Merge of eric-test branche to the trunk
git-svn-id: https://www.grenoble.prabi.fr/svn/LECASofts/ecoPrimers/trunk@199 60f365c0-8329-0410-b2a4-ec073aeeaa1d
This commit is contained in:
BIN
src/ecoPrimer
BIN
src/ecoPrimer
Binary file not shown.
131
src/libecoprimer/amplifiatree.c
Normal file
131
src/libecoprimer/amplifiatree.c
Normal file
@ -0,0 +1,131 @@
|
||||
/*
|
||||
* amplifiatree.c
|
||||
*
|
||||
* Created on: 7 mars 2009
|
||||
* Author: coissac
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#include "ecoprimer.h"
|
||||
#include <search.h>
|
||||
|
||||
static void cleanamplifia(pamplifia_t amplifia);
|
||||
static void deleteamplifialist(pamplifialist_t list);
|
||||
static int cmpamplifia(const void* p1,const void*p2);
|
||||
|
||||
|
||||
static void cleanamplifiatlist(pamplifiacount_t list)
|
||||
{
|
||||
if (list->amplifias)
|
||||
ECOFREE(list->amplifias,
|
||||
"Free amplifia list");
|
||||
}
|
||||
|
||||
static void cleanamplifia(pamplifia_t amplifia)
|
||||
{
|
||||
cleanamplifiatlist(&(amplifia->pcr));
|
||||
}
|
||||
|
||||
static pamplifialist_t newamplifialist(pamplifialist_t parent, size_t size)
|
||||
{
|
||||
pamplifialist_t tmp;
|
||||
|
||||
tmp=ECOMALLOC(sizeof(amplifialist_t)+sizeof(amplifia_t)*(size-1),
|
||||
"Cannot allocate new amplifia list");
|
||||
|
||||
tmp->amplifiaslots=size;
|
||||
tmp->amplifiacount=0;
|
||||
tmp->next=NULL;
|
||||
|
||||
if (parent)
|
||||
parent->next=(void*)tmp;
|
||||
|
||||
return tmp;
|
||||
}
|
||||
|
||||
static void deleteamplifialist(pamplifialist_t list)
|
||||
{
|
||||
size_t i;
|
||||
|
||||
if (list)
|
||||
{
|
||||
if (list->next)
|
||||
{
|
||||
deleteamplifialist(list->next);
|
||||
list->next=NULL;
|
||||
}
|
||||
for (i=0; i < list->amplifiacount; i++)
|
||||
cleanamplifia((list->amplifias)+i);
|
||||
|
||||
ECOFREE(list,"Delete amplifia list");
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
static int cmpamplifia(const void* p1,const void*p2)
|
||||
{
|
||||
pamplifia_t pr1,pr2;
|
||||
|
||||
pr1=(pamplifia_t)p1;
|
||||
pr2=(pamplifia_t)p2;
|
||||
|
||||
if (pr1->p1 < pr2->p1) return -1;
|
||||
if (pr1->p1 > pr2->p1) return 1;
|
||||
|
||||
if (pr1->asdirect1 < pr2->asdirect1) return -1;
|
||||
if (pr1->asdirect1 > pr2->asdirect1) return 1;
|
||||
|
||||
if (pr1->p2 < pr2->p2) return -1;
|
||||
if (pr1->p2 > pr2->p2) return 1;
|
||||
|
||||
if (pr1->asdirect2 < pr2->asdirect2) return -1;
|
||||
if (pr1->asdirect2 > pr2->asdirect2) return 1;
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
pamplifia_t amplifiaintree (amplifia_t key,
|
||||
pamplifiatree_t amplifialist)
|
||||
{
|
||||
if (!amplifialist->tree)
|
||||
return NULL;
|
||||
|
||||
return *((pamplifia_t*)tsearch((const void *)(&key),
|
||||
&(amplifialist->tree),
|
||||
cmpamplifia
|
||||
));
|
||||
}
|
||||
|
||||
pamplifia_t insertamplifia(amplifia_t key,
|
||||
pamplifiatree_t list)
|
||||
{
|
||||
pamplifia_t current;
|
||||
pamplifia_t found;
|
||||
|
||||
if (list->last->amplifiacount==list->last->amplifiaslots)
|
||||
{
|
||||
list->last->next=newamplifialist(list,100);
|
||||
list->last=list->last->next;
|
||||
}
|
||||
|
||||
current = list->last->amplifias + list->last->amplifiacount;
|
||||
*current=key;
|
||||
|
||||
found = *((pamplifia_t*)tsearch((const void *)current,
|
||||
&(list->tree),
|
||||
cmpamplifia));
|
||||
if (found==current)
|
||||
list->last->amplifiacount++;
|
||||
|
||||
return found;
|
||||
}
|
||||
|
||||
