obikmer/TODO.md

## A finir dans le cadre de l'extension des index à une forme approximative

- Il faut avoir un chemin explicite pour construire en mode exact avec des méthodes qui ont ce mot exact à l'intérieur.
  - pub fn find_exact (src/obilayeredmap/src/mphf_layer.rs)
  - pub fn build_exact_evidence (src/obilayeredmap/src/layer.rs)

Comme elles existent actuellement pour le mode approx.

Ensuite, il faudra définir des méthodes génériques
- find()
- build_evidence()

qui utilise la bonne version suivant le mode de l'index de manière complètement transparente.
Avec ce système, tout le reste du code devrait être insensible au fait que l'on utilise un index exact ou approximatif.

Sauf qu'avec un index approximatif, les résultats seront approximatifs.


## commandes à ajouter

- aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.

- query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes
  --detail et --mismatch à implementer

- status : affiche le statut de l'index