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This commit translates all French comments in the kmer filtering and set management code to English, improving code readability and maintainability for international collaborators.

pkg/obikmer/frequency_filter.go

@@ -6,26 +6,26 @@ import (
 	"git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiseq"
 )
 
-// FrequencyFilter filtre les k-mers par fréquence minimale
+// FrequencyFilter filters k-mers by minimum frequency
-// Spécialisation de KmerSetGroup où index[i] contient les k-mers vus au moins i+1 fois
+// Specialization of KmerSetGroup where index[i] contains k-mers seen at least i+1 times
 type FrequencyFilter struct {
-	*KmerSetGroup          // Groupe de KmerSet (un par niveau de fréquence)
+	*KmerSetGroup          // Group of KmerSet (one per frequency level)
-	MinFreq       int      // v - fréquence minimale requise
+	MinFreq       int      // v - minimum required frequency
 }
 
-// NewFrequencyFilter crée un nouveau filtre par fréquence
+// NewFrequencyFilter creates a new frequency filter
-// minFreq: nombre minimum d'occurrences requises (v)
+// minFreq: minimum number d'occurrences required (v)
 func NewFrequencyFilter(k, minFreq int) *FrequencyFilter {
 	ff := &FrequencyFilter{
 		KmerSetGroup: NewKmerSetGroup(k, minFreq),
 		MinFreq:      minFreq,
 	}
 
-	// Initialiser les métadonnées de groupe
+	// Initialize group metadata
 	ff.SetAttribute("type", "FrequencyFilter")
 	ff.SetAttribute("min_freq", minFreq)
 
-	// Initialiser les métadonnées de chaque niveau
+	// Initialize metadata for each level
 	for i := 0; i < minFreq; i++ {
 		level := ff.Get(i)
 		level.SetAttribute("level", i)
@@ -36,8 +36,8 @@ func NewFrequencyFilter(k, minFreq int) *FrequencyFilter {
 	return ff
 }
 
-// AddSequence ajoute tous les k-mers d'une séquence au filtre
+// AddSequence adds all k-mers from a sequence to the filter
-// Utilise un itérateur pour éviter l'allocation d'un vecteur intermédiaire
+// Uses an iterator to avoid allocating an intermediate vector
 func (ff *FrequencyFilter) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence) {
 	rawSeq := seq.Sequence()
 	for canonical := range IterCanonicalKmers(rawSeq, ff.K()) {
@@ -45,49 +45,49 @@ func (ff *FrequencyFilter) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence) {
 	}
 }
 
-// AddKmerCode ajoute un k-mer encodé au filtre (algorithme principal)
+// AddKmerCode adds an encoded k-mer to the filter (main algorithm)
 func (ff *FrequencyFilter) AddKmerCode(kmer uint64) {
-	// Trouver le niveau actuel du k-mer
+	// Find the current level of the k-mer
 	c := 0
 	for c < ff.MinFreq && ff.Get(c).Contains(kmer) {
 		c++
 	}
 
-	// Ajouter au niveau suivant (si pas encore au maximum)
+	// Add to next level (if not yet at maximum)
 	if c < ff.MinFreq {
 		ff.Get(c).AddKmerCode(kmer)
 	}
 }
 
-// AddCanonicalKmerCode ajoute un k-mer encodé canonique au filtre
+// AddCanonicalKmerCode adds an encoded canonical k-mer to the filter
 func (ff *FrequencyFilter) AddCanonicalKmerCode(kmer uint64) {
 	canonical := CanonicalKmer(kmer, ff.K())
 	ff.AddKmerCode(canonical)
 }
 
-// AddKmer ajoute un k-mer au filtre en encodant la séquence
+// AddKmer adds a k-mer to the filter by encoding the sequence
-// La séquence doit avoir exactement k nucléotides
+// The sequence must have exactly k nucleotides
-// Zero-allocation: encode directement sans créer de slice intermédiaire
+// Zero-allocation: encodes directly without creating an intermediate slice
 func (ff *FrequencyFilter) AddKmer(seq []byte) {
 	kmer := EncodeKmer(seq, ff.K())
 	ff.AddKmerCode(kmer)
 }
 
