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Former-commit-id: 7f32ef237be64d3f81353241462f0b6c8f68d3c5 Former-commit-id: 8eb0147cc85f241e89399c4d3a9c7b5b2f52e215
This commit is contained in:
@ -105,40 +105,7 @@ blastx \
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|||||||
($7 > $8) {print $8,$7,$9,$10,"R"}' \
|
($7 > $8) {print $8,$7,$9,$10,"R"}' \
|
||||||
| sort -n \
|
| sort -n \
|
||||||
| uniq \
|
| uniq \
|
||||||
| $AwkCmd 'function overlap(x1,y1,x2,y2) {
|
| $AwkCmd -f $LIB_DIR/rps12_filter_1.awk \
|
||||||
return (((x1+0 <= x2+0) && ((y1+1) >= x2+0)) ||
|
|
||||||
((x2+0 <= x1+0) && ((y2+1) >= x1+0)))
|
|
||||||
}
|
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||||||
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
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||||||
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
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(NR==1) {i=0
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frg[i]=$0
|
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||||||
}
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(x1 && y1) {
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if (overlap(x1,y1,$1,$2)) {
|
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||||||
$1 = min(x1,$1)
|
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||||||
$2 = max(y1,$2)
|
|
||||||
if (overlap(v1,w1,$3,$4)) {
|
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||||||
$3 = min(v1,$3)
|
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||||||
$4 = max(w1,$4)
|
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||||||
}
|
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||||||
}
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||||||
else i++
|
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||||||
}
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(x1 && y1) {
|
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frg[i] = $0
|
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||||||
}
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||||||
{ x1 = $1
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||||||
y1 = $2
|
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v1 = $3
|
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||||||
w1 = $4
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||||||
}
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||||||
END {
|
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||||||
for (j = 0; j <= i; j++) {
|
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||||||
print frg[j]
|
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||||||
}
|
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||||||
}
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||||||
' \
|
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||||||
| sort -nk 3 \
|
| sort -nk 3 \
|
||||||
| $AwkCmd '($3 != old3 || $4 != old4) {
|
| $AwkCmd '($3 != old3 || $4 != old4) {
|
||||||
i++
|
i++
|
||||||
@ -148,108 +115,12 @@ blastx \
|
|||||||
{print $0,i}
|
{print $0,i}
|
||||||
' \
|
' \
|
||||||
| sort -nk 6 \
|
| sort -nk 6 \
|
||||||
| $AwkCmd 'function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
| $AwkCmd -f $LIB_DIR/rps12_filter_2.awk \
|
||||||
(old6 == 1) {
|
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||||||
print old
|
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||||||
oldprint = 1
|
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||||||
}
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||||||
((old6 == 2 && $6==2) ||
|
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||||||
full == 1) {
|
|
||||||
print old
|
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||||||
full = 0
|
|
||||||
}
|
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||||||
(((old6 == 2 && $6==3) ||
|
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||||||
(old6 == 3 && $6==2)) && full != 1) {
|
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||||||
$1 = old1
|
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||||||
$6 = min(old6,$6)
|
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||||||
full = 1
|
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}
|
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||||||
END {print old}
|
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||||||
{
|
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||||||
old = $0
|
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||||||
old1 = $1
|
|
||||||
old6= $6
|
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||||||
}' \
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|
||||||
| $AwkCmd -v delta="$DELTA" \
|
| $AwkCmd -v delta="$DELTA" \
|
||||||
-v seqlen="$SEQLEN" \
|
-v seqlen="$SEQLEN" \
|
||||||
-v chloro="$SEQUENCE" \
