feat: Implement query subcommand for sequence-to-genome mapping

This change introduces the `query` CLI command and its supporting infrastructure for sequence-to-genome mapping and k-mer matching. It adds a `QueryLayer` abstraction backed by MPHF and persistent matrices, exposes the index partition for direct querying, and implements `Hash`/`Eq` for `RoutableSuperKmer`. The command ingests sequence batches, deduplicates superkmers, routes them to index partitions for parallel exact or 1-mismatch matching, and outputs results as FASTA records annotated with JSON metadata. Includes `serde_json` dependency addition, module exports, and documentation updates.

TODO.md

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-## Chose à vérifier suite à la commande index
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-- il faudrait lister les fichier qui vont être indexés
-- partition.meta ne devrait plus exister
-- les spectrums globaux devrait etre identifier par génome
-  - regrouper dans un sous-dossier spectrums à la racine de l'index avec un nom basé sur le génome
-- les spectrum patiels ont-ils vocation à être conserver ?
-- l'étape de déreplication dure quasiment autant de temps que le comptage mais ne laisse aucune trace de progression à l'utilisateur
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 ## commandes à ajouter
 
-- filter : produit un nouvel index filtré à partir d'un index existant en verifiant que les kmer présents dans le nouvel index respectent les critères de filtrage spécifiés
-  - quorum de presence en fraction-(min/max) du nombre de génomes, en nombre-(min/max) de génomes, si mode count la présence peut être défini par un seuil personnalisé minimum et maximum
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 - aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.
 
 - query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes
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-- distance : calcule la matrice de distance entre les genomes
-  - proposer une option pour chaque distance à calculer
-  - un possibité de récuperer la matrice des kmer communs
-  - un possibité de calculer l'arbre nj 
-  - les matrices sont sauvegardées en CSV
-  - les arbres NJ sont sauvegardés en Newick avec les longeurs de branche
+  --detail et --mismatch à implementer
 
 - status : affiche le statut de l'index