-// AddCanonicalKmer ajoute un k-mer canonique au filtre en encodant la séquence
+// AddCanonicalKmer adds a canonical k-mer to the filter by encoding the sequence
-// La séquence doit avoir exactement k nucléotides
+// The sequence must have exactly k nucleotides
-// Zero-allocation: encode directement en forme canonique sans créer de slice intermédiaire
+// Zero-allocation: encodes directly in canonical form without creating an intermediate slice
 func (ff *FrequencyFilter) AddCanonicalKmer(seq []byte) {
 	canonical := EncodeCanonicalKmer(seq, ff.K())
 	ff.AddKmerCode(canonical)
 }
 
-// GetFilteredSet retourne un KmerSet des k-mers avec fréquence ≥ minFreq
+// GetFilteredSet returns a KmerSet of k-mers with frequency ≥ minFreq
 func (ff *FrequencyFilter) GetFilteredSet() *KmerSet {
-	// Les k-mers filtrés sont dans le dernier niveau
+	// Filtered k-mers are in the last level
 	return ff.Get(ff.MinFreq - 1).Copy()
 }
 
-// GetKmersAtLevel retourne un KmerSet des k-mers vus au moins (level+1) fois
+// GetKmersAtLevel returns a KmerSet of k-mers seen at least (level+1) times
 // level doit être dans [0, minFreq-1]
 func (ff *FrequencyFilter) GetKmersAtLevel(level int) *KmerSet {
 	ks := ff.Get(level)
@@ -97,7 +97,7 @@ func (ff *FrequencyFilter) GetKmersAtLevel(level int) *KmerSet {
 	return ks.Copy()
 }
 
-// Stats retourne des statistiques sur les niveaux de fréquence
+// Stats returns statistics on frequency levels
 func (ff *FrequencyFilter) Stats() FrequencyFilterStats {
 	stats := FrequencyFilterStats{
 		MinFreq: ff.MinFreq,
@@ -110,7 +110,7 @@ func (ff *FrequencyFilter) Stats() FrequencyFilterStats {
 		sizeBytes := ks.MemoryUsage()
 
 		stats.Levels[i] = LevelStats{
-			Level:       i + 1, // Niveau 1 = freq ≥ 1
+			Level:       i + 1, // Level 1 = freq ≥ 1
 			Cardinality: card,
 			SizeBytes:   sizeBytes,
 		}
@@ -118,25 +118,25 @@ func (ff *FrequencyFilter) Stats() FrequencyFilterStats {
 		stats.TotalBytes += sizeBytes
 	}
 
-	// Le dernier niveau contient le résultat
+	// The last level contains the result
 	stats.FilteredKmers = stats.Levels[ff.MinFreq-1].Cardinality
 
 	return stats
 }
 
-// FrequencyFilterStats contient les statistiques du filtre
+// FrequencyFilterStats contains the filter statistics
 type FrequencyFilterStats struct {
 	MinFreq       int
-	FilteredKmers uint64      // K-mers avec freq ≥ minFreq
+	FilteredKmers uint64      // K-mers with freq ≥ minFreq
-	TotalBytes    uint64      // Mémoire totale utilisée
+	TotalBytes    uint64      // Total memory used
 	Levels        []LevelStats
 }
 
-// LevelStats contient les stats d'un niveau
+// LevelStats contains the stats of a level
 type LevelStats struct {
 	Level       int    // freq ≥ Level
-	Cardinality uint64 // Nombre de k-mers
+	Cardinality uint64 // Number of k-mers
-	SizeBytes   uint64 // Taille en bytes
+	SizeBytes   uint64 // Size in bytes
 }
 
 func (ffs FrequencyFilterStats) String() string {
@@ -167,7 +167,7 @@ func (ff *FrequencyFilter) Clear() {
 // BATCH PROCESSING
 // ==================================
 
-// AddSequences ajoute plusieurs séquences en batch
+// AddSequences adds multiple sequences in batch
 func (ff *FrequencyFilter) AddSequences(sequences *obiseq.BioSequenceSlice) {
 	for _, seq := range *sequences {
 		ff.AddSequence(seq)
@@ -251,7 +251,7 @@ func (ff *FrequencyFilter) Contains(kmer uint64) bool {
 	return ff.Get(ff.MinFreq - 1).Contains(canonical)
 }
 
