Add scripts to generate reference DBs for LSC and SSC
Former-commit-id: 77fd69c9687bfc7cfd3305299c7c81d2a9eddada Former-commit-id: 4d09933673c30d6a9b2b9cc985b33ef23d7a99f4
This commit is contained in:
174
detectors/normalize/tools/buildSCDB.sh
Executable file
174
detectors/normalize/tools/buildSCDB.sh
Executable file
@ -0,0 +1,174 @@
|
|||||||
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#!/bin/bash
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#
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# BUILD REFERENCE SINGLE COPY LIBRARIES
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#
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#========================================================================================
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# -- CAUTION -- Works as long than the script
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# is not called through a symlink
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SCRIPT_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
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source "${SCRIPT_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
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pushTmpDir ORG.buildSCDB
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openLogFile "${IR_DATA_DIR}/SingleCopyDB.log"
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loginfo "Selecting Viridiplantae genebank entries..."
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VIRIDIPLANTAE=$(${PROG_DIR}/selectViridiplantae.sh $*)
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loginfo " --> $(echo ${VIRIDIPLANTAE} | wc -w) entries selected"
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loginfo "Done"
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#
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# Deals with Long Single Copies (LSC)
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#
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loginfo "Extracting Long Single Copies (LSC)..."
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${PROG_DIR}/extract_refLSC.sh ${VIRIDIPLANTAE} > LSC.fasta
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loginfo " --> $(fastaCount LSC.fasta) retreived sequences"
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loginfo "Done"
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loginfo "Building LSC coorientation graph..."
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${PROG_DIR}/coorienteSC.sh LSC.fasta 20000 ${LOGFILE} > LSC.tgf
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${PROG_DIR}/cc.py LSC.tgf > LSC.cc
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loginfo " --> $(awk '{print $1}' LSC.cc | uniq | wc -l) connected componants"
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loginfo "Done"
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loginfo "Indexing LCS..."
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fastaindex -f LSC.fasta -i LSC.index
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loginfo "Done"
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loginfo "Extracting main connected components for LCS..."
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rm -f LSC.direct.fasta
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touch LSC.direct.fasta
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for id in `awk '($1==0) {print $2}' LSC.cc`; do
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fastafetch -f LSC.fasta -i LSC.index -q "${id}" >> LSC.direct.fasta
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||||||
|
done
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||||||
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loginfo " --> $(fastaCount LSC.direct.fasta) sequences"
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|
loginfo "Done"
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||||||
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loginfo "Extracting second connected components for LCS..."
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rm -f LSC.reverse.fasta
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|
touch LSC.reverse.fasta
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for id in `awk '($1==1) {print $2}' LSC.cc`; do
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|
fastafetch -f LSC.fasta -i LSC.index -q "${id}" >> LSC.reverse.fasta
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||||||
|
done
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loginfo " --> $(fastaCount LSC.reverse.fasta) sequences"
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loginfo "Done"
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loginfo "merging both connected components for LCS..."
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fastarevcomp LSC.reverse.fasta >> LSC.direct.fasta
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loginfo " --> $(fastaCount LSC.direct.fasta) sequences in total"
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loginfo "Done"
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loginfo "Checking LCS homogeneity..."
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${PROG_DIR}/coorienteSC.sh LSC.direct.fasta 20000 ${LOGFILE} > LSC_RefDB.tgf
|
||||||
|
${PROG_DIR}/cc.py LSC_RefDB.tgf > LSC_RefDB.cc
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||||||
|
NCC=$(awk '{print $1}' LSC_RefDB.cc | uniq | wc -l)
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|
if (( $NCC == 1 )); then
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|
loginfo " --> $NCC connected componants"
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|
else
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|
logwarning " --> $NCC connected componants"
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|
fi
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|
loginfo "Done"
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loginfo "Installing LCS reference databases..."
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|
cp LSC.direct.fasta "${IR_DATA_DIR}/LSC_RefDB.fasta"
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||||||
|
cp LSC_RefDB.tgf "${IR_DATA_DIR}/LSC_RefDB.tgf"
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||||||
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||||||
|
makeblastdb -in "${IR_DATA_DIR}/LSC_RefDB.fasta" \
|
||||||
|
-dbtype nucl \
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|
-out "${IR_DATA_DIR}/LSC_RefDB" >& /dev/null
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|
loginfo "Done"
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#
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# Deals with Short Single Copies (SSC)
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#
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loginfo "Extracting Short Single Copies (SSC)..."
