// if j > 0 {
|
||||
// fmt.Printf("%11c\t", bA[j-1])
|
||||
// } else {
|
||||
// fmt.Printf("%11c\t", '-')
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
// fmt.Printf("\n")
|
||||
// for i := 0; i <= lB; i++ {
|
||||
// if i > 0 {
|
||||
// fmt.Printf("%2c\t", bB[i-1])
|
||||
// } else {
|
||||
// fmt.Printf("%2c\t", '-')
|
||||
// }
|
||||
|
||||
// for j := 0; j <= lA; j++ {
|
||||
// fmt.Printf("%2d:%2d:%v\t", debug_scores[i][j],
|
||||
// debug_path[i][j], debug_out[i][j])
|
||||
// }
|
||||
// fmt.Printf("\n")
|
||||
// }
|
||||
// // end OF DEBUG CODE //
|
||||
|
||||
if o {
|
||||
return -1, -1
|
||||
}
|
||||
|
||||
return s, l
|
||||
}
|
||||
|
||||
func FastLCSEGFScore(seqA, seqB *obiseq.BioSequence, maxError int, buffer *[]uint64) (int, int) {
|
||||
return FastLCSEGFScoreByte(seqA.Sequence(), seqB.Sequence(), maxError, true, buffer)
|
||||
}
|
||||
|
||||
func FastLCSScore(seqA, seqB *obiseq.BioSequence, maxError int, buffer *[]uint64) (int, int) {
|
||||
return FastLCSEGFScoreByte(seqA.Sequence(), seqB.Sequence(), maxError, false, buffer)
|
||||
}
|
||||
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