obitools/obitools4
2
0
Fork 0
mirror of https://github.com/metabarcoding/obitools4.git synced 2026-03-25 13:30:52 +00:00
Code Issues Packages Projects Releases Wiki Activity

Ajout de la gestion des métadonnées utilisateur dans KmerSet et KmerSetGroup

Browse Source 
Cette modification ajoute la capacité de stocker et de persister des métadonnées utilisateur dans les structures KmerSet et KmerSetGroup. Les changements incluent l'ajout d'un champ Metadata dans KmerSet et KmerSetGroup, ainsi que la mise à jour des méthodes de clonage et de persistance pour gérer ces métadonnées. Cela permet de conserver des informations supplémentaires liées aux ensembles de k-mers tout en maintenant la compatibilité avec les opérations existantes.
This commit is contained in:
Eric Coissac
2026-02-05 15:02:27 +01:00
parent b26b76cbf8
commit afcb43b352
4 changed files with 69 additions and 27 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

42
pkg/obikmer/kmer_set_persistence.go
View File

@@ -36,10 +36,12 @@ func (f MetadataFormat) String() string {
// KmerSetMetadata contient les métadonnées d'un KmerSet ou KmerSetGroup
type KmerSetMetadata struct {
K int `toml:"k" yaml:"k" json:"k"` // Taille des k-mers
Type string `toml:"type" yaml:"type" json:"type"` // "KmerSet" ou "KmerSetGroup"
Size int `toml:"size" yaml:"size" json:"size"` // 1 pour KmerSet, n pour KmerSetGroup
Files []string `toml:"files" yaml:"files" json:"files"` // Liste des fichiers .roaring
K int `toml:"k" yaml:"k" json:"k"` // Taille des k-mers
Type string `toml:"type" yaml:"type" json:"type"` // "KmerSet" ou "KmerSetGroup"
Size int `toml:"size" yaml:"size" json:"size"` // 1 pour KmerSet, n pour KmerSetGroup
Files []string `toml:"files" yaml:"files" json:"files"` // Liste des fichiers .roaring
UserMetadata map[string]interface{} `toml:"user_metadata,omitempty" yaml:"user_metadata,omitempty" json:"user_metadata,omitempty"` // Métadonnées KmerSet unique
SetsMetadata []map[string]interface{} `toml:"sets_metadata,omitempty" yaml:"sets_metadata,omitempty" json:"sets_metadata,omitempty"` // Métadonnées par set (KmerSetGroup)
}
// SaveKmerSet sauvegarde un KmerSet dans un répertoire
@@ -52,10 +54,11 @@ func (ks *KmerSet) Save(directory string, format MetadataFormat) error {
// Métadonnées
metadata := KmerSetMetadata{
K: ks.K,
Type: "KmerSet",
Size: 1,
Files: []string{"set_0.roaring"},
K: ks.K,
Type: "KmerSet",
Size: 1,
Files: []string{"set_0.roaring"},
UserMetadata: ks.Metadata, // Sauvegarder les métadonnées utilisateur
}
// Sauvegarder les métadonnées
@@ -105,6 +108,12 @@ func LoadKmerSet(directory string) (*KmerSet, error) {
defer file.Close()
ks := NewKmerSet(metadata.K)
// Charger les métadonnées utilisateur
if metadata.UserMetadata != nil {
ks.Metadata = metadata.UserMetadata
}
if _, err := ks.bitmap.ReadFrom(file); err != nil {
return nil, fmt.Errorf("failed to read bitmap: %w", err)
}
@@ -127,10 +136,11 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Save(directory string, format MetadataFormat) error {
}
metadata := KmerSetMetadata{
K: ksg.K,
Type: "KmerSetGroup",
Size: len(ksg.sets),
Files: files,
K: ksg.K,
Type: "KmerSetGroup",
Size: len(ksg.sets),
Files: files,
SetsMetadata: ksg.Metadata, // Sauvegarder les métadonnées de chaque set
}
// Sauvegarder les métadonnées
@@ -177,6 +187,14 @@ func LoadKmerSetGroup(directory string) (*KmerSetGroup, error) {
// Créer le groupe
ksg := NewKmerSetGroup(metadata.K, metadata.Size)
// Charger les métadonnées de chaque set
if metadata.SetsMetadata != nil {
if len(metadata.SetsMetadata) != metadata.Size {
return nil, fmt.Errorf("metadata size mismatch: expected %d, got %d", metadata.Size, len(metadata.SetsMetadata))
}
ksg.Metadata = metadata.SetsMetadata
}
// Charger chaque bitmap
for i, filename := range metadata.Files {
bitmapPath := filepath.Join(directory, filename)