docs: add coverage reference files and flag architectural drift

These files catalog test coverage for Rust modules across architecture, implementation, and theory sections. They track recent structural changes, flag areas prone to documentation drift, and mandate verification of key parameters and routing logic to maintain alignment with the active codebase.

docmd/implementation/storage.refs.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
+# Coverage: implementation/storage.md
+
+## Code couvert
+
+- `obikindex/src/meta.rs` — IndexMeta, IndexConfig (version, config, genomes)
+- `obikindex/src/index.rs` — layout sur disque : partitions/, index.meta
+- `obilayeredmap/src/meta.rs` — LayerMeta (evidence kind), PartitionMeta (n_layers)
+- `obiskio/src/unitig_index.rs` — fichiers unitigs.bin + unitigs.bin.idx
+
+## Notes
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+FORT RISQUE DE DÉRIVE. Nombreux champs ajoutés :
+- `IndexConfig` : champs `evidence` (EvidenceKind) et `block_bits` ajoutés
+- Nouveau fichier `fingerprint.bin` pour l'évidence approximative
+- `LayerMeta` / `layer_meta.json` introduit pour stocker EvidenceKind par layer
+- Structure du répertoire layer : `evidence.bin` vs `fingerprint.bin` selon le mode
+Mettre à jour le schéma de layout sur disque en conséquence.