large refactoring

DevDocMD/architecture/sequences/invariant.md

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Manipulated sequences
+
+- We consider sequences only as compact form of a set of overlaping kmers
+- The largest kmers we considere are 31-mer
+- We only consider odd k
+
+- all sequences match /^[acgtACGT]+/
+- maximum length 256 nucleotides
+- minimum length k

DevDocMD/architecture/sequences/invariant.refs.md

@@ -0,0 +1,12 @@
+<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
+# Coverage: architecture/sequences/invariant.md
+
+## Code couvert
+
+- `obikseq/src/sequence.rs` — invariants de représentation des séquences (ACGT, longueur max)
+- `obikseq/src/unitig.rs` — type Unitig, contrainte MAX_KMERS_PER_CHUNK (255 kmers par chunk)
+
+## Notes
+
+Document court et stable. Vérifier que la limite de 256 nucléotides (ou 255 kmers) par chunk
+est toujours la même dans `obiskio::MAX_KMERS_PER_CHUNK`.