-// GetFrequency retourne la fréquence approximative d'un k-mer
+// GetFrequency returns the approximate frequency of a k-mer
 // Retourne le niveau maximum atteint (freq ≥ niveau)
 func (ff *FrequencyFilter) GetFrequency(kmer uint64) int {
 	canonical := CanonicalKmer(kmer, ff.K())
@@ -268,16 +268,16 @@ func (ff *FrequencyFilter) GetFrequency(kmer uint64) int {
 	return freq
 }
 
-// Len retourne le nombre de k-mers filtrés ou à un niveau spécifique
+// Len returns the number of filtered k-mers or at a specific level
-// Sans argument: retourne le nombre de k-mers avec freq ≥ minFreq (dernier niveau)
+// Without argument: returns the number of k-mers with freq ≥ minFreq (last level)
-// Avec argument level: retourne le nombre de k-mers avec freq ≥ (level+1)
+// With argument level: returns the number of k-mers with freq ≥ (level+1)
 // Exemple: Len() pour les k-mers filtrés, Len(2) pour freq ≥ 3
 // (héritée de KmerSetGroup mais redéfinie pour la documentation)
 func (ff *FrequencyFilter) Len(level ...int) uint64 {
 	return ff.KmerSetGroup.Len(level...)
 }
 
-// MemoryUsage retourne l'utilisation mémoire en bytes
+// MemoryUsage returns memory usage in bytes
 // (héritée de KmerSetGroup mais redéfinie pour clarté)
 func (ff *FrequencyFilter) MemoryUsage() uint64 {
 	return ff.KmerSetGroup.MemoryUsage()

pkg/obikmer/kmer_set.go

@@ -7,16 +7,16 @@ import (
 	"github.com/RoaringBitmap/roaring/roaring64"
 )
 
-// KmerSet encapsule un ensemble de k-mers stockés dans un Roaring Bitmap
+// KmerSet wraps a set of k-mers stored in a Roaring Bitmap
-// Fournit des méthodes utilitaires pour manipuler des ensembles de k-mers
+// Provides utility methods for manipulating k-mer sets
 type KmerSet struct {
-	id       string                 // Identifiant unique du KmerSet
+	id       string                 // Unique identifier of the KmerSet
-	k        int                    // Taille des k-mers (immutable)
+	k        int                    // Size of k-mers (immutable)
-	bitmap   *roaring64.Bitmap      // Bitmap contenant les k-mers
+	bitmap   *roaring64.Bitmap      // Bitmap containing the k-mers
-	Metadata map[string]interface{} // Métadonnées utilisateur (clé=valeur atomique)
+	Metadata map[string]interface{} // User metadata (key=atomic value)
 }
 
-// NewKmerSet crée un nouveau KmerSet vide
+// NewKmerSet creates a new empty KmerSet
 func NewKmerSet(k int) *KmerSet {
 	return &KmerSet{
 		k:        k,
@@ -25,7 +25,7 @@ func NewKmerSet(k int) *KmerSet {
 	}
 }
 
-// NewKmerSetFromBitmap crée un KmerSet à partir d'un bitmap existant
+// NewKmerSetFromBitmap creates a KmerSet from an existing bitmap
 func NewKmerSetFromBitmap(k int, bitmap *roaring64.Bitmap) *KmerSet {
 	return &KmerSet{
 		k:        k,
@@ -34,40 +34,40 @@ func NewKmerSetFromBitmap(k int, bitmap *roaring64.Bitmap) *KmerSet {
 	}
 }
 
-// K retourne la taille des k-mers (immutable)
+// K returns the size of k-mers (immutable)
 func (ks *KmerSet) K() int {
 	return ks.k
 }
 
-// AddKmerCode ajoute un k-mer encodé à l'ensemble
+// AddKmerCode adds an encoded k-mer to the set
 func (ks *KmerSet) AddKmerCode(kmer uint64) {
 	ks.bitmap.Add(kmer)
 }
 
