23 lines
1.2 KiB
Markdown
23 lines
1.2 KiB
Markdown
|
<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
|
||
|
|
# Coverage: architecture/index_architecture.md
|
||
|
|
|
||
|
|
## Code couvert
|
||
|
|
|
||
|
|
- `obilayeredmap/src/layer.rs` — Layer<D>, trait LayerData, modes () / PersistentCompactIntMatrix / PersistentBitMatrix
|
||
|
|
- `obilayeredmap/src/mphf_layer.rs` — MphfLayer, EvidenceKind (Exact / Approx), LayerEvidence enum
|
||
|
|
- `obilayeredmap/src/map.rs` — LayeredMap<D>
|
||
|
|
- `obilayeredmap/src/meta.rs` — LayerMeta, PartitionMeta
|
||
|
|
- `obikindex/src/meta.rs` — IndexConfig (kmer_size, n_bits, with_counts, evidence, block_bits), IndexMeta
|
||
|
|
- `obikindex/src/index.rs` — KmerIndex, build_layers
|
||
|
|
- `obicompactvec/src/` — PersistentCompactIntMatrix, PersistentBitMatrix (DataStore implementations)
|
||
|
|
|
||
|
|
## Notes
|
||
|
|
|
||
|
|
FORT RISQUE DE DÉRIVE. Nombreux changements récents :
|
||
|
|
- Ajout de `EvidenceKind` (Exact / Approx { b, z }) dans `IndexConfig` et `LayerMeta`
|
||
|
|
- Ajout de `block_bits` dans `IndexConfig`
|
||
|
|
- `LayerEvidence` enum dans `mphf_layer.rs` remplace l'ancienne approche monolithique
|
||
|
|
- Distinction `open()` vs `open_sequential()` dans `UnitigFileReader`
|
||
|
|
- Commandes `reindex` et `estimate` ajoutées
|
||
|
|
Vérifier que la hiérarchie à 3 niveaux décrite est toujours exacte et que les nouveaux paramètres sont documentés.
|