docs: add coverage reference files and flag architectural drift

These files catalog test coverage for Rust modules across architecture, implementation, and theory sections. They track recent structural changes, flag areas prone to documentation drift, and mandate verification of key parameters and routing logic to maintain alignment with the active codebase.
2026-05-23 13:19:31 +02:00
parent b2a52bfb37
commit b7db3a33ed
22 changed files with 335 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,18 @@
+<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
+# Coverage: implementation/unitig_evidence.md
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+## Code couvert
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+- `obiskio/src/unitig_index.rs` — format unitigs.bin + unitigs.bin.idx, UnitigFileWriter, UnitigFileReader, build_unitig_idx(), DEFAULT_BLOCK_BITS=0, chemin chaud block_bits=0 dans chunk_start()
+- `obilayeredmap/src/evidence.rs` — encodage Evidence (chunk_id 25 bits | rank 7 bits), EvidenceWriter
+- `obidebruinj/src/debruijn.rs` — extraction unitigs, chunking à MAX_KMERS_PER_CHUNK
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+## Notes
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+FORT RISQUE DE DÉRIVE. Changements récents :
+- `DEFAULT_BLOCK_BITS` est passé de 6 à 0 (accès O(1) par défaut)
+- `block_bits` est maintenant un paramètre runtime de `build_unitig_idx()` et `UnitigFileWriter`
+- `chunk_start()` a un chemin chaud explicite pour block_bits=0 (accès tableau direct, 0 scan)
+- `open()` vs `open_sequential()` : distinction nouvelle, importante pour la compréhension du coût
+- `iter_unitigs()` ajouté comme alias public de `iter_chunks_sequential()`
+Mettre à jour la description du format .idx et le modèle de coût d'accès aléatoire.