First commit - second part
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This commit is contained in:
278
detectors/normalize/normalize_plastid.sh
Executable file
278
detectors/normalize/normalize_plastid.sh
Executable file
@ -0,0 +1,278 @@
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#!/bin/bash
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#
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# NORMALISATION D'UN PLASTIDE
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#
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#========================================================================================
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# Ce programme dispose de 4 fonctions pour traiter les donnees fasta issues de genbank
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# - seqlength : compte le nombre de paire de base du fichier
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# ex : seqlength $1
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#
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# - cutseq : permet de couper un morceau de la sequence
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# cutseq [x] [y]
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# [x] : coordonne du debut de la sequence a couper
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# [y] : coordonne de la fin de la sequence a couper
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# ex : cutseq $1 10 100
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#
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#
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# - revcomp : donne le brin reverse
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# ex : $1 | revcomp
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#
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# - formatfasta : permet de coller a la suite plusieurs morceaux de sequence au moment de
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# la reecriture
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# - joinfasta : enleve les titres au moment de la reecriture du fichier et renvoie les
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# informations dans la fonction formatfasta
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# ex : joinfasta $1
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#
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#========================================================================================
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# Pour lancer le programme, utiliser les commandes :
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# chmod +x normalize_plastid.sh
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#./normalize_plastid.sh [fichier].fasta
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#
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# ex : seqlength $1
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#
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# cutseq $1 [x] [y]
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# [x]:coordonne du debut [y]:coordonne de la fin de la sequence a couper
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# ex : cutseq $1 10 100
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#
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# ex : $1 | revcomp
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#
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# ex : joinfasta $1
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#========================================================================================
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FINDCDS=`dirname $0`/findcds
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REPSEEK=`dirname $0`/repseek
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# s'alimente avec un fichier.fasta
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# $3 : nb de caractere du fichier, t : nb de caractere du titre,
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# $1+1 : nb de retour chariot du fichier
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function seqlength {
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cat $1 | \
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wc |\
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awk -v t="`head -1 $1 | wc -c`" '{print $3 - t - $1 + 1}'
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}
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# selectionne une sequence parmi le fichier
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# $2 : debut de la sequence a couper, $3 : fin de la sequence a couper
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function cutseq {
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awk -v from=$2 -v end=$3 'function printfasta(seq) { \
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||||
seqlen=length(seq); \
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||||
for (i=1; i <= seqlen; i+=60) \
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||||
print substr(seq,i,60); \
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||||
} \
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||||
\
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||||
/^>/ {print $0} \
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! /^>/ {seq=seq$0} \
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END {printfasta(substr(seq,from,end-from+1))}' $1
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}
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# donne le brin reverse de la sequence :
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# la sous-fonction comp reecrit la sequence a l'envers
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# la sous-fonction rev remplace les bases par leurs bases associe
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# la sous-fonction revcomp reprend les deux precedente
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function revcomp {
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awk 'function printfasta(seq) { \
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||||
seqlen=length(seq); \
|
||||
for (i=1; i <= seqlen; i+=60) \
|
||||
print substr(seq,i,60); \
|
||||
} \
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||||
function comp(seq) { \
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||||
"echo "seq" | tr acgtACGT tgcaTGCA " | getline res; \
|
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return res; \
|
||||
} \
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||||
function rev(seq) { \
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||||
"echo "seq" | rev " | getline res; \
|
||||
return res; \
|
||||
} \
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||||
function revcomp(seq) { \
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||||
res=rev(comp(seq)); \
|
||||
return res; \
|
||||
} \
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||||
\
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||||