|
-v chloro="$SEQUENCE" \
|
||||||
'function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
-f $LIB_DIR/rps12_filter_3.awk
|
||||||
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
|
||||||
function rev(s) {
|
|
||||||
x = ""
|
|
||||||
for (i=length(s);i!=0;i--)
|
|
||||||
x=x substr(s,i,1)
|
|
||||||
return x
|
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||||||
}
|
|
||||||
function swapchar(s,a,b) {
|
|
||||||
gsub(a,"@",s)
|
|
||||||
gsub(b,a,s)
|
|
||||||
gsub(/@/,b,s)
|
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||||||
return s
|
|
||||||
}
|
|
||||||
function revcomp(s) {
|
|
||||||
s = swapchar(s,"A","T")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"C","G")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"M","K")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"R","Y")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"W","S")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"B","V")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"D","H")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"a","t")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"c","g")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"m","k")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"r","y")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"w","s")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"b","v")
|
|
||||||
s = swapchar(s,"d","h")
|
|
||||||
return rev(s)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
{ from = max(1,$1 - delta)
|
|
||||||
to = min($2 + delta,seqlen)
|
|
||||||
sequence = substr(chloro,from,to-from+1)
|
|
||||||
if ($5 == "R") sequence = revcomp(sequence)
|
|
||||||
nparts[$6]+=1
|
|
||||||
n = nparts[$6]
|
|
||||||
parts[$6][n][1] = from
|
|
||||||
parts[$6][n][2] = to
|
|
||||||
parts[$6][n][3] = $3
|
|
||||||
parts[$6][n][4] = $4
|
|
||||||
parts[$6][n][5] = $5
|
|
||||||
parts[$6][n][6] = $6
|
|
||||||
parts[$6][n][7] = sequence
|
|
||||||
}
|
|
||||||
END {
|
|
||||||
l = length(parts)
|
|
||||||
if (l==1) {
|
|
||||||
n = nparts[1]
|
|
||||||
for (i =1; i <= n; i++) {
|
|
||||||
print ">RPS12_" i,"parts=1; limit=" length(parts[1][i][7]) + 1 \
|
|
||||||
"; from1=" parts[1][i][1] \
|
|
||||||
"; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
|
||||||
";" > "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
|
||||||
print parts[1][i][7] \
|
|
||||||
> "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (l==2) {
|
|
||||||
n1 = nparts[1]
|
|
||||||
n2 = nparts[2]
|
|
||||||
for (i =1; i <= n1; i++)
|
|
||||||
for (j =1; j <= n2; j++) {
|
|
||||||
k = (i-1)*n2+j
|
|
||||||
print ">RPS12_" k,"parts=2", \
|
|
||||||
"limit=" (length(parts[1][i][7]) + 10 + 1) \
|
|
||||||
"; from1=" parts[1][i][1] "; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
|
||||||
"; from2=" parts[2][j][1] "; to2=" parts[2][j][2] "; strand2=" parts[2][j][5] \
|
|
||||||
";" > "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
|
||||||
print parts[1][i][7] "nnnnnnnnnn" parts[2][j][7] \
|
|
||||||
> "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
'
|
|
||||||
|
|
||||||
nrps12=$(ls -1 rps12_fragments_*.fasta | wc -l)
|
nrps12=$(ls -1 rps12_fragments_*.fasta | wc -l)
|
||||||
|
|
||||||
@ -303,55 +174,7 @@ blastx \
|
|||||||
cat $f.ori \
|
cat $f.ori \
|
||||||
| $AwkCmd -v S1="$S1" -v F1="$F1" -v T1="$T1" \
|
| $AwkCmd -v S1="$S1" -v F1="$F1" -v T1="$T1" \
|
||||||
-v S2="$S2" -v F2="$F2" -v T2="$T2" -v L2="$L2" \
|
-v S2="$S2" -v F2="$F2" -v T2="$T2" -v L2="$L2" \
|
||||||
'
|
-f $LIB_DIR/rps12_filter_4.awk \
|
||||||
function convert1p(p) {
|
|
||||||
if (p+0 < L2) {
|
|
||||||
I = 1
|
|
||||||
if (S1=="F") {
|
|
||||||
S = 1
|
|
||||||
B = F1
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
S = -1
|
|
||||||
B = T1
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
I = L2
|
|
||||||
if (S2=="F") {
|
|
||||||
S = 1
|
|
||||||
B = F2
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
S = -1
|
|
||||||
B = T2
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return S*(p - I) + B
|
|
||||||
}
|
|
||||||
function convert(p1,p2) {
|
|
||||||
p1 = convert1p(p1)
|
|
||||||
p2 = convert1p(p2)
|
|
||||||
if (p1 < p2)
|
|
||||||
res = p1 ".." p2
|
|
||||||
else
|
|
||||||
res = "complement(" p2 ".." p1 ")"
|
|
||||||
return res
|
|
||||||
}
|
|
||||||
/[0-9]+\.\.[0-9]+/ {
|
|
||||||
s = $0
|
|
||||||
r = $0
|
|
||||||
while (length(s) > 0) {
|
|
||||||
match(s,/[0-9]+\.\.[0-9]+/)
|
|
||||||
range = substr(s,RSTART,RLENGTH)
|
|
||||||
s = substr(s,RSTART+RLENGTH+1)
|
|
||||||
match(range,/^[0-9]+/)
|
|
||||||
from = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
|
||||||
match(range,/[0-9]+$/)
|
|
||||||
to = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
|
||||||
