Eric Coissac
5c1584967f
The command now supports reopening existing indexes instead of failing when the output file exists. Control flow branches between opening an existing index and constructing a new one, moving configuration setup exclusively to the creation path. Directory existence is enforced upfront with proper I/O error propagation. The --force flag retains its original semantics by removing the target directory before proceeding with a fresh build.
1.4 KiB
1.4 KiB
Coverage: implementation/evidence_elimination.md
Code couvert
obikindex/src/layer/fingerprint.rs— FingerprintVec, FingerprintVecWriter, stockage b bits/slot, matches()obikindex/src/layer/mphf_layer.rs— build_approx_evidence(dir, b, z), find_approx()obikindex/src/layer/meta.rs— EvidenceKind::Approx { b, z }, LayerMetaobikindex/src/reindex.rs— KmerIndex::reindex(), conversion exact↔approx en placeobikmer/src/cmd/reindex.rs— CLI reindex, options --approx, -z, --evidence-bits, --fp, --block-sizeobikmer/src/cmd/index.rs— resolve_approx_params(), options --approx, -z, --evidence-bits, --fpobikmer/src/cmd/estimate.rs— commande estimate (dry-run des paramètres)
Notes
Ce document était à l'origine une discussion de design (4 approches). L'implémentation a maintenant convergé vers l'approche fingerprint (Findere-style). FORT RISQUE DE DÉRIVE — le contenu est probablement un mélange de design et d'implémentation :
- Le modèle FP = 1/2^(b·z) et les règles de résolution (2-of-3 parmi b, z, fp) sont implémentés
- La commande
reindexpermet la conversion a posteriori exact↔approx - La commande
estimatefait le dry-run des paramètres Cette page doit être réécrite pour documenter l'implémentation Findere réelle plutôt que les alternatives abandonnées.