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|
${PROG_DIR}/extract_refSSC.sh ${VIRIDIPLANTAE} > SSC.fasta
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loginfo " --> $(fastaCount SSC.fasta) retreived sequences"
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|
loginfo "Done"
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||||||
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||||||
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||||||
|
loginfo "Building SSC coorientation graph..."
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|
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh SSC.fasta 5000 ${LOGFILE} > SSC.tgf
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||||||
|
${PROG_DIR}/cc.py SSC.tgf > SSC.cc
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|
loginfo " --> $(awk '{print $1}' SSC.cc | uniq | wc -l) connected componants"
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|
loginfo "Done"
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||||||
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|
loginfo "Indexing SSC..."
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|
fastaindex -f SSC.fasta -i SSC.index
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loginfo "Done"
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loginfo "Extracting main connected components for SSC..."
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rm -f SSC.direct.fasta
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touch SSC.direct.fasta
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for id in `awk '($1==0) {print $2}' SSC.cc`; do
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|
fastafetch -f SSC.fasta -i SSC.index -q "${id}" >> SSC.direct.fasta
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|
done
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loginfo " --> $(fastaCount SSC.direct.fasta) sequences"
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|
loginfo "Done"
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loginfo "Extracting second connected components for SSC..."
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rm -f SSC.reverse.fasta
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touch SSC.reverse.fasta
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for id in `awk '($1==1) {print $2}' SSC.cc`; do
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||||||
|
fastafetch -f SSC.fasta -i SSC.index -q "${id}" >> SSC.reverse.fasta
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||||||
|
done
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||||||
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loginfo " --> $(fastaCount SSC.reverse.fasta) sequences"
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|
loginfo "Done"
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||||||
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loginfo "merging both connected components for SSC..."
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fastarevcomp SSC.reverse.fasta >> SSC.direct.fasta
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loginfo " --> $(fastaCount SSC.direct.fasta) sequences in total"
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loginfo "Done"
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loginfo "Checking SSC homogeneity..."
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${PROG_DIR}/coorienteSC.sh SSC.direct.fasta 5000 ${LOGFILE} > SSC_RefDB.tgf
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${PROG_DIR}/cc.py SSC_RefDB.tgf > SSC_RefDB.cc
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NCC=$(awk '{print $1}' SSC_RefDB.cc | uniq | wc -l)
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|
if (( $NCC == 1 )); then
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|
loginfo " --> $NCC connected componants"
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|
else
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|
logwarning " --> $NCC connected componants"
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|
fi
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|
loginfo "Done"
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||||||
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||||||
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||||||
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||||||
|
loginfo "Installing SSC reference databases..."
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||||||
|
cp SSC.direct.fasta "${IR_DATA_DIR}/SSC_RefDB.fasta"
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||||||
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cp SSC_RefDB.tgf "${IR_DATA_DIR}/SSC_RefDB.tgf"
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||||||
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||||||
|
makeblastdb -in "${IR_DATA_DIR}/SSC_RefDB.fasta" \
|
||||||
|
-dbtype nucl \
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|
-out "${IR_DATA_DIR}/SSC_RefDB" >& /dev/null
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||||||
|
loginfo "Done"
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||||||
|
|
||||||
|
popTmpDir
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||||||
|
|
||||||
48
detectors/normalize/tools/cc.py
Executable file
48
detectors/normalize/tools/cc.py
Executable file
@ -0,0 +1,48 @@
|
|||||||
|
#!/usr/bin/env python
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||||||
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||||||
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import sys
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||||||
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data = open(sys.argv[1])
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ccs = []
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for line in data:
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||||||
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parts = line.strip().split()