-// AddCanonicalKmerCode ajoute un k-mer encodé canonique à l'ensemble
+// AddCanonicalKmerCode adds an encoded canonical k-mer to the set
 func (ks *KmerSet) AddCanonicalKmerCode(kmer uint64) {
 	canonical := CanonicalKmer(kmer, ks.k)
 	ks.bitmap.Add(canonical)
 }
 
-// AddKmer ajoute un k-mer à l'ensemble en encodant la séquence
+// AddKmer adds a k-mer to the set by encoding the sequence
-// La séquence doit avoir exactement k nucléotides
+// The sequence must have exactly k nucleotides
-// Zero-allocation: encode directement sans créer de slice intermédiaire
+// Zero-allocation: encodes directly without creating an intermediate slice
 func (ks *KmerSet) AddKmer(seq []byte) {
 	kmer := EncodeKmer(seq, ks.k)
 	ks.bitmap.Add(kmer)
 }
 
-// AddCanonicalKmer ajoute un k-mer canonique à l'ensemble en encodant la séquence
+// AddCanonicalKmer adds a canonical k-mer to the set by encoding the sequence
-// La séquence doit avoir exactement k nucléotides
+// The sequence must have exactly k nucleotides
-// Zero-allocation: encode directement en forme canonique sans créer de slice intermédiaire
+// Zero-allocation: encodes directly in canonical form without creating an intermediate slice
 func (ks *KmerSet) AddCanonicalKmer(seq []byte) {
 	canonical := EncodeCanonicalKmer(seq, ks.k)
 	ks.bitmap.Add(canonical)
 }
 
-// AddSequence ajoute tous les k-mers d'une séquence à l'ensemble
+// AddSequence adds all k-mers from a sequence to the set
-// Utilise un itérateur pour éviter l'allocation d'un vecteur intermédiaire
+// Uses an iterator to avoid allocating an intermediate vector
 func (ks *KmerSet) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence) {
 	rawSeq := seq.Sequence()
 	for canonical := range IterCanonicalKmers(rawSeq, ks.k) {
@@ -75,36 +75,36 @@ func (ks *KmerSet) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence) {
 	}
 }
 
-// AddSequences ajoute tous les k-mers de plusieurs séquences en batch
+// AddSequences adds all k-mers from multiple sequences in batch
 func (ks *KmerSet) AddSequences(sequences *obiseq.BioSequenceSlice) {
 	for _, seq := range *sequences {
 		ks.AddSequence(seq)
 	}
 }
 
-// Contains vérifie si un k-mer est dans l'ensemble
+// Contains checks if a k-mer is in the set
 func (ks *KmerSet) Contains(kmer uint64) bool {
 	return ks.bitmap.Contains(kmer)
 }
 
-// Len retourne le nombre de k-mers dans l'ensemble
+// Len returns the number of k-mers in the set
 func (ks *KmerSet) Len() uint64 {
 	return ks.bitmap.GetCardinality()
 }
 
-// MemoryUsage retourne l'utilisation mémoire en bytes
+// MemoryUsage returns memory usage in bytes
 func (ks *KmerSet) MemoryUsage() uint64 {
 	return ks.bitmap.GetSizeInBytes()
 }
 
-// Clear vide l'ensemble
+// Clear empties the set
 func (ks *KmerSet) Clear() {
 	ks.bitmap.Clear()
 }
 
-// Copy crée une copie de l'ensemble (cohérent avec BioSequence.Copy)
+// Copy creates a copy of the set (consistent with BioSequence.Copy)
 func (ks *KmerSet) Copy() *KmerSet {
-	// Copier les métadonnées
+	// Copy metadata
 	metadata := make(map[string]interface{}, len(ks.Metadata))
 	for k, v := range ks.Metadata {
 		metadata[k] = v
@@ -118,17 +118,17 @@ func (ks *KmerSet) Copy() *KmerSet {
 	}
 }
 
-// Id retourne l'identifiant du KmerSet (cohérent avec BioSequence.Id)
+// Id returns the identifier of the KmerSet (consistent with BioSequence.Id)
 func (ks *KmerSet) Id() string {
 	return ks.id
 }
 