/^>/ {print $0} \
|
||||
! /^>/ {seq=seq$0} \
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||||
END {printfasta(revcomp(seq))}' $1
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||||
}
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||||
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||||
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||||
function formatfasta {
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||||
awk 'function printfasta(seq) { \
|
||||
seqlen=length(seq); \
|
||||
for (i=1; i <= seqlen; i+=60) \
|
||||
print substr(seq,i,60); \
|
||||
} \
|
||||
/^>/ { print $0 } \
|
||||
! /^>/ { seq=seq $0 } \
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||||
END { printfasta(seq)}' $1
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}
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# colle bout a bout deux sequence en mettant le meme nombre de paire de base par ligne
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# sur le fichier, ici regle a 60
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# enleve les titres intermediaire entre deux sequences recollees si il y en a
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function joinfasta {
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awk '(NR==1 && /^>/) {print $0} \
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! /^>/ {print $0}' $1 | \
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formatfasta
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}
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# recupere les informations issues du programme repseek avec l'origine des deux
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# IR et leur taille
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function lookforIR {
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repseek -c -p 0.001 $1| \
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grep 'Distant.inv'| \
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sort -n -k4 | \
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tail -1 | \
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awk '{print $7}' | \
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sed 's/-/ /g'
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}
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# determine si le fragment analyse doit etre recolle en forward ou reverse dans le
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# nouveau .fasta
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function maxCDS {
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${FINDCDS} -F $1 -c -l 150 | \
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||||
awk '/^[^#]/ && ($2 == "Watson") { Watson+=$5-$4+1} \
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||||
/^[^#]/ && ($2 == "Crick") {Crick+=$5-$4+1} \
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||||
END {print Watson - Crick}'
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}
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#
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# Exemple results from repseek
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#
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# $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7 $8 $9 $10 $11 $12
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# Class pos_r1 pos_r2 len_r1 len_r2 Delta Seed ident score Rmean Rmod frac
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||||
# Distant.inv 86608 130934 25319 25319 19007 86608-130934-25319-2.01 100.000 25262.43 2.01 2 0.99
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||||
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# Test where the sequence is cut
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# Definie les variables utilisé : le debut, fin et taille des deux IR
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genome=$1
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genome_length=`seqlength $1`
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IRS=(`lookforIR ${genome}`)
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||||
posIR1=${IRS[0]}
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||||
posIR2=${IRS[1]}
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||||
lenIR=${IRS[2]}
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||||
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||||
let "endIR2=$posIR2 + $lenIR - 1"
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||||
let "endIR1=$posIR1 + $lenIR - 1"
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||||
# Defini la coupe a adopter en fonction de :
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# - la position de la fin de l'IR2 par rapport a la sequence total, pour identifier une
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# coupe au sein d'une IR
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# Le programme repseek considere toujours que la position maximal de la fin d'IR2 ne peut
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# pas depasser celle de la sequence, que l'IR2 soit coupe ou non. Donc dans tous les cas
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# on choisit de recouper la sequence a mi-distance entre la fin de l'IR1 et le debut de
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# l'IR2
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if (( endIR2 == genome_length )) ; then
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tmpfasta1="tmp_$$_1.fasta"
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||||
tmpfasta2="tmp_$$_2.fasta"
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||||
# defini la localisation de la coupure entre les deux IR
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||||
let "posCut=($endIR1+$posIR2)/2"
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||||
# realise la coupure du fichier d'entre du nucleotide calcule jusqu'a la fin de la sequence
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||||
cutseq ${genome} ${posCut} ${genome_length} > ${tmpfasta1}
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||||
let "posCut=$posCut-1"
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||||
# realise la coupure du fichier d'entre du debut de la sequence jusqu'au nucleotide calcule
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||||
cutseq ${genome} 1 ${posCut} >> ${tmpfasta1}
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||||
# ces deux fragment sont rassembles dans un fichier temporaire
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||||
joinfasta ${tmpfasta1} > ${tmpfasta2}
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||||
rm -f ${tmpfasta1}
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genome=${tmpfasta2}
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||||
# recalcul la nouvelle position des IR
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||||
IRS=(`lookforIR ${genome}`)
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||||
posIR1=${IRS[0]}
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||||
posIR2=${IRS[1]}