pamplifiatree_t initamplifiatree(pamplifiatree_t tree)
|
||||
{
|
||||
if (!tree)
|
||||
tree = ECOMALLOC(sizeof(amplifiatree_t),"Cannot allocate amplifia tree");
|
||||
|
||||
tree->first=newamplifialist(NULL,500);
|
||||
tree->last=tree->first;
|
||||
|
||||
tree->tree=NULL;
|
||||
}
|
||||
136
src/libecoprimer/pairtree.c
Normal file
136
src/libecoprimer/pairtree.c
Normal file
@ -0,0 +1,136 @@
|
||||
/*
|
||||
* pairtree.c
|
||||
*
|
||||
* Created on: 7 mars 2009
|
||||
* Author: coissac
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#include "ecoprimer.h"
|
||||
#include <search.h>
|
||||
|
||||
static void cleanpair(ppair_t pair);
|
||||
static void deletepairlist(ppairlist_t list);
|
||||
static int cmppair(const void* p1,const void*p2);
|
||||
|
||||
|
||||
static void cleanamplifiatlist(pamplifiacount_t list)
|
||||
{
|
||||
if (list->amplifias)
|
||||
ECOFREE(list->amplifias,
|
||||
"Free amplifia list");
|
||||
}
|
||||
|
||||
static void cleanpair(ppair_t pair)
|
||||
{
|
||||
cleanamplifiatlist(&(pair->pcr));
|
||||
}
|
||||
|
||||
static ppairlist_t newpairlist(ppairlist_t parent, size_t size)
|
||||
{
|
||||
ppairlist_t tmp;
|
||||
|
||||
tmp=ECOMALLOC(sizeof(pairlist_t)+sizeof(pair_t)*(size-1),
|
||||
"Cannot allocate new pair list");
|
||||
|
||||
tmp->pairslots=size;
|
||||
tmp->paircount=0;
|
||||
tmp->next=NULL;
|
||||
|
||||
if (parent)
|
||||
parent->next=(void*)tmp;
|
||||
|
||||
|
||||
return tmp;
|
||||
}
|
||||
|
||||
static void deletepairlist(ppairlist_t list)
|
||||
{
|
||||
size_t i;
|
||||
|
||||
if (list)
|
||||
{
|
||||
if (list->next)
|
||||
{
|
||||
deletepairlist(list->next);
|
||||
list->next=NULL;
|
||||
}
|
||||
for (i=0; i < list->paircount; i++)
|
||||
cleanpair((list->pairs)+i);
|
||||
|
||||
ECOFREE(list,"Delete pair list");
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
static int cmppair(const void* p1,const void*p2)
|
||||
{
|
||||
ppair_t pr1,pr2;
|
||||
|
||||
pr1=(ppair_t)p1;
|
||||
pr2=(ppair_t)p2;
|
||||
|
||||
if (pr1->p1 < pr2->p1) return -1;
|
||||
if (pr1->p1 > pr2->p1) return 1;
|
||||
|
||||
if (pr1->asdirect1 < pr2->asdirect1) return -1;
|
||||
if (pr1->asdirect1 > pr2->asdirect1) return 1;
|
||||
|
||||
if (pr1->p2 < pr2->p2) return -1;
|
||||
if (pr1->p2 > pr2->p2) return 1;
|
||||
|
||||
if (pr1->asdirect2 < pr2->asdirect2) return -1;
|
||||
if (pr1->asdirect2 > pr2->asdirect2) return 1;
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
ppair_t pairintree (pair_t key,
|
||||
ppairtree_t pairlist)
|
||||
{
|
||||
if (!pairlist->tree)
|
||||
return NULL;
|
||||
|
||||
return *((ppair_t*)tsearch((const void *)(&key),
|
||||
&(pairlist->tree),
|
||||
cmppair
|
||||
));
|
||||
}
|
||||
|
||||
ppair_t insertpair(pair_t key,
|
||||
ppairtree_t list)
|
||||
{
|
||||
ppair_t current;
|
||||
ppair_t found;
|
||||
|
||||
if (list->last->paircount==list->last->pairslots)
|
||||
{
|
||||
list->last->next=newpairlist(list->last,100);
|
||||
list->last=list->last->next;
|
||||
}
|
||||
|
||||
current = list->last->pairs + list->last->paircount;
|
||||
*current=key;
|
||||
|
||||
found = *((ppair_t*)tsearch((const void *)current,
|
||||
&(list->tree),
|
||||
cmppair));
|
||||
if (found==current)
|
||||
list->last->paircount++;
|
||||
|
||||
return found;
|
||||
}
|
||||
|
||||
ppairtree_t initpairtree(ppairtree_t tree)
|
||||
{
|
||||
|
||||
if (!tree)
|
||||
tree = ECOMALLOC(sizeof(pairtree_t),"Cannot allocate pair tree");
|
||||
|
||||
