Ajout de la gestion des métadonnées utilisateur dans KmerSet et KmerSetGroup

Cette modification ajoute la capacité de stocker et de persister des métadonnées utilisateur dans les structures KmerSet et KmerSetGroup. Les changements incluent l'ajout d'un champ Metadata dans KmerSet et KmerSetGroup, ainsi que la mise à jour des méthodes de clonage et de persistance pour gérer ces métadonnées. Cela permet de conserver des informations supplémentaires liées aux ensembles de k-mers tout en maintenant la compatibilité avec les opérations existantes.

pkg/obikmer/kmer_set.go

@@ -10,23 +10,26 @@ import (
 // KmerSet encapsule un ensemble de k-mers stockés dans un Roaring Bitmap
 // Fournit des méthodes utilitaires pour manipuler des ensembles de k-mers
 type KmerSet struct {
-	K      int               // Taille des k-mers
+	K        int                    // Taille des k-mers
-	bitmap *roaring64.Bitmap // Bitmap contenant les k-mers
+	bitmap   *roaring64.Bitmap      // Bitmap contenant les k-mers
+	Metadata map[string]interface{} // Métadonnées utilisateur (clé=valeur atomique)
 }
 
 // NewKmerSet crée un nouveau KmerSet vide
 func NewKmerSet(k int) *KmerSet {
 	return &KmerSet{
-		K:      k,
+		K:        k,
-		bitmap: roaring64.New(),
+		bitmap:   roaring64.New(),
+		Metadata: make(map[string]interface{}),
 	}
 }
 
 // NewKmerSetFromBitmap crée un KmerSet à partir d'un bitmap existant
 func NewKmerSetFromBitmap(k int, bitmap *roaring64.Bitmap) *KmerSet {
 	return &KmerSet{
-		K:      k,
+		K:        k,
-		bitmap: bitmap,
+		bitmap:   bitmap,
+		Metadata: make(map[string]interface{}),
 	}
 }
 
@@ -73,9 +76,16 @@ func (ks *KmerSet) Clear() {
 
 // Clone crée une copie de l'ensemble
 func (ks *KmerSet) Clone() *KmerSet {
+	// Copier les métadonnées
+	metadata := make(map[string]interface{}, len(ks.Metadata))
+	for k, v := range ks.Metadata {
+		metadata[k] = v
+	}
+
 	return &KmerSet{
-		K:      ks.K,
+		K:        ks.K,
-		bitmap: ks.bitmap.Clone(),
+		bitmap:   ks.bitmap.Clone(),
+		Metadata: metadata,
 	}
 }
 

pkg/obikmer/kmer_set_group.go

@@ -9,8 +9,9 @@ import (
 // KmerSetGroup représente un vecteur de KmerSet
 // Utilisé pour gérer plusieurs ensembles de k-mers (par exemple, par niveau de fréquence)
 type KmerSetGroup struct {
-	K     int         // Taille des k-mers
+	K        int                      // Taille des k-mers
-	sets  []*KmerSet  // Vecteur de KmerSet
+	sets     []*KmerSet               // Vecteur de KmerSet
+	Metadata []map[string]interface{} // Métadonnées par KmerSet (même longueur que sets)
 }
 
 // NewKmerSetGroup crée un nouveau groupe de n KmerSets
@@ -20,13 +21,16 @@ func NewKmerSetGroup(k int, n int) *KmerSetGroup {
 	}
 
 	sets := make([]*KmerSet, n)
+	metadata := make([]map[string]interface{}, n)
 	for i := range sets {
 		sets[i] = NewKmerSet(k)
+		metadata[i] = make(map[string]interface{})
 	}
 
 	return &KmerSetGroup{
-		K:    k,
+		K:        k,
-		sets: sets,
+		sets:     sets,
+		Metadata: metadata,
 	}
 }
 
@@ -92,12 +96,22 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Clear() {
 // Clone crée une copie complète du groupe
 func (ksg *KmerSetGroup) Clone() *KmerSetGroup {
 	clonedSets := make([]*KmerSet, len(ksg.sets))
+	clonedMetadata := make([]map[string]interface{}, len(ksg.Metadata))
+
 	for i, ks := range ksg.sets {
 		clonedSets[i] = ks.Clone()
+
+		// Copier les métadonnées du groupe
+		clonedMetadata[i] = make(map[string]interface{}, len(ksg.Metadata[i]))
+		for k, v := range ksg.Metadata[i] {
+			clonedMetadata[i][k] = v
+		}
 	}
+
 	return &KmerSetGroup{
-		K:    ksg.K,
+		K:        ksg.K,
-		sets: clonedSets,
+		sets:     clonedSets,
+		Metadata: clonedMetadata,
 	}
 }
 