-// SetId définit l'identifiant du KmerSet (cohérent avec BioSequence.SetId)
+// SetId sets the identifier of the KmerSet (consistent with BioSequence.SetId)
 func (ks *KmerSet) SetId(id string) {
 	ks.id = id
 }
 
-// Union retourne l'union de cet ensemble avec un autre
+// Union returns the union of this set with another
 func (ks *KmerSet) Union(other *KmerSet) *KmerSet {
 	if ks.k != other.k {
 		panic(fmt.Sprintf("Cannot union KmerSets with different k values: %d vs %d", ks.k, other.k))
@@ -138,7 +138,7 @@ func (ks *KmerSet) Union(other *KmerSet) *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ks.k, result)
 }
 
-// Intersect retourne l'intersection de cet ensemble avec un autre
+// Intersect returns the intersection of this set with another
 func (ks *KmerSet) Intersect(other *KmerSet) *KmerSet {
 	if ks.k != other.k {
 		panic(fmt.Sprintf("Cannot intersect KmerSets with different k values: %d vs %d", ks.k, other.k))
@@ -148,7 +148,7 @@ func (ks *KmerSet) Intersect(other *KmerSet) *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ks.k, result)
 }
 
-// Difference retourne la différence de cet ensemble avec un autre (this - other)
+// Difference returns the difference of this set with another (this - other)
 func (ks *KmerSet) Difference(other *KmerSet) *KmerSet {
 	if ks.k != other.k {
 		panic(fmt.Sprintf("Cannot subtract KmerSets with different k values: %d vs %d", ks.k, other.k))
@@ -158,12 +158,12 @@ func (ks *KmerSet) Difference(other *KmerSet) *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ks.k, result)
 }
 
-// Iterator retourne un itérateur sur tous les k-mers de l'ensemble
+// Iterator returns an iterator over all k-mers in the set
 func (ks *KmerSet) Iterator() roaring64.IntIterable64 {
 	return ks.bitmap.Iterator()
 }
 
-// Bitmap retourne le bitmap sous-jacent (pour compatibilité)
+// Bitmap returns the underlying bitmap (for compatibility)
 func (ks *KmerSet) Bitmap() *roaring64.Bitmap {
 	return ks.bitmap
 }

pkg/obikmer/kmer_set_attributes.go

@@ -32,7 +32,7 @@ func (ks *KmerSet) GetAttribute(key string) (interface{}, bool) {
 	}
 }
 
-// SetAttribute définit la valeur d'un attribut
+// SetAttribute sets the value of an attribute
 // Cas particuliers: "id" utilise SetId(), "k" est immutable (panique)
 func (ks *KmerSet) SetAttribute(key string, value interface{}) {
 	switch key {
@@ -153,7 +153,7 @@ func (ks *KmerSet) GetBoolAttribute(key string) (bool, bool) {
 	return false, false
 }
 
-// AttributeKeys retourne l'ensemble des clés d'attributs
+// AttributeKeys returns the set of attribute keys
 func (ks *KmerSet) AttributeKeys() obiutils.Set[string] {
 	keys := obiutils.MakeSet[string]()
 	for key := range ks.Metadata {
@@ -162,7 +162,7 @@ func (ks *KmerSet) AttributeKeys() obiutils.Set[string] {
 	return keys
 }
 
-// Keys retourne l'ensemble des clés d'attributs (alias de AttributeKeys)
+// Keys returns the set of attribute keys (alias of AttributeKeys)
 func (ks *KmerSet) Keys() obiutils.Set[string] {
 	return ks.AttributeKeys()
 }
@@ -192,7 +192,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) GetAttribute(key string) (interface{}, bool) {
 	}
 }
 
-// SetAttribute définit la valeur d'un attribut du groupe
+// SetAttribute sets the value of an attribute du groupe
 // Cas particuliers: "id" utilise SetId(), "k" est immutable (panique)
 func (ksg *KmerSetGroup) SetAttribute(key string, value interface{}) {
 	switch key {
@@ -313,7 +313,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) GetBoolAttribute(key string) (bool, bool) {
 	return false, false
 }
 
