obikmer/DevDocMD/theory/entropy.refs.md

Coverage: theory/entropy.md

Code couvert

• obikentropy/src/table.rs, obikentropy/src/tracker.rs — formule d'entropie et tables de correction petits effectifs
• obikentropy/src/kmer_entropy.rs — entropie d'un kmer isolé (KmerEntropy)
• obiskbuilder/src/rolling_stat.rs — composition de obikentropy::EntropyTracker dans le suivi streaming (sélection de minimiseur + entropie)
• obiskbuilder/src/iter.rs, obiskbuilder/src/stream_iter.rs — application du filtre lors du scatter (phase 1)

Notes

Le repli en classes d'équivalence circulaires + brin inverse (décrit dans une version antérieure de ce document) a été supprimé : voir la section « Why no equivalence classes » de entropy.md pour la justification théorique et numérique.

Vérifier que les paramètres theta et level_max dans le CLI (obikmer/src/cli.rs → CommonArgs) correspondent bien à ce qui est décrit.