mirror of
https://github.com/metabarcoding/obitools4.git
synced 2025-06-29 16:20:46 +00:00
Add the possibility to look for patterns allowing indels.
Former-commit-id: 0599c2b0ad16df086dbdb08e491503870d8904be
This commit is contained in:
@ -1,9 +1,9 @@
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||||
package obialign
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import (
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||||
"git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/goutils"
|
||||
"git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/obiseq"
|
||||
)
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||||
// import (
|
||||
// "git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/goutils"
|
||||
// "git.metabarcoding.org/lecasofts/go/obitools/pkg/obiseq"
|
||||
// )
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||||
const wsize = 16
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const dwsize = wsize * 2
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||||
@ -58,182 +58,182 @@ var _empty = encodeValues(0, 0, false)
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var _out = encodeValues(0, 30000, true)
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var _notavail = encodeValues(0, 30000, false)
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||||
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||||
func FastLCSScore(seqA, seqB *obiseq.BioSequence, maxError int, buffer *[]uint64) (int, int) {
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||||
// func FastLCSScore(seqA, seqB *obiseq.BioSequence, maxError int, buffer *[]uint64) (int, int) {
|
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||||
lA := seqA.Len()
|
||||
lB := seqB.Len()
|
||||
// lA := seqA.Len()
|
||||
// lB := seqB.Len()
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||||
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||||
// Ensure that A is the longest
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||||
if lA < lB {
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||||
seqA, seqB = seqB, seqA
|
||||
lA, lB = lB, lA
|
||||
}
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||||
// // Ensure that A is the longest
|
||||
// if lA < lB {
|
||||
// seqA, seqB = seqB, seqA
|
||||
// lA, lB = lB, lA
|
||||
// }
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||||
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||||
if maxError == -1 {
|
||||
maxError = lA * 2
|
||||
}
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||||
// if maxError == -1 {
|
||||
// maxError = lA * 2
|
||||
// }
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||||
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delta := lA - lB
|
||||
// delta := lA - lB
|
||||
|
||||
// The difference of length is larger the maximum allowed errors
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||||
if delta > maxError {
|
||||
return -1, -1
|
||||
}
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||||
// // The difference of length is larger the maximum allowed errors
|
||||
// if delta > maxError {
|
||||
// return -1, -1
|
||||
// }
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||||
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||||
// Doit-on vraiment diviser par deux ??? pas certain
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||||
extra := (maxError - delta) + 1
|
||||
// // Doit-on vraiment diviser par deux ??? pas certain
|
||||
// extra := (maxError - delta) + 1
|
||||
|
||||
even := 1 + delta + 2*extra
|
||||
width := 2*even - 1
|
||||
// even := 1 + delta + 2*extra
|
||||
// width := 2*even - 1
|
||||
|
||||
if buffer == nil {
|
||||
var local []uint64
|
||||
buffer = &local
|
||||
}
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||||
// if buffer == nil {
|
||||
// var local []uint64
|
||||
// buffer = &local
|
||||
// }
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||||
|
||||
if cap(*buffer) < 2*width {
|
||||
*buffer = make([]uint64, 3*width)
|
||||
}
|
||||
// if cap(*buffer) < 2*width {
|
||||
// *buffer = make([]uint64, 3*width)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
previous := (*buffer)[0:width]
|
||||
current := (*buffer)[width:(2 * width)]
|
||||
// previous := (*buffer)[0:width]
|
||||
// current := (*buffer)[width:(2 * width)]
|
||||
|
||||
previous[extra] = _empty
|
||||
previous[extra+even] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
previous[extra+even-1] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
// previous[extra] = _empty
|
||||
// previous[extra+even] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
// previous[extra+even-1] = encodeValues(0, 1, false)
|
||||
|
||||
N := lB + ((delta) >> 1)
|
||||
// N := lB + ((delta) >> 1)
|
||||
|
||||
bA := seqA.Sequence()
|
||||
bB := seqB.Sequence()
|
||||
// bA := seqA.Sequence()
|
||||
// bB := seqB.Sequence()
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||||
|
||||
// log.Println("N = ", N)
|
||||
// // log.Println("N = ", N)
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||||
|
||||
for y := 1; y <= N; y++ {
|
||||
// in_matrix := false
|
||||
x1 := y - lB + extra
|
||||
x2 := extra - y
|
||||
xs := goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), 0)
|
||||
// for y := 1; y <= N; y++ {
|
||||
// // in_matrix := false
|
||||
// x1 := y - lB + extra
|
||||
// x2 := extra - y
|
||||
// xs := goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), 0)
|
||||
|
||||
x1 = y + extra
|
||||
x2 = lA + extra - y
|
||||
xf := goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), even-1) + 1
|
||||
// x1 = y + extra