-// AttributeKeys retourne l'ensemble des clés d'attributs du groupe
+// AttributeKeys returns the set of attribute keys du groupe
 func (ksg *KmerSetGroup) AttributeKeys() obiutils.Set[string] {
 	keys := obiutils.MakeSet[string]()
 	for key := range ksg.Metadata {
@@ -322,7 +322,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) AttributeKeys() obiutils.Set[string] {
 	return keys
 }
 
-// Keys retourne l'ensemble des clés d'attributs du groupe (alias)
+// Keys returns the set of group attribute keys (alias)
 func (ksg *KmerSetGroup) Keys() obiutils.Set[string] {
 	return ksg.AttributeKeys()
 }
@@ -342,7 +342,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Keys() obiutils.Set[string] {
 //   ksg.SetAttribute("name", "FrequencyFilter")
 //   name, ok := ksg.GetStringAttribute("name")
 
-// AllAttributeKeys retourne toutes les clés d'attributs uniques du groupe ET de tous ses sets
+// AllAttributeKeys returns all unique attribute keys of the group AND all its sets
 func (ksg *KmerSetGroup) AllAttributeKeys() obiutils.Set[string] {
 	keys := obiutils.MakeSet[string]()
 

pkg/obikmer/kmer_set_group.go

@@ -6,16 +6,16 @@ import (
 	"git.metabarcoding.org/obitools/obitools4/obitools4/pkg/obiseq"
 )
 
-// KmerSetGroup représente un vecteur de KmerSet
+// KmerSetGroup represents a vector of KmerSet
-// Utilisé pour gérer plusieurs ensembles de k-mers (par exemple, par niveau de fréquence)
+// Used to manage multiple k-mer sets (for example, by frequency level)
 type KmerSetGroup struct {
-	id       string                 // Identifiant unique du KmerSetGroup
+	id       string                 // Unique identifier of the KmerSetGroup
-	k        int                    // Taille des k-mers (immutable)
+	k        int                    // Size of k-mers (immutable)
-	sets     []*KmerSet             // Vecteur de KmerSet
+	sets     []*KmerSet             // Vector of KmerSet
-	Metadata map[string]interface{} // Métadonnées du groupe (pas des sets individuels)
+	Metadata map[string]interface{} // Group metadata (not individual sets)
 }
 
-// NewKmerSetGroup crée un nouveau groupe de n KmerSets
+// NewKmerSetGroup creates a new group of n KmerSets
 func NewKmerSetGroup(k int, n int) *KmerSetGroup {
 	if n < 1 {
 		panic("KmerSetGroup size must be >= 1")
@@ -33,18 +33,18 @@ func NewKmerSetGroup(k int, n int) *KmerSetGroup {
 	}
 }
 
-// K retourne la taille des k-mers (immutable)
+// K returns the size of k-mers (immutable)
 func (ksg *KmerSetGroup) K() int {
 	return ksg.k
 }
 
-// Size retourne le nombre de KmerSet dans le groupe
+// Size returns the number of KmerSet in the group
 func (ksg *KmerSetGroup) Size() int {
 	return len(ksg.sets)
 }
 
-// Get retourne le KmerSet à l'index donné
+// Get returns the KmerSet at the given index
-// Retourne nil si l'index est invalide
+// Returns nil if the index is invalid
 func (ksg *KmerSetGroup) Get(index int) *KmerSet {
 	if index < 0 || index >= len(ksg.sets) {
 		return nil
@@ -52,8 +52,8 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Get(index int) *KmerSet {
 	return ksg.sets[index]
 }
 
-// Set remplace le KmerSet à l'index donné
+// Set replaces the KmerSet at the given index
-// Panique si l'index est invalide ou si le k ne correspond pas
+// Panics if the index is invalid or if k does not match
 func (ksg *KmerSetGroup) Set(index int, ks *KmerSet) {
 	if index < 0 || index >= len(ksg.sets) {
 		panic(fmt.Sprintf("Index out of bounds: %d (size: %d)", index, len(ksg.sets)))
@@ -64,16 +64,16 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Set(index int, ks *KmerSet) {
 	ksg.sets[index] = ks
 }
 
