First version of the tRNA detector and of the global organnot.sh script
Former-commit-id: f2a75cf99b24875c90c426c2afb22a75b972bf60 Former-commit-id: 65e3dfb35df06ca69bb29b690c9a40e8940ac6bf
This commit is contained in:
@ -1,96 +0,0 @@
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#!/bin/bash
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#
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#
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export ORGANNOT_HOME=`dirname $0`
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REPSEEK=${ORGANNOT_HOME}/repseek
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SUMATRA=${ORGANNOT_HOME}/sumatra
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ARAGORN=${ORGANNOT_HOME}/aragorn
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WRAPARAGORN=${ORGANNOT_HOME}/aragorn_wrapper.awk
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ECOFIND=${ORGANNOT_HOME}/ecofind
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function annotateCAU {
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QUERY="$$.query.fasta"
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echo $1 | sed 's/&/ /' | tr '@' '\n' > ${QUERY}
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${SUMATRA} -d -n ${QUERY} $2 2> /dev/null | \
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awk ' {n[$2]+=1;d[$2]+=$3} \
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END {for (i in n) \
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print i, n[i],d[i], d[i]/n[i]\
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}' | \
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sort -rnk4 | \
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egrep '^trn(I|M|fM)' | \
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tail -1 | \
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awk '{print $1,$NF}'
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rm -rf ${QUERY}
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}
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function gffTRNA {
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${ARAGORN} -w -io -seq $3 | awk -v gid=${1} -f ${WRAPARAGORN}
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}
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# s'alimente avec un fichier.fasta
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# $3 : nb de caractere du fichier, t : nb de caractere du titre,
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# $1+1 : nb de retour chariot du fichier
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function seqlength {
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cat $1 | \
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wc |\
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awk -v t="`head -1 $1 | wc -c`" '{print $3 - t - $1 + 1}'
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}
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# recupere les informations issues du programme repseek avec l'origine des deux
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# IR et leur taille
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function lookforIR {
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${REPSEEK} -c -p 0.001 $1 | \
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grep 'Distant.inv' | \
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sort -n -k4 | \
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tail -1 | \
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awk '{print $7}' | \
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sed 's/-/ /g'
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}
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# recupere le nom de la sequence analyse
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function seqName {
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head -n1 $1| \
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awk '{print $1}' | \
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sed 's/^>//' | \
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sed -E 's/.*\|([^|]+)\|/\1/'
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}
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# cree un resume du fichier analyse au format gff
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# ex : GFF (NC_*** Repseek IR1 start end . + . )
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function gffIR {
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lseq=$2
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nom=$1
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lookforIR $3 | \
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awk -v nom="$nom" -v lseq="$lseq" \
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'BEGIN {OFS="\t"} \
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{ startIR1=$1; \
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||||||
startIR2=$2; \
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||||||
endIR1=startIR1 + $3 -1; \
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||||||
endIR2=startIR2 + $3 -1; \
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||||||
startSSC=1; \
|
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||||||
endSSC=startIR1-1; \
|
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||||||
startLSC=endIR1+1; \
|
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||||||
endLSC=startIR2-1; \
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||||||
\
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||||||
print nom,"RepSeek","misc_feature",startSSC,endSSC,"\.","+","\.","ID=SSC;note=small single copy region";\
|
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||||||
print nom,"RepSeek","repeat_region",startIR1,endIR1,"\.","+","\.","ID=IRA;note=inverted repeat A";\
|
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||||||
print nom,"RepSeek","misc_feature",startLSC,endLSC,"\.","+","\.","ID=LSC;note=large single copy region";\
|
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||||||
print nom,"RepSeek","repeat_region",startIR2,endIR2,"\.","-","\.","ID=IRB;note=inverted repeat B";\
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}'
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||||||
}
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echo "##gff-version 3"
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genome=$1
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genome_name=`seqName $1`
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genome_length=`seqlength $1`
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||||||
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||||||
gffIR ${genome_name} ${genome_length} ${genome}| grep -v '^ *$'
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||||||
gffTRNA ${genome_name} ${genome_length} ${genome}| grep -v '^ *$'
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||||||
@ -61,4 +61,4 @@ pushTmpDir ORG.ir
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|||||||
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||||||
popTmpDir
|
popTmpDir
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||||||
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||||||
exit 0
|
exit 0
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||||||
@ -27,12 +27,14 @@
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|||||||
SCRIPT_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
|
SCRIPT_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
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||||||
source ${SCRIPT_DIR}/../lib/lookforIR.lib.sh
|
source ${SCRIPT_DIR}/../lib/lookforIR.lib.sh
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||||||
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ORG_DEBUG=1
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pushTmpDir ORG.normalize
|
pushTmpDir ORG.normalize
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||||||
tmpfasta1="tmp_$$_1.fasta"
|
tmpfasta1="tmp_$$_1.fasta"
|
||||||
tmpfasta2="tmp_$$_2.fasta"
|
tmpfasta2="tmp_$$_2.fasta"
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||||||
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||||||
|
logdebug "Running on : $QUERY"
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||||||
loginfo "Computing the genome size..."
|
loginfo "Computing the genome size..."
