docmd/theory/entropy.refs.md

<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
# Coverage: theory/entropy.md

## Code couvert

- `obikentropy/src/table.rs`, `obikentropy/src/tracker.rs` — formule d'entropie et tables de correction petits effectifs
- `obikentropy/src/kmer_entropy.rs` — entropie d'un kmer isolé (`KmerEntropy`)
- `obiskbuilder/src/rolling_stat.rs` — composition de `obikentropy::EntropyTracker` dans le suivi streaming (sélection de minimiseur + entropie)
- `obiskbuilder/src/iter.rs`, `obiskbuilder/src/stream_iter.rs` — application du filtre lors du scatter (phase 1)

## Notes

Le repli en classes d'équivalence circulaires + brin inverse (décrit dans une version antérieure de ce document) a été supprimé : voir la section « Why no equivalence classes » de `entropy.md` pour la justification théorique et numérique.

Vérifier que les paramètres `theta` et `level_max` dans le CLI
(`obikmer/src/cli.rs` → `CommonArgs`) correspondent bien à ce qui est décrit.
docs: add coverage reference files and flag architectural drift 2026-05-23 13:19:31 +02:00			`<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->`
			`# Coverage: theory/entropy.md`

			`## Code couvert`

refactor: remove equivalence class folding from entropy pipeline 2026-07-08 19:26:33 +02:00			- `obikentropy/src/table.rs`, `obikentropy/src/tracker.rs` — formule d'entropie et tables de correction petits effectifs
			- `obikentropy/src/kmer_entropy.rs` — entropie d'un kmer isolé (`KmerEntropy`)
			- `obiskbuilder/src/rolling_stat.rs` — composition de `obikentropy::EntropyTracker` dans le suivi streaming (sélection de minimiseur + entropie)
			- `obiskbuilder/src/iter.rs`, `obiskbuilder/src/stream_iter.rs` — application du filtre lors du scatter (phase 1)
docs: add coverage reference files and flag architectural drift 2026-05-23 13:19:31 +02:00
			`## Notes`

refactor: remove equivalence class folding from entropy pipeline 2026-07-08 19:26:33 +02:00			Le repli en classes d'équivalence circulaires + brin inverse (décrit dans une version antérieure de ce document) a été supprimé : voir la section « Why no equivalence classes » de `entropy.md` pour la justification théorique et numérique.

			Vérifier que les paramètres `theta` et `level_max` dans le CLI
docs: add coverage reference files and flag architectural drift 2026-05-23 13:19:31 +02:00			(`obikmer/src/cli.rs` → `CommonArgs`) correspondent bien à ce qui est décrit.