-// Len retourne le nombre de k-mers dans un KmerSet spécifique
+// Len returns the number of k-mers in a specific KmerSet
-// Sans argument: retourne le nombre de k-mers dans le dernier KmerSet
+// Without argument: returns the number of k-mers in the last KmerSet
-// Avec argument index: retourne le nombre de k-mers dans le KmerSet à cet index
+// With argument index: returns the number of k-mers in the KmerSet at this index
 func (ksg *KmerSetGroup) Len(index ...int) uint64 {
 	if len(index) == 0 {
-		// Sans argument: dernier KmerSet
+		// Without argument: last KmerSet
 		return ksg.sets[len(ksg.sets)-1].Len()
 	}
 
-	// Avec argument: KmerSet spécifique
+	// With argument: specific KmerSet
 	idx := index[0]
 	if idx < 0 || idx >= len(ksg.sets) {
 		return 0
@@ -81,7 +81,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Len(index ...int) uint64 {
 	return ksg.sets[idx].Len()
 }
 
-// MemoryUsage retourne l'utilisation mémoire totale en bytes
+// MemoryUsage returns the total memory usage in bytes
 func (ksg *KmerSetGroup) MemoryUsage() uint64 {
 	total := uint64(0)
 	for _, ks := range ksg.sets {
@@ -90,21 +90,21 @@ func (ksg *KmerSetGroup) MemoryUsage() uint64 {
 	return total
 }
 
-// Clear vide tous les KmerSet du groupe
+// Clear empties all KmerSet in the group
 func (ksg *KmerSetGroup) Clear() {
 	for _, ks := range ksg.sets {
 		ks.Clear()
 	}
 }
 
-// Copy crée une copie complète du groupe (cohérent avec BioSequence.Copy)
+// Copy creates a complete copy of the group (consistent with BioSequence.Copy)
 func (ksg *KmerSetGroup) Copy() *KmerSetGroup {
 	copiedSets := make([]*KmerSet, len(ksg.sets))
 	for i, ks := range ksg.sets {
-		copiedSets[i] = ks.Copy() // Copy chaque KmerSet avec ses métadonnées
+		copiedSets[i] = ks.Copy() // Copy each KmerSet with its metadata
 	}
 
-	// Copier les métadonnées du groupe
+	// Copy group metadata
 	groupMetadata := make(map[string]interface{}, len(ksg.Metadata))
 	for k, v := range ksg.Metadata {
 		groupMetadata[k] = v
@@ -118,17 +118,17 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Copy() *KmerSetGroup {
 	}
 }
 
-// Id retourne l'identifiant du KmerSetGroup (cohérent avec BioSequence.Id)
+// Id returns the identifier of the KmerSetGroup (consistent with BioSequence.Id)
 func (ksg *KmerSetGroup) Id() string {
 	return ksg.id
 }
 
-// SetId définit l'identifiant du KmerSetGroup (cohérent avec BioSequence.SetId)
+// SetId sets the identifier of the KmerSetGroup (consistent with BioSequence.SetId)
 func (ksg *KmerSetGroup) SetId(id string) {
 	ksg.id = id
 }
 
-// AddSequence ajoute tous les k-mers d'une séquence à un KmerSet spécifique
+// AddSequence adds all k-mers from a sequence to a specific KmerSet
 func (ksg *KmerSetGroup) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence, index int) {
 	if index < 0 || index >= len(ksg.sets) {
 		panic(fmt.Sprintf("Index out of bounds: %d (size: %d)", index, len(ksg.sets)))
@@ -136,7 +136,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) AddSequence(seq *obiseq.BioSequence, index int) {
 	ksg.sets[index].AddSequence(seq)
 }
 
-// AddSequences ajoute tous les k-mers de plusieurs séquences à un KmerSet spécifique
+// AddSequences adds all k-mers from multiple sequences to a specific KmerSet
 func (ksg *KmerSetGroup) AddSequences(sequences *obiseq.BioSequenceSlice, index int) {
 	if index < 0 || index >= len(ksg.sets) {
 		panic(fmt.Sprintf("Index out of bounds: %d (size: %d)", index, len(ksg.sets)))
@@ -144,8 +144,8 @@ func (ksg *KmerSetGroup) AddSequences(sequences *obiseq.BioSequenceSlice, index
 	ksg.sets[index].AddSequences(sequences)
 }
 
