refactor: extract obikindex crate and remove deprecated CLI commands

Extracted core indexing logic, state tracking, and metadata management into a new `obikindex` crate. Refactored the `index` and `unitig` commands to leverage the `KmerIndex` abstraction and state-driven pipeline transitions. Removed obsolete CLI subcommands (`count`, `fasta`, `longtig`, `partition`) and their associated pipeline steps. Updated FASTA writing utilities for single-line output and deterministic identifiers, and refreshed workspace dependencies.

TODO.md

@@ -1,4 +1,28 @@
-## Dans OBILayeredMap
+## Chose à vérifier suite à la commande index
 
-- Est-ce que CachelineEfVec est vraiment justifier dans notre cas. vu les contraintes sur la distribution des valeurs imposées par CachelineEfVec en terme d'ordre, de grandeur et de dispersion ?
-- Il semble que le count de kmer soit stocké, ce qui doit-être une possibilité pas une obligation.
+- partition.meta ne devrait plus exister
+- les spectrums globaux devrait etre identifier par génome
+  - regrouper dans un sous-dossier spectrums à la racine de l'index avec un nom basé sur le génome
+- les spectrum patiels ont-ils vocation à être conserver ?
+- l'étape de déreplication dure quasiment autant de temps que le comptage mais ne laisse aucune trace de progression à l'utilisateur
+
+## commandes à ajouter
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+- merge : pour construire un index à partir d'index existants
+  - deux modes : count et presence/absence. count exige que tous les index mergés soient déjà en mode count. mode presence/absence par defaut. Si passage de mode count à mode presence/absence, par defaut presence = count >= 1. Possibilité de spécifier un seuil personnalisé.
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+- filter : produit un nouvel index filtré à partir d'un index existant en verifiant que les kmer présents dans le nouvel index respectent les critères de filtrage spécifiés
+  - quorum de presence en fraction-(min/max) du nombre de génomes, en nombre-(min/max) de génomes, si mode count la présence peut être défini par un seuil personnalisé minimum et maximum
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+- aggregate : aggrege toutes les colonnes d'une matrice d'index en une seule colonne.
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+- query : scan un fichier de sequences et retourne pour chaque sequence quels kmer sont présents dans l'index et dans quel genomes
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+- distance : calcule la matrice de distance entre les genomes
+  - proposer une option pour chaque distance à calculer
+  - un possibité de récuperer la matrice des kmer communs
+  - un possibité de calculer l'arbre nj 
+  - les matrices sont sauvegardées en CSV
+  - les arbres NJ sont sauvegardés en Newick avec les longeurs de branche
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+- dump : une table csv de l'index avec les kmer et les genomes associés en mode count ou presence/absence avec une option pour forcer le mode presence/absence meme si l'index est en mode count. Par defaut, le mode count est utilisé pour les index en mode count et le mode presence/absence pour les index en mode presence/absence.