Add cache-optimized batch retrieval and sub-matrix methods

Introduces batch retrieval and sub-matrix extraction methods across vector, view, reader, and matrix types. These implementations optimize cache locality by sorting requested indices for sequential memory access before applying an inverse permutation to restore original order. Includes allocation-free variants that populate caller-provided buffers. Updates architecture documentation to define sibling annex persistence in iteration order and clarify pipeline separation.

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@@ -30,3 +30,29 @@ L'API du `Layer<D>` expose maintenant quatre itérateurs sur les kmers du layer
 - `enumerate_kmers_batch(&self, n: usize) -> Enumerate<KmerBatchIter<'_>>` — variante indexée retournant `(usize, Vec<CanonicalKmer>)`, où l'index correspond au premier kmer du batch. Construit par composition sur `iter_kmers_batch()`.
 
 L'itération est implémentée via des structs `KmerIter` et `KmerBatchIter` qui encapsulent l'itérateur interne de `UnitigFileReader::iter_indexed_canonical_kmers()`. Les structs sont publics et peuvent être stockés, transmis ou combinés avec d'autres adaptateurs d'itérateur.
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+## Performance — itérateurs de batch
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+Les itérateurs `iter_kmers_batch` et `enumerate_kmers_batch` allouent un nouveau `Vec` à chaque batch. Pour des tailles de batch importantes ou des chemins critiques, cela peut générer une pression malloc significative.
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+**À concevoir** : un système de pool de vecteurs avec réallocation automatique dès qu'un buffer n'est plus référencé, pour réutiliser les allocations entre batches et réduire le nombre d'appels système. Ce pool pourrait être intégré à `KmerBatchIter` ou proposé comme un adaptateur d'itérateur générique.
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+## Accès aux matrices de présence/comptage
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+Les types de vecteurs persistants exposent maintenant des méthodes de lookup batch optimisées pour l'accès séquentiel au mmap :
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+- `PersistentCompactIntVec::get_batch(slots) -> Vec<u32>` et `fill_batch(slots, out)`
+- `PersistentBitVec::get_batch(slots) -> Vec<bool>` et `fill_batch(slots, out)`
+- `IntSliceView::get_batch(slots) -> Vec<u32>` et `fill_batch(slots, out)`
+- `BitSliceView::get_batch(slots) -> Vec<bool>` et `fill_batch(slots, out)`
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+Toutes ces méthodes trient les slots en interne pour un accès mmap séquentiel, puis réordonnent les résultats selon l'ordre d'origine. `fill_batch` évite l'allocation en remplissant un buffer fourni par le caller.
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+Les matrices persistantes exposent `sub_matrix(slots) -> Vec<Vec<T>>` et `fill_sub_matrix(slots, out)` :
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+- `PersistentCompactIntMatrix::sub_matrix(slots)` — retourne `Vec<Vec<u32>>` column-first
+- `PersistentCompactIntMatrix::fill_sub_matrix(slots, out: &mut [Vec<u32>])` — remplit des buffers fournis, réutilise les allocations existantes
+- `PersistentBitMatrix::sub_matrix(slots)` — retourne `Vec<Vec<bool>>` column-first
+- `PersistentBitMatrix::fill_sub_matrix(slots, out: &mut [Vec<bool>])` — remplit des buffers fournis, réutilise les allocations existantes
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+Le scan est colonne-first pour respecter la layout mémoire. `fill_sub_matrix` trie les slots une seule fois, puis appelle `fill_batch_sorted` sur chaque colonne pour éviter le tri redondant. Ces méthodes sont également disponibles sur `Layer<PersistentCompactIntMatrix>` et `Layer<PersistentBitMatrix>`.