-// Union retourne l'union de tous les KmerSet du groupe
+// Union returns the union of all KmerSet in the group
-// Optimisation: part du plus grand ensemble pour minimiser les opérations
+// Optimization: starts from the largest set to minimize operations
 func (ksg *KmerSetGroup) Union() *KmerSet {
 	if len(ksg.sets) == 0 {
 		return NewKmerSet(ksg.k)
@@ -155,7 +155,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Union() *KmerSet {
 		return ksg.sets[0].Copy()
 	}
 
-	// Trouver l'index du plus grand ensemble (celui avec le plus de k-mers)
+	// Find the index of the largest set (the one with the most k-mers)
 	maxIdx := 0
 	maxCard := ksg.sets[0].Len()
 	for i := 1; i < len(ksg.sets); i++ {
@@ -166,7 +166,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Union() *KmerSet {
 		}
 	}
 
-	// Copier le plus grand ensemble et faire les unions in-place
+	// Copy the largest set and perform unions in-place
 	result := ksg.sets[maxIdx].bitmap.Clone()
 	for i := 0; i < len(ksg.sets); i++ {
 		if i != maxIdx {
@@ -177,8 +177,8 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Union() *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ksg.k, result)
 }
 
-// Intersect retourne l'intersection de tous les KmerSet du groupe
+// Intersect returns the intersection of all KmerSet in the group
-// Optimisation: part du plus petit ensemble pour minimiser les opérations
+// Optimization: starts from the smallest set to minimize operations
 func (ksg *KmerSetGroup) Intersect() *KmerSet {
 	if len(ksg.sets) == 0 {
 		return NewKmerSet(ksg.k)
@@ -188,7 +188,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Intersect() *KmerSet {
 		return ksg.sets[0].Copy()
 	}
 
-	// Trouver l'index du plus petit ensemble (celui avec le moins de k-mers)
+	// Find the index of the smallest set (the one with the fewest k-mers)
 	minIdx := 0
 	minCard := ksg.sets[0].Len()
 	for i := 1; i < len(ksg.sets); i++ {
@@ -199,7 +199,7 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Intersect() *KmerSet {
 		}
 	}
 
-	// Copier le plus petit ensemble et faire les intersections in-place
+	// Copy the smallest set and perform intersections in-place
 	result := ksg.sets[minIdx].bitmap.Clone()
 	for i := 0; i < len(ksg.sets); i++ {
 		if i != minIdx {
@@ -210,18 +210,18 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Intersect() *KmerSet {
 	return NewKmerSetFromBitmap(ksg.k, result)
 }
 
-// Stats retourne des statistiques pour chaque KmerSet du groupe
+// Stats returns statistics for each KmerSet in the group
 type KmerSetGroupStats struct {
 	K          int
-	Size       int              // Nombre de KmerSet
+	Size       int              // Number of KmerSet
-	TotalBytes uint64           // Mémoire totale utilisée
+	TotalBytes uint64           // Total memory used
-	Sets       []KmerSetStats   // Stats de chaque KmerSet
+	Sets       []KmerSetStats   // Stats of each KmerSet
 }
 
 type KmerSetStats struct {
-	Index     int    // Index du KmerSet dans le groupe
+	Index     int    // Index of the KmerSet in the group
-	Len       uint64 // Nombre de k-mers
+	Len       uint64 // Number of k-mers
-	SizeBytes uint64 // Taille en bytes
+	SizeBytes uint64 // Size in bytes
 }
 
 func (ksg *KmerSetGroup) Stats() KmerSetGroupStats {

pkg/obikmer/kmer_set_persistence.go

@@ -11,7 +11,7 @@ import (
 	"gopkg.in/yaml.v3"
 )
 
-// MetadataFormat représente le format de sérialisation des métadonnées
+// MetadataFormat represents the metadata serialization format
 type MetadataFormat int
 
 const (
@@ -20,7 +20,7 @@ const (
 	FormatJSON
 )
 
-// String retourne l'extension de fichier pour le format
+// String returns the file extension for the format
 func (f MetadataFormat) String() string {
 	switch f {
 	case FormatTOML: