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Refactor KmerSet and FrequencyFilter to use immutable K parameter and consistent Copy/Clone methods

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This commit refactors the KmerSet and related structures to use an immutable K parameter and introduces consistent Copy methods instead of Clone. It also adds attribute API support for KmerSet and KmerSetGroup, and updates persistence logic to handle IDs and metadata correctly.
This commit is contained in:
Eric Coissac
2026-02-05 15:32:19 +01:00
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commit c5dd477675
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pkg/obikmer/kmer_set_persistence.go
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@@ -36,12 +36,14 @@ func (f MetadataFormat) String() string {
// KmerSetMetadata contient les métadonnées d'un KmerSet ou KmerSetGroup
type KmerSetMetadata struct {
K int `toml:"k" yaml:"k" json:"k"` // Taille des k-mers
Type string `toml:"type" yaml:"type" json:"type"` // "KmerSet" ou "KmerSetGroup"
Size int `toml:"size" yaml:"size" json:"size"` // 1 pour KmerSet, n pour KmerSetGroup
Files []string `toml:"files" yaml:"files" json:"files"` // Liste des fichiers .roaring
UserMetadata map[string]interface{} `toml:"user_metadata,omitempty" yaml:"user_metadata,omitempty" json:"user_metadata,omitempty"` // Métadonnées KmerSet unique
SetsMetadata []map[string]interface{} `toml:"sets_metadata,omitempty" yaml:"sets_metadata,omitempty" json:"sets_metadata,omitempty"` // Métadonnées par set (KmerSetGroup)
ID string `toml:"id,omitempty" yaml:"id,omitempty" json:"id,omitempty"` // Identifiant unique
K int `toml:"k" yaml:"k" json:"k"` // Taille des k-mers
Type string `toml:"type" yaml:"type" json:"type"` // "KmerSet" ou "KmerSetGroup"
Size int `toml:"size" yaml:"size" json:"size"` // 1 pour KmerSet, n pour KmerSetGroup
Files []string `toml:"files" yaml:"files" json:"files"` // Liste des fichiers .roaring
SetsIDs []string `toml:"sets_ids,omitempty" yaml:"sets_ids,omitempty" json:"sets_ids,omitempty"` // IDs des KmerSet individuels
UserMetadata map[string]interface{} `toml:"user_metadata,omitempty" yaml:"user_metadata,omitempty" json:"user_metadata,omitempty"` // Métadonnées KmerSet ou KmerSetGroup
SetsMetadata []map[string]interface{} `toml:"sets_metadata,omitempty" yaml:"sets_metadata,omitempty" json:"sets_metadata,omitempty"` // Métadonnées des KmerSet individuels dans un KmerSetGroup
}
// SaveKmerSet sauvegarde un KmerSet dans un répertoire
@@ -54,7 +56,8 @@ func (ks *KmerSet) Save(directory string, format MetadataFormat) error {
// Métadonnées
metadata := KmerSetMetadata{
K: ks.K,
ID: ks.id,
K: ks.k,
Type: "KmerSet",
Size: 1,
Files: []string{"set_0.roaring"},
@@ -109,6 +112,9 @@ func LoadKmerSet(directory string) (*KmerSet, error) {
ks := NewKmerSet(metadata.K)
// Charger l'ID
ks.id = metadata.ID
// Charger les métadonnées utilisateur
if metadata.UserMetadata != nil {
ks.Metadata = metadata.UserMetadata
@@ -135,12 +141,23 @@ func (ksg *KmerSetGroup) Save(directory string, format MetadataFormat) error {
files[i] = fmt.Sprintf("set_%d.roaring", i)
}
// Collecter les IDs et métadonnées de chaque KmerSet individuel
setsIDs := make([]string, len(ksg.sets))
setsMetadata := make([]map[string]interface{}, len(ksg.sets))
for i, ks := range ksg.sets {
setsIDs[i] = ks.id
setsMetadata[i] = ks.Metadata
}
metadata := KmerSetMetadata{
K: ksg.K,
ID: ksg.id,
K: ksg.k,
Type: "KmerSetGroup",
Size: len(ksg.sets),
Files: files,
SetsMetadata: ksg.Metadata, // Sauvegarder les métadonnées de chaque set
SetsIDs: setsIDs, // IDs de chaque set
UserMetadata: ksg.Metadata, // Métadonnées du groupe
SetsMetadata: setsMetadata, // Métadonnées de chaque set
}
// Sauvegarder les métadonnées
@@ -187,12 +204,29 @@ func LoadKmerSetGroup(directory string) (*KmerSetGroup, error) {
// Créer le groupe
ksg := NewKmerSetGroup(metadata.K, metadata.Size)
// Charger les métadonnées de chaque set
// Charger l'ID du groupe
ksg.id = metadata.ID
// Charger les métadonnées du groupe
if metadata.UserMetadata != nil {
ksg.Metadata = metadata.UserMetadata
}
// Charger les IDs de chaque KmerSet
if metadata.SetsIDs != nil && len(metadata.SetsIDs) == metadata.Size {
for i := range ksg.sets {
ksg.sets[i].id = metadata.SetsIDs[i]
}
}
// Charger les métadonnées de chaque KmerSet individuel
if metadata.SetsMetadata != nil {
if len(metadata.SetsMetadata) != metadata.Size {
return nil, fmt.Errorf("metadata size mismatch: expected %d, got %d", metadata.Size, len(metadata.SetsMetadata))
return nil, fmt.Errorf("sets metadata size mismatch: expected %d, got %d", metadata.Size, len(metadata.SetsMetadata))
}
for i := range ksg.sets {
ksg.sets[i].Metadata = metadata.SetsMetadata[i]
}
ksg.Metadata = metadata.SetsMetadata
}
// Charger chaque bitmap