docs: translate comments to English

This commit translates all French comments in the kmer filtering and set management code to English, improving code readability and maintainability for international collaborators.

pkg/obikmer/kmer_set.go

@@ -7,16 +7,16 @@ import (
 	"github.com/RoaringBitmap/roaring/roaring64"
 )
 
-// KmerSet encapsule un ensemble de k-mers stockés dans un Roaring Bitmap
-// Fournit des méthodes utilitaires pour manipuler des ensembles de k-mers
+// KmerSet wraps a set of k-mers stored in a Roaring Bitmap
+// Provides utility methods for manipulating k-mer sets
 type KmerSet struct {
-	id       string                 // Identifiant unique du KmerSet
-	k        int                    // Taille des k-mers (immutable)
-	bitmap   *roaring64.Bitmap      // Bitmap contenant les k-mers
-	Metadata map[string]interface{} // Métadonnées utilisateur (clé=valeur atomique)
+	id       string                 // Unique identifier of the KmerSet
+	k        int                    // Size of k-mers (immutable)
+	bitmap   *roaring64.Bitmap      // Bitmap containing the k-mers
+	Metadata map[string]interface{} // User metadata (key=atomic value)
 }
 
-// NewKmerSet crée un nouveau KmerSet vide
+// NewKmerSet creates a new empty KmerSet
 func NewKmerSet(k int) *KmerSet {
 	return &KmerSet{
 		k:        k,
@@ -25,7 +25,7 @@ func NewKmerSet(k int) *KmerSet {
 	}
 }
 
-// NewKmerSetFromBitmap crée un KmerSet à partir d'un bitmap existant
+// NewKmerSetFromBitmap creates a KmerSet from an existing bitmap
 func NewKmerSetFromBitmap(k int, bitmap *roaring64.Bitmap) *KmerSet {
 	return &KmerSet{
 		k:        k,
@@ -34,40 +34,40 @@ func NewKmerSetFromBitmap(k int, bitmap *roaring64.Bitmap) *KmerSet {
 	}
 }
 
-// K retourne la taille des k-mers (immutable)
+// K returns the size of k-mers (immutable)
 func (ks *KmerSet) K() int {
 	return ks.k
 }
 
-// AddKmerCode ajoute un k-mer encodé à l'ensemble
+// AddKmerCode adds an encoded k-mer to the set
 func (ks *KmerSet) AddKmerCode(kmer uint64) {
 	ks.bitmap.Add(kmer)
 }
 
-// AddCanonicalKmerCode ajoute un k-mer encodé canonique à l'ensemble
+// AddCanonicalKmerCode adds an encoded canonical k-mer to the set
 func (ks *KmerSet) AddCanonicalKmerCode(kmer uint64) {
 	canonical := CanonicalKmer(kmer, ks.k)
 	ks.bitmap.Add(canonical)
 }
 
-// AddKmer ajoute un k-mer à l'ensemble en encodant la séquence
-// La séquence doit avoir exactement k nucléotides
-// Zero-allocation: encode directement sans créer de slice intermédiaire
+// AddKmer adds a k-mer to the set by encoding the sequence
+// The sequence must have exactly k nucleotides
+// Zero-allocation: encodes directly without creating an intermediate slice
 func (ks *KmerSet) AddKmer(seq []byte) {
 	kmer := EncodeKmer(seq, ks.k)
 	ks.bitmap.Add(kmer)
 }
 
-// AddCanonicalKmer ajoute un k-mer canonique à l'ensemble en encodant la séquence
-// La séquence doit avoir exactement k nucléotides
-// Zero-allocation: encode directement en forme canonique sans créer de slice intermédiaire
+// AddCanonicalKmer adds a canonical k-mer to the set by encoding the sequence
+// The sequence must have exactly k nucleotides
+// Zero-allocation: encodes directly in canonical form without creating an intermediate slice
 func (ks *KmerSet) AddCanonicalKmer(seq []byte) {
 	canonical := EncodeCanonicalKmer(seq, ks.k)
 	ks.bitmap.Add(canonical)
 }
 
-// AddSequence ajoute tous les k-mers d'une séquence à l'ensemble
-// Utilise un itérateur pour éviter l'allocation d'un vecteur intermédiaire
+// AddSequence adds all k-mers from a sequence to the set
+// Uses an iterator to avoid allocating an intermediate vector
 func (ks *KmerSet) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence) {
 	rawSeq := seq.Sequence()
 	for canonical := range IterCanonicalKmers(rawSeq, ks.k) {
@@ -75,36 +75,36 @@ func (ks *KmerSet) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence) {
 	}
 }
 
