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Former-commit-id: 7f32ef237be64d3f81353241462f0b6c8f68d3c5 Former-commit-id: 8eb0147cc85f241e89399c4d3a9c7b5b2f52e215
This commit is contained in:
@ -105,40 +105,7 @@ blastx \
|
||||
($7 > $8) {print $8,$7,$9,$10,"R"}' \
|
||||
| sort -n \
|
||||
| uniq \
|
||||
| $AwkCmd 'function overlap(x1,y1,x2,y2) {
|
||||
return (((x1+0 <= x2+0) && ((y1+1) >= x2+0)) ||
|
||||
((x2+0 <= x1+0) && ((y2+1) >= x1+0)))
|
||||
}
|
||||
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
||||
(NR==1) {i=0
|
||||
frg[i]=$0
|
||||
}
|
||||
(x1 && y1) {
|
||||
if (overlap(x1,y1,$1,$2)) {
|
||||
$1 = min(x1,$1)
|
||||
$2 = max(y1,$2)
|
||||
if (overlap(v1,w1,$3,$4)) {
|
||||
$3 = min(v1,$3)
|
||||
$4 = max(w1,$4)
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else i++
|
||||
}
|
||||
(x1 && y1) {
|
||||
frg[i] = $0
|
||||
}
|
||||
{ x1 = $1
|
||||
y1 = $2
|
||||
v1 = $3
|
||||
w1 = $4
|
||||
}
|
||||
END {
|
||||
for (j = 0; j <= i; j++) {
|
||||
print frg[j]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
' \
|
||||
| $AwkCmd -f $LIB_DIR/rps12_filter_1.awk \
|
||||
| sort -nk 3 \
|
||||
| $AwkCmd '($3 != old3 || $4 != old4) {
|
||||
i++
|
||||
@ -148,108 +115,12 @@ blastx \
|
||||
{print $0,i}
|
||||
' \
|
||||
| sort -nk 6 \
|
||||
| $AwkCmd 'function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||
(old6 == 1) {
|
||||
print old
|
||||
oldprint = 1
|
||||
}
|
||||
((old6 == 2 && $6==2) ||
|
||||
full == 1) {
|
||||
print old
|
||||
full = 0
|
||||
}
|
||||
(((old6 == 2 && $6==3) ||
|
||||
(old6 == 3 && $6==2)) && full != 1) {
|
||||
$1 = old1
|
||||
$6 = min(old6,$6)
|
||||
full = 1
|
||||
}
|
||||
END {print old}
|
||||
{
|
||||
old = $0
|
||||
old1 = $1
|
||||
old6= $6
|
||||
}' \
|
||||
| $AwkCmd -f $LIB_DIR/rps12_filter_2.awk \
|
||||
| $AwkCmd -v delta="$DELTA" \
|
||||
-v seqlen="$SEQLEN" \
|
||||
-v chloro="$SEQUENCE" \
|
||||
'function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
||||
function rev(s) {
|
||||
x = ""
|
||||
for (i=length(s);i!=0;i--)
|
||||
x=x substr(s,i,1)
|
||||
return x
|
||||
}
|
||||
function swapchar(s,a,b) {
|
||||
gsub(a,"@",s)
|
||||
gsub(b,a,s)
|
||||
gsub(/@/,b,s)
|
||||
return s
|
||||
}
|
||||
function revcomp(s) {
|
||||
s = swapchar(s,"A","T")
|
||||
s = swapchar(s,"C","G")
|
||||
s = swapchar(s,"M","K")
|
||||
s = swapchar(s,"R","Y")
|
||||
s = swapchar(s,"W","S")
|
||||
s = swapchar(s,"B","V")
|
||||
s = swapchar(s,"D","H")
|
||||
s = swapchar(s,"a","t")
|
||||
s = swapchar(s,"c","g")
|
||||
s = swapchar(s,"m","k")
|
||||
s = swapchar(s,"r","y")
|
||||
s = swapchar(s,"w","s")
|
||||
s = swapchar(s,"b","v")
|
||||
s = swapchar(s,"d","h")
|
||||
return rev(s)
|
||||
}
|
||||
{ from = max(1,$1 - delta)
|
||||
to = min($2 + delta,seqlen)
|
||||
sequence = substr(chloro,from,to-from+1)
|
||||
if ($5 == "R") sequence = revcomp(sequence)
|
||||
nparts[$6]+=1
|
||||
n = nparts[$6]
|
||||
parts[$6][n][1] = from
|
||||
parts[$6][n][2] = to
|
||||
parts[$6][n][3] = $3
|
||||
parts[$6][n][4] = $4
|
||||
parts[$6][n][5] = $5
|
||||
parts[$6][n][6] = $6
|
||||
parts[$6][n][7] = sequence
|
||||
}
|
||||
END {
|
||||
l = length(parts)
|
||||
if (l==1) {
|
||||
n = nparts[1]
|
||||
for (i =1; i <= n; i++) {
|
||||
print ">RPS12_" i,"parts=1; limit=" length(parts[1][i][7]) + 1 \
|
||||
"; from1=" parts[1][i][1] \
|
||||
"; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
||||
";" > "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
||||
print parts[1][i][7] \
|
||||
> "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
-f $LIB_DIR/rps12_filter_3.awk
|
||||
|
||||