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if len(parts) >= 2:
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a = parts[0]
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|
b = parts[1]
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|
else:
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continue
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newcc=set([a,b])
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keep=set()
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found=set()
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for i in range(len(ccs)):
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if len(found) < 2:
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cc=ccs[i]
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||||||
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if a not in found and a in cc:
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found.add(a)
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|
keep.add(i)
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if b not in found and b in cc:
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||||||
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found.add(b)
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||||||
|
keep.add(i)
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||||||
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||||||
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for i in keep:
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||||||
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newcc |= ccs[i]
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||||||
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newccs=[newcc]
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||||||
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for i in range(len(ccs)):
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if i not in keep:
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newccs.append(ccs[i])
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ccs=newccs
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ccs.sort(key=len, reverse=True)
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||||||
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for i in range(len(ccs)):
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|
cc=ccs[i]
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for l in cc:
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||||||
|
sys.stdout.write("%d %s\n" % (i,l))
|
||||||
|
|
||||||
83
detectors/normalize/tools/coorienteSC.sh
Executable file
83
detectors/normalize/tools/coorienteSC.sh
Executable file
@ -0,0 +1,83 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# BUILD THE COORIENTATION GRAPH
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#
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||||||
|
# From a set of sequences, this commande build a graph where:
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# - vertices are sequence id
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|
# - relation is : s oriented in the same way
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||||||
|
#
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||||||
|
# The same ortientation is defined from the similiarity measured by blast
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||||||
|
# The result graph is formated following the tgf format (trivial graph format)
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|
# NODE1 NODE2 EDGE_LABEL
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|
#
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|
# Run the command
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||||||
|
#
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||||||
|
# coorienteSC.sh <FASTA_FILE> <MINLENGTH> [LOGFILE]
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|
#
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||||||
|
# <FASTA_FILE> : the fasta file containing sequences to analyse
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||||||
|
# <MINLENGTH> : the cumulative minimum length strand have to share to conclude
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||||||
|
# <LOGFILE> : an optional logfile name
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||||||
|
#
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||||||
|
#========================================================================================
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||||||
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||||||
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||||||
|
# -- CAUTION -- Works as long than the script
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||||||
|
# is not called through a symlink
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||||||
|
SCRIPT_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
|
||||||
|
source "${SCRIPT_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
|
pushTmpDir ORG.coorienteSC
|
||||||
|
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||||||
|
if [[ ! -z $3 ]]; then
|
||||||
|
openLogFile $3
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||||||
|
fi
|
||||||
|
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||||||
|
DATA="${CALL_DIR}/${1}"
|
||||||
|
MINLENGTH=$2
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||||||
|
BLASTDB=${1/.fasta$/}
|
||||||
|
|
||||||
|
loginfo "Build temporary blast DB..."
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||||||
|
makeblastdb -in "${DATA}" -dbtype nucl -out "${BLASTDB}" >& /dev/null
|
||||||
|
loginfo "Done"
|
||||||
|
|
||||||
|
loginfo "Running Blast..."
|
||||||
|
blastn -db "${BLASTDB}" -query "${DATA}" -outfmt 6 | \
|
||||||
|
awk ' \
|
||||||
|
($4 > 1000) && ($3 > 70) \
|
||||||
|
($1==QUERY) && \
|
||||||
|
($2==SUBJECT) && \
|
||||||
|