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||||||
genome_length=$(seqlength $QUERY)
|
genome_length=$(seqlength $QUERY)
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||||||
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|||||||
@ -47,7 +47,9 @@ function lookForIR {
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|||||||
}
|
}
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||||||
|
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||||||
SCDB="${IR_DATA_DIR}/SC_RefDB"
|
SCDB="${IR_DATA_DIR}/SC_RefDB"
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||||||
QUERY="${CALL_DIR}/$1"
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||||||
|
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||||||
|
if [[ ! "$1" =~ ^/ ]]; then
|
||||||
openLogFile "${QUERY/.*/}.log"
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QUERY="${CALL_DIR}/$1"
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||||||
|
else
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||||||
|
QUERY="$1"
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||||||
|
fi
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||||||
|
|||||||
@ -31,7 +31,7 @@ pushTmpDir ORG.buildSCDB
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|||||||
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||||||
|
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||||||
loginfo "Building LSC coorientation graph..."
|
loginfo "Building LSC coorientation graph..."
|
||||||
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh LSC.fasta 20000 ${LOGFILE} > LSC.tgf
|
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh LSC.fasta 20000 ${ORG_LOGFILE} > LSC.tgf
|
||||||
${PROG_DIR}/cc.py LSC.tgf > LSC.cc
|
${PROG_DIR}/cc.py LSC.tgf > LSC.cc
|
||||||
loginfo " --> $(awk '{print $1}' LSC.cc | uniq | wc -l) connected componants"
|
loginfo " --> $(awk '{print $1}' LSC.cc | uniq | wc -l) connected componants"
|
||||||
loginfo "Done"
|
loginfo "Done"
|
||||||
@ -73,7 +73,7 @@ pushTmpDir ORG.buildSCDB
|
|||||||
|
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||||||
|
|
||||||
loginfo "Checking LCS homogeneity..."
|
loginfo "Checking LCS homogeneity..."
|
||||||
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh LSC.direct.fasta 20000 ${LOGFILE} > LSC_RefDB.tgf
|
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh LSC.direct.fasta 20000 ${ORG_LOGFILE} > LSC_RefDB.tgf
|
||||||
${PROG_DIR}/cc.py LSC_RefDB.tgf > LSC_RefDB.cc
|
${PROG_DIR}/cc.py LSC_RefDB.tgf > LSC_RefDB.cc
|
||||||
NCC=$(awk '{print $1}' LSC_RefDB.cc | uniq | wc -l)
|
NCC=$(awk '{print $1}' LSC_RefDB.cc | uniq | wc -l)
|
||||||
if (( $NCC == 1 )); then
|
if (( $NCC == 1 )); then
|
||||||
@ -103,7 +103,7 @@ pushTmpDir ORG.buildSCDB
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
loginfo "Building SSC coorientation graph..."
|
loginfo "Building SSC coorientation graph..."
|
||||||
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh SSC.fasta 5000 ${LOGFILE} > SSC.tgf
|
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh SSC.fasta 5000 ${ORG_LOGFILE} > SSC.tgf
|
||||||
${PROG_DIR}/cc.py SSC.tgf > SSC.cc
|
${PROG_DIR}/cc.py SSC.tgf > SSC.cc
|
||||||
loginfo " --> $(awk '{print $1}' SSC.cc | uniq | wc -l) connected componants"
|
loginfo " --> $(awk '{print $1}' SSC.cc | uniq | wc -l) connected componants"
|
||||||
loginfo "Done"
|
loginfo "Done"
|
||||||
@ -146,7 +146,7 @@ pushTmpDir ORG.buildSCDB
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
loginfo "Checking SSC homogeneity..."
|
loginfo "Checking SSC homogeneity..."
