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Cette mise à jour apporte plusieurs améliorations : - Ajout d'un script R dédié pour l'installation des packages (install_R_packages.R) - Refactorisation du Dockerfile pour une meilleure gestion des dépendances R et système - Amélioration du script start-jupyterhub.sh avec gestion dynamique de docker-compose et vérification des timestamps - Mise à jour de la documentation dans Readme.md pour refléter les nouvelles images Docker et les changements de structure - Ajout de 'reserve' dans .gitignore
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3.4 KiB
Docker
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Docker
# ---------- Stage 1 : builder pour csvlens ----------
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FROM jupyter/base-notebook:latest AS rust-builder
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USER root
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# Installer seulement les dépendances pour compiler csvlens
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RUN apt-get update && apt-get install -y \
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curl build-essential zlib1g-dev unzip \
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&& apt-get clean \
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&& rm -rf /var/lib/apt/lists/*
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# Installer Rust et compiler csvlens
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RUN curl https://sh.rustup.rs -sSf | bash -s -- -y
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RUN . $HOME/.cargo/env && cargo install csvlens
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# Install obitools4
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RUN TEMP=. curl -L https://raw.githubusercontent.com/metabarcoding/obitools4/master/install_obitools.sh \
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| bash -s -- --install-dir $HOME/obitools-build \
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&& cp $HOME/obitools-build/bin/* /usr/local/bin
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RUN ls -l /usr/local/bin
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# ---------- Stage 2 : image finale ----------
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FROM jupyter/base-notebook:latest
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USER root
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# Installer seulement les dépendances d'exécution (sans build-essential)
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RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
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# R et dépendances de base
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r-base \
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r-base-dev \
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libcurl4-openssl-dev \
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libssl-dev \
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libxml2-dev \
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libicu-dev \
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zlib1g-dev \
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# Polices et rendu graphique (indispensable pour ggplot2, ragg, etc.)
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libharfbuzz-dev \
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libfribidi-dev \
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libfontconfig1-dev \
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libfreetype6-dev \
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libpng-dev \
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libtiff5-dev \
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libjpeg-dev \
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pandoc \
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# Outils de compilation et gestion de versions
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libgit2-dev \
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cmake \
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# Utilitaires systèmes déjà présents dans votre Dockerfile
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curl \
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wget \
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git \
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vim \
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nano \
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less \
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gdebi-core \
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ripgrep \
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# Pour générer des PDF/rapports depuis R Markdown / Jupyter
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texlive-xetex \
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texlive-luatex \
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texlive-fonts-recommended \
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texlive-fonts-extra \
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texlive-latex-extra \
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texlive-plain-generic \
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lmodern \
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fonts-lmodern \
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librsvg2-bin \
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cm-super \
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# Ruby (si vous en avez besoin pour autre chose)
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ruby \
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ruby-dev \
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&& apt-get clean \
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&& rm -rf /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/*
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# Installer R et packages
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COPY install_R_packages.R /tmp/install_R_packages.R
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RUN Rscript /tmp/install_R_packages.R --no-save --no-restore && \
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rm -rf /tmp/Rtmp* /tmp/install_R_packages.R
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# Installer les autres outils
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RUN pip install --no-cache-dir bash_kernel csvkit && \
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python -m bash_kernel.install --sys-prefix
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RUN gem install youplot
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# Installation de Quarto (multi-arch)
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RUN ARCH=$(dpkg --print-architecture) && \
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QUARTO_VERSION="1.8.27" && \
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wget https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/releases/download/v${QUARTO_VERSION}/quarto-${QUARTO_VERSION}-linux-${ARCH}.deb && \
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gdebi --non-interactive quarto-${QUARTO_VERSION}-linux-${ARCH}.deb && \
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rm quarto-${QUARTO_VERSION}-linux-${ARCH}.deb
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# Set permissions for Jupyter user
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RUN mkdir -p /home/${NB_USER}/.local/share/jupyter && \
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chown -R ${NB_UID}:${NB_GID} /home/${NB_USER}
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# Copier uniquement le binaire csvlens du builder
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COPY --from=rust-builder /home/jovyan/.cargo/bin/csvlens /usr/local/bin/
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COPY --from=rust-builder /usr/local/bin/* /usr/local/bin/
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COPY start-notebook.sh /usr/local/bin/start-notebook.sh
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RUN chmod +x /usr/local/bin/start-notebook.sh
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# Switch back to Jupyter user
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USER ${NB_UID}:${NB_GID}
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WORKDIR /home/${NB_USER}/work
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ENV PATH="/home/${NB_USER}/work/course/bin:${PATH}"
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ENV R_LIBS_USER="/home/${NB_USER}/work/R_packages"
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ENV R_LIBS_SITE="/home/${NB_USER}/work/course/R_packages:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library"
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