docs: add coverage reference files and flag architectural drift

These files catalog test coverage for Rust modules across architecture, implementation, and theory sections. They track recent structural changes, flag areas prone to documentation drift, and mandate verification of key parameters and routing logic to maintain alignment with the active codebase.

docmd/architecture/index_architecture.refs.md

@@ -0,0 +1,22 @@
+<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
+# Coverage: architecture/index_architecture.md
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+## Code couvert
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+- `obilayeredmap/src/layer.rs` — Layer<D>, trait LayerData, modes () / PersistentCompactIntMatrix / PersistentBitMatrix
+- `obilayeredmap/src/mphf_layer.rs` — MphfLayer, EvidenceKind (Exact / Approx), LayerEvidence enum
+- `obilayeredmap/src/map.rs` — LayeredMap<D>
+- `obilayeredmap/src/meta.rs` — LayerMeta, PartitionMeta
+- `obikindex/src/meta.rs` — IndexConfig (kmer_size, n_bits, with_counts, evidence, block_bits), IndexMeta
+- `obikindex/src/index.rs` — KmerIndex, build_layers
+- `obicompactvec/src/` — PersistentCompactIntMatrix, PersistentBitMatrix (DataStore implementations)
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+## Notes
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+FORT RISQUE DE DÉRIVE. Nombreux changements récents :
+- Ajout de `EvidenceKind` (Exact / Approx { b, z }) dans `IndexConfig` et `LayerMeta`
+- Ajout de `block_bits` dans `IndexConfig`
+- `LayerEvidence` enum dans `mphf_layer.rs` remplace l'ancienne approche monolithique
+- Distinction `open()` vs `open_sequential()` dans `UnitigFileReader`
+- Commandes `reindex` et `estimate` ajoutées
+Vérifier que la hiérarchie à 3 niveaux décrite est toujours exacte et que les nouveaux paramètres sont documentés.