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||||
lenIR=${IRS[2]}
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||||
let "endIR2=$posIR2 + $lenIR - 1"
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||||
let "endIR1=$posIR1 + $lenIR - 1"
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||||
fi
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||||
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||||
tmpIR1="tmp_$$_IR1.fasta"
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||||
tmpIR2="tmp_$$_IR2.fasta"
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||||
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||||
#enregistre les deux fragments IR1 et IR2 complet
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cutseq ${genome} ${posIR1} ${endIR1} > ${tmpIR1}
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||||
cutseq ${genome} ${posIR2} ${endIR2} > ${tmpIR2}
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||||
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||||
let "lenSC1=$posIR1 -1 + ($genome_length - endIR2)"
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let "lenSC2=$posIR2 - $endIR1"
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tmpLSC="tmp_$$_LSC.fasta"
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||||
tmpSSC="tmp_$$_SSC.fasta"
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# Defini la coupe a adopter en fonction de :
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# - la taille de la SC1 par rapport a la taille de la SC2, pour identifier une
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# coupe au sein d'une SC. La coupe a lieu au sein de la SC1, le but est d'identifier la
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# LSC et la SSC parmis les SC1 et la SC2
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# si la SC1 est plus grande que la SC2, alors la SC1 est la LSC et la coupe a eu lieu
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# dans la LSC
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if (( lenSC1 > lenSC2 )); then
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# defini le debut de la LSC
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let "beginLSC=$endIR2+1"
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cutseq ${genome} ${beginLSC} ${genome_length} > ${tmpLSC}
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||||
# defini la fin de la LSC
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||||
let "endLSC=$posIR1-1"
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cutseq ${genome} 1 ${endLSC} >> ${tmpLSC}
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tmpfasta1="tmp_$$_1.fasta"
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# rejoint les deux morceaux pour former la LSC
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joinfasta ${tmpLSC} > ${tmpfasta1}
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mv ${tmpfasta1} ${tmpLSC}
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# donc la SC2 est la SSC,
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# definit l'origine et la fin a couper pour avoir le fragment SSC
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let "beginSSC=$endIR1+1"
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let "endSSC=$posIR2-1"
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cutseq ${genome} ${beginSSC} ${endSSC} > ${tmpSSC}
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||||
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tmp=${tmpIR1}
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||||
tmpIR1=${tmpIR2}
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tmpIR2=${tmp}
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else
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# sinon la SC2 est la LSC, et la coupe a eu lieu dans la SSC
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# definit l'origine et la fin a couper pour avoir le fragment LSC
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let "beginLSC=$endIR1+1"
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||||
let "endLSC=$posIR2-1"
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cutseq ${genome} ${beginLSC} ${endLSC} > ${tmpLSC}
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||||
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# definit le debut de la SSC et coupe la premiere partie
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let "beginSSC=$endIR2+1"
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cutseq ${genome} ${beginSSC} ${genome_length} > ${tmpSSC}
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# definit la fin de la SSC et coupe la seconde partie
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let "endSSC=$posIR1-1"
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cutseq ${genome} 1 ${endSSC} >> ${tmpSSC}
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# joint les deux parties afin de reformer la SSC
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joinfasta ${tmpSSC} > ${tmpfasta1}
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mv ${tmpfasta1} ${tmpSSC}
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fi
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if [[ ! -z $tmpfasta2 ]]; then
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rm -f $tmpfasta2
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fi
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# determine si les fragments doivent etre recolle en reverse ou forward
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maxSSC=`maxCDS ${tmpSSC}`
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# si maxSSC est negatif, le rapport Watson - Crick est negatif, le fragment est
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# donc reverse
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if (( maxSSC < 0 )); then
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revcomp ${tmpSSC} > ${tmpfasta1}
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mv ${tmpfasta1} ${tmpSSC}
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fi
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||||
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||||
maxLSC=`maxCDS ${tmpLSC}`
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||||
|
||||
# si maxLSC est negatif, le rapport Watson - Crick est negatif, le fragment est
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||||
# donc reverse
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if (( maxLSC < 0 )); then
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||||
revcomp ${tmpLSC} > ${tmpfasta1}
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||||
mv ${tmpfasta1} ${tmpLSC}
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fi
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# Les quatre fragments sont recolle ensemble sans erreur de coupure et dans un ordre connus.
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cat ${tmpSSC} ${tmpIR1} ${tmpLSC} ${tmpIR2} | joinfasta
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exit 0
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