if (l==2) {
|
||||
n1 = nparts[1]
|
||||
n2 = nparts[2]
|
||||
for (i =1; i <= n1; i++)
|
||||
for (j =1; j <= n2; j++) {
|
||||
k = (i-1)*n2+j
|
||||
print ">RPS12_" k,"parts=2", \
|
||||
"limit=" (length(parts[1][i][7]) + 10 + 1) \
|
||||
"; from1=" parts[1][i][1] "; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
||||
"; from2=" parts[2][j][1] "; to2=" parts[2][j][2] "; strand2=" parts[2][j][5] \
|
||||
";" > "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
||||
print parts[1][i][7] "nnnnnnnnnn" parts[2][j][7] \
|
||||
> "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
'
|
||||
|
||||
nrps12=$(ls -1 rps12_fragments_*.fasta | wc -l)
|
||||
|
||||
@ -303,55 +174,7 @@ blastx \
|
||||
cat $f.ori \
|
||||
| $AwkCmd -v S1="$S1" -v F1="$F1" -v T1="$T1" \
|
||||
-v S2="$S2" -v F2="$F2" -v T2="$T2" -v L2="$L2" \
|
||||
'
|
||||
function convert1p(p) {
|
||||
if (p+0 < L2) {
|
||||
I = 1
|
||||
if (S1=="F") {
|
||||
S = 1
|
||||
B = F1
|
||||
} else {
|
||||
S = -1
|
||||
B = T1
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
I = L2
|
||||
if (S2=="F") {
|
||||
S = 1
|
||||
B = F2
|
||||
} else {
|
||||
S = -1
|
||||
B = T2
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return S*(p - I) + B
|
||||
}
|
||||
function convert(p1,p2) {
|
||||
p1 = convert1p(p1)
|
||||
p2 = convert1p(p2)
|
||||
if (p1 < p2)
|
||||
res = p1 ".." p2
|
||||
else
|
||||
res = "complement(" p2 ".." p1 ")"
|
||||
return res
|
||||
}
|
||||
/[0-9]+\.\.[0-9]+/ {
|
||||
s = $0
|
||||
r = $0
|
||||
while (length(s) > 0) {
|
||||
match(s,/[0-9]+\.\.[0-9]+/)
|
||||
range = substr(s,RSTART,RLENGTH)
|
||||
s = substr(s,RSTART+RLENGTH+1)
|
||||
match(range,/^[0-9]+/)
|
||||
from = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
||||
match(range,/[0-9]+$/)
|
||||
to = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
||||
sub(range,convert(from,to),r)
|
||||
}
|
||||
$0=r
|
||||
}
|
||||
{print $0}
|
||||
' \
|
||||
-f $LIB_DIR/rps12_filter_4.awk \
|
||||
| $AwkCmd '
|
||||
#
|
||||
# Normalize join(complement(A),complement(B),complement(C)) locations
|
||||
|
||||
38
detectors/cds/lib/rps12_filter_1.awk
Normal file
38
detectors/cds/lib/rps12_filter_1.awk
Normal file
@ -0,0 +1,38 @@
|
||||
function overlap(x1,y1,x2,y2) {
|
||||
return (((x1+0 <= x2+0) && ((y1+1) >= x2+0)) ||
|
||||
((x2+0 <= x1+0) && ((y2+1) >= x1+0)))
|
||||
}
|
||||
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
||||
|
||||
(NR==1) {i=0
|
||||
frg[i]=$0
|
||||
}
|
||||
|
||||
(x1 && y1) {
|
||||
if (overlap(x1,y1,$1,$2)) {
|
||||
$1 = min(x1,$1)
|
||||
$2 = max(y1,$2)
|
||||
if (overlap(v1,w1,$3,$4)) {
|
||||
$3 = min(v1,$3)
|
||||
$4 = max(w1,$4)
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else i++
|
||||
}
|
||||
|
||||
(x1 && y1) {
|
||||
frg[i] = $0
|
||||
}
|
||||
|
||||
{ x1 = $1
|
||||
y1 = $2
|
||||
v1 = $3
|
||||
w1 = $4
|
||||
}
|
||||
|
||||
END {
|
||||
for (j = 0; j <= i; j++) {
|
||||
print frg[j]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
26
detectors/cds/lib/rps12_filter_2.awk
Normal file
26
detectors/cds/lib/rps12_filter_2.awk
Normal file
@ -0,0 +1,26 @@
|
||||
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||
(old6 == 1) {
|
||||
print old
|
||||
oldprint = 1
|
||||
}
|
||||
|
||||
((old6 == 2 && $6==2) ||
|
||||
full == 1) {
|
||||
print old
|
||||
full = 0
|
||||
}
|
||||
|
||||
(((old6 == 2 && $6==3) ||
|
||||
(old6 == 3 && $6==2)) && full != 1) {
|
||||
$1 = old1
|
||||
$6 = min(old6,$6)
|
||||
full = 1
|
||||
}
|
||||
|
||||
END {print old}
|
||||
|
||||
{
|
||||
old = $0
|
||||
old1 = $1
|
||||
old6= $6
|
||||
}
|
||||
78
