cds/tools/chlorodb added

Former-commit-id: 0579e878a69b7c285ca71870e9ca5730649a2fda
Former-commit-id: 7cced5b488441d87bf070a9a444317db0e048880

data/cds/chlorodb/models/blosum62.mat

@@ -0,0 +1,29 @@
+#
+# blosum62 substitution matrix
+# with larger penalty for stops
+#
+  A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
+A 4 -1 -2 -2  0 -1 -1  0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1  1  0 -3 -2  0 -2 -1  0 -50
+R -1  5  0 -2 -3  1  0 -2  0 -3 -2  2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1  0 -1 -50
+N -2  0  6  1 -3  0  0  0  1 -3 -3  0 -2 -3 -2  1  0 -4 -2 -3  3  0 -1 -50
+D -2 -2  1  6 -3  0  2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1  0 -1 -4 -3 -3  4  1 -1 -50
+C 0 -3 -3 -3  9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -50
+Q -1  1  0  0 -3  5  2 -2  0 -3 -2  1  0 -3 -1  0 -1 -2 -1 -2  0  3 -1 -50
+E -1  0  0  2 -4  2  5 -2  0 -3 -3  1 -2 -3 -1  0 -1 -3 -2 -2  1  4 -1 -50
+G 0 -2  0 -1 -3 -2 -2  6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2  0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -50
+H -2  0  1 -1 -3  0  0 -2  8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2  2 -3  0  0 -1 -50
+I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3  4  2 -3  1  0 -3 -2 -1 -3 -1  3 -3 -3 -1 -50
+L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3  2  4 -2  2  0 -3 -2 -1 -2 -1  1 -4 -3 -1 -50
+K -1  2  0 -1 -3  1  1 -2 -1 -3 -2  5 -1 -3 -1  0 -1 -3 -2 -2  0  1 -1 -50
+M -1 -1 -2 -3 -1  0 -2 -3 -2  1  2 -1  5  0 -2 -1 -1 -1 -1  1 -3 -1 -1 -50
+F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1  0  0 -3  0  6 -4 -2 -2  1  3 -1 -3 -3 -1 -50
+P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4  7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -50
+S 1 -1  1  0 -1  0  0  0 -1 -2 -2  0 -1 -2 -1  4  1 -3 -2 -2  0  0  0 -50
+T 0 -1  0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1  1  5 -2 -2  0 -1 -1  0 -50
+W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1  1 -4 -3 -2 11  2 -3 -4 -3 -2 -50
+Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3  2 -1 -1 -2 -1  3 -3 -2 -2  2  7 -1 -3 -2 -1 -50
+V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3  3  1 -2  1 -1 -2 -2  0 -3 -1  4 -3 -2 -1 -50
+B -2 -1  3  4 -3  0  1 -1  0 -3 -4  0 -3 -3 -2  0 -1 -4 -3 -3  4  1 -1 -50
+Z -1  0  0  1 -3  3  4 -2  0 -3 -3  1 -1 -3 -1  0 -1 -3 -2 -2  1  4 -1 -50
+X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2  0  0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -50
+* -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 -50 1

data/cds/chlorodb/models/splice.none.frq

@@ -0,0 +1,6 @@
+# 3'/5' splice null model
+# A C G T
+25 25 25 25
+splice
+25 25 25 25
+# end of 3'/5' splice null model

data/cds/chlorodb/models/splice3.default.frq

@@ -0,0 +1,13 @@
+# 3' splice model : default 
+# A C G T
+19 18 27 36 
+36 5 34 25 
+20 7 51 23 
+29 13 14 44 
+splice
+5 2 78 15 
+3 7 15 75 
+4 1 83 12 
+5 51 13 31 
+5 7 79 9 
+53 10 27 11 

data/cds/chlorodb/models/splice3.ndha.frq

@@ -0,0 +1,13 @@
+# 3' splice model : ndha 
+# A C G T
+1 43 1 56 
+0 57 0 42 
+41 1 2 56 
+57 42 0 1 
+splice
+1 55 42 2 
+0 1 57 42 
+1 1 43 56 
+2 11 56 31 
+1 29 42 28 
+41 1 57 1 

data/cds/chlorodb/models/splice3.psba.frq

@@ -0,0 +1,13 @@
+# 3' splice model : psba 
+# A C G T
+26 14 40 21 
+13 44 35 9 
+41 3 33 23 
+1 13 5 81 
+splice
+37 5 27 31 
+62 5 9 24 
+56 13 23 8 
+32 28 6 33 
+35 21 17 28 
+53 12 10 26 

data/cds/chlorodb/models/splice5.default.frq

@@ -0,0 +1,13 @@
+# 5' splice model : default 
+# A C G T
+15 42 3 40 
+15 46 6 33 
+13 32 2 53 
+45 17 21 16 
+70 13 6 11 
+21 39 8 32 
+splice
+37 27 9 26 
+31 35 17 17 
+29 23 26 22 
+30 25 28 17 

data/cds/chlorodb/models/splice5.ndha.frq

@@ -0,0 +1,13 @@
+# 5' splice model : ndha 
+# A C G T
+0 54 2 44 
+43 1 1 56 
+57 1 7 35 
+8 1 39 52 
+56 2 40 2 
+55 1 0 44 
+splice
+1 0 2 97 
+40 1 1 58 
+55 0 1 44 
+1 41 1 58 

data/cds/chlorodb/models/splice5.psba.frq

@@ -0,0 +1,13 @@
+# 5' splice model : psba 
+# A C G T
+38 15 9 37 
+40 5 13 42 
+41 15 6 37 
+32 9 15 44 
+22 8 10 60 
+0 9 83 8 
+splice
+33 15 27 24 
+31 6 26 37 
+17 28 6 49 
+13 15 23 49 

data/cds/chlorodb/models/start.default.frq

@@ -0,0 +1,8 @@
+# start model : default 
+atg 0.9692592 36165 
+acg 0.01173885 438 
+gtg 0.007504288 280 
+ata 0.003886149 145 
+atc 0.00337693 126 
+att 0.002840909 106 
+ttg 0.001393654 52 

data/cds/chlorodb/models/start.ndhd.frq

@@ -0,0 +1,7 @@
+# start model : ndhd 
+acg 0.5066667 190 
+atg 0.3493333 131 
+atc 0.05066667 19 
+ata 0.03466667 13 
+acc 0.02933333 11 
+gtg 0.02933333 11 

data/cds/chlorodb/models/start.rps19.frq

@@ -0,0 +1,3 @@
+# start model : rps19 
+gtg 0.6261023 355 
+atg 0.3738977 212 

data/cds/chlorodb/models/stop.default.frq

@@ -0,0 +1,4 @@
+# stop model : default (freq. ignored)
+taa 0.5742367 21968 
+tag 0.2351265 8995 
+tga 0.1906368 7293