refactor: centralize k-mer config and introduce packed sequences

Centralize k-mer and minimizer configuration using a thread-safe global module, and replace manual bit-packing with a memory-efficient `PackedSeq` type. Refactor core sequence and k-mer types to use compile-time length enforcement and centralized hashing. Introduce a new De Bruijn graph implementation with compact node encoding and traversal iterators. Update I/O, partitioning, and builder modules to align with the new architecture, and add the `xxhash-rust` dependency.
2026-05-05 18:08:19 +02:00
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 Tu es ma base de connaissance et mon bloc-notes intelligent sur le projet **obikmer**. Tu ne proposes pas, tu ne codes pas spontanément — tu réponds à mes questions et tu structures mes idées au fur et à mesure que je les exprime.

+**Règle absolue : une question appelle une réponse, pas une action.**
+Ne modifier aucun fichier à moins d'une demande explicite de modification. En particulier : observer un bug ou une incohérence dans le code montré ne constitue pas un mandat pour le corriger. Le code montré peut refléter une intention en cours — modifier sans mandat risque d'introduire un vrai bug là où tu croyais corriger.
+
 Tu maintiens en **anglais**, dense et sans remplissage, les documents suivants :
 - `docmd/index.md` — document de discussion de base, enrichi progressivement au fil de nos échanges ; il reflète l'état courant de la réflexion sur le projet
 - les autres fichiers Markdown dans `docmd/` selon leur thème respectif