(($7<$8) && ($9<$10)) || (($7>$8) && ($9>$10)) {LSAME+= ($3/100.*$4)} \
|
||||||
|
($4 > 1000) && ($3 > 70) \
|
||||||
|
($1==QUERY) && \
|
||||||
|
($2==SUBJECT) && \
|
||||||
|
(($7<$8) && ($9>$10)) || (($7>$8) && ($9<$10)) {LDIFF+= ($3/100.*$4)} \
|
||||||
|
(QUERY!="") && \
|
||||||
|
(($1!=QUERY) || ($2!=SUBJECT)) {print QUERY,SUBJECT,LSAME,LDIFF,(LSAME>LDIFF)} \
|
||||||
|
(($1!=QUERY) || ($2!=SUBJECT)) {QUERY=$1;SUBJECT=$2; \
|
||||||
|
LSAME=0; \
|
||||||
|
LDIFF=0; \
|
||||||
|
if (($4 > 1000) && ($3 > 70)) { \
|
||||||
|
if ((($7<$8) && ($9<$10)) || \
|
||||||
|
(($7>$8) && ($9>$10))) {\
|
||||||
|
LSAME= ($3/100.*$4) } \
|
||||||
|
else { \
|
||||||
|
LDIFF= ($3/100.*$4) }} \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
END {print QUERY,SUBJECT,LSAME,LDIFF,(LSAME>LDIFF)}' | \
|
||||||
|
awk -v minlength="${MINLENGTH}" \
|
||||||
|
' (($3>minlength) || \
|
||||||
|
($4 > minlength)) && \
|
||||||
|
($3/($4+1) > 2) && \
|
||||||
|
($1!=$2) { if ($1 > $2) \
|
||||||
|
{ print $2,$1,$5 } \
|
||||||
|
else \
|
||||||
|
{print $1,$2,$5}}' | \
|
||||||
|
sort | \
|
||||||
|
uniq -c | \
|
||||||
|
awk '($1==2) {print $2,$3,$4}'
|
||||||
|
loginfo "Done"
|
||||||
|
|
||||||
|
popTmpDir
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
50
detectors/normalize/tools/extract_refLSC.sh
Executable file
50
detectors/normalize/tools/extract_refLSC.sh
Executable file
@ -0,0 +1,50 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
awk 'function printfasta(seq) { \
|
||||||
|
seqlen=length(seq); \
|
||||||
|
for (i=1; i <= seqlen; i+=60) \
|
||||||
|
print substr(seq,i,60); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
function comp(seq) { \
|
||||||
|
"echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA " | getline res; \
|
||||||
|
close("echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA "); \
|
||||||
|
return res; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
function rev(seq) { \
|
||||||
|
"echo "seq" | rev " | getline res; \
|
||||||
|
close("echo "seq" | rev "); \
|
||||||
|
return res; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
function revcomp(seq) { \
|
||||||
|
res=rev(comp(seq)); \
|
||||||
|
return res; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
\
|
||||||
|
/^LOCUS / {AC=$2; sequence=""; seqon=0; FROM="";TO=""} \
|
||||||
|
/^ misc_feature/ {LOCUS=$2; STRAND=1} \
|
||||||
|
/^ misc_feature/ && /complement/ {STRAND=0; \
|
||||||
|
sub("complement\\(","",LOCUS); \
|
||||||
|
sub("\\)","",LOCUS); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
/large single copy/ && /LSC/ {split(LOCUS,POS,"."); \
|
||||||
|
FROM=POS[1]; \
|
||||||
|
TO=POS[3]; \
|
||||||
|
LENGTH=TO-FROM+1 \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
/^ORIGIN/ {seqon=1} \
|
||||||
|
/^ *[1-9][0-9]* [a-z ]+$/ && seqon {seq=$2 $3 $4 $5 $6 $7; \
|
||||||
|
gsub("[^acgt]","n",seq);\
|
||||||
|
sequence=sequence seq \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
/^\/\// && FROM && (LENGTH > 60000) && (LENGTH < 100000) \
|
||||||
|
{print ">LSC_"AC" Strand="STRAND";", \
|
||||||
|
"cut="FROM".."TO";", \
|
||||||
|
"seq_length="LENGTH";"; \
|
||||||
|
SS=substr(sequence,FROM,LENGTH); \
|
||||||
|
if (! STRAND) \
|
||||||
|
SS=revcomp(SS); \
|
||||||
|
printfasta(SS); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
' $*
|
||||||
50
detectors/normalize/tools/extract_refSSC.sh
Executable file
50
detectors/normalize/tools/extract_refSSC.sh
Executable file
@ -0,0 +1,50 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
awk 'function printfasta(seq) { \
|
||||||
|
seqlen=length(seq); \
|
||||||
|
for (i=1; i <= seqlen; i+=60) \
|
||||||
|
print substr(seq,i,60); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
function comp(seq) { \
|
||||||
|
"echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA " | getline res; \
|
||||||
|
close("echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA "); \
|
||||||
|
return res; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
function rev(seq) { \
|
||||||
|
"echo "seq" | rev " | getline res; \
|
||||||
|
close("echo "seq" | rev "); \
|
||||||
|
return res; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
function revcomp(seq) { \
|
||||||
|
res=rev(comp(seq)); \
|
||||||
|
return res; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
\
|
||||||
|
/^LOCUS / {AC=$2; sequence=""; seqon=0; FROM="";TO=""} \
|
||||||
|
/^ misc_feature/ {LOCUS=$2; STRAND=1} \
|
||||||
|
/^ misc_feature/ && /complement/ {STRAND=0; \
|
||||||
|
sub("complement\\(","",LOCUS); \
|
||||||
|
sub("\\)","",LOCUS); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
/small single copy/ && /SSC/ {split(LOCUS,POS,"."); \
|
||||||
|
FROM=POS[1]; \
|
||||||
|
TO=POS[3]; \
|
||||||
|
LENGTH=TO-FROM+1 \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
/^ORIGIN/ {seqon=1} \
|
||||||
|
/^ *[1-9][0-9]* [a-z ]+$/ && seqon {seq=$2 $3 $4 $5 $6 $7; \
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||||||
|
gsub("[^acgt]","n",seq);\
|
||||||
|
sequence=sequence seq \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
/^\/\// && FROM && (LENGTH > 15000) && (LENGTH < 20000) \
|
||||||
|
{print ">SSC_"AC" Strand="STRAND";", \
|
||||||
|
"cut="FROM".."TO";", \
|
||||||
|
"seq_length="LENGTH";"; \
|
||||||
|
SS=substr(sequence,FROM,LENGTH); \
|
||||||
|
if (! STRAND) \
|
||||||
|
SS=revcomp(SS); \
|
||||||
|
printfasta(SS); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
' $*
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||||||
8
detectors/normalize/tools/selectViridiplantae.sh
Executable file
8
detectors/normalize/tools/selectViridiplantae.sh
Executable file
@ -0,0 +1,8 @@
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#!/bin/bash
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grep -A 1 ' ORGANISM' $* | \
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grep -B 1 Viridiplantae | \
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awk '{print $1}' | \