sub(range,convert(from,to),r)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
$0=r
|
|
||||||
}
|
|
||||||
{print $0}
|
|
||||||
' \
|
|
||||||
| $AwkCmd '
|
| $AwkCmd '
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Normalize join(complement(A),complement(B),complement(C)) locations
|
# Normalize join(complement(A),complement(B),complement(C)) locations
|
||||||
|
|||||||
38
detectors/cds/lib/rps12_filter_1.awk
Normal file
38
detectors/cds/lib/rps12_filter_1.awk
Normal file
@ -0,0 +1,38 @@
|
|||||||
|
function overlap(x1,y1,x2,y2) {
|
||||||
|
return (((x1+0 <= x2+0) && ((y1+1) >= x2+0)) ||
|
||||||
|
((x2+0 <= x1+0) && ((y2+1) >= x1+0)))
|
||||||
|
}
|
||||||
|
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||||
|
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
||||||
|
|
||||||
|
(NR==1) {i=0
|
||||||
|
frg[i]=$0
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
(x1 && y1) {
|
||||||
|
if (overlap(x1,y1,$1,$2)) {
|
||||||
|
$1 = min(x1,$1)
|
||||||
|
$2 = max(y1,$2)
|
||||||
|
if (overlap(v1,w1,$3,$4)) {
|
||||||
|
$3 = min(v1,$3)
|
||||||
|
$4 = max(w1,$4)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else i++
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
(x1 && y1) {
|
||||||
|
frg[i] = $0
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
{ x1 = $1
|
||||||
|
y1 = $2
|
||||||
|
v1 = $3
|
||||||
|
w1 = $4
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
END {
|
||||||
|
for (j = 0; j <= i; j++) {
|
||||||
|
print frg[j]
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
26
detectors/cds/lib/rps12_filter_2.awk
Normal file
26
detectors/cds/lib/rps12_filter_2.awk
Normal file
@ -0,0 +1,26 @@
|
|||||||
|
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||||
|
(old6 == 1) {
|
||||||
|
print old
|
||||||
|
oldprint = 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
((old6 == 2 && $6==2) ||
|
||||||
|
full == 1) {
|
||||||
|
print old
|
||||||
|
full = 0
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
(((old6 == 2 && $6==3) ||
|
||||||
|
(old6 == 3 && $6==2)) && full != 1) {
|
||||||
|
$1 = old1
|
||||||
|
$6 = min(old6,$6)
|
||||||
|
full = 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
END {print old}
|
||||||
|
|
||||||
|
{
|
||||||
|
old = $0
|
||||||
|
old1 = $1
|
||||||
|
old6= $6
|
||||||
|
}
|
||||||
78
detectors/cds/lib/rps12_filter_3.awk
Normal file
78
detectors/cds/lib/rps12_filter_3.awk
Normal file
@ -0,0 +1,78 @@
|
|||||||
|
function min(a,b) {return (a <= b) ? a:b }
|
||||||
|
function max(a,b) {return (a >= b) ? a:b }
|
||||||
|
function rev(s) {
|
||||||
|
x = ""
|
||||||
|
for (i=length(s);i!=0;i--)
|
||||||
|
x=x substr(s,i,1)
|
||||||
|
return x
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
function swapchar(s,a,b) {
|
||||||
|
gsub(a,"@",s)
|
||||||
|
gsub(b,a,s)
|
||||||
|
gsub(/@/,b,s)
|
||||||
|
return s
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
function revcomp(s) {
|
||||||
|
s = swapchar(s,"A","T")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"C","G")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"M","K")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"R","Y")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"W","S")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"B","V")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"D","H")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"a","t")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"c","g")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"m","k")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"r","y")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"w","s")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"b","v")
|
||||||
|
s = swapchar(s,"d","h")
|
||||||
|
return rev(s)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
{ from = max(1,$1 - delta)
|
||||||
|
to = min($2 + delta,seqlen)
|
||||||
|
sequence = substr(chloro,from,to-from+1)
|
||||||
|
if ($5 == "R") sequence = revcomp(sequence)
|
||||||
|
nparts[$6]+=1
|
||||||
|
n = nparts[$6]
|
||||||
|
parts[$6][n][1] = from
|
||||||
|
parts[$6][n][2] = to
|
||||||
|
parts[$6][n][3] = $3
|
||||||
|
parts[$6][n][4] = $4
|
||||||
|
parts[$6][n][5] = $5
|
||||||
|
parts[$6][n][6] = $6
|
||||||
|
parts[$6][n][7] = sequence
|
||||||
|
}
|
||||||
|
END {
|
||||||
|
l = length(parts)
|
||||||
|
if (l==1) {
|
||||||
|
n = nparts[1]
|
||||||
|
for (i =1; i <= n; i++) {
|
||||||
|
print ">RPS12_" i,"parts=1; limit=" length(parts[1][i][7]) + 1 \
|
||||||
|
"; from1=" parts[1][i][1] \
|
||||||
|
"; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
||||||
|
";" > "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
||||||
|
print parts[1][i][7] \
|
||||||
|
> "rps12_fragments_" i ".fasta"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (l==2) {
|
||||||
|
n1 = nparts[1]
|
||||||
|