-// AddSequences ajoute tous les k-mers de plusieurs séquences en batch
+// AddSequences adds all k-mers from multiple sequences in batch
 func (ks *KmerSet) AddSequences(sequences *obiseq.BioSequenceSlice) {
 	for _, seq := range *sequences {
 		ks.AddSequence(seq)
 	}
 }
 
-// Contains vérifie si un k-mer est dans l'ensemble
+// Contains checks if a k-mer is in the set
 func (ks *KmerSet) Contains(kmer uint64) bool {
 	return ks.bitmap.Contains(kmer)
 }
 
-// Len retourne le nombre de k-mers dans l'ensemble
+// Len returns the number of k-mers in the set
 func (ks *KmerSet) Len() uint64 {
 	return ks.bitmap.GetCardinality()
 }
 
-// MemoryUsage retourne l'utilisation mémoire en bytes
+// MemoryUsage returns memory usage in bytes
 func (ks *KmerSet) MemoryUsage() uint64 {
 	return ks.bitmap.GetSizeInBytes()
 }
 
-// Clear vide l'ensemble
+// Clear empties the set
 func (ks *KmerSet) Clear() {
 	ks.bitmap.Clear()
 }
 
-// Copy crée une copie de l'ensemble (cohérent avec BioSequence.Copy)
+// Copy creates a copy of the set (consistent with BioSequence.Copy)
 func (ks *KmerSet) Copy() *KmerSet {
-	// Copier les métadonnées
+	// Copy metadata
 	metadata := make(map[string]interface{}, len(ks.Metadata))
 	for k, v := range ks.Metadata {
 		metadata[k] = v
@@ -118,17 +118,17 @@ func (ks *KmerSet) Copy() *KmerSet {
 	}
 }
 
-// Id retourne l'identifiant du KmerSet (cohérent avec BioSequence.Id)
+// Id returns the identifier of the KmerSet (consistent with BioSequence.Id)
 func (ks *KmerSet) Id() string {
 	return ks.id
 }
 
-// SetId définit l'identifiant du KmerSet (cohérent avec BioSequence.SetId)
+// SetId sets the identifier of the KmerSet (consistent with BioSequence.SetId)
 func (ks *KmerSet) SetId(id string) {
 	ks.id = id
 }
 
-// Union retourne l'union de cet ensemble avec un autre
+// Union returns the union of this set with another
 func (ks *KmerSet) Union(other *KmerSet) *KmerSet {
 	if ks.k != other.k {
 		panic(fmt.Sprintf("Cannot union KmerSets with different k values: %d vs %d", ks.k, other.k))
@@ -138,7 +138,7 @@ func (ks *KmerSet) Union(other *KmerSet) *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ks.k, result)
 }
 
-// Intersect retourne l'intersection de cet ensemble avec un autre
+// Intersect returns the intersection of this set with another
 func (ks *KmerSet) Intersect(other *KmerSet) *KmerSet {
 	if ks.k != other.k {
 		panic(fmt.Sprintf("Cannot intersect KmerSets with different k values: %d vs %d", ks.k, other.k))
@@ -148,7 +148,7 @@ func (ks *KmerSet) Intersect(other *KmerSet) *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ks.k, result)
 }
 
-// Difference retourne la différence de cet ensemble avec un autre (this - other)
+// Difference returns the difference of this set with another (this - other)
 func (ks *KmerSet) Difference(other *KmerSet) *KmerSet {
 	if ks.k != other.k {
 		panic(fmt.Sprintf("Cannot subtract KmerSets with different k values: %d vs %d", ks.k, other.k))
@@ -158,12 +158,12 @@ func (ks *KmerSet) Difference(other *KmerSet) *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ks.k, result)
 }
 
-// Iterator retourne un itérateur sur tous les k-mers de l'ensemble
+// Iterator returns an iterator over all k-mers in the set
 func (ks *KmerSet) Iterator() roaring64.IntIterable64 {
 	return ks.bitmap.Iterator()
 }
 
-// Bitmap retourne le bitmap sous-jacent (pour compatibilité)
+// Bitmap returns the underlying bitmap (for compatibility)
 func (ks *KmerSet) Bitmap() *roaring64.Bitmap {
 	return ks.bitmap
 }