|
||||||
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh SSC.direct.fasta 5000 ${LOGFILE} > SSC_RefDB.tgf
|
${PROG_DIR}/coorienteSC.sh SSC.direct.fasta 5000 ${ORG_LOGFILE} > SSC_RefDB.tgf
|
||||||
${PROG_DIR}/cc.py SSC_RefDB.tgf > SSC_RefDB.cc
|
${PROG_DIR}/cc.py SSC_RefDB.tgf > SSC_RefDB.cc
|
||||||
NCC=$(awk '{print $1}' SSC_RefDB.cc | uniq | wc -l)
|
NCC=$(awk '{print $1}' SSC_RefDB.cc | uniq | wc -l)
|
||||||
if (( $NCC == 1 )); then
|
if (( $NCC == 1 )); then
|
||||||
|
|||||||
42
detectors/trna/bin/go_trna.sh
Executable file
42
detectors/trna/bin/go_trna.sh
Executable file
@ -0,0 +1,42 @@
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|||||||
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#!/bin/bash
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||||||
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#
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# Annotate tRNA
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#
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#========================================================================================
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#
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# Annotate tRNA based on the Aragorn software predictions.
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# go_trna.sh <FASTAFILE>
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||||||
|
#
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|
# - <FASTAFILE> : The fasta file containing the genome to annotate
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#
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||||||
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# Results are printed to the standart output
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#
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||||||
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#========================================================================================
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||||||
|
# -- CAUTION -- Works as long than the script
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# is not called through a symlink
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||||||
|
SCRIPT_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
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||||||
|
source "${SCRIPT_DIR}/../../../scripts/bash_init.sh"
|
||||||
|
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||||||
|
pushTmpDir ORG.trna
|
||||||
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||||||
|
CAUTRNADB="${TRNA_DATA_DIR}/CAU_tRNA_DB.fasta"
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||||||
|
export CAUTRNADB
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ ! "$1" =~ ^/ ]]; then
|
||||||
|
QUERY="${CALL_DIR}/$1"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
QUERY="$1"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
TRNA=$(basename ${QUERY})
|
||||||
|
|
||||||
|
aragorn -i -w -seq ${QUERY} | \
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||||||
|
${PROG_DIR}/../lib/aragorn_wrapper.awk
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||||||
|
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||||||
|
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||||||
|
popTmpDir
|
||||||
|
|
||||||
|
exit 0
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||||||
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||||||
@ -7,17 +7,9 @@ function genomeid() {
|
|||||||
return gid;
|
return gid;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
function home() {
|
function trnalib() {
|
||||||
"echo $ORGANNOT_HOME" | getline homedir;
|
"echo $CAUTRNADB" | getline ref;
|
||||||
return homedir;
|
return ref
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
function prog(program) {
|
|
||||||
return home() "/" program;
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
function trnalib(prognam) {
|
|
||||||
return home() "/lib/trnaCAU.ref.fasta";
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
function awkPID() {
|
function awkPID() {
|
||||||
@ -65,19 +57,20 @@ function patchtRNA(anticodon,trna,seq) {