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grep '\.gbk' | \
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sed -E 's/(^.*\.gbk).$/\1/' | \
|
||||||
|
uniq
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117
scripts/bash_init.sh
Normal file
117
scripts/bash_init.sh
Normal file
@ -0,0 +1,117 @@
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#
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# Bash file to be sourced at the begining of each bash script
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# for setting up basic variables and functions
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#
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#
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# General usage functions
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#
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#
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function getAbsolutePath {
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[[ -d $1 ]] && { cd "$1"; echo "$(pwd -P)"; } ||
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{ cd "$(dirname "$1")"; echo "$(pwd -P)/$(basename "$1")"; }
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}
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# Manage temp directory
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function pushTmpDir {
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TMP_DIR=$(mktemp -d -t "$1_proc_$$_")
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pushd $TMP_DIR >& /dev/null
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}
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function popTmpDir {
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popd >& /dev/null
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rm -rf $TMP_DIR >& /dev/null
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}
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# Logging functions
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function errcho {
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>&2 echo $*
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}
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function openLogFile {
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LOGFILE=$1
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touch ${LOGFILE}
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}
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function loginfo {
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errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA INFO ] $$ -- $1"
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||||||
|
if [[ ! -z ${LOGFILE} ]]; then
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||||||
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA INFO ] $$ -- $1" >> ${LOGFILE}
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|
fi
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|
}
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|
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|
function logerror {
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||||||
|
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA ERROR ] $$ -- $1"
|
||||||
|
if [[ ! -z ${LOGFILE} ]]; then
|
||||||
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA ERROR ] $$ -- $1" >> ${LOGFILE}
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
function logwarning {
|
||||||
|
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA WARNING] $$ -- $1"
|
||||||
|
if [[ ! -z ${LOGFILE} ]]; then
|
||||||
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA WARNING] $$ -- $1" >> ${LOGFILE}
|
||||||
|
fi
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|
}
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# Sequence related functions
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function fastaCount {
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grep '^>' $1 | wc -l
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}
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#
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# Local variable definitions
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# The absolute path to the ORG.Annote home direcotory
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ORG_HOME=`getAbsolutePath $(dirname ${BASH_SOURCE[0]})/..`
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ORG_PORTNAME=`${ORG_HOME}/config/guess_port` # The architecture running the ORG.Annnote instance
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PROG_DIR="$(getAbsolutePath $(dirname $0))" # Directory containing the main script file
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DATA_DIR="${ORG_HOME}/data" # Directory containing reference data for the annotation
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CALL_DIR="$(getAbsolutePath $(pwd))" # Directory from where the main script is called
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IR_DATA_DIR="${DATA_DIR}/ir" # Directory containing data related to the
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# Inverted repeat strucuture
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#
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# Altering the environment
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# We alter the path to include the bin dir corresponding to the port
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PATH="${ORG_HOME}/ports/${ORG_PORTNAME}/bin:${PATH}"
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export PATH
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# Force to basic international setting for a correction behaviour of AWK on mac with float
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export LANG=C
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export LC_ALL=C
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Reference in New Issue
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