obikmer/DevDocMD/architecture/index_architecture.refs.md

Coverage: architecture/index_architecture.md

Code couvert

• obilayeredmap/src/layer.rs — Layer, trait LayerData, modes () / PersistentCompactIntMatrix / PersistentBitMatrix
• obilayeredmap/src/mphf_layer.rs — MphfLayer, EvidenceKind (Exact / Approx), LayerEvidence enum
• obilayeredmap/src/map.rs — LayeredMap
• obilayeredmap/src/meta.rs — LayerMeta, PartitionMeta
• obikindex/src/meta.rs — IndexConfig (kmer_size, n_bits, with_counts, evidence, block_bits), IndexMeta
• obikindex/src/index.rs — KmerIndex, build_layers
• obicompactvec/src/ — PersistentCompactIntMatrix, PersistentBitMatrix (DataStore implementations)

Notes

FORT RISQUE DE DÉRIVE. Nombreux changements récents :

• Ajout de EvidenceKind (Exact / Approx { b, z }) dans IndexConfig et LayerMeta
• Ajout de block_bits dans IndexConfig
• LayerEvidence enum dans mphf_layer.rs remplace l'ancienne approche monolithique
• Distinction open() vs open_sequential() dans UnitigFileReader
• Commandes reindex et estimate ajoutées Vérifier que la hiérarchie à 3 niveaux décrite est toujours exacte et que les nouveaux paramètres sont documentés.