detectors/cds/lib/rps12_filter_3.awk
Normal file
78
detectors/cds/lib/rps12_filter_3.awk
Normal file
@ -0,0 +1,78 @@
|
||||
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
||||
function rev(s) {
|
||||
x = ""
|
||||
for (i=length(s);i!=0;i--)
|
||||
x=x substr(s,i,1)
|
||||
return x
|
||||
}
|
||||
|
||||
function swapchar(s,a,b) {
|
||||
gsub(a,"@",s)
|
||||
gsub(b,a,s)
|
||||
gsub(/@/,b,s)
|
||||
return s
|
||||
}
|
||||
|
||||
function revcomp(s) {
|
||||
s = swapchar(s,"A","T")
|
||||
s = swapchar(s,"C","G")
|
||||
s = swapchar(s,"M","K")
|
||||
s = swapchar(s,"R","Y")
|
||||
s = swapchar(s,"W","S")
|
||||
s = swapchar(s,"B","V")
|
||||
s = swapchar(s,"D","H")
|
||||
s = swapchar(s,"a","t")
|
||||
s = swapchar(s,"c","g")
|
||||
s = swapchar(s,"m","k")
|
||||
s = swapchar(s,"r","y")
|
||||
s = swapchar(s,"w","s")
|
||||
s = swapchar(s,"b","v")
|
||||
s = swapchar(s,"d","h")
|
||||
return rev(s)
|
||||
}
|
||||
{ from = max(1,$1 - delta)
|
||||
to = min($2 + delta,seqlen)
|
||||
sequence = substr(chloro,from,to-from+1)
|
||||
if ($5 == "R") sequence = revcomp(sequence)
|
||||
nparts[$6]+=1
|
||||
n = nparts[$6]
|
||||
parts[$6][n][1] = from
|
||||
parts[$6][n][2] = to
|
||||
parts[$6][n][3] = $3
|
||||
parts[$6][n][4] = $4
|
||||
parts[$6][n][5] = $5
|
||||
parts[$6][n][6] = $6
|
||||
parts[$6][n][7] = sequence
|
||||
}
|
||||
END {
|
||||
l = length(parts)
|
||||
if (l==1) {
|
||||
n = nparts[1]
|
||||
for (i =1; i <= n; i++) {
|
||||
print ">RPS12_" i,"parts=1; limit=" length(parts[1][i][7]) + 1 \
|
||||
"; from1=" parts[1][i][1] \
|
||||
"; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
||||
";" > "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
||||
print parts[1][i][7] \
|
||||
> "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (l==2) {
|
||||
n1 = nparts[1]
|
||||
n2 = nparts[2]
|
||||
for (i =1; i <= n1; i++)
|
||||
for (j =1; j <= n2; j++) {
|
||||
k = (i-1)*n2+j
|
||||
print ">RPS12_" k,"parts=2", \
|
||||
"limit=" (length(parts[1][i][7]) + 10 + 1) \
|
||||
"; from1=" parts[1][i][1] "; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
||||
"; from2=" parts[2][j][1] "; to2=" parts[2][j][2] "; strand2=" parts[2][j][5] \
|
||||
";" > "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
||||
print parts[1][i][7] "nnnnnnnnnn" parts[2][j][7] \
|
||||
> "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
47
detectors/cds/lib/rps12_filter_4.awk
Normal file
47
detectors/cds/lib/rps12_filter_4.awk
Normal file
@ -0,0 +1,47 @@
|
||||
function convert1p(p) {
|
||||
if (p+0 < L2) {
|
||||
I = 1
|
||||
if (S1=="F") {
|
||||
S = 1
|
||||
B = F1
|
||||
} else {
|
||||
S = -1
|
||||
B = T1
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
I = L2
|
||||
if (S2=="F") {
|
||||
S = 1
|
||||
B = F2
|
||||
} else {
|
||||
S = -1
|
||||
B = T2
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return S*(p - I) + B
|
||||
}
|
||||
function convert(p1,p2) {
|
||||
p1 = convert1p(p1)
|
||||
p2 = convert1p(p2)
|
||||
if (p1 < p2)
|
||||
res = p1 ".." p2
|
||||
else
|
||||
res = "complement(" p2 ".." p1 ")"
|
||||
return res
|
||||
}
|
||||
/[0-9]+\.\.[0-9]+/ {
|
||||
s = $0
|
||||
r = $0
|
||||
while (length(s) > 0) {
|
||||
match(s,/[0-9]+\.\.[0-9]+/)
|
||||
range = substr(s,RSTART,RLENGTH)
|
||||
s = substr(s,RSTART+RLENGTH+1)
|
||||
match(range,/^[0-9]+/)
|
||||
from = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
||||
match(range,/[0-9]+$/)
|
||||
to = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
||||
sub(range,convert(from,to),r)
|
||||
}
|
||||
$0=r
|
||||
}
|
||||
{print $0}
|
||||
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