tree->first=newpairlist(NULL,300);
|
||||
tree->last=tree->first;
|
||||
|
||||
tree->tree=NULL;
|
||||
tree->count=0;
|
||||
|
||||
return tree;
|
||||
}
|
||||
224
src/libecoprimer/taxstats.c
Normal file
224
src/libecoprimer/taxstats.c
Normal file
@ -0,0 +1,224 @@
|
||||
/*
|
||||
* taxstats.c
|
||||
*
|
||||
* Created on: 12 mars 2009
|
||||
* Author: coissac
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#include <search.h>
|
||||
#include "ecoprimer.h"
|
||||
|
||||
static int cmptaxon(const void *t1, const void* t2);
|
||||
|
||||
static int cmptaxon(const void *t1, const void* t2)
|
||||
{
|
||||
const size_t taxid1=(size_t)t1;
|
||||
const size_t taxid2=(size_t)t2;
|
||||
|
||||
// fprintf(stderr,"==> counted taxid1 : %d\n",taxid1);
|
||||
// fprintf(stderr,"==> counted taxid2 : %d\n",taxid2);
|
||||
|
||||
if (taxid1 < taxid2)
|
||||
return -1;
|
||||
if (taxid1 > taxid2)
|
||||
return +1;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int32_t counttaxon(int32_t taxid)
|
||||
{
|
||||
static void* taxontree=NULL;
|
||||
static int32_t taxoncount=0;
|
||||
|
||||
// fprintf(stderr,"counted taxid : %d taxontree %p\n",taxid,taxontree);
|
||||
|
||||
if (taxid==-1)
|
||||
{
|
||||
if (taxontree)
|
||||
ECOFREE(taxontree,"Free taxon tree");
|
||||
taxontree=NULL;
|
||||
taxoncount=0;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if ((taxid > 0) && ((!taxontree) || (!tfind((void*)((size_t)taxid),&taxontree,cmptaxon))))
|
||||
{
|
||||
tsearch((void*)((size_t)taxid),&taxontree,cmptaxon);
|
||||
taxoncount++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return taxoncount;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int32_t getrankdbstats(pecodnadb_t seqdb, uint32_t seqdbsize, ecotaxonomy_t *taxonomy,
|
||||
poptions_t options)
|
||||
{
|
||||
|
||||
uint32_t i;
|
||||
ecotx_t *taxon;
|
||||
ecotx_t *tmptaxon;
|
||||
|
||||
counttaxon(-1);
|
||||
|
||||
for (i=0;i<seqdbsize;i++)
|
||||
{
|
||||
taxon = &(taxonomy->taxons->taxon[seqdb[i]->taxid]);
|
||||
seqdb[i]->isexample=isGoodTaxon(taxonomy,seqdb[i]->taxid,options);
|
||||
|
||||
tmptaxon = eco_findtaxonatrank(taxon,
|
||||
options->taxonrankidx);
|
||||
|
||||
// fprintf(stderr,"Taxid : %d %p\n",taxon->taxid,tmptaxon);
|
||||
|
||||
if (tmptaxon)
|
||||
{
|
||||
// fprintf(stderr,"orig : %d trans : %d\n",taxon->taxid,
|
||||
// tmptaxon->taxid);
|
||||
|
||||
seqdb[i]->ranktaxonid=tmptaxon->taxid;
|
||||
if (seqdb[i]->isexample)
|
||||
options->intaxa = counttaxon(tmptaxon->taxid);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
seqdb[i]->ranktaxonid=-1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
counttaxon(-1);
|
||||
|
||||
for (i=0;i<seqdbsize;i++)
|
||||
{
|
||||
if (seqdb[i]->ranktaxonid>=0 && !seqdb[i]->isexample)
|
||||
options->outtaxa = counttaxon(seqdb[i]->ranktaxonid);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return options->outtaxa + options->intaxa;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
float taxonomycoverage(ppair_t pair, poptions_t options)
|
||||
{
|
||||
int32_t seqcount;
|
||||
int32_t i;
|
||||
int32_t incount=0;
|
||||
int32_t outcount=0;
|
||||
|
||||
|
||||
seqcount=pair->pcr.ampcount;
|
||||
|
||||
counttaxon(-1);
|
||||
for (i=0; i < seqcount; i++)
|
||||
if (pair->pcr.amplifias[i].sequence->isexample)
|
||||
incount = counttaxon(pair->pcr.amplifias[i].sequence->ranktaxonid);
|
||||
|
||||
counttaxon(-1);
|
||||
for (i=0; i < seqcount; i++)
|
||||