pkg/obikmer/kmer_set_persistence.go

@@ -36,10 +36,12 @@ func (f MetadataFormat) String() string {
 
 // KmerSetMetadata contient les métadonnées d'un KmerSet ou KmerSetGroup
 type KmerSetMetadata struct {
-	K     int    `toml:"k" yaml:"k" json:"k"`           // Taille des k-mers
+	K              int                      `toml:"k" yaml:"k" json:"k"`                                     // Taille des k-mers
-	Type  string `toml:"type" yaml:"type" json:"type"`  // "KmerSet" ou "KmerSetGroup"
+	Type           string                   `toml:"type" yaml:"type" json:"type"`                            // "KmerSet" ou "KmerSetGroup"
-	Size  int    `toml:"size" yaml:"size" json:"size"`  // 1 pour KmerSet, n pour KmerSetGroup
+	Size           int                      `toml:"size" yaml:"size" json:"size"`                            // 1 pour KmerSet, n pour KmerSetGroup
-	Files []string `toml:"files" yaml:"files" json:"files"` // Liste des fichiers .roaring
+	Files          []string                 `toml:"files" yaml:"files" json:"files"`                         // Liste des fichiers .roaring
+	UserMetadata   map[string]interface{}   `toml:"user_metadata,omitempty" yaml:"user_metadata,omitempty" json:"user_metadata,omitempty"`       // Métadonnées KmerSet unique
+	SetsMetadata   []map[string]interface{} `toml:"sets_metadata,omitempty" yaml:"sets_metadata,omitempty" json:"sets_metadata,omitempty"`       // Métadonnées par set (KmerSetGroup)
 }
 
 // SaveKmerSet sauvegarde un KmerSet dans un répertoire
@@ -52,10 +54,11 @@ func (ks *KmerSet) Save(directory string, format MetadataFormat) error {
 
 	// Métadonnées
 	metadata := KmerSetMetadata{
-		K:     ks.K,
+		K:            ks.K,
-		Type:  "KmerSet",
+		Type:         "KmerSet",
-		Size:  1,
+		Size:         1,
-		Files: []string{"set_0.roaring"},
+		Files:        []string{"set_0.roaring"},
+		UserMetadata: ks.Metadata, // Sauvegarder les métadonnées utilisateur
 	}
 
 	// Sauvegarder les métadonnées
@@ -105,6 +108,12 @@ func LoadKmerSet(directory string) (*KmerSet, error) {
 	defer file.Close()
 
 	ks := NewKmerSet(metadata.K)
+
+	// Charger les métadonnées utilisateur
+	if metadata.UserMetadata != nil {
+		ks.Metadata = metadata.UserMetadata
+	}
+
 	if _, err := ks.bitmap.ReadFrom(file); err != nil {
 		return nil, fmt.Errorf("failed to read bitmap: %w", err)
 	}
@@ -127,10 +136,11 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Save(directory string, format MetadataFormat) error {
 	}
 
 	metadata := KmerSetMetadata{
-		K:     ksg.K,
+		K:            ksg.K,
-		Type:  "KmerSetGroup",
+		Type:         "KmerSetGroup",
-		Size:  len(ksg.sets),
+		Size:         len(ksg.sets),
-		Files: files,
+		Files:        files,
+		SetsMetadata: ksg.Metadata, // Sauvegarder les métadonnées de chaque set
 	}
 
 	// Sauvegarder les métadonnées
@@ -177,6 +187,14 @@ func LoadKmerSetGroup(directory string) (*KmerSetGroup, error) {
 	// Créer le groupe
 	ksg := NewKmerSetGroup(metadata.K, metadata.Size)
 
+	// Charger les métadonnées de chaque set
+	if metadata.SetsMetadata != nil {
+		if len(metadata.SetsMetadata) != metadata.Size {
+			return nil, fmt.Errorf("metadata size mismatch: expected %d, got %d", metadata.Size, len(metadata.SetsMetadata))
+		}
+		ksg.Metadata = metadata.SetsMetadata
+	}
+
 	// Charger chaque bitmap
 	for i, filename := range metadata.Files {
 		bitmapPath := filepath.Join(directory, filename)

pkg/obioptions/version.go

@@ -8,7 +8,7 @@ import (
 // corresponds to the last commit, and not the one when the file will be
 // commited
 
-var _Commit = "aa468ec"
+var _Commit = "b26b76c"
 var _Version = "Release 4.4.0"
 
 // Version returns the version of the obitools package.