n2 = nparts[2]
|
||||||
|
for (i =1; i <= n1; i++)
|
||||||
|
for (j =1; j <= n2; j++) {
|
||||||
|
k = (i-1)*n2+j
|
||||||
|
print ">RPS12_" k,"parts=2", \
|
||||||
|
"limit=" (length(parts[1][i][7]) + 10 + 1) \
|
||||||
|
"; from1=" parts[1][i][1] "; to1=" parts[1][i][2] "; strand1=" parts[1][i][5] \
|
||||||
|
"; from2=" parts[2][j][1] "; to2=" parts[2][j][2] "; strand2=" parts[2][j][5] \
|
||||||
|
";" > "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
||||||
|
print parts[1][i][7] "nnnnnnnnnn" parts[2][j][7] \
|
||||||
|
> "rps12_fragments_" k ".fasta"
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
47
detectors/cds/lib/rps12_filter_4.awk
Normal file
47
detectors/cds/lib/rps12_filter_4.awk
Normal file
@ -0,0 +1,47 @@
|
|||||||
|
function convert1p(p) {
|
||||||
|
if (p+0 < L2) {
|
||||||
|
I = 1
|
||||||
|
if (S1=="F") {
|
||||||
|
S = 1
|
||||||
|
B = F1
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
S = -1
|
||||||
|
B = T1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
I = L2
|
||||||
|
if (S2=="F") {
|
||||||
|
S = 1
|
||||||
|
B = F2
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
S = -1
|
||||||
|
B = T2
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return S*(p - I) + B
|
||||||
|
}
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||||||
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function convert(p1,p2) {
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p1 = convert1p(p1)
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||||||
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p2 = convert1p(p2)
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||||||
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if (p1 < p2)
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||||||
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res = p1 ".." p2
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||||||
|
else
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||||||
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res = "complement(" p2 ".." p1 ")"
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||||||
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return res
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||||||
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}
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/[0-9]+\.\.[0-9]+/ {
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s = $0
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||||||
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r = $0
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||||||
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while (length(s) > 0) {
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||||||
|
match(s,/[0-9]+\.\.[0-9]+/)
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||||||
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range = substr(s,RSTART,RLENGTH)
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||||||
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s = substr(s,RSTART+RLENGTH+1)
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||||||
|
match(range,/^[0-9]+/)
|
||||||
|
from = substr(range,RSTART,RLENGTH)
|
||||||
|
match(range,/[0-9]+$/)
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||||||
|
to = substr(range,RSTART,RLENGTH)
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||||||
|
sub(range,convert(from,to),r)
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||||||
|
}
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||||||
|
$0=r
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||||||
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}
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||||||
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{print $0}
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||||||
@ -785,7 +785,7 @@ pushTmpDir ORG.organnot
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|||||||
}
|
}
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||||||
' "${RESULTS}.sorted.annot" "${RESULTS}.sorted.annot" \
|
' "${RESULTS}.sorted.annot" "${RESULTS}.sorted.annot" \
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||||||
> "${RESULTS}.uniq_gene.annot"
|
> "${RESULTS}.uniq_gene.annot"
|
||||||
log-Pinfo "Done."
|
loginfo "Done."
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||||||
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|
||||||
if [[ "$tagprefix" != "no" ]] ; then
|
if [[ "$tagprefix" != "no" ]] ; then
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||||||
loginfo "Adding locus tags from number: $locusshift..."
|
loginfo "Adding locus tags from number: $locusshift..."
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||||||
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