docs: add coverage reference files and flag architectural drift

These files catalog test coverage for Rust modules across architecture, implementation, and theory sections. They track recent structural changes, flag areas prone to documentation drift, and mandate verification of key parameters and routing logic to maintain alignment with the active codebase.

docmd/theory/indexing.refs.md

@@ -0,0 +1,12 @@
+<!-- coverage sidecar — ne pas ajouter au nav mkdocs -->
+# Coverage: theory/indexing.md
+
+## Code couvert
+
+- `obikpartitionner/src/partition.rs` — routage par hash de minimiseur, choix des paramètres
+- `obikpartitionner/src/lib.rs` — structure KmerPartition, nombre de partitions
+
+## Notes
+
+Vérifier que la doc mentionne bien que le nombre de partitions est une puissance de 2
+(converti par `partitions_to_bits` dans `obikmer/src/cli.rs`).