Eric Coissac 761e0dbed3 Implémentation d'un parseur GenBank utilisant rope pour réduire l'usage de mémoire ...

Ajout d'un parseur GenBank basé sur rope pour réduire l'usage de mémoire (RSS) et les allocations heap.

- Ajout de `gbRopeScanner` pour lire les lignes sans allocation heap
- Implémentation de `GenbankChunkParserRope` qui utilise rope au lieu de `Pack()`
- Modification de `_ParseGenbankFile` et `ReadGenbank` pour utiliser le nouveau parseur
- Réduction du RSS attendue de 57 GB à ~128 MB × workers
- Conservation de l'ancien parseur pour compatibilité et tests

Réduction significative des allocations (~50M) et temps sys, avec un temps user comparable ou meilleur.

2026-03-10 15:35:36 +01:00

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kmer_disk_index_plan.md

Refactor kmer index to disk-based partitioning with minimizer

2026-02-09 17:52:37 +01:00

kmer_index_design.md

Add jj Makefile targets and k-mer encoding utilities

2026-02-04 14:27:10 +01:00

large_sequence_parsing.md

Implémentation d'un parseur GenBank utilisant rope pour réduire l'usage de mémoire

2026-03-10 15:35:36 +01:00