if (!pair->pcr.amplifias[i].sequence->isexample)
|
||||
outcount = counttaxon(pair->pcr.amplifias[i].sequence->ranktaxonid);
|
||||
|
||||
|
||||
pair->intaxa=incount;
|
||||
pair->outtaxa=outcount;
|
||||
return (float)incount/options->intaxa;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
static int cmpamp(const void *ampf1, const void* ampf2)
|
||||
{
|
||||
int i;
|
||||
int j = 0;
|
||||
int incr = 1;
|
||||
char cd1;
|
||||
char cd2;
|
||||
int chd = 0;
|
||||
int len = 0;
|
||||
|
||||
pamptotaxon_t pampf1 = (pamptotaxon_t) ampf1;
|
||||
pamptotaxon_t pampf2 = (pamptotaxon_t) ampf2;
|
||||
|
||||
|
||||
if (pampf1->strand != pampf2->strand)
|
||||
{
|
||||
incr = -1;
|
||||
j = pampf1->length - 1;
|
||||
if (pampf2->strand)
|
||||
{
|
||||
pampf1 = (pamptotaxon_t) ampf2;
|
||||
pampf2 = (pamptotaxon_t) ampf1;
|
||||
chd = 1;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
len = (pampf1->length <= pampf2->length)? pampf1->length: pampf2->length;
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < len; i++, j += incr)
|
||||
{
|
||||
cd1 = pampf1->amplifia[i];
|
||||
if (incr == -1)
|
||||
cd2 = ecoComplementChar(pampf2->amplifia[j]);
|
||||
else
|
||||
cd2 = pampf2->amplifia[j];
|
||||
|
||||
if (cd1 < cd2) return chd ? 1: -1;
|
||||
if (cd2 < cd1) return chd ? -1: 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (pampf1->length > pampf2->length) return chd ? -1: 1;
|
||||
if (pampf2->length > pampf1->length) return chd ? 1: -1;
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
void twalkaction (const void *node, VISIT order, int level)
|
||||
{
|
||||
const size_t taxid=(size_t)node;
|
||||
counttaxon(taxid);
|
||||
}
|
||||
|
||||
void taxonomyspecificity (ppair_t pair)
|
||||
{
|
||||
uint32_t i;
|
||||
uint32_t ampfindex = 0;
|
||||
int32_t taxid;
|
||||
void *ampftree = NULL;
|
||||
pamptotaxon_t pcurrentampf;
|
||||
pamptotaxon_t *ptmp;
|
||||
|
||||
pamptotaxon_t ampfwithtaxtree = ECOMALLOC(sizeof(amptotaxon_t) * pair->pcr.ampcount,"Cannot allocate amplifia tree");
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < pair->pcr.ampcount; i++)
|
||||
{
|
||||
/*populate taxon ids tree against each unique amplifia
|
||||
i.e set of taxon ids for each amplifia*/
|
||||
ampfwithtaxtree[ampfindex].amplifia = pair->pcr.amplifias[i].amplifia;
|
||||
ampfwithtaxtree[ampfindex].strand = pair->pcr.amplifias[i].strand;
|
||||
ampfwithtaxtree[ampfindex].length = pair->pcr.amplifias[i].length;
|
||||
pcurrentampf = &fwithtaxtree[ampfindex];
|
||||
taxid = pair->pcr.amplifias[i].sequence->ranktaxonid;
|
||||
ptmp = tfind((const void*)pcurrentampf, &ftree, cmpamp);
|
||||
if (ptmp == NULL)
|
||||
{
|
||||
pcurrentampf = &fwithtaxtree[ampfindex];
|
||||
tsearch((void*)pcurrentampf,&ftree,cmpamp);
|
||||
ampfindex++;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
pcurrentampf = *ptmp;
|
||||
|
||||
if (tfind((void*)((size_t)taxid), &(pcurrentampf->taxontree), cmptaxon) == NULL)
|
||||
{
|
||||
pcurrentampf->taxoncount++;
|
||||
tsearch((void*)((size_t)taxid),&(pcurrentampf->taxontree),cmptaxon);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
counttaxon(-1);
|
||||
for (i = 0; i < ampfindex; i++)
|
||||
{
|
||||
if (ampfwithtaxtree[i].taxoncount > 1)
|
||||
twalk(ampfwithtaxtree[i].taxontree, twalkaction);
|
||||
}
|
||||
|
||||
pair->notwellidentifiedtaxa = counttaxon(-2);
|
||||
ECOFREE (ampfwithtaxtree, "Free amplifia table");
|
||||
}
|
||||
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