|
|||||||
if (anticodon == "cat") {
|
if (anticodon == "cat") {
|
||||||
file=printfasta(trna "_" anticodon,seq,"");
|
file=printfasta(trna "_" anticodon,seq,"");
|
||||||
|
|
||||||
command= prog("sumatra") " -d -n " file " " trnalib();
|
command= "sumatra -t 0.9 -x -n " file " " trnalib() " 2>> /dev/null";
|
||||||
while ((command | getline output) > 0) {
|
while ((command | getline output) > 0) {
|
||||||
split(output,field," ");
|
split(output,field," ");
|
||||||
n[field[2]]++;
|
match(field[2],"trn.M?");
|
||||||
d[field[2]]=field[3];
|
trna=substr(field[2],RSTART,RLENGTH);
|
||||||
|
n[trna]+=field[5];
|
||||||
}
|
}
|
||||||
close(command)
|
close(command)
|
||||||
|
|
||||||
dmin=1;
|
nmax=0;
|
||||||
for (i in n) {
|
for (i in n) {
|
||||||
dist=d[i]/n[i];
|
dist=n[i];
|
||||||
if (dist < dmin) {
|
if (n[i] > nmax) {
|
||||||
dmin=dist;
|
nmax=n[i];
|
||||||
trna=i;
|
trna=i;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -94,6 +87,42 @@ function gene2product(gene) {
|
|||||||
return "tRNA-" AA3[substr(gene,4,1)];
|
return "tRNA-" AA3[substr(gene,4,1)];
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
function emblTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq) {
|
||||||
|
if (loc ~ /^c/) {
|
||||||
|
sub("c\\[","complement(",loc);
|
||||||
|
sub("\\]",")",loc);
|
||||||
|
sub(",","..",loc)}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
sub("\\[","",loc);
|
||||||
|
sub("\\]","",loc);
|
||||||
|
sub(",","..",loc)}
|
||||||
|
|
||||||
|
anti=toupper(anti);
|
||||||
|
gsub("T","U",anti);
|
||||||
|
product=gene2product(trna);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (intron!="") {
|
||||||
|
l=length(intron);
|
||||||
|
intron=substr(intron,2,l-2);
|
||||||
|
split(intron,intronpos,",");
|
||||||
|
ib=intronpos[0];
|
||||||
|
ie=intronpos[1];
|
||||||
|
match(loc,"[0-9][0-9]*");
|
||||||
|
gb=substr(loc,RSTART,RLENGTH);
|
||||||
|
sub("\\.\\.",".." (gb + ib -2) "," (gb + ie) "..",loc); \
|
||||||
|
sub("complement","complement(join",loc);\
|
||||||
|
if (substr(loc,1,1) ~ /[0-9]/) {
|
||||||
|
loc="join("loc}
|
||||||
|
loc=loc")";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
print "FT tRNA " loc;
|
||||||
|
print "FT /gene=\""trna"\"";
|
||||||
|
print "FT /anticodon=\""anti"\"";
|
||||||
|
print "FT /product=\""product"("anti")\"";
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
function gffTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq) {
|
function gffTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq) {
|
||||||
if (loc ~ /^c/) {
|
if (loc ~ /^c/) {
|
||||||
complement="-";
|
complement="-";
|
||||||
@ -139,7 +168,6 @@ function gffTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq) {
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
BEGIN {
|
BEGIN {
|
||||||
print ARGV[1];
|
|
||||||
AA1["Ala"]="A";
|
AA1["Ala"]="A";
|
||||||
AA1["Cys"]="C";
|
AA1["Cys"]="C";
|
||||||
AA1["Asp"]="D";
|
AA1["Asp"]="D";
|
||||||
@ -201,7 +229,7 @@ BEGIN {
|
|||||||
{ seq=epissage(intron,seq);
|
{ seq=epissage(intron,seq);
|
||||||
trna=patchtRNA(anti,trna,seq);
|
trna=patchtRNA(anti,trna,seq);
|
||||||
# print geneid,trna,loc,anti,"'"intron"'",seq;
|
# print geneid,trna,loc,anti,"'"intron"'",seq;
|
||||||
gffTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq);
|
emblTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq);
|
||||||
seq=""
|
seq=""
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -225,5 +253,5 @@ BEGIN {
|
|||||||
END { seq=epissage(intron,seq);
|
END { seq=epissage(intron,seq);
|
||||||
trna=patchtRNA(anti,trna,seq);
|
trna=patchtRNA(anti,trna,seq);
|
||||||
# print geneid,trna,loc,anti,"'"intron"'",seq;
|
# print geneid,trna,loc,anti,"'"intron"'",seq;
|
||||||
gffTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq);
|
emblTRNA(geneid,trna,loc,anti,intron,seq);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
47
organnote.sh
Executable file
47
organnote.sh
Executable file
@ -0,0 +1,47 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Annotate tRNA
|
||||||
|
#
|
||||||
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#========================================================================================
