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Eric Coissac
2026-08-17 09:28:53 +02:00
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commit 7bac0f3850
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<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
# Coverage: implementation/pipeline.md
## Code couvert
- `obikpartitionner/src/partition.rs` — estimation des paramètres (phase 0)
- `obiskbuilder/src/iter.rs` — scatter : filtre entropie, extraction superkmers, routage partition (phase 1)
- `obikpartitionner/src/filter.rs` — déduplication bucket-sort (phase 2)
- `obikpartitionner/src/kmer_sort.rs` — tri externe + agrégation de comptages (phase 3)
- `obidebruinj/src/debruijn.rs` — graphe De Bruijn, extraction des unitigs (phase 5)
- `obikpartitionner/src/index_layer.rs` — construction MPHF + évidence (phase 6), paramètre `block_bits`
- `obikindex/src/index.rs``build_layers()`, `dereplicate_and_count()`
## Notes
RISQUE DE DÉRIVE modéré. Vérifier :
- Phase 6 : la doc mentionne-t-elle le filtre d'abondance (`min_ab`, `max_ab`) ?
- Phase 6 : `block_bits` passé à `build_index_layer` depuis `IndexConfig`
- Phase 6 : dispatch exact/approx selon `EvidenceKind` dans `build_index_layer`