|
||||
// x2 = lA + extra - y
|
||||
// xf := goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), even-1) + 1
|
||||
|
||||
for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
// for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
|
||||
i := y - x + extra
|
||||
j := y + x - extra
|
||||
// i := y - x + extra
|
||||
// j := y + x - extra
|
||||
|
||||
var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
// var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
|
||||
switch {
|
||||
// switch {
|
||||
|
||||
case i == 0:
|
||||
Sup = _notavail
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
case j == 0:
|
||||
Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = _notavail
|
||||
default:
|
||||
Sdiag = previous[x]
|
||||
// case i == 0:
|
||||
// Sup = _notavail
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
// case j == 0:
|
||||
// Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = _notavail
|
||||
// default:
|
||||
// Sdiag = previous[x]
|
||||
|
||||
if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
}
|
||||
// if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
// Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if x < (even - 1) {
|
||||
Sup = previous[x+even]
|
||||
} else {
|
||||
Sup = _out
|
||||
}
|
||||
if x > 0 {
|
||||
Sleft = previous[x+even-1]
|
||||
} else {
|
||||
Sleft = _out
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// if x < (even - 1) {
|
||||
// Sup = previous[x+even]
|
||||
// } else {
|
||||
// Sup = _out
|
||||
// }
|
||||
// if x > 0 {
|
||||
// Sleft = previous[x+even-1]
|
||||
// } else {
|
||||
// Sleft = _out
|
||||
// }
|
||||
// }
|
||||
|
||||
var score uint64
|
||||
switch {
|
||||
case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
score = Sdiag
|
||||
case Sup >= Sleft:
|
||||
score = Sup
|
||||
default:
|
||||
score = Sleft
|
||||
}
|
||||
// var score uint64
|
||||
// switch {
|
||||
// case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
// score = Sdiag
|
||||
// case Sup >= Sleft:
|
||||
// score = Sup
|
||||
// default:
|
||||
// score = Sleft
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
score = _setout(score)
|
||||
}
|
||||
// if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
// score = _setout(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
current[x] = _incpath(score)
|
||||
}
|
||||
// . 9 10 + 2 - 1
|
||||
x1 = y - lB + extra + even
|
||||
x2 = extra - y + even - 1
|
||||
xs = goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), even)
|
||||
// current[x] = _incpath(score)
|
||||
// }
|
||||
// // . 9 10 + 2 - 1
|
||||
// x1 = y - lB + extra + even
|
||||
// x2 = extra - y + even - 1
|
||||
// xs = goutils.MaxInt(goutils.MaxInt(x1, x2), even)
|
||||
|
||||
x1 = y + extra + even
|
||||
x2 = lA + extra - y + even - 1
|
||||
xf = goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), width-1) + 1
|
||||
// x1 = y + extra + even
|
||||
// x2 = lA + extra - y + even - 1
|
||||
// xf = goutils.MinInt(goutils.MinInt(x1, x2), width-1) + 1
|
||||
|
||||
for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
// for x := xs; x < xf; x++ {
|
||||
|
||||
i := y - x + extra + even
|
||||
j := y + x - extra - even + 1
|
||||
// i := y - x + extra + even
|
||||
// j := y + x - extra - even + 1
|
||||
|
||||
var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
// var Sdiag, Sleft, Sup uint64
|
||||
|
||||
switch {
|
||||
// switch {
|
||||
|
||||
case i == 0:
|
||||
Sup = _notavail
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
case j == 0:
|
||||
Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
Sdiag = _notavail
|
||||
Sleft = _notavail
|
||||
default:
|
||||
Sdiag = previous[x]
|
||||
if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
}
|
||||
// case i == 0:
|
||||
// Sup = _notavail
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = encodeValues(0, j-1, false)
|
||||
// case j == 0:
|
||||
// Sup = encodeValues(0, i-1, false)
|
||||
// Sdiag = _notavail
|
||||
// Sleft = _notavail
|
||||
// default:
|
||||
// Sdiag = previous[x]
|
||||
// if bA[j-1] == bB[i-1] {
|
||||
// Sdiag = _incscore(Sdiag)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
Sleft = current[x-even]
|
||||
Sup = current[x-even+1]
|
||||
// Sleft = current[x-even]
|
||||
// Sup = current[x-even+1]
|
||||
|
||||
}
|
||||
// }
|
||||
|
||||
var score uint64
|
||||
switch {
|
||||
case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
score = Sdiag
|
||||
case Sup >= Sleft:
|
||||
score = Sup
|
||||
default:
|
||||
score = Sleft
|
||||
}
|
||||
// var score uint64
|
||||
// switch {
|
||||
// case Sdiag >= Sup && Sdiag >= Sleft:
|
||||
// score = Sdiag
|
||||
// case Sup >= Sleft:
|
||||
// score = Sup
|
||||
// default:
|
||||
// score = Sleft
|
||||
// }
|
||||
|
||||
if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
score = _setout(score)
|
||||
}
|
||||
// if _isout(Sdiag) || _isout(Sup) || _isout(Sleft) {
|
||||
// score = _setout(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
current[x] = _incpath(score)
|
||||
}
|
||||
// current[x] = _incpath(score)
|
||||
// }
|
||||
|
||||
previous, current = current, previous
|
||||
// previous, current = current, previous
|
||||
|
||||
}
|
||||
// }
|
||||
|
||||
s, l, o := decodeValues(previous[(delta%2)*even+extra+(delta>>1)])
|
||||
// s, l, o := decodeValues(previous[(delta%2)*even+extra+(delta>>1)])
|
||||
|
||||
if o {
|
||||
return -1, -1
|
||||
}
|
||||
// if o {
|
||||
// return -1, -1
|
||||
// }
|
||||
|
||||
return s, l
|
||||
}
|
||||
// return s, l
|
||||
// }
|
||||
|
||||
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