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||||||
|
#
|
||||||
|
# Annotate tRNA based on the Aragorn software predictions.
|
||||||
|
|
||||||
|
# go_trna.sh <FASTAFILE>
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# - <FASTAFILE> : The fasta file containing the genome to annotate
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Results are printed to the standart output
|
||||||
|
#
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||||||
|
#========================================================================================
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||||||
|
|
||||||
|
# -- CAUTION -- Works as long than the script
|
||||||
|
# is not called through a symlink
|
||||||
|
SCRIPT_DIR="$(dirname ${BASH_SOURCE[0]})"
|
||||||
|
source "${SCRIPT_DIR}/scripts/bash_init.sh"
|
||||||
|
|
||||||
|
pushTmpDir ORG.organnot
|
||||||
|
|
||||||
|
if [[ ! "$1" =~ ^/ ]]; then
|
||||||
|
QUERY="${CALL_DIR}/$1"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
QUERY="$1"
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
RESULTS=$(basename ${QUERY/.*/})
|
||||||
|
LOG="${CALL_DIR}/${RESULTS}.log"
|
||||||
|
|
||||||
|
rm -f ${LOG}
|
||||||
|
openLogFile ${LOG}
|
||||||
|
|
||||||
|
${PROG_DIR}/detectors/normalize/bin/go_normalize.sh ${QUERY} > "${RESULTS}.norm.fasta"
|
||||||
|
|
||||||
|
${PROG_DIR}/detectors/ir/bin/go_ir.sh ${QUERY} > "${RESULTS}.annot"
|
||||||
|
${PROG_DIR}/detectors/trna/bin/go_trna.sh ${QUERY} >> "${RESULTS}.annot"
|
||||||
|
|
||||||
|
cat "${RESULTS}.annot"
|
||||||
|
|
||||||
|
popTmpDir
|
||||||
|
|
||||||
@ -19,11 +19,18 @@ function getAbsolutePath {
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|||||||
function pushTmpDir {
|
function pushTmpDir {
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TMP_DIR=$(mktemp -d -t "$1_proc_$$_")
|
TMP_DIR=$(mktemp -d -t "$1_proc_$$_")
|
||||||
pushd $TMP_DIR >& /dev/null
|
pushd $TMP_DIR >& /dev/null
|
||||||
|
TMP_DIR_STACK="$TMP_DIR $TMP_DIR_STACK"
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||||||
|
logdebug "Pushing temp directory $TMP_DIR"
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logdebug "Stack : ${TMP_DIR_STACK}"
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}
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}
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||||||
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function popTmpDir {
|
function popTmpDir {
|
||||||
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TMP_DIR=$(echo $TMP_DIR_STACK | awk '{print $1}')
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||||||
|
TMP_DIR_STACK=$(echo $TMP_DIR_STACK | awk '{$1="";print $0}')
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||||||
popd >& /dev/null
|
popd >& /dev/null
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||||||
rm -rf $TMP_DIR >& /dev/null
|
rm -rf $TMP_DIR >& /dev/null
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||||||
|
logdebug "Poping temp directory $TMP_DIR"
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|
logdebug "Stack : ${TMP_DIR_STACK}"
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||||||
}
|
}
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# Logging functions
|
# Logging functions
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@ -34,32 +41,42 @@ function errcho {
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}
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}
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function openLogFile {
|
function openLogFile {
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LOGFILE=$1
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ORG_LOGFILE=$1
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touch ${LOGFILE}
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export ORG_LOGFILE
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touch ${ORG_LOGFILE}
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}
|
}
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||||||
function loginfo {
|
function loginfo {
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errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA INFO ] $$ -- $1"
|
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA INFO ] $$ -- $1"
|
||||||
if [[ ! -z ${LOGFILE} ]]; then
|
if [[ ! -z ${ORG_LOGFILE} ]]; then
|
||||||
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA INFO ] $$ -- $1" >> ${LOGFILE}
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA INFO ] $$ -- $1" >> ${ORG_LOGFILE}
|
||||||
fi
|
fi
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
function logerror {
|
function logerror {
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||||||
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA ERROR ] $$ -- $1"
|
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA ERROR ] $$ -- $1"
|
||||||
if [[ ! -z ${LOGFILE} ]]; then
|
if [[ ! -z ${ORG_LOGFILE} ]]; then
|
||||||
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA ERROR ] $$ -- $1" >> ${LOGFILE}
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA ERROR ] $$ -- $1" >> ${ORG_LOGFILE}
|
||||||
fi
|
fi
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
function logwarning {
|
function logwarning {
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||||||
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA WARNING] $$ -- $1"
|
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA WARNING] $$ -- $1"
|
||||||
if [[ ! -z ${LOGFILE} ]]; then
|
if [[ ! -z ${ORG_LOGFILE} ]]; then
|
||||||
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA WARNING] $$ -- $1" >> ${LOGFILE}
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA WARNING] $$ -- $1" >> ${ORG_LOGFILE}
|
||||||
fi
|
fi
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
function logdebug {
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||||||
|
if [[ ! -z ${ORG_DEBUG} ]]; then
|
||||||
|
errcho `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA DEBUG ] $$ -- $1"
|
||||||
|
if [[ ! -z ${ORG_LOGFILE} ]]; then
|
||||||
|
echo `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S'` "[OA DEBUG ] $$ -- $1" >> ${ORG_LOGFILE}
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
fi
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||||||
|
}
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||||||
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# Sequence related functions
|
# Sequence related functions
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# Counts how many sequences are stored in a fasta file
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# Counts how many sequences are stored in a fasta file
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